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[期刊] 水产学报
[作者]
高文辉 白昌明 蔡生力 王崇明
为了建立适用于Ｏｓ ＨＶ－１不同变异株的检测方法，在牡蛎疱疹病毒（Ｏｓ ＨＶ－１）３个变异株全基因组序列比对的基础上，筛选到牡蛎疱疹病毒基因组中高度保守的ＤＮＡ聚合酶（ＤＮＡ ｐＯｌｙｍｅｒＡｓｅ）基因，据此设计巢式ｐＣｒ引物，优化ｐＣｒ反应体系和条件，建立了基于Ｏｓ ＨＶ－１ ＤＮＡ聚合酶基因的巢氏ｐＣｒ检测方法（ｐ－Ｎ ｐＣｒ检测方法），利用ｐ－Ｎ ｐＣｒ与ＣＮ ｐＣｒ检测方法对不同年份和宿主来源的Ｏｓ ＨＶ－１疑似感染样本进行检测。结果显示，ｐＮ ｐＣｒ检测方法能稳定地检出１００拷贝／μｌ的病毒ＤＮＡ；ｐ－Ｎ ｐＣｒ较Ｃ－Ｎ ｐＣｒ检测方法具有更强的特异性和更高的检出率。研究表明，本研究．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
李亚楠 白昌明 刘金兰 辛鲁生 李晨 刘莉 黄博闻 魏智薪 王崇明
为建立实现牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)在贝类宿主组织中的精确定位方法,基于原位杂交PCR (ISPCR)技术建立了OsHV-1的间接原位杂交PCR (indirect ISPCR)检测方法,并利用该方法对OsHV-1在魁蚶主要器官的分布情况进行了检测和分析。首先选择适合原位杂交PCR的引物,在载玻片上实现对原位固定靶组织内病毒DNA的稳定、特异扩增,然后与使用相同引物制作的地高辛标记核酸探针进行原位杂交,最后通过免疫酶标技术显示样本内OsHV-1的组织分布。为了达到最佳检测效果,对间接ISPCR的扩增循环数以及组织消化的蛋白酶K浓度进行优化。结果显示,最适PCR扩增循环数为20,蛋白酶K浓度为20μg/mL。利用经优化的间接ISPCR检测方法,对OsHV-1在魁蚶外套膜、鳃、肝胰腺、斧足和闭壳肌5个样本中的组织分布情况和亲嗜性进行检测和分析。病毒阳性信号主要分布于魁蚶外套膜结缔组织中浸润的血细胞和成纤维细胞、肝胰腺和鳃浸润的血细胞、斧足和闭壳肌中坏死肌肉细胞的细胞核中。本研究建立的间接ISPCR检测方法具有灵敏、特异和精确定位的优点,通过组织切片上显示的病毒核酸阳性信号,能判别OsHV-1在不同组织部位的分布特点和受感染的细胞类型;适用于OsHV-1感染的确诊、病毒对不同组织器官的亲嗜性、病毒侵染途径和致病机理等相关研究。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪俊 薛长湖 李兆杰 蔡跃飘 何闪闪 杨文鸽
利用pH9.5的甘氨酸缓冲液性处理太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)匀浆液,PEG沉淀病毒粒子的方法对未知的是否污染有诺瓦克样病毒(Norwalk-like Virus,NLVs)的牡蛎样品进行处理,并提取病毒RNA,进行RT-PCR,凝胶电泳检测扩增结果。初步建立了牡蛎中NVLs的检测方法。纯化所得的特异PCR产物,克隆到T-载体中,筛选转化子,提取质粒,并进行PCR电泳鉴定。重组质粒序列测定结果在NCBI上进行BLASTn显示所得产物与已发表的诺瓦克样病毒的相应序列具有极高的同源性(>95％);根据Genebee在线分析系统AliBee-Multiple Alignment进...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵小金 张盛静 白昌明 岳志芹 王崇明 尹伟力 蔡生力 黄倢
为建立牡蛎疱疹病毒魁蚶株快速、灵敏、准确和操作简便的检测方法,实验根据已测序完成的Os HV-1-SB全基因组序列,选择其保守区域,建立了交叉引物等温扩增检测方法,并对反应温度、d NTPs、Mg2+浓度和反应时间进行了优化。结果显示,最佳温度为63℃,反应时间为60 min,d NTPs浓度为1.4 mmol/L,Mg2+浓度为6 mmol/L。该方法检测灵敏度为30拷贝的质粒DNA,并且特异性较强,与贝类常见病原急性病毒性坏死病毒、鲍鱼疱疹病毒、派琴虫、包纳米虫、马尔泰虫以及对虾白斑综合征病毒和副溶血弧菌均无交叉反应。使用实验建立的CPA检测方法对2012年分别采自韩国庆尚南道、山东长岛、...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
柴下 陆宏达 刘俊杰 岳蒙蒙 卢德刚
应用巢式聚合酶链反应(nested PCR)建立了一种检测异育银鲫武汉单极虫(Thelohanellus wuhanensis)基因组DNA的方法,提取的DNA作为模板进行两次扩增,第一次扩增用单极虫18S rRNA序列通用引物:5'-CTGCGGACGGCTCAG TAAATCAGT-3'和5'-CCAGGACATCTTAGGGCATCACAGA-3',扩增长度为1 584 bp;第二次依据第一次扩增产物中武汉单极虫特有的高度保守区设计特异性引物:5'-ACCCACTTCTGTGGC CTTTC-3'和5'-AATCCGACCTACAACGCTGG-3',扩增长度为853 bp。结果表明,通...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
植爱萍 柳勤海 赵紫馨 肖轩仪 张洋 陈莉 冯明峰 朱敏 陶小荣
[目的]新德里番茄曲叶病毒（tomatoleafcurlNewDelhivirus，ToLCNDV）严重威胁我国茄科和葫芦科作物的生产，本研究旨在建立针对该病毒的快速检测方法，为病害的监测和防控奠定基础。[方法]针对ToLCNDV基因组A的保守区域设计了两对特异性引物，经过筛选后选用其中一对引物建立了针对ToLCNDV的重组聚合酶扩增（recombinase polymerase amplification， RPA）检测方法。[结果]该方法可在42℃恒温条件下，仅用30 min完成对ToLCNDV的指数级扩增，扩增产物既可通过琼脂糖凝胶电泳进行观察，又能通过测流层析试纸条实现检测结果的快速可视化。经特异性检测发现，本研究所建立的RPA技术可特异性地检出ToLCNDV，而检测不到番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus， TYLCV）、番茄金色花叶病毒（tomato golden mosaic virus， TGMV）、云南番茄曲叶病毒（tomato leaf curl Yunnan virus， TLCYnV）和中国南瓜曲叶病毒（squash leaf curl China virus， SLCCNV）等侵染茄科和葫芦科作物的其它DNA病毒。另外，在测试灵敏度时发现，当模板DNA浓度稀释到5×10-7 ng时RPA仍能检测为阳性结果，而常规聚合酶链式反应（polymerase chain reaction， PCR）检测的最低模板含量仅为0.05 ng，说明RPA检测ToLCNDV的灵敏度显著高于常规PCR。[结论]本研究所研发的ToLCNDV快速检测方法为建立该病毒的早期监测预警和综合防控技术体系奠定了基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
周勇 曾令兵 张辉 范玉顶 徐进
针对鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)DNA解旋酶基因编码区序列设计特异性引物,利用PCR技术扩增出长度为1 446 bp的基因编码区片段,克隆到pMD19T载体上,构建重组质粒。经PCR鉴定与测序分析确认正确后,以10倍梯度稀释重组质粒,作为标准模板进行TaqMan real-time PCR扩增,制作标准曲线,建立了鲤疱疹病毒Ⅱ型的荧光定量PCR检测方法。检测结果显示,标准曲线的相关系数(R2)达到0.999 1,斜率为-3.412;对初始模板定量检测的范围为1×101～1×107copies/μL;特异性试验结果表明,该方法可特异性地检测出鲤疱疹...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵欣 贾鹏 刘莹 王津津 史秀杰 潘广 郑晓聪 于力 何俊强 刘荭 吴志新
本研究建立了定量检测鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)的微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做了比较分析。结果表明,与qPCR相比,ddPCR具有相同的特异性,其灵敏性比qPCR低20倍。在定量CyHV-2 DNA时,ddPCR(R2=0.994)和qPCR(R2=0.994)均表现出良好
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾添慧 董蕾 王永杰 喻勇新
为了解决目前巢式PCR法检测牡蛎样品中GⅡ型诺如病毒时存在的非特异性扩增、假阴性等问题，本研究对NCBI数据库中在线获得的所有GⅡ型诺如病毒序列进行系统分析，重新设计出针对GⅡ型诺如病毒检测的通用型巢式PCR引物（NG2OF/NG2OR），并从基因型覆盖度、特异性、灵敏度和实际样品检测的稳定性几个方面对新设计的引物进行评估。结果显示：（1）新引物的特异性好，只对GⅡ型诺如病毒进行有效扩增，且不受牡蛎样品本底的影响。（2）新引物灵敏度高，最低可检测至26.4个拷贝。（3）在对92个牡蛎样品进行检测时，新引物的阳性检出率为28.3%，比经典引物高出7.5%。因此，新建立的GⅡ型诺如病毒巢式PCR检测方法在检测牡蛎样品时特异性更强，灵敏度更高，为牡蛎中诺如病毒的检测提供了一种新的、可靠的技术手段。
[期刊] 水产学报
[作者]
谷莉 郑玉东 张翔 白昌明 刘金兰 辛鲁生 李晨 王崇明
为精确定位鲍疱疹病毒(HaHV-1)在宿主不同组织器官中的分布，明确HaHV-1的组织亲嗜性和侵染进程，实验基于环介导等温扩增技术(LAMP)和原位杂交技术建立了HaHV-1的原位LAMP检测方法。利用该方法研究了HaHV-1人工感染实验不同时间节点，病毒在杂色鲍主要器官的分布规律和组织亲嗜性。并对已报道的HaHV-1 LAMP扩增引物进行优化，实现对载玻片上原位固定靶组织内病毒DNA的稳定、特异扩增，筛选最佳显色时间等原位杂交反应条件，最后通过免疫酶标技术分析HaHV-1在组织样本内的分布情况。结果显示，HaHV-1原位LAMP检测方法最适显色时间为60 min。利用该方法对攻毒后24、36、48、60和72 h,HaHV-1在杂色鲍外套膜、鳃、肝胰腺和腹足神经节4种样本的组织分布情况进行检测和分析。病毒阳性信号最早于36 h出现在腹足神经节，48 h在部分外套膜样本中观察到病毒阳性信号，分布局限于外周神经中。在感染实验后期，病毒阳性信号出现在肝胰腺结缔组织中。病毒阳性信号出现的部位常有大量细胞渗出和浸润，渗出的细胞中可见被病毒感染的血淋巴细胞。本研究建立的HaHV-1原位LAMP检测方法，同步实现了高灵敏度和精确定位的功能。该检测方法适用于病毒感染的确诊、不同组织器官的亲嗜性、病毒侵染途径和致病机理等相关研究。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杜玉东 陈孝煊 吴志新 王敏 刘迁 夏君 王树云 李莉娟
针对斑点叉尾鮰疱疹病毒(CCV)的ORF6基因设计引物和探针,PCR产物在扩增过程中标记地高辛,探针5′端用生物素标记,建立了CCV的敏感、快速、环保的PCR-ELISA检测方法。对反应条件进行了优化,并评估了该方法的特异性和敏感性。结果表明:该方法可特异性检测CCV DNA,与各对照均无交叉反应,具有高度特异性;该方法对CCV DNA的检测阈值为5 fg,敏感性是常规PCR检测方法的10倍。用此方法对人工感染样品进行检测,能够检测到感染组织中的CCV DNA。该方法能够定性和半定量检测CCV DNA,可用于斑点叉尾鮰疱疹病毒的检测、斑点叉尾鮰暴发性流行病的诊断。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
战文斌 邢婧 王远红 铃木信一 福田颖穗
对虾WSSV病是亚洲对虾养殖业中的一个棘手问题。本研究采用Kimura引物 ,用PCR技术对不同生长期的中国对虾 (Penaeuschinensis)进行了WSSV的检测 ,同时也检测了对虾发病时养殖池中多见的野生厚蟹 (Helicesp .)和矛尾刺虎鱼 (Acanthogobiushasta)。检测结果表明 :分别在检测的 5尾亲虾中的 1尾 ,6尾仔虾中的 1尾 ,5尾稚虾中的 3尾及所检测的 5尾病虾和 2只厚蟹中获得到 982bp的PCR扩增产物 ,说明为WSSV感染阳性。在检测的 2尾矛尾刺虎鱼中均未获得PCR扩增产物 ,说明为WSSV感染阴性。在亲虾、虾苗以及虾池内的野生厚蟹...
关键词：
对虾 白斑症病毒 聚合酶链反应
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈俊杰 李媛媛 阳瑞雪 古晶晶 汪开毓 耿毅 欧阳萍
为建立一种特异和敏感的检测锦鲤疱疹病毒(koi herpesvirus,KHV)潜伏感染的方法,以KHV Sph基因为靶序列设计特异性引物,通过条件优化建立Real–Time PCR检测方法,并且对该方法进行特异性和敏感性评估及临床样品应用研究。结果显示:建立的方法与鲤痘疱疹病毒、金鱼造血器官坏死病病毒和鳗鲡疱疹病毒均无交叉反应,特异性强;最低检出率为42拷贝/μL,灵敏度高。用本方法对63份临床样品进行检测,有锦鲤疱疹病毒病(KHVD)病史的18份样品的检测结果全为阳性,阳性率为100%;从有临床症状的
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张旻 林祥梅 江育林
蛙虹彩病毒属(Ranavirus)病毒宿主广泛,可以感染爬行类、鱼类和两栖类,大部分病毒对宿主都有较强的致病性和致死性。为建立一种快速高效的蛙虹彩病毒的检测方法,本研究利用中华鳖虹彩病毒(Soft-shelled Turtle Iridovirus,STIV)核衣壳蛋白(Major Capsid Protein,MCP)基因保守区设计内引物和外引物,建立了特异性检测流行性造血器官坏死病毒(Epizootic Haematopoietic Necrosis Virus,EHNV)、中华鳖虹彩病毒和虎纹蛙虹彩病毒(Tiger Frog Virus,TFV)的巢式PCR(巢式PCR)检测方法,并制备...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李艳 仇华吉 王秀荣 张守发 朱庆虎 李娜 李国新 童光志
【目的】建立一种能区分猪瘟病毒(classicalswinefever,CSFV)强毒和弱毒的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)检测方法。【方法】根据GenBank上登录的现有CSFV基因组全序列,选择高度保守区设计了一对CSFV通用引物,并在该对引物跨越区域的内部设计了猪瘟兔化弱毒疫苗和强毒特异性引物,建立了一种能区分猪瘟强毒和弱毒的RT-nPCR鉴别诊断方法。【结果】应用该方法从猪瘟兔化弱毒疫苗和石门强毒株基因组中扩增出了大小分别为447和343bp的一条特异性片段,从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为447和343bp的两条特异性片段,但对牛病毒性腹泻病毒和其它常见猪源病...
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