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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 王柏柯  李宁  唐亚萍  王强  杨涛  杨生保  帕提古丽  余庆辉  高杰  
【目的】获得番茄雄性不育基因的候选基因,提高番茄雄性不育基因定位的准确性,为该雄性不育基因的克隆及功能机制研究提供理论基础。【方法】以一个与苗期绿茎基因紧密连锁的花粉败育型材料为母本,以一个苗期紫茎可育系为父本,通过集群分离(BSA)法分别建立30个F2单株的不育和可育DNA池,基于简化基因组测序(SLAF-Seq)技术检测足够量的简化基因组扩增片段,通过关联分析,获得目标雄性不育基因的候选区域,并利用GO数据库对关联区域内的基因进行功能注释。【结果】通过SLAF测序共获得20.27 Mb的序列量;共获得
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 李海涛  王晓峰  吕书文  杨国栋  吴媛媛  
为了获得与樱桃番茄闭药不育基因紧密连锁的RAPD(random amplified polymorphic DNA,即随机扩增多态性DNA)标记,以大果型闭药雄性不育系(94-205)为父本,以樱桃番茄自交系(02-281)为母本,构建了132个F2分离群体。采用RAPD分子标记技术,通过BSA法筛选230条RAPD引物,获得了1个可用于樱桃番茄闭药不育的标记CCPA931-031225(序列为TGCGTGCTTG),RAPD标记CCPA931-031225与闭药不育基因遗传图距为5.6cM,为紧密连锁。这个标记的获得,可用于标记辅助选育,加速番茄闭药雄性不育的转育和制种应用。
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 廖宏泽   孙曼曼   黄小娟   郝丙青   孙佳星   江泽鹏   王东雪   刘凯  
【目的】基于简化基因组,挖掘油茶单核苷酸多态性(SNP)位点,筛选可用于油茶种质鉴定的简化SNP组合位点,构建SNP指纹图谱,建立一种快速准确鉴定广西油茶主栽良种苗木的SNP分子标记方法。【方法】以12个油茶无性系种质的两个重复共24份油茶标准样本为材料,采用ddRADseq流程进行文库构建,使用BWA将过滤后的测序数据比对到已发布的南荣油茶Camellia oleifera var.“Nanyongensis”参考基因组上,利用GATK进行SNP位点筛选,ANNOVAR软件进行SNP位点注释,STRUCTURE软件进行群体结果分析,使用PLINK进行主成分分析;利用R语言,使用条件随机筛选法(CRS),筛选能够区分出油茶种质的最简SNP组合,绘制指纹图谱。【结果】测序数据质量良好,可用于SNP分子标记位点的开发筛选。与参考基因组比对后,共获得622 064个为SNP标记位点,其中无基因型缺失的SNP位点40 147个,多态性信息含量(PIC)大于0.35的SNP位点2 094个,前后60 bp碱基保守无变异的SNP位点共184个。最终筛选出可以将12个油茶无性系种质区分开的15个核心SNP标记位点组合,并以此绘制出SNP指纹图谱。【结论】基于简化基因组,建立了广西主要栽培油茶种质的SNP标记开发和指纹图谱绘制的方法,为苗期油茶种质的快速准确鉴定提供了理论依据和技术指导,助力规范油茶苗木市场,促进油茶产业健康发展。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 宋洪元  任雪松  司军  李成琼  宋明  雷建军  
【目的】利用Cre/lox重组系统具有的重组删除特性建立番茄工程恢复系,特异删除F1中的雄性不育基因恢复其育性。【方法】将TA29-Barnase雄性不育基因表达盒置于两个同向lox位点之间并与NPTⅡ基因、Bar基因融合后获得植物表达载体pBinBarloxTABn,转化番茄获得雄性不育转基因植株。Cre基因在CaMV35S启动子的驱动下转入番茄获得工程恢复系。两者在开花时进行杂交,利用Cre重组酶删除F1中的TA29-Barnase不育基因表达盒使育性恢复。【结果】利用NPTⅡ作为转化筛选标记基因获得了番茄雄性不育转基因植株。转基因植株中的Bar基因能正常表达,真叶叶盘在含PPT3mg·L...
[期刊] 华北农学报  [作者] 刘宏祥  朱满兴  秦豪荣  宋卫涛  朱春红  陶志云  徐文娟  章双杰  李慧芳  
旨在评价太湖鹅原种场和国家水禽基因库的保种效果,为进一步更好地对太湖鹅进行保种打下理论依据。利用ddRAD简化基因组测序方法鉴定太湖鹅原始群体(TS)、原种场群体(TC)和基因库群体(TK)的SNP标记,比较分析3个群体的遗传多样性差异,并使用遗传分化系数FST和核苷酸多样性π比值联合筛选选择信号区域及其相关基因,对得到的受选基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果发现,与原始群体相比,原种场群体和基因库群体的遗传杂合度均有降低,近交系数上升,且基因库群体与原始群体、原种场群体有中度分化的趋势。原种场群体的脂类代谢相关基因受到了一定程度的选择。结果表明,原种场群体和基因库群体应适当增加保种群数量,避免近交系数上升过快,且基因库群体应加强与原种场群体的基因交流,避免与原始群体、原种场群体的过度分化。
[期刊] 水产学报  [作者] 海萨·艾也力汗   张钰   杨博文   咸玉兰   高攀   沈玉帮  
为了能给白斑狗鱼耐高温性状的改良提供有效的分子标记,本研究基于白斑狗鱼热敏感组(109尾)和耐高温组(103尾)进行简化基因组测序,对25个染色体中的InDel标记,以前两个PCA为协变量,利用MLM模型(Masked Language Mode)与白斑狗鱼的耐热性状进行了关联分析。结果显示,大部分InDel分布在内含子(63.69%),外显子分布的InDel位点较少(1.30%)。通过GWAS分析,发现5个位点与白斑狗鱼耐热性状显著关联,分别位于safb基因、未知基因LOC117593903和CLSTN2基因内含子中。其中9N del、4N del-1和4N del-2三个InDel位点均位于CLSTN2基因第3内含子,这3个位点在212尾个体中基因型分布高度连锁。本研究中发现的5个InDel突变可能会对白斑狗鱼的耐热性状产生显著的影响,可作为白斑狗鱼耐热性状改良的候选分子标记。进一步在验证群体中利用KASP技术对部分位点进行了验证。发现9N del位点DD基因型个体在热敏感组中占优势,DI基因型个体在耐高温组中占优势,与简化基因组测序结果基本一致。位于CLSTN2基因第2内含子的3个InDel位点可能影响CLSTN2基因的转录,该基因可能是白斑狗鱼耐高温性状相关的重要候选基因。研究结果为白斑狗鱼分子标记辅助育种提供了理论依据,为白斑狗鱼耐热性状的改良提供了候选分子标记。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 韩威  沈华伟  殷建玫  朱云芬  沈海玉  李国辉  薛倩  张会永  苏一军  窦新红  王克华  邹剑敏  
利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325 531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度H_o为0.213 6、核苷酸多样度P_i为0.240 4,近交系数F_(is)为0.111 6,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数F_(st)为0.155 6,平均基因流N_m为1.398 2,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过F_(st)和θ_π检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路.
[期刊] 华北农学报  [作者] 金凤媚  薛俊  孙海波  郝志愚  
为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析。进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近。相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53%。MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21%。126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72%。对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0%及以上。初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王小非  刘鑫  苏玲  孙永江  张世忠  郝玉金  由春香  
【目的】从番茄全基因组中鉴定LBD基因,并进行基因进化、基因结构、染色体定位以及组织表达和诱导表达分析,为番茄LBD基因的功能研究与利用奠定基础。【方法】利用番茄基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定番茄LBD家族成员;采用MEGA5软件进行系统进化树分析;通过perl程序、MapDRAW及GSDS工具进行基因结构及染色体定位分析;利用已有的番茄芯片数据进行组织表达谱和基因表达响应分析。【结果】系统分析鉴定了46个番茄LBD家族基因,根据基因结构及系统进化分析将其分成class I与class II两类,细分为5个亚家族(Ia、Ib、Ic、Id与II)。基因定位表明,12条染色体中的10条均有...
[期刊] 华北农学报  [作者] 苏彩霞  李君明  霍秀文  
激活标签法是近年来新发展起来的一种研究基因功能有价值的补充方法。该文综述了激活标签法的研究进展及其在番茄功能基因组研究中的应用。
[期刊] 华北农学报  [作者] 王天宇  杜瑞恒  
采用携带有隐性核不育基因、不育率为100%、不育度为95%的谷子高度雄性不育系与优良恢复系品种测配,根据育种目标,选择优良的杂种F1继续种植,从F2育性分离的群体中选择优良不育株,利用其不育基因改谷子自花授粉为异花授粉,进行谷子品种间复合杂交及不同轮回选择群体育种,选育出6个品种和一批具有优异特性的不同世代材料。
[期刊] 华北农学报  [作者] 陈占宽  郅玉宝  易明林  王金兰  梁秀银  屠礼传  傅荣昭  曹光诚  史艳红  孙勇如  
用基因枪将人工构建的植物雄性不育基因TA29-Barnase及其标记基因bar导入芝麻豫芝4号的离体子叶,在MS+5mg·L-16-BA+1mg·L-1IAA+1mg·L-1ABA+5mg·L-1AgNO3的培养基上交培养12天,转入光、暗光替培养,诱导出不定芽。经添加2mg·L-1除草剂(BASTA)的上述培养基筛选,获得了11个BASTA抗性株系,对其中3个株系进行Southern杂交鉴定分析,证实其中2个为转基因株系,转化率为1.46%
[期刊] 华北农学报  [作者] 马尚耀  成慧娟  郝明杰  
本文较系统地阐述了谷子雄性不育基因M_s~(ch)的遗传机制,从而进一步在细胞遗传学水平上确认谷子雄性不育复等位基因的存在。
[期刊] 华北农学报  [作者] 贾小平  袁玺垒  陆平  侯典云  戴凌峰  
克隆谷子雄性不育材料1066A的不育基因,分析不育基因与可育基因存在的突变位点,为揭示谷子雄性不育分子机制、利用分子标记辅助选择方法选育多用途的不育材料奠定基础。利用谷子全基因组测序数据及前人不育基因定位结果克隆谷子雄性不育材料1066A的雄性不育基因,发掘导致不育的突变位点,旨在为从分子水平揭示谷子不育机制、利用分子标记辅助选择方法选育多用途的不育材料奠定基础。首先利用生物信息学方法从豫谷1号6号染色体找到1个雄性不育基因位点(Si015780m.g),该基因全长5 027个碱基,编码479个氨基酸,且
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 陈银华  张广平  
将带有雄性不育基因、除草剂基因及卡那霉素抗性基因的质粒pBI-TBSbar通过冻融法导入根癌农杆菌菌株LBA4404中,采用农杆菌介导法转化西瓜品种(京欣一号,亲本自交系C-1),获得具有卡那霉素抗性植株8株,PCR,Southern blot检测表明,外源片段已经整合到西瓜基因组中.
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