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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
贾蒙骜 陈兴江 林叶春 商胜华
针对烟草青枯病的防控,开发快速、高效的病原菌检测方法是必要的。环式等温扩增(LAMP)是一种在等温条件下快速完成靶标基因扩增的新方法。将青枯病菌贵州分离株FQY4基因组序列(NCBI号:CP004013)与其他已发表菌株序列比对分析,确定编码鞭毛蛋白的fliC基因的保守区域可被选作检测靶标。根据LAMP原理以及靶标序列的特点,设计了一组由6条引物组成的环式等温扩增反应体系。结果表明:61℃条件下孵育45min,可完成对青枯病病原菌单菌落和带菌烟草叶片的检测,结果判定可以通过颜色变化被肉眼直接识别,也可以通过琼脂糖凝胶电泳检测。通过这种新方法,可以实现对青枯病菌菌落的快速鉴别,还可以用于对田间疑...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
侯圣凡 刘峻杰 李小峰 王红清
为快速鉴定Fusarium oxysporumf.sp.fragariae(Fof)引起的草莓枯萎病,主要采用环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)建立了Fof的快速检测体系,使用组织分离法和PCR法对LAMP技术辅佐验证。结果表明:25μL体系中添加Buffer 2.50μL、Mg~(2+)(100 mmol/L)0.25μL、dNTPs(10mmol/L)1.00μL、FIP和BIP(20μmol/L)各1.00μL、F3和B3(10μmol/L)各0.50μL、LoopF(10μmol/L)0.75μL、Bst DNA聚合酶(8U/μL)0.50μL、Betaine(5mol/L)1.00μL、DNA模板1.00μL和ddH_2O 15.00μL,反应结束后添加0.40μL的SYBR Green Ⅰ染料为最佳反应体系;该体系最适反应温度为62.9℃,最佳反应时间为60min;特异性试验表明该体系能从16种草莓常见病原菌中特异性检测出Fof,最低检出限为45pg/μL,比常规PCR检测效率高;随机抽取田间病害样品16株,采用LAMP体系检测罹病草莓根茎中的病原菌,其中12株感病草莓的病原菌为Fof,使用组织分离法和PCR法验证了LAMP检测结果的准确性;传统病原菌鉴定耗时约5～7d,而LAMP检测1d内便可完成。综上,本研究建立的LAMP检测体系为Fof准确快速检测及实际应用奠定了基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曾丹丹 张海峰 田擎 许苗 王源超 郑小波
［目的］通过对黄淮地区大豆种子带菌的快速检测，了解该地区大豆种子携带病原菌的情况。［方法］采用环介导等温扩增技术（ｌｏｏｐ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｌａｍｐ）检测黄淮地区２９个大豆主栽品种种子上平头炭疽菌、胶孢炭疽菌、尖镰孢菌、木贼镰孢菌、层出镰孢菌、黄色镰孢菌、禾谷镰孢菌、茄腐镰孢菌、大豆拟茎点种腐病菌、立枯丝核菌、大豆炭腐病菌、冬青丽赤壳菌、大豆疫霉病菌等大豆主要病原菌的携带情况。［结果］供试的２９个品种中有２０个品种的种子样本检出携带上述病原菌，分别携带所检测的１３种病原菌中的７种，检出率由高到低依次为平头炭疽菌、大豆拟茎点种腐病菌、木贼镰孢菌．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李庆玲 沈丹宇 于佳 赵媛媛 朱也 窦道龙
[目的]建立一种快速、准确的检测瓜果腐霉菌(Pythium aphanidermatum)的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,为诊断和防治瓜果腐霉菌引起的植物病害提供技术支撑。[方法]通过比较基因组学方法,在瓜果腐霉菌基因组上筛选有序列特异性的基因作为检测的靶标基因,设计LAMP特异性引物,建立一种基于颜色判定的快速、准确的LAMP检测方法,随后对该检测方法的特异性、灵敏度和发病组织实际检测等进行分析评价。[结果]鉴定到1个编码T
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杜桂萍 周建国 邓金奇 罗宽 刘丹 蔡勇 肖启明
用平板菌落计数法确定7种抗菌素对烟草青枯菌生长和抑制杂菌的最高浓度,通过正交试验确定药剂的最佳组合:安必仙9.996×10-5μg/mL、氧氟沙星9.990×10-7μg/mL、罗红霉素2.998×10-6μg/mL、头孢拉定3.000×10-6μg/mL、乙酰螺旋霉素1.998×10-5μg/mL、克拉霉素2.999×10-5μg/mL、阿奇霉素1.999×10-6μg/mL.利用以上最佳浓度配比的选择培养基检测湖南湘西、永州、郴州烟田土样中青枯菌,结果表明:湘西土样中青枯菌含量较大,永州次之,郴州相对较少,与青枯病发生的严重程度呈正相关,其中加青枯菌拮抗菌肥土壤中的含菌量明显少于未加菌肥土...
关键词：
烟草青枯病 抗菌素 选择培养基 检测
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
戴婷婷 陆辰晨 沈浩 王源超 郑小波
应用环介导等温核酸扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)建立了基于颜色判定的简单、快速和灵敏的橡树疫霉菌(Phytophthora ramorum)检测方法。以ITS为靶序列对橡树疫霉菌的分子检测存在无法区分近似种的问题,笔者在橡树疫霉菌的基因组研究中,发现了PrA3aPro类转座子序列。生物信息学分析表明,该序列非常适合作为大豆疫霉分子检测的靶标。利用LAMP技术,以PrA3aPro为靶序列,设计LAMP特异性引物,建立LAMP反应体系与条件,并进行灵敏度和特异性试验。结果表明:整个检测过程仅需1 h,即可通过肉眼直接目测试验结果。...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
翟立文 刘文枝 许晨 范玉顶 江南 周勇 曾令兵
本研究针对鲤浮肿病病毒(carp edema virus, CEV)基因组核蛋白编码基因P4a的序列,设计2对特异性引物,以克隆构建的重组质粒为标准模板,通过优化反应体系中引物浓度组合、Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、反应温度和扩增时间等参数,建立了CEV环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法。结果表明,CEV-LAMP方法的最佳反应温度为62℃,引物浓度组合为引物F3/B3 0.2μmol/L,引物FIP/BIP 1.2μmol/L, Betaine0.7 mol/L, Mg~(2+) 8.0 mmol/L, dNTPs 1.2 mmol/L,反应时间60 min。反应产物经凝胶电泳呈现梯型条带,添加SYBR Green I荧光染料后,呈现明显的绿色阳性反应。CEV-LAMP法灵敏度高,最低检测限为10 copies/μL,较常规PCR法灵敏度高100倍; CEV-LAMP法特异性强,与锦鲤疱疹病毒(KHV)、鲤疱疹病毒Ⅱ型(CyHV-2)、鳜传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)及鲤春病毒血症病毒(SVCV)无交叉反应。CEV-LAMP应用于患病鲤样本检测结果准确,简便快速,可为鲤浮肿病的现场诊断与防控提供技术支撑。
[期刊] 华北农学报
[作者]
许紫建 杨兵 苏霞 周宏专 史爱华 徐福洲
首先根据空肠弯曲菌mapA基因序列设计LAMP引物,建立检测空肠弯曲菌的LAMP检测方法。继而对LAMP方法中不同反应组分的浓度分别进行筛选,结果显示,当内外引物浓度分别为1.6,0.2μmol/L、Mg2+浓度为8mmol/L、dNTP浓度为1.4 mmol/L、Betaine浓度为0.8 mol/L时获得最佳的反应结果。最后对LAMP反应的特异性和敏感性进行检测,特异性检测结果显示,对其他13种革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌扩增结果均为阴性;敏感性检测结果显示,对空肠弯曲菌基因组DNA的检测限为每个反应管100 fg,对空肠弯曲菌培养菌液检测限为每个反应管7.5cfu。试验建立的LAMP方法为...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
田擎 曾丹丹 李彬 张海峰 王源超 郑小波
［目的］黑白轮枝菌（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ ａｌｂｏ－ａｔｒｕｍ）能够危害苜蓿等多种作物，是我国重要的检疫性病原真菌。我们基于环介导等温扩增技术（ｌｏｏｐ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｌａｍｐ），建立基于颜色判定的简单、快速和灵敏的黑白轮枝菌检测方法。［方法］基于ｌａｍｐ技术，通过比对分析黑白轮枝菌与其相似种不同靶标序列间的差异，选取ｔｕｂ（β－ｔｕｂｌｉｎ，编码β－微管蛋白）基因作为靶标基因，设计并筛选了４条特异性强、灵敏度高的ｌａｍｐ引物和１条环引物，在此基础上建立了检测黑白轮枝菌的ｌａｍｐ体系，并进行特异性、灵敏度试验及田间发病组织的检测。该方法．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘旭 夏先全 姚革 顾勇 杜卫民
烟草青枯病是四川烟草上的重要病害,主要分布在川东南海拔1000 m以下的烤烟区,7~8月为发病盛期,高温多雨病害严重,干旱可抑制病害的发生。对四川各地烟草青枯病的19个分离菌进行了形态、染色、培养性状、生理生化等方面的研究,鉴定出两种生化型,即生化型III、IV。生化型III占73.7%。各生化型的分布不受地理条件限制。致病性测定结果表明各地的分离菌均为生理小种1号。烤烟品种云97、云98、RG11和RG17较抗病,红大、云85、云87较感病。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
庞建虎 乔龙亮 朱鹏 高威芳 章礼萍
有别于费力和费时的传统病原体检测方法,基于靶基因的分子生物学检测方法以其快速和灵敏的特点逐渐成为现代水产病原体检测的首选.在众多分子生物学检测方法中,尤以核酸等温扩增技术备受关注.本文对各种核酸等温扩增技术在水产病原体检测中的应用进行了综述,阐述了各种核酸等温扩增技术的原理,对比分析了各种核酸等温扩增技术的优劣,介绍了该技术在水产病原体检测中的应用现状,展望了该技术的发展趋势,旨在促进我国水产病原体现场快速检测技术的发展.
关键词：
核酸等温扩增 水产病原体 快速检测
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
戴婷婷 陆辰晨 郑小波
环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)采用特异识别靶序列上6个位点的4条引物及一种具有链置换活性的DNA聚合酶,在等温条件(60~65℃)下60 min左右进行核酸扩增,其扩增效率可达到109~1010个数量级,具有特异性强、灵敏度高、等温、操作简单和检测结果快速等优点。该技术已广泛应用于病毒、细菌、寄生虫、菌物等病原物的检测中,在人、畜和植物病原生物的快速检测和病害诊断等领域具有广阔的应用前景。本文对LAMP技术原理及其在病原物检测中的应用做了简要综述,并对LAMP技术的应用前景进行了展望。
关键词：
环介导等温扩增技术 应用 检测 病原物
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王五权 岑贞陆 韦忠 曾泉 史国英 周文亮 农泽梅 赖洪敏 黄雪兰 陆燕飞 胡春锦
２０１４－２０１５年对广西百色烟区的烟草青枯病发生危害情况进行了较为全面的调查，并对具有典型青枯病症状的烟株进行病原菌分离及致病性鉴定。结果显示，烟草青枯病在百色市的靖西县、德保县、乐业县和凌云县主要种烟区普遍发生，部分茎下部黑色坏死病株复合感染黑胫病和根黑腐病中的一种或两种病害；隆林县的病害样本没有分离和检测出青枯病菌，推测该县烟草根茎类病害主要为根黑腐病和黑胫病。从百色市各主要烟区采集到疑似烟草青枯病害样本１７０个，通过特异培养基分离和青枯菌演化型鉴定获得青枯病菌１３７株，柯赫法则验证共有９２株菌株为烟草青枯病致病菌株。选取其中典型菌株Ｄ３－１２进行病原菌分类学鉴定，通过菌株１６Ｓ ｒ Ｄ．．．
关键词：
烟草青枯病 病原菌 分离 鉴定
[期刊] 水产学报
[作者]
何琳 徐海圣 王美珍 戎华南
根据对虾白斑综合征病毒(WSSV)囊膜蛋白VP28基因保守序列,利用Primer Explorerv 4.0软件设计了4条引物,建立了白斑综合征病毒环介导等温扩增快速检测方法,对反应温度和反应时间等参数进行了优化,同时将建立的LAMP检测方法与巢式PCR进行了比较分析。结果表明,LAMP最适反应在64℃恒温条件60min内完成,凝胶电泳呈现梯型条带;反应体系中添加SYBR Green I荧光染料后,绿色的阳性结果明显区别于橙色阴性结果。LAMP方法的最低检出限为100拷贝/μL,灵敏度较巢式PCR高100倍,而且LAMP方法在1h内即可完成检测,操作简单,无需复杂仪器,肉眼可直接观察检测结果。...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张金凤 曾令兵 张辉 周勇 肖艺 苏岚 高正勇
根据草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)衣壳蛋白VP6编码基因的序列设计特异性引物,以病毒全基因组RNA为模板,通过对反应条件进行优化,建立了GCRV的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。检测结果表明,本方法可在63℃下1 h内实现靶片段的大量扩增,扩增产物经凝胶电泳呈现梯型条带,反应体系中添加SYBR Green I荧光染料后,绿色阳性结果明显区别于橙色阴性结果。该检测体系针对草鱼呼肠孤病毒的检测灵敏度高,其最低检测限为33 pg,与常规RT-PCR方法相比较,灵敏度高10倍,且与斑点叉尾鮰呼肠孤病毒(CCRV)、鲤春病毒血症病毒(SVCV)、锦鲤疱...
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