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[期刊] 林业科学  [作者] 宋福强  孔祥仕  李季泽  常伟  
利用抑制消减杂交技术筛选AM真菌在侵染紫穗槐的过程中紫穗槐差异表达的基因,共获得47个unigenes,其中35个显著匹配。根据GO分类信息、Blast注释信息和相关文献信息,显著匹配的35个unigenes基因按功能分为防御胁迫(24%)、物质代谢(17%)、能量代谢(14%)、蛋白合成(11%)、信号转导(11%)、细胞结构构建(11%)、转录(6%)、蛋白折叠和降解(6%)8类。其中,胁迫防御相关基因和代谢相关基因所占比例最大,表明二者在AM真菌和紫穗槐共生互作过程中起重要作用。这些基因广泛参与生物体生命活动的各个过程,因此AM真菌与紫穗槐共生的过程是一个系统涉及各种生物过程的活动。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 闵卓  耿万刚  房玉林  张振文  李华  
【目的】葡萄新梢上的芽有冬芽和夏芽两种,根据这两种芽休眠特性的差异,筛选与芽生理休眠相关基因,进而从分子水平研究葡萄芽生理休眠的相关机制。【方法】以‘赤霞珠’葡萄新梢上冬芽和夏芽为材料,夏芽作为驱动方(driver),冬芽作为实验方(tester),采用抑制消减杂交技术(suppression subtractive hybridization,SSH)构建冬芽和夏芽的SSH-cDNA文库,筛选冬芽和夏芽差异表达的基因片段。通过NCBI同源比对,寻找与葡萄芽生理休眠相关的基因,并对差异表达基因进行功能注释和分类。最后,运用Real-time PCR技术对部分候选基因进行检测,以验证其与葡萄芽生...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 吴绍强  邹丰才  翁亚彪  宋慧群  林瑞庆  朱兴全  
为了筛选线虫的性别特异性基因,为线虫乃至寄生虫的性别控制提供新的工具,本研究选择猪蛔虫(Ascarissuum)为模型,分别提取雌性和雄性成虫的mRNA后,采用Clontech公司的PCR-selectTM试剂盒进行反转录合成cDNA并进行抑制消减杂交(SSH),构建猪蛔虫雌、雄虫性别差异表达的消减cDNA文库,并采用地高辛(DIG)标记的cDNA探针进行Southern杂交检验所构建文库的消减效率。结果表明,雌、雄虫性别差异表达的消减cDNA文库均具有很强的性别特异性。随机从各库中各抽取25个克隆进行测序及在线BLAST分析,发现在25个雄虫ESTs中有20个已知ESTs,5个新的ESTs;...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 梁利群  李绍戊  常玉梅  高俊生  孙效文  雷清泉  
用抑制性消减杂交技术(SSH)研究与鲤鱼(Cyprinus carpio)抗寒性状相关的基因。通过对荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio wuyanensisTchang)和柏氏鲤(Cyprinus pellegniniTchang)杂交F2代进行降温诱导实验,获得不同温度下的实验材料。利用抑制消减杂交技术构建了一个低温下差异表达基因的消减cDNA文库,共含有2 000个克隆。对其中480个克隆进行斑点杂交筛选,共得到60个阳性克隆,选取其中29个克隆测序。通过序列分析比对,13个克隆与已知基因序列高度同源,同源性为85%~98%;另外的13个克隆为未知新基因序列。在13个同源性较...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 程春振  曾继吾  贝学军  吴波  阳佳位  张永艳  姜波  朱世平  闫树堂  钟云  钟广炎  
【目的】探讨易感柑橘衰退病病毒(Citrus tristeza virus,CTV)品种锦橙CTV应答分子机理,筛选和分析CTV应答基因。【方法】以嫁接CTV强毒株TRL514的锦橙阳性材料叶片为试验方(Tester),用嫁接无毒枝条的CTV阴性锦橙叶片为驱动方(Driver),构建CTV侵染的锦橙的正向差减文库。【结果】随机挑选850个阳性克隆测序,其中742条测序成功,去除载体片段和接头序列后得到有效EST 692条。将所有EST序列对应到柑橘的预测基因组转录物,共涉及137个柑橘基因。应用BLAST2GO对这些特异性表达的基因进行功能归类和KEGG分析。结果表明,受CTV侵染的影响,锦橙...
[期刊] 水产学报  [作者] 程起群  
There are 10 percent to 15 percent genes expression in certain cells during the life time of fishes like other vertebrates. The genes were different at different development stage,under different physiological conditions, and in different kinds of cells. So comparing the differences of gene expressi...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 王传娟  张晓华  贾爱荣  
抑制性消减杂交技术(SSH)是近年来兴起的一种分离、克隆差异基因的新技术,它结合了消减杂交和抑制PCR的优点,具有操作简便、特异性强、背景低及重复性好的优点。目前已经用SSH技术鉴定出了鱼的许多免疫相关基因,如白细胞介素、趋化因子、肿瘤坏死因子、溶菌酶、NKEF、补体、干扰素及急性期蛋白基因等,对它们的结构和功能进行了较为深入的研究。本文对SSH技术在养殖鱼类中克隆的免疫基因进行了归纳与总结,旨为全面了解鱼类的抗病免疫基因提供基础资料。
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 薛浩  张志宏  傅俊范  王丰  马跃  
寒富苹果是沈阳农业大学育成的二倍体、抗寒大苹果品种,通过秋水仙素诱导获得寒富苹果同源四倍体在田间表现明显矮化等特性。为了探寻苹果同源四倍化后表型差异的分子机理,采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,分别建立寒富四倍体上调和下调表达cDNA文库。分别从这两个cDNA文库中各随机挑取200个阳性克隆测序,发现其中有211条序列与已知植物基因同源性大于80%,定量RT-PCR验证了部分uni ESTs的表达趋势和表达水平。初步筛选获得了与植株矮化相关的BKI1和DWF4基因,与植物光合特性相关的光系统II中的关键基因Psb Z;发...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 董登峰  李杨瑞  白云彩  
抑制消减杂交(SSH)高灵敏、易操作、高效富集低表达丰度基因和均一化目的基因片断,广泛用于差异表达基因的分离和cDNA文库构建。在实验操作中常出现低表达mRNA和cDNA丢失、大片断连接效率低等问题,构建的文库质量差,文章通过改进萃取操作提高目的产物(mRNA和cDNA)回收率,回收率增加30%以上;通过采用PVPP、高浓度KAc专一性结合和LiCl沉淀等措施除去RNA中的多酚和多糖、进而增加可分离mRNA种类和含量,对应的Uni-EST种类增加近3倍,通过采用胶回收并分段连接保护大片断cDNA等措施使文库中转录本丰富度增加,大片段(500 bp以上)比例增大,cDNA平均长度增大,文库质量明...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 杨明  王日葵  周炼  葛文东  焦雁翔  
【目的】探索椪柑枯水分子机理,寻找柑橘枯水应答基因,为柑橘枯水防治奠定基础。【方法】利用抑制性差减杂交技术以椪柑正常果肉cDNA作为Driver,以枯水果肉cDNA作为Tester构建正向差减文库。【结果】挑选了300个有效克隆进行测序分析,260个测序成功。经BLASTx比对分析,197条表达序列标签(ESTs)找到了分属于52个基因的同源序列;63条ESTs同源性较低或没有同源性。对文库中编码β-微管蛋白、衰老相关蛋白、细胞色素c、半胱氨酸蛋白酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、转运蛋白、天冬氨酸蛋白酶前体、WRKY转录因子21的基因进行实时定量RT-PCR验证,结果显示这8个基因均明显上调表达。...
[期刊] 林业科学  [作者] 宋鸽  宋福强  
在温室盆栽条件下研究AM真菌与紫穗槐互作早期宿主防御生理指标的响应特征。结果表明:在AM真菌侵染宿主植物早期阶段,根系保护酶瞬时激活,植保素类黄酮瞬时积累,而且接种根内球囊霉(GI)同接种摩西球囊霉(GM)处理相比保护酶活性和类黄酮含量变化相对较大。接种AM真菌处理MDA含量下降,尤其在紫穗槐出苗后25天,接种GI和GM处理MDA含量分别降低26.6%和25.8%。在保护酶失活的同时,几丁质诱导子降解产物GlcN和可溶性蛋白含量增加,而且产生一些新的蛋白,由此推测:几丁质诱导子的降解和新增蛋白的出现是调节植物防御反应允许建立互惠共生体的可能机制。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 吴芳  蔡建平  陆承平  范红结  
为寻找鸭疫里氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)可能的毒力基因,以鸭疫里氏杆菌2型(RA2)毒力株RAF2及弱毒力株LY-58为研究对象,通过抑制性差减杂交(SSH)试验,从RAF2株中获得14个特异性差异基因片段。经同源性分析,其中6个差异基因片段分别与外膜蛋白、ATP结合蛋白、转录调节因子、氨基酸通透酶、胞外蛋白编码基因有同源性,为可能的毒力基因;4个差异基因片段与功能未知蛋白或假定蛋白编码基因有关;另外4个差异基因片段未找到同源序列。利用PCR对上述10个可能与毒力相关的差异基因片段在13株分别属于8个不同血清型RA中的分布进行了检测,结果表明除8型外,以上差...
[期刊] 林业科学  [作者] 邓柳红  罗明武  曾会才  杨卫帆  张春发  
采用巴西橡胶树常割树胶乳的Poly(A+)RNA为Tester,叶片Poly(A+)RNA为Driver,通过抑制消减杂交法(suppressivesubtractivehybridization,SSH)构建了一个胶乳特异表达基因差减文库,通过菌落PCR及反式NorthernDot-Blot筛选鉴定阳性差异片段,获得79个胶乳特异表达阳性克隆,部分阳性克隆还通过NorthernBlot杂交及RT-PCR进一步验证。随机挑选部分阳性克隆序列比较分析,结果表明有部分克隆与巴西橡胶树中已知的基因相同,而多数克隆在巴西橡胶树中是新发现,它们与橡胶生物合成、物质代谢运输、信号传导和形态建成等相关。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 何炎森  何玮毅  陈晓静  
采用抑制消减杂交(SSH)技术,以多花水仙的栽培品种‘黄花水仙2号’黄色花瓣和‘金盏银台’白色花瓣的cDNA分别作为测试子和驱动子,建立正、反向抑制消减杂交cDNA文库.随机挑选正、反向文库各216个阳性克隆测序,对已知功能的uniESTs进行基因本体论(GO)分类分析,荧光定量PCR检测部分可能参与色素形成的uniESTs.结果表明:水仙花色差异表达正、反向消减文库经检验质量可靠,为分离花色形成相关基因奠定了基础;GO功能分类分析显示,水仙花色差异可能受到多个代谢途径的影响;经初步筛选得到11个与水仙花色形成相关的uniESTs,为进一步克隆基因全长和功能验证提供参考.
[期刊] 华北农学报  [作者] 李淼  李春玲  宋帅  杨冬霞  
为了寻找副猪嗜血杆菌可能毒力基因,采用抑制性差减杂交技术,以HPS有毒力菌株SW124(血清4型)和无毒力菌株H465(血清11型)为研究对象,构建差减杂交文库,利用Southern Blot分析和PCR鉴定进行差异基因片段的筛选。从构建的文库中共筛选得到7个特异性差异基因片段,经同源性分析,其中5个片段分别与噬菌体重组蛋白、糖基转移酶/荚膜多糖磷酸转移酶、磷酸核糖甲酰甘氨脒合酶、核糖体蛋白丙氨酸转移酶和ABC型硝酸盐/磺酸盐/碳酸氢盐转运系统周质蛋白等编码的基因有同源性;2个差异基因片段与功能未知蛋白或假定蛋白编码基因有关。利用PCR对上述可能与毒力相关的差异基因片段在9种不同血清型HPS中...
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