简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1～6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR(Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011),SSR标记主要包括基因组SSR和表达序列标签SSR(EST-SSR)。SSR标记具

[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS

【目的】为解决八角（Illicium verum）缺乏的SSR分子标记，以八角转录组数据为基础，开发EST-SSR分子标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点，并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计，采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性，应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点，含一个EST-SSR 位点的占比为11.11%，含2个或2个以上EST-SSR 位点的占比为3.13%，复合SSR位点的占比为2.09%。SSR 发生频率为14.24%，平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中，二核、三核苷酸是主要重复类型，二核苷酸重复中以AG/CT占比最高，为46.03%，三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高，为16.58%，四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4～40次，其中5次重复数最多，占比22.58%，再者为6次重复，占比19.83%；微卫星的长度分布为12～80 bp，其中12～15 bp的最多，占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物，其Na为3～8、Ho为0.13～0.88、He为0.54～0.88、Ne为2.03～5.82、I为0.83～1.84、引物多态性信息量指数为0.43～0.81，平均值为0.63，表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性，遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的，其引物具有特异性好、多态性高等优点，开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。

为拓展分子标记在花椒种质资源分析中的应用、开发花椒EST-SSR功能性分子标记、分析花椒DNA指纹图谱,利用凤县大红袍花椒的茎尖节点转录组c DNA数据库中45 057条长度大于200 bp的非冗余Unigene序列,使用MIcro SAtellite(MISA)软件搜索SSR位点,分析花椒c DNA序列中SSR位点的频率和密度、SSR重复基元种类及比例、SSR重复次数与数量等分布特征;用Primer 3.0软件在线设计SSR引物并经PCR扩增筛选适合的多态性引物;用Quantity One软件统计多态性

【目的】通过对楠木转录组数据的分析，开发楠木ＳＳＲ分子标记技术，为楠木遗传多样性分析和资源保护提供保障。【方法】将楠木高通量转录组测序获得的６７ ３３１条Ｕｎｉｇｅｎｅ进行简单重复序列（ＳＳＲ）位点挖掘和分析，并结合引物验证，初步证明其可行性。【结果】通过软件分析，共获得９ ４０５个ＳＳＲ位点，出现频率为１３．９７％，涉及序列数量为６ ６６７条，发生频率为９．９０％。ＳＳＲ序列中包括１６６种重复基元类型，其中，单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型，ＳＳＲ位点数分别为３ ８９０（４１．３６％），２ ８８５（３０．６８％），２ ４８９（２６．４６％）。ＳＳＲ位点重复次数差别较大，其中重复１０．．．

【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina Hi Seq~(TM)2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、序列检索及SSR分布类型和特征分析。采用Primer 3软件设计合成100对SSR引物,分别用2%琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳进行初步筛选和多态性筛选。【结果】共获得Unigenes 20 077条,平均长度为1 431.82 bp,N50为1 955 bp;对Unigenes进行SSR位点的发掘和分析,发现4 116条Unigenes序列中含有5 469个SSR位点,SSR的发生频率为20.50%,平均分布距离为8.74 kb;单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的50.23%、24.43%和22.11%; SSR重复单元以6～10次重复的最多,占总数的51.27%。筛选出16对多态性引物并进行PCR扩增,共检测到56个等位基因片段,平均每个位点含3.5个,平均有效等位基因数为2.31个,平均Shannon多样性指数I为0.861,平均多态性信息含量PIC为0.507。【结论】苦楝转录组SSR位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。开发的16对SSR引物在苦楝上可检测到较高的多态信息含量,进一步丰富了楝科现有SSR标记数据库资源,可为楝科植物在基因组水平上的遗传多样性分析和分子辅助育种等提供参考。

为开发黄麻SSR引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行SSRs搜索,并对部分SSR引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个SSR位点,占评估序列数目的62.47%,平均每3.47kb有1个SSR;2)所开发的SSR标记中,单核苷酸重复序列最多,占42.15%,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14.80%和16.74%;3)利用Primer3.0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27.58%。结果表明,基于黄麻转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的SSR标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具。

［目的］基于转录组数据开发适用于桤木属树种的ＳＳＲ标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。［方法］利用ＭｉｃＲｏ ＳＡｔｅｌｌｉｔｅ（ＭｉＳＡ）软件对所有转录组序列进行ＳＳＲＳ搜索，并对ＳＳＲ位点的数量、分布特征进行统计分析。设计１００对ＳＳＲ引物，采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对３种不同倍性桤木属植物（１２份材料）进行遗传多样性检测，确定引物多态性及通用性。［结果］８５ ７６９条ＵｎｉｇｅｎｅＳ序列中发现８ ６７８个ＳＳＲ位点，分布在８ ２９８条ＵｎｉｇｅｎｅＳ中发生频率为９．６７％，转录组序列中平均每１４．０４ ｋｂ长度就有一个ＳＳ．．．

【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1～6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10～252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007～0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。

【目的】探究从前苏联引进的簇毛麦No.1026(Dv#4)的EST-SSR序列特征及其在染色体的分布,分析它们在不同簇毛麦间及与小麦间的多态性,为其进一步的研究与利用提供依据。【方法】通过Illumina HiSeq测序获得No.1026植株的转录组序列,利用MISA软件分析转录组SSR序列及特征,采用Primer 3设计SSR引物,随机合成238对引物,对小麦中国春与簇毛麦Dv#4和引自英国剑桥的簇毛麦Dv#2的基因组DNA进行扩增,在琼脂糖凝胶上分离评价扩增产物的多态性,并利用一套小麦-簇毛麦异染色体系进行扩增分析。【结果】检测了No.1026总长62.76 Mb的转录组序列,发现10 497个SSR位点,它们分布于8 735条Unigene上。在1—6个核苷酸的重复单元中,单、双、三碱基的重复占95.85%,其中三核苷酸串联重复数量最多,占SSR总数的50.33%,而CCG/CGG基序的重复占三核苷酸串联重复的41.66%;单核苷酸重复是第二大类型,出现频率为27.13%,其中A/T重复占单核苷酸重复的74.58%。二核苷酸重复类型的数量位列第三,占SSR总数的18.39%。在238对EST-SSR引物中,88对在中国春与簇毛麦(包括Dv#2和Dv#4)之间的扩增产物显示多态性;8对只在簇毛麦和单一异染色体系扩增;4对可在簇毛麦和多个异染色体系中特异扩增;但多数可在簇毛麦中清晰扩增的引物不能在任何异染色体系中扩增,推测可能与簇毛麦基因组及染色体导入小麦过程中的变异有关;47对(19.74%)在2份不同来源的簇毛麦Dv#2和Dv#4之间的扩增产物呈现多态性。利用1对EST-SSR引物和1个EST-PCR标记检测48个簇毛麦植株,证明多态性的SSR引物可有效用于检测簇毛麦的异质性。【结论】簇毛麦No.1026(Dv#4)的转录组中存在丰富的SSR序列,其中CCG/CGG、A/T和AG/CT等三核苷酸、单核苷酸和二核苷酸是其最主要的串联重复基序。部分EST-SSR的侧翼保守序列与单一或若干外源染色体特异相关联,据此开发特异的分子标记,可用于跟踪检测小麦背景中特异的簇毛麦染色体或染色体片段。Dv#4与Dv#2间的部分EST-SSR具有多态性,提示2份不同来源簇毛麦的表达序列间存在一定程度的遗传差异,因此,簇毛麦Dv#4值得进一步的发掘研究。

为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1 7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3%。从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34%,其次为二核苷酸(20.47%),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29%、23.89%、0.77%、0.13%、0.10%和0.01...

夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SS

研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系，高通量开发月季ＳＳＲ共显性标记。利用ＭＩＳＡ软件对总长２０６．８Ｍｂ的草莓基因组序列进行扫描，共识别４９ ０２９个ＳＳＲ位点，平均每４．２ ｋｂ包含１个ＳＳＲ位点。利用ｐＲＩＭｅＲ３软件成功对２１ ２８８个ＳＳＲ位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’（ＲｏＳＡ ｃｈＩｎｅｎＳＩＳ‘ｏｌｄ ｂｌｕＳｈ’）和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’（ＲｏＳＡ ｗＩｃｈｕＲＩＡｎＡ‘ｂＡＳｙｅ’Ｓ ｔｈｏＲｎｌｅＳＳ’），随机选取３００对ＳＳＲ引物进行ｐｃＲ扩增，４０对引物获得清晰条带，扩增率为１３．３％，发现其中８个可转移的ＳＳＲ位点位于草莓基因组第六染色体６３ ．．．

［目的］为了丰富马尾松遗传信息，开发更多适用于马尾松的新型分子标记。［方法］依据马尾松Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ类型和Ｔｙ３－ｇｙｐｓｙ类型反转录转座子ＲＴ序列的保守区域设计引物，建立了马尾松ｉＲａｐ－ｐｃＲ技术体系并以１２个基因型个体为材料进行验证。［结果］４２条引物中筛选出多态性丰富、重复性好的２９条进行ｐｃＲ扩增，共获得２２７条谱带，其中多态性条带２０７个，多态性比例为９１．１９％，平均观测等位基因数（Ｎａ）为１．９１１ ９±０．２８４ １，有效等位基因数（Ｎｅ）为１．４６８ ０±０．２８８ ２，Ｎｅｉ’ｓ基因多样性指数（Ｈ）为０．２９１ １±０．１４４ ９，ｓＨａＮＮｏＮ’ｓ信息指数（ｉ）为０．．．

【目的】杜仲为雌雄异株多年生木本植物，具有重要的药用价值与经济价值，其利用价值因植株性别而异，尤其是杜仲胶含量及其他次生代谢产物在雌雄植株中都存在差别，但杜仲在开花前采用形态学和细胞学方法很难分辨其性别，且需要７年以上才能开花。因此，本研究应用ＥＳＴ－ＳＳＲ标记开发杜仲性别相关的分子标记，以期能在早期鉴定出雌雄植株，提高杜仲资源利用率。【方法】根据杜仲雌雄植株转录组文库中ＥＳＴ－ＳＳＲ的两翼序列设计引物，利用来源于７个产地的杜仲雌雄植株各６份ＤＮＡ样品筛选引物，ＰＣＲ扩增获得具性别差异的扩增产物，将扩增产物进行克隆及序列分析，应用雌雄植株各１２份ＤＮＡ样品检验性别标记的可靠性。【结果】从１４０．．．