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[期刊] 中国农业科学
[作者]
于杰 闫化学 鲁振华 周志钦
【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。
关键词：
柑橘属 近缘属 DNA条形码 编码序列
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
叶学敏 于雪丹 付其迪 郑勇奇 张川红
[目的]筛选出高变异率的叶绿体DNA序列,以进行血皮槭天然群体的谱系地理学研究。[方法]以血皮槭16个天然群体为试材,对叶绿体基因组20个非编码区序列进行测序研究,并利用筛选出的高变异率cpDNA序列初步分析了其遗传变异。[结果]序列比对和系统发育分析结果显示血皮槭cpDNA种内变异非常低,9个cpDNA序列检测到不同程度的变异位点,其中只有4个序列psbJ-petA、ndhF-rpl32、trnD-trnT和trnH-psbA表现出较高的变异水平。[结论]筛选出的4个高变异率cpDNA序列,可以在分子水
[期刊] 海洋渔业
[作者]
宫亚运 章群 曹艳 吕金磊 杨喜书
为探讨ＣＯⅠ基因作为ＤＮＡ条形码对绯鲤属（ＵｐｅＮｅＵｓ）鱼类鉴定的有效性，明确物种的分类地位，通过ＣＯⅠ基因５＇端６５２ ｂｐ序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｔｒＡｇＵｌＡ）、马六甲绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｍＯｌＵＣＣｅＮｓｉｓ）、纵带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｂｖｉｔｔＡｔＵｓ）、黄带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｌｐｈＵｒｅＵｓ）、吕宋绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｌＵｚＯＮｉＵｓ）以及条尾绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｂｅＮｓＡｓｉ）６个种５６ ｉＮＤ标本的标准ＤＮＡ条形码序列的种内种间遗传距离，并构建分子系统树。研究表明：所测样品的碱基组成为ｔ：２９．２％，Ｃ：２９．６％，Ａ：２１．４％．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨程 龚桂芝 彭祝春 常珍珍 易璇 洪棋斌
【目的】通过对柑橘叶绿体基因组变异位点的研究，从胞质层面揭示柑橘类果树的遗传进化，为柑橘种质资源的收集、评价和利用提供参考。【方法】以甜橙叶绿体高变区序列为参考，利用已发表的二代基因组测序数据对代表性的柑橘属及其近缘属材料进行De Novo组装，获得叶绿体基因组高变区组装序列，通过序列比对，发掘代表性材料的差异位点，针对差异位点设计cpInDel引物。对甜橙叶绿体基因组两个及以上核苷酸重复构成的SSR位点进行定位分析，找出代表性材料间有差异的位点，针对差异位点设计cpSSR引物。选择在分类学和/或起源研究上有代表性的柑橘属及近缘属材料48份，利用新开发的cpInDel、cpSSR标记和已报道的cpSSR标记进行扩增检测、电泳谱带分析和聚类分析。【结果】本研究新开发4个cpInDel标记和13个cpSSR标记。扩增检测显示，这些标记在48份试验材料中均能扩增出较为清晰的多态性条带；但cpInDel标记扩增出的条带更为单一，类群区分时，仅通过单个标记便能实现对某一类群或几个类群的区分，具有更好的区分效果。聚类分析显示，cpInDel和cpSSR标记得到了比较类似的结果，但在小类群关系以及部分材料的归类上存在差异。二者均揭示枸橼类柠檬-藜檬-来檬杂种的胞质来源并非香橼，枳杂种的胞质也并非枳，显示宽皮柑橘类黄柑的代表性品种‘旺苍皱皮柑’有不同于宽皮柑橘类其他品种的胞质来源，‘资阳香橙’和‘韩国香橙’胞质差异明显。针对宽皮柑橘类、甜橙-酸橙类和宜昌橙-大翼橙类3个小类群的相互关系，cpInDel显示它们关系较近，而cpSSR则将它们归为独立的类群；cpInDel标记将印度野橘归于真正的枸橼类，cpSSR将其单独聚为一类。【结论】叶绿体基因组分子标记分析能从胞质角度揭示不同于核基因组的柑橘属及近缘属植物的亲缘关系，但若与核基因组分子标记分析相结合，能更全面地揭示材料间的亲缘关系，更准确地鉴定柑橘种质资源。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王炯 龚桂芝 彭祝春 李一兵 王艳杰 洪棋斌
【目的】研究柑橘属及其近缘、远缘属种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为柑橘类果树的遗传和进化关系提供新的视点,也为遗传育种以及种质资源深入的收集、保护及评价利用提供新工具和参考。【方法】下载Phytozome网站公布的全部克里迈丁Conserved ortholog sequences,并在NCBI中与测序甜橙序列比对,获得具有Gap的序列,从中设计60对COS引物,筛选并利用多态性标记对柑橘属及其近缘、远缘属植物进行扩增检测,通过Structure、Power Marker和Gen Al Ex等软件进行数
[期刊] 华北农学报
[作者]
牟少华 孙振元 彭镇华
利用通用引物,采用PCR技术从24个鸢尾样品中扩增了叶绿体基因组trnL-F间隔区的DNA片段,进行了序列测定,序列长度为1003～1113bp,比较长度为954bp,其中共有92个位点发生了单个碱基的置换,14个位点发生了缺失,因此有进化意义的位点共106个,约占总序列比较长度的11.11%。运用DNAMAN软件分析了这些鸢尾的亲缘关系,可分为2个相对独立的大组。第一大组可以分为2组:3个种源马蔺关系很近形成一组,粗根鸢尾、溪荪和喜盐鸢尾聚成一组。第二大组也分为2组:6个种源的马蔺与野鸢尾聚在一起,再和小鸢尾聚成一组;3个种源的鸢尾、高原鸢尾、德国鸢尾、矮鸢尾、野鸢尾、扇形鸢尾、红籽鸢尾和I...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
金刚 覃旭 龙凌云 王丽萍 覃剑峰 危丹妮 陈涛 蔡中全
以剑麻栽培种H.11648叶绿体基因组为对象,利用Codon W、CUSP、SPSS等软件分析其中的52条蛋白质编码序列的密码子使用特征.结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(Nc)分布于41.34～61.00,其密码子偏好性较弱;第3位碱基GC含量为30.22%,且其叶绿体密码子第3位偏好使用嘧啶;有效密码子数与GC3的相关性达到极显著水平.中性绘图、PR2-plot分析和Nc-plot绘图分析结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组密码子的使用偏好性是受到突变和选择等多重因素共同作用影响而形成的.
关键词：
剑麻 叶绿体基因组 密码子偏好性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
傅建敏 梁玉琴 孙鹏 姬燕晓 谭晓风
利用Percoll密度梯度离心法,对4种柿属植物君迁子D.lotus L.、油柿D.oleifera Cheng、浙江柿D.glaucifolia Metc.、金枣柿D.kaki spp.进行叶绿体DNA(cp DNA)提取方法的优化,结果显示优化后的柿属植物cp DNA提取方法具有高效、简便、重复性好、稳定性高的特点;经检验,利用此方法提取的cp DNA质量好,浓度与纯度均较高,能够满足后续叶绿体PCR扩增、基因组测序等分子生物学试验。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
纵丹 黄嘉城 段晓盟 张晓琳 冯家玉 甘沛华 何承忠
【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系，为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础。【方法】从NCBI数据库下载了6种植物的叶绿体基因组序列，包括无籽刺梨和其近缘种。利用生物信息学方法对这些基因组序列进行了研究，包括基因组结构、重复序列、高变区序列以及基于叶绿体全基因组序列的系统发育关系。【结果】6种植物的叶绿体基因组呈环状四分体结构，其长度为156 561～156 749 bp,平均GC含量均为37.2%,且6种植物基因组的反向重复(inverted repeat, IR)区未表现出明显的扩张和收缩。在对蔷薇属植物叶绿体基因组序列进行比较分析时，筛选出了7个高变区序列，包括trnK-trnQ、psbM-trnY、ycf3-rps4、rps4-trnL、psbE-petG、rpl16 intron和ycf1。这些序列可作为候选标记，用于进一步研究蔷薇属植物的系统发育。同时，利用叶绿体全基因组序列重建了蔷薇属植物的系统发育树。结果表明，无籽刺梨和刺梨是独立的2个种类，其中无籽刺梨与贵州缫丝花有较近的亲缘关系，而刺梨与单瓣缫丝花有较近的亲缘关系。【结论】无籽刺梨及其近缘种之间叶绿体基因组结构高度相似，单拷贝区核苷酸多样性高于重复区。
关键词：
无籽刺梨 叶绿体基因组 高变区 系统发育
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵子滔 李敏 吴庭健 张梅菁 沈茜妤 马绍祖 刘金林 何培民
为探究上海市滨海湿地碱蓬属植物种类及其遗传多样性，本文主要调查和研究了上海市浦东新区南汇东滩、奉贤区海滩、崇明区东滩等3个滨海湿地11个站位采集的碱蓬属植株种类资源及其遗传多样性。结果表明：（1）经形态学鉴定和基于ITS和matK序列条形码分析的分子鉴定，上海市滨海湿地碱蓬属植物为盐地碱蓬（Suaeda salsa）和碱蓬（Suaeda glauca）2个种。（2）仅在崇明岛发现碱蓬，7株样品之间遗传距离为0，表明该群体与外界没有基因交流。（3）崇明、浦东、奉贤盐地碱蓬在ITS和matK序列上均存在2-3个单倍型，遗传距离（<0.05），说明大多数为群体内部遗传变异。奉贤群体的遗传多样性最低（Hd=0.419±0.113，Pi=0.00085和Hd=0.133±0.112，Pi=0.00035），浦东群体遗传多样性最高（Hd=0.629±0.086，Pi=0.00147和Hd=0.475±0.141，Pi=0.00425）。浦东与崇明、奉贤的群体间存在中度分化(0.05< F_(ST) <0.15， P <0.05; Nm >1)，崇明与奉贤的群体间存在高度分化(0.15< F_(ST) <0.25，P <0.05；Nm <1)。本研究为上海市滨海湿地碱蓬属植物保护和种群恢复奠定了坚实基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙忠利 王永良 程娇
中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与Gen Bank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐家洪 曾晴 叶富余 胡杨阳 时寰宇 张璇 陈金辉
【目的】琼岛杨是我国热带地区发现的一种杨树,至今其分类和进化鲜有报道。本研究旨在通过三代全长转录组测序等方法了解琼岛杨在杨属中的分类与进化。【方法】基于Pacbio Sequel测序技术获取的热胁迫下琼岛杨、加杨和小叶杨完整全长转录本数据,通过直系同源基因计算非同义替换值(Ka)、同义替换值(Ks)及Ka/Ks值,比较直系同源基因在热胁迫下的表达模式,并结合毛果杨和簸箕柳的直系同源基因,构建了5个树种的进化树来分析杨树亲缘关系。通过克隆琼岛杨核基因(nrDNA:UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699)和叶绿体基因(cpDNA:atpⅠ和trnF),分析基因序列在琼岛杨种群中的多态性,计算琼岛杨种内遗传距离,及与19个树种(5个杨树组和1个类外群组)的种间遗传距离。基于最大似然法和最小进化法构建了琼岛杨与19个树种的进化树,以分析琼岛杨在杨属的亲缘关系。【结果】三代转录组测序共获得660组琼岛杨、小叶杨和加杨的直系同源基因,Ks平均值为0.150 5,峰值为0.02,Ka/Ks <1,占比97.27%,这显示了3种杨树较近的亲缘关系。直系同源基因表达模式分析发现,3种杨树在热胁迫下具有相同的表达模式。利用遗传距离法计算琼岛杨与19个树种中atpⅠ、trnF、UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699等4种基因遗传距离的平均值,发现琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系,平均值为0.011。【结论】基于三代全长转录组测序获得的直系同源基因分析显示出,琼岛杨与其他杨树具有较近亲缘关系。克隆cpDNA和nrDNA基因,计算遗传距离和构建的进化树均表明琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系。cpDNA的多态性以及进化分支置信度明显高于nrDNA,表明在琼岛杨中cpDNA比nrDNA基因更具备物种鉴别能力。
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
任瑶瑶 郑颖 柯家伟 姚雨庭 谢浈 蒋合众
利用DNA条形码分子诊断技术对几种虎耳草科药用植物进行鉴定并评价ITS2序列对虎耳草科植物鉴定的有效性，为虎耳草科植物鉴定提供一种新思路。于不同区域采集13份虎耳草科植物样本，提取基因组DNA后，利用ITS2序列扩增引物进行PCR扩增及测序，并从GenBank数据库中下载11条同属及同科序列。基于HHMer注释方法去掉两端区段获得ITS2序列，采用MEGA7.0软件进行序列长度、碱基含量对比，并基于K2P模型计算并分析种内、种间遗传距离，采用邻接法构建NJ系统进化树，采用靴带检验法（1000次重复）检验各分支的支持率，于ITS2数据库网站预测并比较ITS2序列的二级结构。结果显示，虎耳草科植物种间遗传距离大于种内遗传距离，能将各物种区分；系统进化树中各属分别聚为一支，同属内各物种大多分别聚为一小支，部分物种的鉴定需要进一步研究；各物种ITS2二级结构均存在不同差异，可对物种鉴定进行辅助分析。利用ITS2序列作为DNA条形码可有效地区分鉴别几种虎耳草科药用植物。
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