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[期刊] 水产学报
[作者]
高红梅 马海涛 喻子牛 张跃环 肖述 黄飘逸 彭建军
采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析,七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173,平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788,平均多态性信息含量分别为0.730、0.744,发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平,说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后,在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况,发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性,6对具有多态性;无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性,1对具有多态性;诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性,5对具有多态性;长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性,8对具有多态性;砗蚝中有2对引物具有通用性,2对具有多态性。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄飘逸 马海涛 喻子牛 张跃环 高红梅 彭建军
利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
谷龙春 黄桂菊 何毛贤 喻达辉
利用6对微卫星DNA分子标记对三亚和北海的大珠母贝群体进行遗传多样性分析。结果表明,两个群体的平均等位基因数A分别为10.5和9.7,平均有效等位基因数Ne为7.0和6.3,平均观察杂合度Ho为0.588和0.445,平均期望杂合度He为0.859和0.828,平均多态信息含量PIC为0.853和0.796;卡方检验发现只有位点Pmx+022、Pmx16-41和Pmx16-23在三亚种群中Hardy-Weinberg平衡偏离不显著(P>0.05),其他位点在两个种群都有不同程度的偏离。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张志伟 陈爱华 张志勇 陆勤勤 张朝晖 姚国兴 蔡永祥 吴杨平 曹奕 张雨
运用微卫星标记对大竹蛏(Solen grandis)辽宁丹东(DD)、河北秦皇岛(QHD)、山东日照(RZ)、江苏吕四(LS)和广西北海(BH)近海5个不同地理野生群体共计150个样品进行了遗传多样性分析。结果表明:14个位点多态信息含量范围为0.696~0.853,均呈现高度多态性,每个位点检测到的等位基因数8~22个,共检测到199个等位基因,平均等位基因数为14.2,等位基因丰富度为11.05,5个群体的期望杂合度分别为0.769(DD),0.791(QHD),0.826(RZ),0.815(LS),0.785(BH),观察杂合度分别为0.837(DD),0.812(QHD),0.875...
关键词：
大竹蛏 微卫星 野生群体 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
宋春妮 李健 刘萍 陈萍 高保全
利用10对微卫星引物对我国大连黑石礁(DL)、莱州湾(LZ)、青岛鳌山湾(QD)、海州湾(HZ)4个日本蟳野生群体的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同引物获得的等位基因数从11～17不等,10个位点其平均等位基因数为13.600 0,平均有效等位基因数为8.592 0;各位点的平均观测杂合度(Ho)为0.318 2～0.858 4,平均期望杂合度(He)为0.846 6～0.923 9;平均多态信息含量(PIC)为0.828 0～0.914 0,说明各位点在4个日本蟳野生群体内均表现出很高的遗传多样性水平。各群体间遗传分化较大,基因分化指数(FST)为0.032 74～0.088 03。群体...
关键词：
日本蟳 野生群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
齐晓艳 董迎辉 姚韩韩 周小龙 林志华
为开展文蛤多态性微卫星标记及其在斧文蛤和帘文蛤中的通用性研究,实验从磁珠富集法构建的基因组文库和EST文库中开发了30个文蛤多态性微卫星标记,包括8个G-SSR和22个EST-SSR多态性位点。共获得140个等位基因,平均等位基因数为4.67;多态性信息含量、观测杂合度、期望杂合度分别为0.172～0.744、0.040～0.720、0.187～0.793;G-SSRs的平均等位基因数、平均多态性信息含量、平均观测杂合度和平均期望杂合度都较EST-SSRs高;Hardy-Weinberg平衡检测发现,24个位点偏离了平衡状态;利用BLASTx对含多态性SSR位点的EST进行功能注释,11个位点...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李可 马徐发 谢鹏 高萌 郭焱 谢从新 侯杰
利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾可为 宋文 王青云 夏儒龙 王守荣 邓国乔 成为为 曹小娟
采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张亚妮 张恩平 吴迪 张涛 李相运 任战军 耿社民
采用5个微卫星引物对2个藏猪类群(合作猪和迪庆猪)及参照群体成华猪的遗传多样性进行了研究。结果表明,所选的5个微卫星引物均具有多态性,3个猪种在5个位点的等位基因数为4～8个;合作猪、迪庆猪和成华猪在5个位点的平均有效等位基因数分别为4.5104,3.0696和3.1250,位点平均杂合度分别为0.7713,0.6405和0.5197,平均多态信息含量分别为0.7402,0.5656和0.5798;遗传分化系数表明,2个藏猪类群间亲缘关系较近(GST=22.07%),二者与成华猪的关系较远(GST=22.46%,GST=31.11%)。
关键词：
藏猪 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
林能锋 苏永全 丁少雄 王军
本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄鱼(P.polyactis)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)中获得清晰扩增条带,位点PC7H4引物也可在小黄鱼中扩增,上述可扩增位点在两个种中均得到多个等位基因,表现出较高的多态性;大黄鱼微卫星标记引物在白姑鱼亚科、叫姑鱼亚科、牙亚科及石首鱼亚科鱼类中也有较高的通用性,其中在银牙(Otoli...
关键词：
大黄鱼 微卫星标记 石首鱼科 通用性
[期刊] 水产学报
[作者]
贾舒雯 刘萍 李健 李吉涛 高保全 陈萍 潘鲁青
利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性。12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性。12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6~14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性。经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05
关键词：
脊尾白虾 野生群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
毛守康 马爱军 丁福红 闫喜武 罗海忠 李伟业 徐宝荣 王怀忠 王宝义 王广宁
利用１４对微卫星引物，对采捕于辽宁葫芦岛、山东青岛、江苏连云港以及浙江舟山附近海域的梭鱼（Ｌｉｚａ ｈａｅｍａｔｏｃｈｅｉＬａ）４个野生地理群体进行群体遗传多样性分析。结果显示，１４对微卫星引物均能扩增出清晰的条带且具有一定的多态性，４个野生群体的多态性百分率分别为９２．８６％、９２．８７％、１００．００％和８５．７１％。４个群体共扩增出６１个等位基因，４个群体的等位基因数为３．７８６－４．０００，有效等位基因数为２．６７３－２．８９９，观测杂合度为０．３５９－０．３８９，期望杂合度为０．５０３－０．５６１，多态信息含量为０．４６５－０．５１３，说明４个群体遗传多样性处于中等多态水平。运用ＳＰ．．．
关键词：
梭鱼 地理群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
宋炜 孟永永 蒋科技 赵明 任桂静 张凤英 马凌波
为研究中国沿海地区棘头梅童鱼群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用9对微卫星引物对中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,实验检测到63个等位基因,各位点等位基因数为313个,有效等位基因数为1.75108.0317;各位点的观测杂合度(Ho)为0.35960.7854,期望杂合度(He)为0.43000.8780;多态信息含量(PIC)为0.36040.8631,其中有2
关键词：
棘头梅童鱼 野生群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯建彬 吴春林 丁怀宇 华雪铭 李应森 李家乐
利用微卫星标记分析了洪泽湖避风港、蒋坝、鲍集等9个日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体的遗传多样性。结果表明,8个微卫星位点呈现高度多态性;每个群体中至少有5个位点显示杂合不足,显著偏离了Hardy-Weinberg平衡;9个日本沼虾野生群体均表现出较高的遗传多样性水平,洪泽湖中、东部避风港和蒋坝等群体遗传多样性高于西部鲍集和界集群体。突变-漂移平衡分析表明,洪泽湖日本沼虾群体部分位点杂合显著过剩,表明洪泽湖日本沼虾群体部分位点偏离了突变-漂移平衡,但近期没有经历过瓶颈效应,群体数量也没有下降。群体间F-统计量及AMOVA分析表明,群体遗传分化极显著(F ST=...
关键词：
洪泽湖 日本沼虾 微卫星 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张炜 唐宗祥 符书兰 任正隆
利用竹通大麦染色体上的引物218条对小麦SSR引物对小麦及其近缘种共22个材料进行PCR扩增。从中筛选到39对多态性高、重复性好的引物,这些引物可在供试材料中检测出213个等位基因变异,平均每个位点可检测到5.4个等位基因。位点多态性信息量(PIC)变幅为0.38~0.89,平均为0.57。NTSYS软件分析表明22份材料的遗传相似系数范围为0.46~0.94,平均遗传相似系数为0.67,聚类分析结果显示小麦、偃麦草、大赖草、黑麦均各自聚类,与传统的形态分类结果有较高的吻合度。这表明:①SSR可以应用于小麦与其近缘种的遗传多样性研究。②SSR揭示的小麦与其近缘物种间的多态性高,可以用来鉴定小麦...
关键词：
遗传多样性 SSR分子标记 聚类分析
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