为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系，本研究通过对16SrRNA基因V3～V4区测序，分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示：1）从F0到F3代，组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数，Observed-species指数和香侬指数（Shannon）指数随代次积累显著降低（P0.05）。2）从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门（Bacteroides）(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0,F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属（Lactobacillus）(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%)，但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高，丰度约为45.3%；从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异（P<0.05），各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低（P<0.05）。4）对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测，发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸，色氨酸和酪氨酸生物合成途径，萜类化合物生物合成途径，肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低，表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上，本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测，发现微生物多样性发生改变，F0至F2代优势菌门未发生明显变化，但在F3代出现了较多的为确认分类菌属，并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低，F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。

采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。

【目的】探明转地放蜂过程中常见蜜蜂病毒和寄生虫的流行规律,及不同地区工蜂肠道中两种主要共生菌Gilliamella apicola和Snodgrassella alvi的变化情况。【方法】在转地放蜂过程中,对同一意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)蜂场的固定蜂群连续取样,采用RT-PCR方法检测蜂群中病毒和寄生虫的感染情况,使用SPSS 17.0软件对不同地区、不同季节样本的病毒和寄生虫感染率进行卡方检验。以蜜蜂β-actin为内参基因,对不同地区样本中的共生菌G.apicola

[目的]研究流感感染小鼠使用抗生素后肠道微生物、代谢物及肠道紧密连接蛋白的变化。[方法]30只雄性BALB/c小鼠随机分为3组：对照组、感染组和抗生素组。感染组和抗生素组同时感染流感病毒，抗生素组感染1 d后饮水中添加组合抗生素，3组小鼠感染9 d后取样。16S rRNA基因测序进行微生物组学分析；气相色谱-飞行时间质谱(GC-TOF/MS)进行代谢组学分析；免疫组化法和免疫印迹法进行结肠紧密连接蛋白的分析。[结果]感染组微生物多样性指数、细菌丰度和代谢物主成分分析(PCA)与对照组无显著差异。与感染组相比，抗生素组微生物多样性指数(Chao1，Shannon，Simpson)均显著下降(P<0.01)。拟杆菌门和变形菌门显著增加(P<0.01)，厚壁菌门显著减少(P<0.001)。抗生素组与对照组在PCA中完全分离，有机酸代谢与筛选差异出的微生物具有较强相关性。感染组和抗生素组紧密连接蛋白(Claudin-1，Occludin)的表达均显著减少(P<0.01)，抗生素组Claudin-1的表达与感染组相比显著减少(P<0.001)。[结论]抗生素降低肠道微生物的多样性，增加致病菌的侵入，减少有益菌的繁殖，加剧流感诱导的肠道菌群失调，减少有机酸的产生，导致更严重的肠道屏障功能损伤。

中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)繁育亲蟹规格及其子代的生产性能是其产业上的热点问题。本研究应用个体生长测定法和代谢组学技术，研究了当前生产上3种主要育苗亲蟹规格（母本200～250g，父本300～350g；母本250～300g，父本350～400g；母本300g以上，父本400g以上）繁殖子代（规格A、规格B和规格C）的蜕壳与生长特性、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物的组成差异。结果发现：在2次个体蜕壳与生长测定中，规格C的生长性能优于其他两种规格，但3种规格子代相互间的蜕壳增重率、蜕壳间隔、肥满度、肝胰腺指数和肌肉指数均不存在显著差异。肠道菌群结果表明：α多样性指数均显示规格A低于其他两种规格，但3规格相互间无显著差异，而主坐标分析（PCoA）显示3种规格肠道菌群在属水平上存在显著差异。肝胰腺的代谢组学分析显示，规格A与B间共有100种差异代谢物，规格B与C间共有77种差异代谢物，规格A与C间共有79种差异代谢物。对差异肠道菌群和差异代谢物进行Pearson相关性分析发现：规格A的代谢物生物喋呤与副梭菌属呈显著正相关；规格B的代谢物N-乙酰-D-甘露糖胺分别与硝基螺菌门、硝化螺菌属呈显著负相关；规格C的代谢物四氢二吡啶甲酸盐与乳酸菌属呈显著负相关。本研究结果初步表明：不同亲蟹规格子代在生长性能、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物组成方面表现出一定差异。

为探究不同温度下中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)肠道微生物与生长间的关系，通过16S rRNA高通量测序研究四个温度下（26 ℃、29 ℃、32 ℃、35 ℃）中华绒螯蟹的生长及肠道菌群的组成差异。结果表明：四个水温组的中华绒螯蟹蜕壳次数分别为2、2、2、1；成活率分别为82.81%、84.38%、87.50%、25.00%；平均蜕壳间隔随水温升高而逐渐缩短；蜕壳增重率随水温升高先升后降；四个水温组的肥满度不存在显著性差异（P > 0.05）。肠道菌群的测序结果表明：四个水温组分别获得了929、744、680、518个代表性的菌群运算分类单元（OTU）；α多样性结果显示肠道微生物丰度及多样性随水温升高而降低；β多样性结果显示四个水温组的肠道微生物菌群组成差异显著（P< 0.05）。在门水平，四个水温组的肠道优势菌群均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）和变形菌门（Proteobacteria），三者占整个中华绒螯蟹肠道菌群的96.26%；26 ℃水温组的髌骨菌门（Patescibacteria）（0.92%）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（0.35%）、29 ℃水温组的厚壁菌门（58.04%）和放线菌门（Actinobacteriota）（3.44%）、32 ℃水温组的拟杆菌门（41.84%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）；在属水平，26℃水温组的芽孢杆菌属（Gemmobacter）（3.55%）、29 ℃水温组的柠檬酸杆菌属（Citrobacter）（3.56%）、32 ℃水温组的布拉格菌属（Pragia）（8.47%）、35 ℃水温组的假单胞菌属（Psuedomonas）（8.77%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）。本研究结果综合表明：中华绒螯蟹在30 ℃左右时生长最好，肠道微生物多样性和丰度均随着水温的升高而下降，高温会导致弯曲杆菌（Campilobacterota）和疟疾杆菌属（Malaciobacter）等有害菌群增加，影响中华绒螯蟹的蜕壳和生长。

[目的]本文旨在探究末水条斑紫菜对健康C57BL/6J小鼠肠道微生物及其代谢产物的影响。[方法]对小鼠分别灌胃生理盐水（对照组）、1.15 g·kg~(-1)（低剂量组）和2.30 g·kg~(-1)（高剂量组）剂量的末水条斑紫菜，28 d后取小鼠标本进行病理切片观察、短链脂肪酸含量测定以及肠道菌群16S rDNA高通量测序。[结果]灌胃末水条斑紫菜组小鼠生长性能没有显著性变化，与对照组结肠长度53.50 mm相比，低剂量组小鼠结肠显著增长至65.60 mm，结肠组织病理切片显示，末水条斑紫菜可以增加杯状细胞的数量。通过对结肠内容物中短链脂肪酸含量的测定发现，乙酸、丙酸、正戊酸与异戊酸含量均没有显著变化，低剂量组小鼠结肠内容物中正丁酸含量显著增加，高剂量组小鼠结肠内容物中正丁酸与异丁酸含量均显著增加。经16S rDNA高通量测序小鼠结肠内容物发现，灌胃低剂量与高剂量末水条斑紫菜均降低了微生物物种多样性，增加了厚壁菌门的相对丰度，降低了拟杆菌门的相对丰度。但是肠道中杜氏杆菌属（Dobusiella）相对占比显著增加，Norank＿f＿norank＿o＿Clostridia＿UCG-014、螺杆菌（Helicobacter）等致病菌相对占比减少。[结论]末水条斑紫菜能够促进结肠组织长度变化，调节健康C57BL/6J小鼠肠道菌群，促进有益菌生长以及丁酸的产生，最佳摄入量为1.15 g·kg~(-1)。

[目的]本研究以16S rRNA为分子标记,采用高通量测序技术分析探讨3种水平体细胞鲜奶样品中细菌种类、菌群多样性和菌群结构。[方法]选取江苏某牧场45头奶牛鲜奶样品,分为健康、亚临床乳腺炎型和临床乳腺炎型3组,并对临床型奶样进行细菌培养鉴定,同时分别提取各组鲜奶样品中细菌总DNA,根据16S rRNA V4—V5区设计引物进行扩增测序,利用生物信息学软件对测序结果进行分析。[结果]对体细胞数>1×10~6 mL~(-1)的奶样进行细菌培养,鉴定出奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌。对序列进行相似性聚类分析,得到394个可操作分类单位(OTU)。通过对OTU的聚类分析发现3组样品之间部分OUT水平存在明显差异。物种及丰度分析显示,门水平上的优势门为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobactice);属分类水平上的优势属为芽胞杆菌属(Bacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、海洋杆菌属(Oceanobacillus)、沙雷菌属(Serratia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和vadinBC27 wastewater-sludge group。其中临床组沙雷菌属和鞘氨醇单胞菌属显著高于其他2组,而海洋杆菌属的相对丰度降低。[结论]该牧场奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌,为乳腺炎临床的抗生素选择和治疗提供了依据和借鉴。

采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,

在不用药物、不接种疫苗的条件下,于饮水中添加0(CK),0.5%,1.0%和1.5%的以壳聚糖为培养底物研制的壳聚糖饲用微生物制剂饲喂湘黄鸡,探讨其对湘黄鸡免疫指标和肠道菌群的影响效果.结果表明,试验组脾脏指数有上升趋势(P<0.25),法氏囊指数和胸腺指数显著提高(P<0.05);试验组血液中IgG含量呈上升趋势(P<0.25),T3,T4和IgA含量也显著提高(P<0.05或P<0.01);试验组盲肠中大肠杆菌显著减少,而乳酸杆菌显著增加(P<0.01).同时在日增重和育成率上,试验组提高率达9.31%(P<0.01)和7.01%(P<0.05),表明该制剂通过促进免疫器官发育,增强T3,...

【目的】研究黄羽肉鸡种蛋孵化过程中卵黄微生物区系的动态变化和功能，及卵黄微生物对肉鸡胚胎肠道早期微生物定殖的影响。【方法】选取35周龄黄羽肉鸡种蛋100枚，放置在全自动孵化箱中孵化。种蛋入孵前对孵化箱进行清洁消毒，检查内部通风系统和湿度控制系统是否正常工作。孵化温度控制在（37.5±1）℃，湿度控制在（60±10）%。在种蛋孵化的第7、11、15和19天随机选取6枚种蛋在无菌操作台中剥去蛋壳及尿囊膜，使胚胎露出卵黄囊后通过无菌注射器刺入，收集卵黄样品。在孵化的第19和21天在超净工作台中使用经灭菌的手术刀和镊子解剖鸡胚，切开鸡胚腹部后收集胚胎中全肠道样品。样品采集后迅速放入液氮中速冻，随后转入-80℃冰箱中保存待测。对卵黄微生物进行DNA提取，并进行16s rDNA测序和序列分析。【结果】1）黄羽肉鸡种蛋卵黄中存在丰富的微生物区系，共注释到4 305个OTU(operational taxonomical unit)，在不同孵化时间点卵黄和胚胎肠道中微生物共具有18个门（Phylum）,34个纲（Class）,53个目（Order）,89个科（Family）,126个属（Genus）。门水平上主要包括变形菌门（Proteobactreia）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）等，属水平上以嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）、粪杆菌属（Faecalibacterium）等为主；2）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物区系在不同孵化阶段的Alpha多样性中Chao1指数（P=0.027）和Shannan指数（P=0.043）出现显著差异。随着孵化时间的推移，卵黄微生物区系趋于稳定，同时卵黄中阿克曼氏菌属（Akkermansia）相对丰度不断提高，在E07、E11、E15和E19分别为0.53%、0.84%、1.43%和3.10%。卵黄微生物区系在属水平上主要包括嗜糖假单胞菌属（Pelomonas），罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）等；3）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物功能主要包括碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂类代谢、辅助因子和维生素代谢等；4）黄羽肉鸡种蛋卵黄微生物区系和胚胎肠道微生物区系在门水平上均以变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）为主，在属水平上均以嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、水杆菌属（Aquabacterium）、阿克曼氏菌属（Akkermansia）为主。【结论】黄羽肉鸡种蛋卵黄中含有丰富的微生物种群，其对卵黄营养物质吸收代谢及胚胎肠道早期微生物区系的建立有重要作用。

将10只雄性KM小鼠随机分为正常组及铁皮石斛多糖组,铁皮石斛多糖组小鼠按临床等效剂量(350mg/kg)灌胃8周,每天1次,每次每只0.4 mL,正常组小鼠灌胃等体积无菌水,灌胃结束后取肠道内容物及黏膜进行16S rRNA基因测序并进行功能预测,探讨铁皮石斛多糖对正常小鼠肠道菌群的影响。结果表明:铁皮石斛多糖提高了肠腔菌群的α多样性,并显著提高了肠黏膜菌群的α多样性,但β多样性的变化无统计学意义;铁皮石斛多糖使肠腔中Diaphorobacter,肠黏膜中Muribaculaceae、Staphylococcus的相对丰度显著增加,并增加了Akkermansia、Phascolarctobacterium、Turicibacter、Faecalibacteriu、Parabacteroides、Parasutterella等短链脂肪酸产生菌及Candidatus_Arthromitus、Bifidobacterium及Prevotella_9等有益菌的相对丰度;铁皮石斛多糖使小鼠肠腔及肠黏膜菌群中辅助因子与维生素代谢和氨基酸代谢的相对丰度提高。

将10只雄性KM小鼠随机分为正常组及铁皮石斛多糖组,铁皮石斛多糖组小鼠按临床等效剂量(350mg/kg)灌胃8周,每天1次,每次每只0.4 mL,正常组小鼠灌胃等体积无菌水,灌胃结束后取肠道内容物及黏膜进行16S rRNA基因测序并进行功能预测,探讨铁皮石斛多糖对正常小鼠肠道菌群的影响。结果表明:铁皮石斛多糖提高了肠腔菌群的α多样性,并显著提高了肠黏膜菌群的α多样性,但β多样性的变化无统计学意义;铁皮石斛多糖使肠腔中Diaphorobacter,肠黏膜中Muribaculaceae、Staphylococcus的相对丰度显著增加,并增加了Akkermansia、Phascolarctobacterium、Turicibacter、Faecalibacteriu、Parabacteroides、Parasutterella等短链脂肪酸产生菌及Candidatus_Arthromitus、Bifidobacterium及Prevotella_9等有益菌的相对丰度;铁皮石斛多糖使小鼠肠腔及肠黏膜菌群中辅助因子与维生素代谢和氨基酸代谢的相对丰度提高。

为探究苦参碱灌胃和腹腔注射不同给药途径对肠道菌群的影响,将昆明小鼠随机分为4组,分别为生理盐水腹腔注射组(NCip)、生理盐水灌胃组(NCig)、苦参碱腹腔注射组(MTip)及苦参碱灌胃组(MTig),连续给药5d后,收集各组粪便,进行小鼠肠道微生物α多样性指数分析和β多样性分析,利用LEfSe和Metastats分析不同组间肠道菌群的差异。结果表明:灌胃和腹腔注射苦参碱的不同给药方式对小鼠肠道菌群的α多样性指数及β多样性的影响差异不显著(P>0.05);LEfSe分析发现,与灌胃苦参碱相比,腹腔注射苦参碱组的小鼠肠道有益菌拟杆菌目(Bacteroidales)、调节机体代谢的另枝菌属(Alistipes)丰度显著增加(P<0.05);Metastats分析发现,与灌胃苦参碱相比,苦参碱腹腔注射组的小鼠肠道与结肠炎相关的脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、[Eubacterium]_fissicatena_group丰度显著降低(P<0.05)。综上,不同给药途径会引起肠道菌群的差异,相比于灌胃给予苦参碱,通过腹腔注射给予苦参碱更有利于优化肠道菌群的结构及功能。

对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)先饲喂人工饲料再饲喂苏丹草,运用PCR-DGGE的方法,比较了食物改变引起的草鱼肠道微生物菌群结构的变化过程。结果显示,饲喂同种饲料的草鱼后肠与前、中肠样品间菌群结构存在显著差异(TH0-F0=-2.268,P<0.05),饲喂不同种食物的相同肠段样品间菌群结构也存在着显著差异(P