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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李启少 屈亚亚 辛雅萱 唐军荣 曹正英 余青富 辛培尧
【目的】樟科Lauraceae檬果樟属Caryodaphnopsis Airy Shaw植物种子含油量丰富，果实和木材极具开发潜力。由于该属亚洲类群种间差异小、种间关系混乱、现存标本量少，人们对该属植物了解甚少，极大地阻碍了檬果樟属物种的开发利用，因此，构建檬果樟属亚洲类群的系统发育关系迫在眉睫。【方法】为了深入了解檬果樟属亚洲类群，采用二代测序技术分别获得44个檬果樟属植物的核糖体基因组（nrG）序列构建高支持的系统发育关系，并综合系统发育结果与形态性状比较论证。【结果】使用nrDNA序列矩阵构建ML树和贝叶斯树，ML树和贝叶斯树的分组完全一致。对比ITS树发现除檬果樟和宽叶檬果樟外的系统发育结构基本一致，老挝檬果樟、缘毛檬果樟和河口檬果樟依然共同聚成在一个大分支下，且宽叶檬果樟和檬果樟2个物种也聚在一起。ITS序列和nrDNA序列树都表明：宽叶檬果樟和檬果樟亲缘关系较近；老挝檬果樟、河口檬果樟和缘毛檬果樟的亲缘关系较近，推测这2个物种之间可能发生过杂交或基因交流。综合形态性状辅助论证，将44个檬果樟属样本分为9组，依次为小花檬果樟C. henryi、赤毛檬果樟C. poilanei、二药室檬果樟C. bilocellata、麻栗坡檬果樟C. malipoensis、宽叶檬果樟C. latifolia、檬果樟C. tonkinensis、河口檬果樟C. hekouensis、缘毛檬果樟C. metallica和老挝檬果樟C. laotica。【结论】研究结果不仅揭示了檬果樟属亚洲类群的种间亲缘关系，还对檬果樟属系统发育关系和性状的研究具有重要的生态意义和经济意义。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张丽娜 何华勤 田甜 王亚男 吴题 郑英杰
野生葡萄类群有一半以上分布在中国.学者们基于形态特征和核基因组对其系统发育关系进行了研究，但结果存在比较大的冲突，类群间的亲缘关系仍未明确.为探究基于叶绿体基因组重建的中国野生葡萄的系统发育关系与前人基于形态特征或核基因组的研究结果是否一致，本研究从已公布的重测序数据中组装出26个中国野生葡萄的叶绿体基因组，并使用联合分析和溯祖理论重建了这26个类群的系统发育关系.联合分析的结果将中国野生葡萄分成了3个分支，这与前人的研究结果也存在较大冲突；而基于溯祖理论的分析没有得到较高分辨率的系统发育关系，这可能是由于单个基因的系统发育信息比较低，限制了该理论的应用.另外，相对于编码区和非编码区数据，叶绿体全基因组数据对中国野生葡萄系统发育关系的解析能力较好.
关键词：
叶绿体基因组 不一致性 系统发育 葡萄属
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韩利红 柯欣茹 秦相月 普琪 任怡园 刘潮
【目的】很多虫草属（Cordyceps）物种含有丰富的虫草素、多糖、喷司他丁等有效成分，具有重要的医疗保健功效和开发利用价值。研究虫草属线粒体基因组特征及系统发育，为虫草科真菌物种的起源与进化、资源保护和开发利用提供借鉴。【方法】基于9种虫草菌线粒体基因组序列，利用Mega、REPuter、MISA、mVISTA和PAML等生物信息学软件，对线粒体基因组特征、序列重复、结构变异、基因进化和系统发育进行分析。【结果】虫草属物种线粒体基因组大小差异明显，均含有15个蛋白编码基因、2个rRNA和至少25个tRNA；物种重复序列数目差异较大，多为正向重复和回文重复，SSR主要为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复，且含有较高比例的A或T碱基；线粒体基因组结构高度相似，未发现基因重排现象，线粒体基因组大小和内含子长度呈线性正相关；基因rps3核苷酸变异程度较高，所有基因的dN/dS比率均小于1，nad5、rps3、cob、nad2和cox1等基因存在正选择位点；粗糙虫草和粉质虫草聚类关系较近，而细脚虫草、蝉棒束孢和蝉花虫草聚在一起。【结论】虫草属物种线粒体基因组结构保守，基因组大小主要受内含子影响，蛋白编码基因主要受纯化选择作用，部分基因在与宿主和环境互作过程中受到了轻微的选择作用。
关键词：
虫草属 线粒体基因组 进化 变异
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈欣雨 朱守玟 江转转
【目的】李属植物种类庞杂，其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析，旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列，利用生物信息学的方法，对其基因组的特征、组成，基因转移，遗传变异，系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)～535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示，线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示，tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强，但共线性较高，大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示，寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近，李与光核桃的亲缘关系也较为接近，此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分，其序列较为保守，可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱雷宇 朱志煌 方民杰 朱陇强 林琪
综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列，发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。K_a/K_s分析表明，对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中，atp8基因的K_a/K_s最高，表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力；在差异位点的分析中，发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高，是理想的分子标记，可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性；在密码子的使用中，被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时，采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树，结果显示，这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致，且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记，为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。
关键词：
对虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱雷宇 朱志煌 朱陇强 林琪
综合分析了龙虾科(Palinuridae)13个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15470～16105 bp, A+T含量为62.63%～67.11%。Ka/Ks分析表明,龙虾科中的10个龙虾属(Panulirus)物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)的Ka/Ks<
关键词：
龙虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 水产学报
[作者]
周志雄 刘波 宫杰 白玉麟 阳俊逸 徐鹏
为了细致探究东方鲀属内系统发育关系，本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组，在包含10个种的124尾东方鲀中，挖掘了1 488个单核苷酸多态性（SNP）位点和4个插入缺失（INDEL），使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方鲀与铅点东方鲀可能是同种异名，且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部；暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关系较近。此外，实验发现了4尾可疑的双斑东方鲀和菊黄东方鲀杂交个体，以及2尾可疑的横纹东方鲀杂交个体。遗传多样性方面，弓斑东方鲀遗传多样性最低。此外，实验在10种东方鲀中共找到595个种间特异性SNP位点。Ka/Ks分析表明，nd6基因的Ka/Ks最高（平均为1.19），说明在东方鲀属中nd6可能经历了正选择，而ATP合成酶基因可能在东方鲀适应淡水环境中受到选择。研究表明，东方鲀属内系统发育关系较为复杂，且在野生环境下东方鲀物种间广泛存在自然杂交现象，该研究为东方鲀物种快速鉴定提供可靠的分子标记，加速东方鲀属系统发育研究进展，并为东方鲀野生种质资源保护提供了理论依据。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王杰 贺文闯 向坤莉 武志强 顾翠花
系统发育研究是进化生物中的基本问题，也是其他众多生物学分支学科的基础问题，其核心在于研究不同生物类群间的亲缘关系与进化命运。利用分子数据研究生物之间的进化关系是系统发育研究的重要手段。随着测序技术的提升和测序成本的持续下降，系统发育研究由早期基于单基因或联合少数片段逐步发展到现阶段利用大规模基因组数据对个体、群体、物种以及更高水平的进化关系进行探讨。讨论了目前植物体内的3套基因组(叶绿体基因组、线粒体基因组与核基因组)在系统发育研究中的代表性成果，总结了植物不同基因组的特征及其在系统发育研究中的优势与局限，探讨了系统发育树构建的主要方法，并对未来研究进行了展望。目前，植物体内的3套基因组适用于不同阶元和类群的系统发育研究，不同基因组之间的遗传特性差异使其在系统发育研究中具备不同的优势和应用：(1)叶绿体基因组结构相对简单，序列保守，不易重组，单亲遗传，是广泛应用于系统发育学和进化生物学等研究领域的理想分子数据资源；(2)植物线粒体基因组序列进化速率较慢，目前仅适用于早期植物和大尺度水平的系统发育研究；(3)核基因组为双亲遗传，可综合揭示双亲谱系及系统网状进化关系，在系统发育研究中具有巨大的应用潜力。不同建树方法适用于不同特征的数据集，在建树过程中应采用合理的方法避免长枝吸引和不完全谱系分选带来的影响。未来核基因组将成为系统发育研究的主流方向，其双亲遗传特性能够为物种形成过程中的杂交和基因组渗入等事件提供充分的见解。随着越来越多的类群系统位置被确定，物种形成和进化过程中的杂交、回交等双亲遗传，以及核质互作、多倍化、功能适应和趋同进化等问题将会成为系统发育研究的重点。表1参78
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
陈君
物种之间的系统发育关系及物种形成过程一直以来都是进化生物家研究的焦点。系统发育关系重建可以清楚地显示物种之间的系统发育关系,而物种形成过程的研究能够从本质上解释物种进化的进程。随着测序技术的发展,计算机科学及生物信息学软件的开发给系统发育分析及物种形成过程的研究注入了新的活力。栎属物种存在广泛的种间杂交,引起了植物分类学家们的注意。然而,关于栎属物种的界定和种间系统发育的相关研究非常有限。本文中,依据蒙古栎(Quercus mongolica)和欧洲夏栎(Q.robur)的转录组序列,开发了19对在白栎组
[期刊] 林业科学
[作者]
刘潮 唐利洲 韩利红
【目的】四川山胡椒具有重要的药用价值，开展叶绿体基因组研究对山胡椒属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护具有重要的理论和实践意义。【方法】基于Illumina HiSeq 2000高通量测序平台进行测序，从头组装了完整的四川山胡椒叶绿体基因组，并对其基因组结构、基因构成及序列重复和系统发育进行分析。【结果】四川山胡椒叶绿体基因组全长152 851 bp,呈典型的四分结构，共编码125个基因，其中蛋白编码基因81个，tRNA基因36个，rRNA基因8个；编码基因的鸟嘌呤和胞嘧啶碱基的出现频率GC3s为27.96%,21个最优密码子中有20个以A/U(T)结尾；27对长序列重复中，正向重复和回文重复分别占比44%和41%,长度为30 bp和33 bp的序列分别占44%和30%; 181个SSR位点中，A/T单碱基重复占68%,位于基因间区的占55%;鉴定了6个高变区(petA-psbJ、trnH-psbA、petK-psbI、ccsA-ndhD、rpl32-trnL和ycf1);系统发育分析显示，山胡椒属分为5个聚类组，四川山胡椒与黑壳楠亲缘关系最近。【结论】四川山胡椒叶绿体基因组结构保守，偏好以A或U(T)结尾的密码子；鉴定的高变区和SSR位点可作为山胡椒属物种鉴定的DNA条形码。研究结果可为山胡椒属分子标记开发、系统进化研究及优良品种选育提供参考。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林兴雨 宋凡 赵特 李虎 宋南
测序、分析了白纹象沫蝉（半翅目：尖胸沫蝉科）的线粒体基因组，并基于沫蝉总科已有的线粒体基因组数据构建了系统发育关系。结果表明：白纹象沫蝉线粒体基因组全长为15 091 bp（GenBank序列号: OQ682615），包含37个基因（13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和22个转运RNA基因）和一段非编码控制区；13个蛋白质编码基因的起始密码子均为ATN；3个蛋白质编码基因cox2、cox3和nad4以不完整的终止密码子T结尾，其余10个蛋白质编码基因以完整的终止密码子TAA或TAG结尾；除trnS1因缺少DHU臂而无法构成稳定的三叶草结构外，其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构；rrnL基因的全长为1 217bp，AT含量为80.7%；rrnS基因的全长为775bp，AT含量为80.5%。最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树基本一致，均显示尖胸沫蝉科为非单系群。本研究获得了象沫蝉属昆虫第一条线粒体基因组全序列，有利于进一步理解沫蝉总科的系统发育关系。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
冯楚航 何彩云 王莹 曾艳飞 张建国
[目的]为解决濒危物种钻天柳在杨柳科中分类学位置的争议。[方法]本研究通过二代测序技术,从头测序、拼接得到钻天柳叶绿体基因组全序列,并与已发表的9种杨属植物和4种柳属植物的叶绿体基因组全序列进行比较,采用最大似然法、最大简约法和贝叶斯推断法分析了这些物种的系统发育关系。[结果]研究发现:钻天柳总基因组为155 661 bp,由长度为84 536 bp的长单拷贝(LSC)区域和16 215 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及一对分隔开它们的27 455 bp的反向重复序列(IRS)组成。钻天柳叶绿体基因组总GC含量为36.68%,共有113个不同的基因,包括79个蛋白质编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因,其中,有20个基因分布于反向重复区;在所有基因中,有14个基因包含1个内含子,3个基因(rps12、clpP、ycf3)内含有2个内含子;系统发育分析以100%的支持率将钻天柳与柳属黄花柳亚属的2个物种聚为一支,杨属的所有物种聚为另一支。[结论]本研究首次组装并注释了钻天柳叶绿体基因组全序列,并明确支持钻天柳并入柳属,而非单独成属,这将为钻天柳甚至杨柳科的系统进化研究提供重要参考。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽丽 程起群
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
耿荣庆 王兰萍 冀德君 常洪 李永红 常春芳
【目的】探讨中国牛亚科家畜物种间的系统发育关系,为牛亚科家畜的系统演化历史提供分子证据。【方法】采用PCR产物直接双向测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型亚洲水牛和河流型亚洲水牛共6个物种的线粒体DNA Cyt b基因全长序列,运用分子进化软件分析物种间的系统发育关系。【结果】6个牛种的Cyt b基因序列长度均为1 140 bp,没有观察到插入/缺失突变,共检测到220个变异位点,包含213个简约信息位点;Cyt b基因序列变异中转换数明显高于颠换数,转换数和颠换数的比值为5.2,突变没有达到饱和状态。由遗传距离可知,普通牛与瘤牛的亲缘关系最近,而它们与大额牛、牦牛、沼泽型亚洲水牛、...
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