为探索建立基因编辑农产品的检测方法,本研究以猪MSTN基因定点编辑位点为靶标,通过设计PCR-焦磷酸测序引物、优化测序碱基次序、构建标准曲线等步骤,建立基于焦磷酸测序技术的基因编辑产品定性和定量检测方法。结果表明,该方法能够准确检测出MSTN基因第3外显子的AG缺失位点,具备基因分型定性判定和等位基因频率定量检测的功能,从而准确检测样品是否为MSTN基因编辑猪产品,以及样品基因编辑产品的含量。

焦磷酸测序是一种新型的DNA测序技术,近年来开始应用于单核苷酸多态性(SNPs)检测。组织蛋白酶基因(Cathepsin-L,CTSL)在对虾的蜕皮周期中起重要的作用。本研究利用焦磷酸测序技术,对96个凡纳滨对虾的CTSL基因序列(GenBank登录号:AY366355)的C681G SNP位点进行检测分型。结果发现C/C、C/G和G/G基因型,频率分别是0.81、0.16和0.03,频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。统计分析结果表明在该群体中C681G SNP和体重关系不显著(P>0.05)。研究结果显示焦磷酸测序技术是一种高效的SNP检测技术,可以在对虾的遗传研究中发挥重要作用...

为了探讨猪KIT基因等位基因的识别及KIT基因和毛色的关系,为实现猪毛色的定向分子育种奠定基础。以皮特兰、棕色杜洛克、白色杜洛克、长白猪、大白猪、B系猪、荣昌猪、盆周山地猪共8个品种(系)98头猪为试验材料,利用焦磷酸测序技术检测了猪KIT基因第17内含子区第一核苷酸处G→A突变的比例,推测了猪在KIT基因座位上的基因型或基因型组合。结果表明,A/A+G呈现明显的品种特征:棕色杜洛克、盆周山地猪、荣昌猪、皮特兰猪KIT基因A/A+G均在20%以下,推测棕色杜洛克和盆周山地猪在KIT基因座位上的基因型为ii,荣昌猪、皮特兰在KIT基因座位上的基因型为ii、IPi和IPIP;白色杜洛克、大白猪、长...

为适应口岸单孢子虫快速、准确、高通量检测的需求,建立一种基于PCR及焦磷酸测序技术平台的单孢子虫鉴定方法。以OIE推荐的PCR扩增方法获得单孢子虫特异基因,根据此基因的保守序列利用焦测序软件PyroMarkQ96ID设计专用引物进行PCR扩增及焦磷酸测序,测得序列经比对分析确定为单孢子虫序列。同时采用PCR焦磷酸测序方法和OIE推荐的PCR方法对牡蛎样品进行检测。结果表明,所建立的检测方法可从基因序列水平上准确鉴定牡蛎样品中的单孢子虫,且检测结果与OIE方法的检测结果一致。

[目的]转基因大豆事件L8014是本研究前期利用农杆菌介导的大豆子叶节高效遗传转化技术体系，将来源于山菠菜的基因BADH导入大豆(Glycine max)‘Williams 82’而获得具有良好耐盐(1.5%NaCl)性状的转基因大豆(该材料已经完成环境释放试验)。T-DNA插入位点侧翼序列的获得与分析对于转基因事件的安全评价及应用非常重要，本文旨在明确该转基因大豆材料的分子特征及其检测方法，以进一步推进安全评价。[方法]利用Southern杂交检测转基因大豆外源基因的拷贝数；基于基因组重测序技术，采用BWA(Burrows-Wheeler-Alignment)方法将重测序数据与T-DNA序列以及大豆基因组序列进行比对分析。[结果]T-DNA在大豆基因组10号染色体上的基因组区间3925017—3926022位点，插入方式为反向插入；结合PCR扩增技术获得外源T-DNA整合位点的左、右边界侧翼序列，基于该序列建立了转BADH基因大豆事件L8014的特异性PCR检测方法。[结论]本研究获得了转基因事件的整合位点及侧翼序列，方法快速、结果可靠，为转基因大豆及其衍生产品的检测提供了技术支撑。

随着基因编辑技术的兴起，基因编辑产品已经从实验室走向产业化应用，2022年农业农村部针对没有引入外源基因的基因编辑植物的安全评价，专门出台了《农业用基因编辑植物安全评价指南（试行）》，2023年为基因编辑大豆AE15-18-1颁发了首个生物安全证书，标志着我国正式开启了基因编辑作物的产业化进程。基因编辑产品不同于传统转基因产品，不含有外源DNA序列，常用的转基因检测策略不适用于基因编辑产品的检测。随着农作物基因编辑产品产业化进程的积极推进，如何高效准确检测是否为基因编辑产品及其编辑特征，是关系到基因编辑产品产业化利用和知识产权保护的重要依据，急需开发适用于基因编辑产品的检测技术。以检测靶标序列是否被编辑为目标，基于PCR、测序等技术开发出了很多检测技术，并广泛应用于产品研发过程中基因编辑产品的筛选。产业化后的安全监管和知识产权保护，不仅要检测样品是否被编辑，还要快速识别待测样品的核苷酸序列特征，确定样品的来源和身份，进而对基因编辑成分进行精准定量，判定是否需要定量标识。目前，对于含有少数几个碱基插入、缺失及单碱基变异等突变的基因编辑产品，难以应用常规PCR或测序等技术进行快速的身份鉴定，更难以对基因编辑成分的含量进行精准定量检测。以快速识别编辑后的DNA序列特征、并精准定量为目标，根据基因编辑产品的分子特征，本文综述了基于凝胶电泳的普通PCR法、基于测序的检测方法、基于实时荧光PCR的检测方法、基于数字PCR的检测方法、基于可编程内切酶的方法，以及基于仪器的检测方法在基因编辑产品检测中的应用及优缺点，以期探索出适用于基因编辑产品的检测和定量策略，为后续基因编辑产品检测方法的开发提供参考。

【目的】对玉米中长链酰基辅酶A合成酶1(ZmLACS1)基因及其蛋白磷酸化位点进行鉴定,为研究玉米脂肪酸的降解及其利用机制奠定基础。【方法】通过结构域分析查找质谱鉴定到蛋白中的长链酰基辅酶A合成酶1,通过系统发育树分析判断玉米中长链酰基辅酶A合成酶1与拟南芥超家族中长链酰基辅酶A合成酶的同源性,通过质谱分析鉴定该蛋白的磷酸化修饰位点。通过3D建模模拟长链酰基辅酶A合成酶1的结构以及磷酸化位点所在位置。【结果】玉米长链酰基辅酶A合成酶1(ZmLACS1)与拟南芥中的长链酰基辅酶A合成酶1(AtLACS1)具有高度同源性;通过质谱分析鉴定到3个该蛋白的磷酸化位点分别为S360、Y365和S366,同时鉴定到的磷酸化位点位于长链酰基辅酶A合成酶的保守结构域(AMP-binding domain)中,3个磷酸化位点位置一致,位于两个α螺旋中间,处于蛋白结构的关键位置。【结论】磷酸化修饰可能是调节长链酰基辅酶A合成酶1功能的关键性方式之一,ZmLACS1可能与AtLACS1在功能上具有相似性。

变点检测问题是近年来数理统计研究领域的一个研究热点。文章基于R软件Changepoint程序包,借助模拟研究并应用三种常见的变点检测方法,分别对泊松和指数序列的均值方差变点进行检测。从不同的样本量、分布参数变化、变点个数、优化函数中使用不同惩罚项的角度,综合考察比较了三种方法对两类分布序列变点检测的效果。并针对英国矿难发生次数的经典实际数据实证,揭示了三种方法对该数据的变点检测效果,也验证了模拟结果的可靠性。

针对中值滤波在图像去噪时会造成图像细节丢失的问题,提出了一种新的基于噪声点检测的自适应中值滤波法.该方法对噪声点采用两级判断的方法:首先根据椒盐噪声的特点将图像像素点分为可疑噪声和信号两类;对于可疑噪声点,根据噪声与细节在图像中的表现,将可疑噪声分为噪声和边缘细节;然后采用不同的中值滤波窗口对噪声点进行滤波,对于两次判断得到的信号和边缘细节不进行处理以保持图像的细节.测试结果表明,与常用的中值滤波法相比,该方法不仅具有较好的去噪特性,还具有较强的细节保护能力.

为提高语音端点检测(VAD)在较低信噪比(

【目的】通过在海南省乐东县、河南省洛阳市、吉林省吉林市和公主岭市4个不同地理环境调查谷子10个主要性状,进行SSR标记与性状的关联分析,获得单一环境特异表达位点及多个环境共同表达位点,发掘优异等位变异,探究谷子可能的生态适应性形成机制,为开展谷子分子辅助选择育种奠定基础。【方法】连续2年在吉林省吉林市和公主岭市、河南省洛阳市、海南省乐东县调查102份谷子资源株高、穗长、叶片数、穗粗、抽穗期、穗码数、码粒数、穗重、穗粒重、千粒重10个主要农艺性状的基础上,首先利用SPSS19.0软件对每个地理环境进行性状间相关性分析,再用70个多态性SSR标记对谷子资源进行基因型鉴定,分析102份谷子资源的遗传多样性和群体遗传结构,最后用TASSEL5.0软件进行标记间的连锁不平衡分析,并用GLM和MLM 2种模型开展分子标记与表型性状的关联分析。【结果】除了千粒重,其余9个性状间在4个地理环境普遍存在显著或极显著正相关,千粒重只在在吉林市、公主岭市、洛阳市3个环境与穗粒重、株高、穗长、穗重呈显著或极显著正相关,在海南乐东县与其他9个性状没有显著相关性;70对SSR引物共检测到397个等位基因,平均每个标记的观测等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、Shannon指数分别为6、2.24、0.4637、0.7738;遗传多样性和群体结构分析均将102份谷子材料分为4个群,来自河南的谷子材料散布在4个群中,表现较丰富的遗传多样性;70对SSR标记间连锁不平衡分析未发现明显的连锁不平衡结构;GLM、MLM 2种模型共检测到10个关联标记,结合等位效应分析确定b115、MPGC13、b227、b194、p56在吉林市、公主岭市2个环境与穗重、穗长、叶片数、抽穗期4个性状关联,sigms9034、b125在洛阳市与穗长、穗码数关联,P18和p59在乐东县与穗重关联,p6在吉林市、公主岭市和洛阳市分别与叶片数和穗码数关联,单个标记对表型变异的平均贡献率在7.76%—34.05%;3个标记等位基因sigms9034-168、P18-166、p56-244分别能够显著增加穗长、穗重,缩短抽穗期。【结论】连续2年获得了5个在吉林市、公主岭市稳定表达的标记位点b115、MPGC13、b227、b194和p56,2个在洛阳市稳定表达的标记位点sigms9034、b125,2个在乐东县稳定表达的位点P18和p59,1个在洛阳市和吉林市、公主岭市同时稳定表达的标记位点p6;获得了3个可用于穗部性状、生育期标记辅助选择的优异等位基因sigms9034(168 bp)、P18(166bp)、p56(244 bp)。

基于荚膜多糖cpsA基因设计引物，建立海豚链球菌可视化环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification，LAMP）技术，以快速检测鱼类养殖中的海豚链球菌。结果表明，LAMP最佳反应条件为65 ℃反应20 min，镁离子浓度为1.2 mmol/L、dNTPs浓度为0.64 mmol/L、内外引物比例为 16:1；特异性检测结果表明：该方法能特异性检出海豚链球菌，对无乳链球菌和其他14种菌检测结果均呈阴性；灵敏度检测结果表明，该LAMP方法灵敏度为21.2×10~(-6) ng/μL，比PCR检测方法灵敏度高100倍；适用性分析结果表明，该LAMP方法在模板中存在鱼类基因组干扰下也能正确完成检测。研究中建立的LAMP检测方法为海豚链球菌的检测提供一种可视化、灵敏、成本低的快速检测技术。

研究基于哈氏弧菌HSP60基因序列设计1对特异性引物,通过优化PCR条件,特异性及敏感性检测,建立了一套哈氏弧菌特异性PCR检测方法。结果表明,该PCR检测方法可使分离自患病南美白对虾的哈氏弧菌扩增出238 bp的HSP60基因片段,其他五种对照病原弧菌未扩增出任何条带;检测方法最低能检测出2.1 pg的哈氏弧菌基因组DNA。表明建立的哈氏弧菌PCR检测方法可用于该菌引起的水产动物疾病的快速诊断。

尽管洗钱模式复杂多变,但洗钱行为在整个金融活动中只占有极少的比例,这给监测洗钱交易增加了难度。作为数据挖掘重要方法之一的孤立点分析是在大数据集中发现有趣小模式的有效方法。文章提出了一种适用于可疑外汇资金交易识别的孤立点检测方法,可以持续地从大量的日常交易中发现极少数的与正常交易显著不同的异常交易。从孤立点分析角度,提出了基于非频繁模式挖掘思想和概念漂移处理的混合属性空间上时间序列孤立点检测方法;从可疑金融交易识别的角度,提出了对每天持续动态产生的海量金融交易数据进行分析的一种新思路。

　根据人、猪、牛的酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列(GenBank:AF237808,AF237809,AF181962,AY046527),利用Oligo6.0软件设计5对引物,对荣昌猪的TYR基因进行了PCR扩增,并用单链构象多态分析(SSCP)方法进行了多态性检测。结果发现,外显子1呈多态,其余3个外显子均呈单态。克隆测序首次得到猪的酪氨酸酶基因外显子2,3,4的部分序列(序列已被GenBank收录,登录号分别为AY236997,AY279998,AY242973),而且发现外显子1的多态是由于起始密码子上游第46位的G突变成A造成的。