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[期刊] 水产学报
[作者]
海萨·艾也力汗 张钰 杨博文 咸玉兰 高攀 沈玉帮
为了能给白斑狗鱼耐高温性状的改良提供有效的分子标记，本研究基于白斑狗鱼热敏感组(109尾)和耐高温组(103尾)进行简化基因组测序，对25个染色体中的InDel标记，以前两个PCA为协变量，利用MLM模型(Masked Language Mode)与白斑狗鱼的耐热性状进行了关联分析。结果显示，大部分InDel分布在内含子(63.69%)，外显子分布的InDel位点较少(1.30%)。通过GWAS分析，发现5个位点与白斑狗鱼耐热性状显著关联，分别位于safb基因、未知基因LOC117593903和CLSTN2基因内含子中。其中9N del、4N del-1和4N del-2三个InDel位点均位于CLSTN2基因第3内含子，这3个位点在212尾个体中基因型分布高度连锁。本研究中发现的5个InDel突变可能会对白斑狗鱼的耐热性状产生显著的影响，可作为白斑狗鱼耐热性状改良的候选分子标记。进一步在验证群体中利用KASP技术对部分位点进行了验证。发现9N del位点DD基因型个体在热敏感组中占优势，DI基因型个体在耐高温组中占优势，与简化基因组测序结果基本一致。位于CLSTN2基因第2内含子的3个InDel位点可能影响CLSTN2基因的转录，该基因可能是白斑狗鱼耐高温性状相关的重要候选基因。研究结果为白斑狗鱼分子标记辅助育种提供了理论依据，为白斑狗鱼耐热性状的改良提供了候选分子标记。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
丁彦蕊 蔡宇杰 孙俊 饶志明 须文波
挑选了NCBI COG数据库中具有全基因组的单细胞微生物,选择其中三维结构已知的蛋白质作为研究对象,研究了盐桥数目和类型对古细菌和细菌类蛋白质耐热性的影响作用。结果表明:无论古细菌还是细菌类蛋白质,总盐桥含量和盐桥网络都随耐热性的提高而增加;古细菌类超高温蛋白质形成盐桥时对Asp的利用率比较高;细菌类耐热蛋白质形成盐桥时尽量利用带正电荷的Lys和带负电荷的Glu,而常温蛋白质尽量利用带正电荷的His和带负电荷的Asp;由于耐热蛋白质对带电荷氨基酸的利用率高,即使细菌类耐热蛋白质和常温蛋白质含有等量的带电荷氨基酸,其稳定性也会提高。
关键词：
全基因组 蛋白质 耐热性 盐桥
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
廖宏泽 孙曼曼 黄小娟 郝丙青 孙佳星 江泽鹏 王东雪 刘凯
【目的】基于简化基因组，挖掘油茶单核苷酸多态性（SNP）位点，筛选可用于油茶种质鉴定的简化SNP组合位点，构建SNP指纹图谱，建立一种快速准确鉴定广西油茶主栽良种苗木的SNP分子标记方法。【方法】以12个油茶无性系种质的两个重复共24份油茶标准样本为材料，采用ddRADseq流程进行文库构建，使用BWA将过滤后的测序数据比对到已发布的南荣油茶Camellia oleifera var.“Nanyongensis”参考基因组上，利用GATK进行SNP位点筛选，ANNOVAR软件进行SNP位点注释，STRUCTURE软件进行群体结果分析，使用PLINK进行主成分分析；利用R语言，使用条件随机筛选法（CRS），筛选能够区分出油茶种质的最简SNP组合，绘制指纹图谱。【结果】测序数据质量良好，可用于SNP分子标记位点的开发筛选。与参考基因组比对后，共获得622 064个为SNP标记位点，其中无基因型缺失的SNP位点40 147个，多态性信息含量（PIC）大于0.35的SNP位点2 094个，前后60 bp碱基保守无变异的SNP位点共184个。最终筛选出可以将12个油茶无性系种质区分开的15个核心SNP标记位点组合，并以此绘制出SNP指纹图谱。【结论】基于简化基因组，建立了广西主要栽培油茶种质的SNP标记开发和指纹图谱绘制的方法，为苗期油茶种质的快速准确鉴定提供了理论依据和技术指导，助力规范油茶苗木市场，促进油茶产业健康发展。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖涛 李辉 罗韦 叶涛 余欢 陈友波 石钰仕 赵德鹏 吴芸
【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱，蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控，蛋壳绿色深浅不一，其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序，挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选基因以及关键信号通路，探究影响蛋壳颜色遗传性，以期发展绿壳蛋的选种选育和提高经济效益。【目的】探讨赤水乌骨鸡的遗传基础，并通过SLCO1B3基因分型对其进行鉴定和筛选，以期通过分子标记在青壳鸡育种规划中提供新的见解，并在后期的选择策略中帮助控制和提高赤水乌骨鸡蛋壳品质的同质性。【方法】以纯系的280日龄赤水乌骨鸡为研究对象，屠宰产浅绿色蛋（QL）和深绿色蛋（SL）的母鸡各3只，采集蛋壳腺以RNA-seq技术检测分析，筛选与蛋壳颜色密切相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs），并对这些DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用qRT-PCR技术检测与蛋壳颜色相关的6个候选基因的转录水平变化以验证转录组数据可靠性。【结果】在深绿组与浅绿组中共筛选到93个显著DEGs，有59个基因在深绿组中显著上调，34个显著下调。DEGs注释到GO数据库进行比对，主要显著性富集的是钠离子转运、负离子结合、肌质网膜等。KEGG分析富集程度最显著的是醛固酮调节钠的重吸收，以及富集的矿物质吸收、亚油酸的新陈代谢等信号通路。通过qRT-PCR验证，结果显示这些基因的表达趋势与转录组的测序结果一致。【结论】经功能分析，TF基因、SCNN1家族基因、CYP450家族基因、SLC家族基因和FAM家族基因，以及醛固酮调节钠的重吸收信号通路参与蛋壳色素合成、转运和沉积。上述基因和信号通路可能是影响赤水乌骨鸡蛋壳绿色深浅不一的候选基因和关键信号通路。
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐如强 孙其信 张树榛
利用５１份春小麦材料对３种耐热性方法进行了研究评价。供试材料在田间通过晚播计算各基因型的穗粒重感热指数（Ｓｅ）或于籽粒灌浆期用塑料简棚进行遮盖处理并计算千粒重感热指数（Ｓｇ）评价其耐热性；而在室内采用膜热稳定性测定方法，以相对热损伤率（ＲＩ％）大小评价基因型的耐热性。相关分析表明：Ｓｅ在年际间和年份内的相关系数均呈极显著高度正相关（ｒ＝０．６７６＊＊～０．７５７＊＊），从而具有较好的重演性；而ＲＩ％与Ｓｇ呈显著正相关（ｒ＝０．３２８＊）说明基因型的膜热稳定性大小能在一定程度上较好地反映其田间的耐热性表现。上述方法指标将在今后的耐热性研究中具有一定的应用价值。
关键词：
春小麦,耐热性,筛选方法
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李秋果 卞英捷 梁照 杨志民 于景金
[目的]本研究旨在探究不同匍匐翦股颖(Agrostis stolonifera)品种(系)的田间坪用性状、适应性和耐热性差异，从而筛选出具有推广利用潜力的抗逆种质资源。[方法]以国外引进的14个匍匐翦股颖品种(系)为试验材料，在南京地区越夏前、后开展田间坪用性状(密度、均一性、色泽、质地)和适应性(耐旱性、耐热性)评价，同时在室内常温条件(25℃/20℃,昼/夜)和高温胁迫(38℃/28℃,昼/夜)下测定草坪质量耐热指数、生长速率、叶长和叶宽，进一步评价其耐热性。[结果]在越夏后，不同品种(系)的坪用性状和适应性均明显降低，但是T-1、Alpha和Barracuda(MVS-AP-101)的草坪密度、均一性、色泽、质地和适应性表现相对较好，草坪综合质量评分均为中等(4～5分)。在盆栽试验中，高温胁迫导致各品种(系)的草坪质量耐热指数下降至0.76～0.91。基于草坪质量耐热指数进行系统聚类分析，可将14个匍匐翦股颖品种(系)聚成3类，分别为5个耐热型、6个中间型和3个热敏感型。T-1、Luminary、Barracuda(MVS-AP-101)、Pure Distinction(PST-OJO)和007属于耐热型品种(系),其中T-1的生长速率较快。[结论]T-1和Barracuda(MVS-AP-101)的综合表现突出，越夏能力相对较强，适合在南京地区推广利用。
关键词：
匍匐翦股颖 引种栽培 坪用性状 耐热性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曹宝祥 张天时 刘宝锁 孔杰
利用40个大菱鲆(Scophthalmus maximus)家系进行耐热性实验,测定相应生长和耐热性状指标,对耐热性状进行方差分析,并分析生长与耐热性状的相关情况。结果表明:在各家系生长前期,快速生长家系6个,生长较快家系26个,生长速度一般家系8个。在生长后期阶段,快速生长家系9个,生长较快家系28个,生长速度一般家系3个,仅有8号家系一直为快速生长家系。在耐热性状方面,各家系耐热性平均值在1 367.30～836.30℃.h之间,总体平均值为1 113.00℃.h。高耐高温家系为8号、33号和37号家系,其中33号家系耐热性数值最高,其耐热性平均值为1 367.30℃.h,不耐高温家系为3...
关键词：
大菱鲆 家系 耐热性 方差分析 相关分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王柏柯 李宁 唐亚萍 王强 杨涛 杨生保 帕提古丽 余庆辉 高杰
【目的】获得番茄雄性不育基因的候选基因,提高番茄雄性不育基因定位的准确性,为该雄性不育基因的克隆及功能机制研究提供理论基础。【方法】以一个与苗期绿茎基因紧密连锁的花粉败育型材料为母本,以一个苗期紫茎可育系为父本,通过集群分离(BSA)法分别建立30个F2单株的不育和可育DNA池,基于简化基因组测序(SLAF-Seq)技术检测足够量的简化基因组扩增片段,通过关联分析,获得目标雄性不育基因的候选区域,并利用GO数据库对关联区域内的基因进行功能注释。【结果】通过SLAF测序共获得20.27 Mb的序列量;共获得
关键词：
番茄 雄性不育 简化基因组测序 基因定位
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘宏祥 朱满兴 秦豪荣 宋卫涛 朱春红 陶志云 徐文娟 章双杰 李慧芳
旨在评价太湖鹅原种场和国家水禽基因库的保种效果,为进一步更好地对太湖鹅进行保种打下理论依据。利用ddRAD简化基因组测序方法鉴定太湖鹅原始群体(TS)、原种场群体(TC)和基因库群体(TK)的SNP标记,比较分析3个群体的遗传多样性差异,并使用遗传分化系数FST和核苷酸多样性π比值联合筛选选择信号区域及其相关基因,对得到的受选基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果发现,与原始群体相比,原种场群体和基因库群体的遗传杂合度均有降低,近交系数上升,且基因库群体与原始群体、原种场群体有中度分化的趋势。原种场群体的脂类代谢相关基因受到了一定程度的选择。结果表明,原种场群体和基因库群体应适当增加保种群数量,避免近交系数上升过快,且基因库群体应加强与原种场群体的基因交流,避免与原始群体、原种场群体的过度分化。
关键词：
鸭 保种 简化基因组测序
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
韩威 沈华伟 殷建玫 朱云芬 沈海玉 李国辉 薛倩 张会永 苏一军 窦新红 王克华 邹剑敏
利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325 531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度H_o为0.213 6、核苷酸多样度P_i为0.240 4,近交系数F_(is)为0.111 6,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数F_(st)为0.155 6,平均基因流N_m为1.398 2,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过F_(st)和θ_π检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路.
关键词：
金湖乌凤鸡 简化基因组测序 遗传进化
[期刊] 华北农学报
[作者]
许为钢 胡琳 盖钧镒
对８个小麦品种开花后的耐热性研究结果表明，耐热性在小麦品种间存在着较大的遗传差异，耐热性的高低与品种叶片的叶绿素含量、丙二醛含量、冠层温度显著相关，它直接影响到品种开花后的同化物积累量；叶片细胞膜热稳定性和冠层温度可以作为小麦抗热性育种的选择指标。
关键词：
小麦,品种改良,耐热性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
韩旭 何玉英 李健 张海恩 周雨欣
为探究N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶基因(NAGase)对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)耐高pH性状的影响，本研究采用直接测序法及实时荧光定量PCR法检测FcNAGase的多态性，并分析其与中国对虾耐高pH性状的相关性。结果显示，通过直接测序的方法，在FcNAGase上共检测到29个潜在的SNP位点，分布频率为1.13/100 bp，其中，内含子的突变频率为0.35/100 bp，外显子的突变发生频率为0.78/100 bp。通过荧光定量PCR方法在中国对虾耐高pH性状分离群体中共检测到14个具有多态性的SNP位点，其中，观测杂合度(H_(o))为0.2581～0.9390，期望杂合度(H_(e))为0.0595～0.4490，多态信息含量(PIC)为0.0574～0.3731；利用卡方检验进行关联性分析，发现2个与中国对虾耐高pH性状显著相关的位点(P
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
贾思振 房伟民 陈发棣 陈素梅 杨雪萌
在夏季高温条件下,不同品种夏花型菊花Dendranthema×grandiflorum开花能力有较大差异。为了比较品种间的耐热性差异和确定筛选有关耐热性的评价指标,对5个品种夏菊的生理特性、解剖结构和花期性状等方面的13个指标进行测定,并采用主成分分析、隶属函数分析以及回归分析法对它们进行耐热性综合评价。结果表明:群体花期、叶片超氧化物歧化酶(SOD)活性、叶片丙二醛(MDA)含量和净光合作用日积累量可作为耐热性评价的指标;根据建立的回归方程计算的综合评价值比较,5个品种夏菊的耐热性依次为‘火炬’>‘紫荷’>‘粉荷’>‘金光’>‘金星’;5个品种的耐热性预测值与综合评价值呈极显著相关。
关键词：
植物学 夏菊 耐热性 综合评价
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
程智慧 聂文娟 孟焕文 王明钦
【目的】研究高温胁迫下黄瓜芽苗期的主要生物学性状,筛选芽苗期黄瓜耐热鉴定的形态指标。【方法】以25℃为对照(CK)温度,以4个已知耐热性的黄瓜品系种子为试材,在不同高温(35,38,42℃)下发芽6d后,测定芽苗形态指标,并进行主成分分析和回归分析。【结果】38℃高温发芽条件下,黄瓜幼苗的全鲜质量(X1)、去子叶鲜质量(X2)、根鲜质量(X3)、下胚轴长(X4)、活力指数(X5)与黄瓜品系耐热性的相关性比35和42℃下更密切,可作为耐热种质筛选的指标;主成分分析表明,第一、二主成分对耐热性评价的贡献率分别为89.03%和9.86%;通过回归分析建立了黄瓜耐热性预测方程。【结论】在38℃高温条件...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林俊彬 严俊杰 韩星 赵金 甘颖 苗人云 冯仁才 李斐 赖学飞 仝宗军 甘炳成
【目的】通过分析20份杏鲍菇菌株的遗传多样性和菌丝、子实体的性状，为新型分子标记在杏鲍菇资源保护利用方面提供一定的基础，也为后续主要性状基因的准确定位、杂交育种、表型预测提供理论依据。【方法】以20株全国不同地区收集到的杏鲍菇菌株作为试验菌株，对其进行全基因组重测序，将分析得到的SNP位点作为标记进行遗传多样性分析，并测定其菌丝在PDA培养皿上的生长速度、产量、子实体长度、菌盖直径、菌柄长度、菌柄直径、子实体硬度、子实体脆度、子实体咀嚼性和子实体胶着性，随后对10项性状指标进行主成分分析，将各项性状指标与遗传多样性结果进行联合分析，评价二者的相关性。【结果】当遗传距离大于0.08时，20份杏鲍菇菌株分为6个类群，每个类群的菌株的性状与其他类群相比均有一定的差异且类群内菌株性状比较接近。其中类群Ⅴ所含菌株数量最多，包含13份菌株，且各项性状指标最为突出；其次是类群Ⅱ包含3份菌株，其余几个类群都只包含1个菌株，不同类群之间性状均有差异，类群内差异很小。【结论】国内不同地区的杏鲍菇菌株在遗传多样性、菌丝生长速度、子实体性状和质构方面均有差异，其中各项性状比较优异且均衡的杏鲍菇菌株聚类在类群Ⅴ，说明杏鲍菇中SNP标记与子实体性状有很强的相关性。在育种实践中，可以通过SNP标记预测菌株的性状，以遗传距离比较远、个别性状比较突出的菌株作为亲本进行杂交育种，大大减少育种周期，提高育种效率与精度。
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