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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李雷 王海燕 陶尚玉 陈梦微 龙星雨 夏惠 祝进 邓群仙 周琼
采用25个果实性状指标和19对SSR引物对四川栽培的19份李种质资源进行主成分分析和聚类分析,并以欧式距离、前3个主成分和遗传相似性为基础,分别作系统聚类、三维排序图和UPGMA聚类。结果表明:19份李种质25个果实性状指标的平均变异系数为54.71%,其中果皮红绿色差值a*值的变异系数最大,为436.14%,果核侧径的变异系数最小,为9.99%;系统聚类可将李果实分为深色系大果型和浅色系小果型;主成分分析中,前3个主成分累计贡献率为73.27%,第1主成分(果重因子)的贡献率为49.45%,第2主成分(果形与色泽因子)的贡献率为14.21%,第3主成分(营养因子)的贡献率为9.62%;以主成分PC1、PC2和PC3向量为轴的三维排序图清晰地展示出各种质在果实性状上的相对差异;SSR标记显示供试材料的遗传多样性丰富,UPGMA聚类与系统聚类和主成分三维排序的结果基本一致。
关键词:
李 果实性状 微卫星标记 聚类分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭丽芬 张跃 胡尊红 胡学礼 高梅 王沛琦 杨谨 代梦媛 李文昌 刘旭云
为促进红花品种改良及种质资源的高效利用,揭示红花优异资源的特征特性,为红花种质资源创新利用和品种改良提供理论依据。以筛选出的40份云南省地方红花种质资源为材料,采用SPSS 18. 0软件对18个性状进行聚类分析和主成分分析,分析了红花数量性状对单株生产力的影响,同时对其品质性状进行了相关分析。40份资源材料通过聚类分析划分为5大类群,表明不同类群间各农艺性状及品质特征存在较明显的特异性,18个性状指标之间存在相对独立和密切相关性。其中,类群Ⅳ为矮秆、分枝多、单株有效果球多,千粒质量和单株生产力高;类群Ⅴ为分枝多,单株有效果球多,千粒质量和单株生产力高。主成分分析将12个数量性状指标转化为5个主成分,累计贡献率达86. 7468%;其中,第一主成分反映植株高度,第二主成分反映产量构成因子,第三主成分反映果球大小,第四、第五主成分分别反映籽粒大小和第一分枝高度。品质性状4个主成分累计贡献率达89. 4747%,品质性状中不同主成分间在油酸、含油率、蛋白质和硬脂酸含量上存在较大差异,其中,第一、二主成分分别反映油酸含量和含油率;第三、四主成分分别反映蛋白质和硬脂酸含量。分析结果表明:在影响红花单株生产力的性状中,首先应考虑植株高度,其次是有效分枝数、单株有效果球数、果球着粒数和千粒质量的选择。云南地方红花资源类型丰富、性状差异各具特点;第Ⅳ、Ⅴ类群为有增产潜力、丰产性好,综合农艺性状优良,可作为高产育种的目标亲本材料利用。品质特性:第Ⅰ、Ⅱ类群为含油率高、亚油酸高、蛋白质高,是综合品质优良的材料,可作为红花品质选育的优质亲本材料。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周辉明 林辉锋 曹奕鸯 钟琳珊 甘玮欣 林发壮 陈昌铭
【目的】揭示白掌种质间表型信息及亲缘关系的遗传特性,为白掌种质资源的利用与遗传育种提供理论基础。【方法】以18份栽培种和16份杂种品系,共计34份白掌种质为研究对象,测定了株高、冠幅、叶长等13个表型数量性状。利用基于白掌株型突变转录组的微卫星(SSR)位点信息,筛选了16对SSR引物进行PCR扩增。利用SPSS、NT sys2.10e软件进行数量性状间相关性、主成分、聚类和遗传多样性分析。【结果】13个数量性状的变异系数为15.29%~31.48%,表明多样性水平较高。这些数量性状中,有76对呈现正相关关系(57对呈极显著相关,10对呈显著相关),2对呈负相关关系,说明白掌的生物学性状之间存在密切关联。主成分分析筛选出了2个特征值大于1的主成分,贡献率达86.62%。根据13个数量性状进行的表型聚类分析结果显示,在欧式距离为7.5时,这34份白掌种质分为5大类,可以有效区分形态差异明显的种质材料,从而反映白掌种质的株型差异。利用16对SSR引物共获得62个SSR位点,平均条带数为3.875条,多态信息含量0.291~0.853。当以相似系数0.74为阈值时,利用SSR的分子标记聚类将这34份白掌种质分为7大类,进一步揭示了它们之间的遗传差异和亲缘关系。【结论】两种分类结果并不一致,但均显示白掌种质丰富的遗传多样性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陶爱芬 祁建民 林培青 方平平 吴建梅 林荔辉
【目的】综合评价中国近年育成和引进的红麻品种,为红麻育种和生产利用提供科学依据。【方法】以中国"八·五"至"十·五"期间育种单位选育的及近年从国外引进的共40个红麻品种为供试材料,采用随机区组设计,2年各设3次重复。估算40个红麻品种12个产量和纤维品质性状的主成分,并以前3个主成分和欧氏距离为基础,分别作二维散点图和系统聚类分析。【结果】(1)在40份红麻种质中,前3个主成分累计贡献率达86.07%。第1主成分为韧皮纤维产量构成因子,贡献率达53.44%;第2主成分为茎秆皮骨构成因子贡献率达24.94%;第3主成分为纤维品质构成因子,贡献率达7.69%。(2)根据品种性状主成分表现,评选出综...
关键词:
红麻 主成分 聚类分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨志刚 胡栓红 王勇 崔世茂 付崇毅 庞杰 杨新宇 刘燕
【目的】评价辣椒资源材料果实的色价值及性状指标,为选育干制红辣椒提供参考。【方法】以92份辣椒资源为材料,分别对辣椒色价值和辣椒单果质量、果肉厚、果实横径、果实纵径进行聚类分析,从中筛选干制红辣椒的优良种质材料。【结果】(1)对辣椒色价值进行单一性状聚类分析,可以将92份辣椒资源分为5大组群,辣椒色价值为5.90~20.62,在不同材料中表现出多样性,但色价值极高型材料仅有7份,所占比例较小(7.61%),且变异系数较大(0.54)。(2)对辣椒果实色价值、单果质量、果肉厚、果实横径和果实纵径5个性状指标进行聚类分析,可以将92份辣椒分为6大组群,各组群性状存在差异,性状表现丰富,单果质量为2...
关键词:
辣椒 色价 果实性状 聚类分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翟彩娇 葛礼姣 程玉静 仇亮 王小秋 刘水东
【目的】分析冬瓜、节瓜种质的遗传多样性,构建综合评价体系,筛选优异种质,为冬瓜、节瓜种质创新和新品种选育提供理论支撑。【方法】以148份不同来源的冬瓜、节瓜种质为供试材料,利用28个表型性状和19对SSR标记进行遗传多样性分析。综合运用变异系数、Shannon-Wiener多样性指数、相关性分析、主成分分析结合隶属函数法、逐步回归和聚类分析等多元统计方法,对冬瓜、节瓜种质进行遗传多样性分析和综合评价。【结果】148份冬瓜、节瓜种质具有较高的表型遗传多样性,11个质量性状的遗传多样指数变幅为0.39(性型)—1.45(瓜形状),17个数量性状的遗传多样性指数变幅为1.89(首雄花节位)—2.09(叶柄长度),变异系数变幅为9.76%(种形指数)—63.95%(老瓜单瓜重),其中首雌花节位(42.32%)、老瓜纵径(42.95%)、瓜形指数(47.05%)、首雄花节位(47.48%)、老瓜单瓜重(63.95%)的变异系数均大于40%,进行遗传改良的潜力较大;主成分分析将18个主要表型性状转换为6个独立的综合指标,贡献率为6.427%—29.605%,累计贡献率为81.236%;结合隶属函数值计算表型综合值(F值)鉴选出新西洲冬瓜BR12(1.47)、兴蔬粉地龙冬瓜BR25(1.14)等综合性状表现较好的优异种质;18个主要表型性状中有15个性状与F值极显著相关。利用逐步回归分析建立表型评价数学模型,筛选出9个表型综合评价指标。19对SSR标记在供试材料中扩增出的等位位点数2—6个,多态性信息含量的变幅为0.02—0.70,Shannon’s多样性指数变幅为0.06—1.48,148份冬瓜、节瓜种质具有较为丰富的遗传多样性,且节瓜群体的遗传多样性相对略高于冬瓜群体,个体内的遗传变异是导致冬瓜、节瓜整体遗传多样性的主要原因;基于表型性状和SSR分子标记的聚类分析分别将148份冬瓜、节瓜种质资源划分为6大类和3大类,两种方法的聚类结果均没有将冬瓜和节瓜聚成两大类,且与地理位置来源没有明显的相关性。【结论】148份冬瓜、节瓜种质表型性状遗传变异较为丰富,遗传多样性高;叶片长度、首雌花节位、老瓜纵径、老瓜肉厚、瓜梗长度、种子宽度、瓜面蜡粉、瓜形状和种子类型可以作为冬瓜、节瓜种质资源综合评价和亲本选择的关键指标;基于主要表型性状和SSR分子标记的聚类分析结果具有一定的一致性,聚类和群体划分与地理位置来源没有明显的相关性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
董章辉 赵丽芬 赵彦坤 眭书祥 张艳丽 王虎 李增书 李爱国 朱青竹
早熟棉遗传多样性研究是早熟棉遗传改良的基础,对培育早熟棉新品种有重要意义。为了进一步改善现有早熟棉品种的早熟性,为早熟棉育种的亲本组配提供依据,利用35对SSR分子标记,对来自不同地区的83份早熟抗虫棉种质进行遗传多样性分析。结果表明,筛选出的22对多态性引物共扩增出30条多态性条带。NTSYS-pc2.11的遗传多样性分析表明,83份材料的相似系数变化为0.73~0.98,当遗传相似系数为0.73时,将83份棉花早熟材料分为两大类。第Ⅰ类群包含59个材料,第Ⅱ类群包含24个材料。表明我国早熟棉遗传基础比较狭窄,今后育种中要选用亲缘关系较远的材料作为杂交亲本,创制新的早熟棉种质资源。
关键词:
早熟棉 种质资源 SSR标记 遗传多样性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
苗锦山 刘彩霞 戴振建 杨文才 王俊英 郎德山 沈火林
为阐明普通大葱和分葱种质资源的亲缘关系以及数量性状间的关联性,在大田栽培条件下以国内外116份葱资源为试验材料进行了数量性状的聚类分析、相关性和主成分分析。结果表明:116份葱种质的12个数量性状遗传变异系数为25.25%~146.38%,基于形态标记划分的5个组群间形态差异明显。单株重与假茎重、叶长、株高、出叶孔间距、叶扁宽和假茎长相关性均达极显著或显著水平。单株重、株高、假茎重3个主成分累积方差贡献率为91.18%,其反映的信息与基于12个数量性状的聚类和相关分析结果基本一致。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯晓婷 张桂宁 薛向平 王邢燕 周彦锋 方弟安 徐东坡
分析长江下游原良种场鳙(Aristichthys nobilis)亲本和后备亲本的遗传多样性和遗传结构,评估鳙育种群体的种质资源现状,可为鳙的种质资源管理和活体资源库建设提供科学的参考依据。本研究利用已发表的10对SSR荧光引物结合毛细管电泳技术,对7个亲本群体和1个后备亲本群体共638份DNA进行基因分型。主要应用GenAlEx 6.501、Cervus 3.0和Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性参数计算和群体遗传结构分析。结果表明,8个群体总体遗传多样性水平较高,但存在一定程度的近亲繁殖风险。其平均等位基因数(N_a)为14.83±1.45,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别为0.76±0.05、0.82±0.02,Shannon’s信息指数(I)为2.08±0.09,近交系数(F)为0.08±0.05。各亲本群体之间遗传多样性水平存在差异,后备亲本遗传多样性水平最高。鳙的贝叶斯群体遗传结构分析图(Structure)与主坐标分析(PCoA)结果具有一致性,将所有样本划分为两个类群,大部分亲本群体之间并无明显的遗传分化,而后备亲本和亲本之间则表现明显的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)显示,11%的遗传变异来自群体间,群体间的遗传分化处于中等水平,而89%的遗传变异来自群体内。本研究探究了鳙亲本和后备亲本的遗传差异性,对野生原种引进和保护提供了建议,以期为构建健康负责的增殖放流种苗繁育体系提供理论支持和数据参考。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张耀元 任彦鑫 禾璐 张雁明 张彬 王兴春 李红英 韩渊怀
利用表型性状和SSR标记对山西省41份青狗尾草资源进行遗传多样性分析。在表型水平,通过分析每份资源的株型、穗型、叶型等14个表型性状指标的测定结果,发现山西青狗尾草资源具有较为丰富的表型多样性,其中叶片绿色的深浅即叶绿素含量遗传多样性指数最高,为2.76,其余性状遗传多样性指数也大多保持在2.0左右;大多数青狗尾草的穗型为纺锤形,籽粒颜色和形状分别是青色和纺锤形。通过表型聚类可将山西青狗尾草资源划分为3个类群:第1类主要表现为株高、穗数等整体指标居中;第2类主要表现为植株小,穗数少,单株干重低等;第3类主要表现为植株高大,穗数多,穗重等。聚类分析发现表型多样性与山西特定生态地理区划有一定相关性...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周会 杨荣仲 方锋学 李杨瑞
通过分析评价桂糖系列甘蔗种质资源重要数量性状,为甘蔗育种中性状选择提供参考。利用主成分分析和聚类分析对111份桂糖系列甘蔗种质资源9个数量性状进行分析。结果:主成分分析表明甘蔗9个数量性状可简化为4个主成分,即糖分因子、茎径-叶因子、茎数-叶因子和株高因子,4个主成分累计方差贡献率达74.42%,糖分因子为第一主成分,茎径与茎数之间互有较大的负效应,株高因子则较为独立。聚类分析表明111份桂糖甘蔗种质资源可以分为高糖类群(含3个亚类)和低糖类群(含2个亚类),高糖类群以年代较近的材料为主,低糖类群以年代较远的材料为主。糖分性状在甘蔗育种中起着重要作用,在糖料蔗育种中实生苗选择时建议以锤度为主,...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李思广 陈少瑜 付玉嫔 尹艾萍 司马永康 祁荣频 周云 王绍昌
【目的】揭示黑老虎5个群体70份种质资源的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护及利用提供理论依据。【方法】用筛选出的17对引物进行所有样本SSR-PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳后采用Gen Alex v6.502、Ntsys V2.2及Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性和遗传结构分析。【结果】17对引物的70份样本中共检测到147个等位基因,平均每对引物扩增出8.647个等位基因。17个位点的Shannon信息指数(I)平均值为1.421,期望杂合度(H_e)平均值为0.648,多态信息指数(PIC)平均值为0.612。5个群体中马关群体(MGH)的遗传多样性最高,I和H_e分别为1.070和0.544。群体遗传分化系数(F_(st))平均值为0.323,有32.3%的变异来源于群体间。分子方差分析(AMOVA)显示群体间方差分量比为28.8%,群体间的遗传变异占总变异量的28.8%。17个位点群体内近交系数(F_(is))的平均值为0.161(F_(is)>0),黑老虎存在较强的近亲交配,5个群体中只有广西群体(GXH)F_(is)<0。基因流(N_m)为0.876,属中等水平。UPGMA聚类和STRUCTURE分析将70份黑老虎种质资源划分成了3个类群:类群Ⅰ由来自于MGH的样本资源组成,类群Ⅱ主要由屏边群体(PBH)的样本资源组成,类群Ⅲ主要由GXH、贵州群体(GZH)及湖南群体(HNH)的样本资源组成。【结论】黑老虎种质资源具有丰富的遗传多样性,群体间存在极高的遗传分化,遗传变异主要来源于群体内的个体。大部分种质的遗传背景比较单一,同一群体的不同种质遗传组分基本相同。在黑老虎育种及资源保护和开发工作中,应在尽量涵盖全部群体类别的基础上,特别重视遗传多样性丰富的群体以及各群体内不同类型个体的选择、保存和利用。
[期刊] 林业科学
[作者]
任艳军 马建军 杜彬 张立彬 于凤鸣
以燕山山脉野生欧李实生群体为试材,采用系统聚类和双变量相关的分析方法,研究同一生境条件下野生欧李营养生长性状和果实矿质营养吸收的多态性并进行聚类和相关分析。结果表明:野生欧李生物群体变异类型丰富,在叶果形状、大小、颜色、干鲜质量、含水百分率、果实成熟期以及叶果矿质元素含量等方面表现出差异较为明显的遗传形态和生理特征;聚类结果划分为2大类,一类为小叶小果型,另一类为大叶大果型,其中在叶果含水百分率、果实干鲜质量、果实横径大小以及叶果中Ca,K元素含量等指标上2类之间差异极显著;相关分析结果表明:除Fe元素外,果实中Ca,K,Mg,Zn,Mn等主要营养元素与叶果的营养生长性状相关指标表现出显著或极...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘新龙 苏火生 刘洪博 马丽 徐超华 范源洪
为有效评价和利用八倍体割手密资源,选取采自云南的30份八倍体割手密资源,依据6个产量和3个品质相关性状数据,对其性状变异系数、性状间及与海拔纬度相关性和材料间聚类关系进行了分析。结果表明,云南八倍体割手密资源产量性状的遗传变异较品质性状丰富,其中单茎重和叶宽最为丰富;产量相关性状之间呈现明显的正相关,茎径、叶长与海拔和纬度都呈显著负相关,而单茎重仅与纬度呈负相关;品质性状之间也呈明显的正相关,但与海拔和纬度不存在明显的相关性;依据产量和品质性状的DIST遗传距离聚类结果,在产量和品质相关性状上可将所有研究材料分别聚为5个类群和4个类群,其中植株大小、蔗糖分、纤维分对类群的划分影响较大。
关键词:
八倍体 割手密 相关性 聚类
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