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[期刊] 西南农业学报
[作者]
张露 樊威 苏建 焦晓磊 周剑 黄志鹏 赵瀚 赵仲孟 段元亮 李强 杜军 卓婷 苏全森 吴俊 罗煜
【目的】为了解7个不同地理位置的4个乌鳢（Channa argus）群体和3个白化乌鳢育成群体的群体遗传多样性和遗传分化特点。【方法】采用20对微卫星引物对4个乌鳢群体和3个白化乌鳢育成群体，共计350尾个体的微卫星位点进行了分型检测，分析了所有微卫星标记的多态性及遗传多样性信息，并分析了群体间遗传分化特点。【结果】所有20对微卫星引物共检测出356个等位基因，等位基因数（N_(a)）介于4～40个，每个位点平均有17.8个等位基因。观测杂合度（H_(o)）介于0.000～0.791，平均值为0.578；期望杂合度（H_(e)）介于0.31～0.91，平均值为0.732；多态信息含量（PIC）介于0.271～0.901，平均值为0.700，且所有乌鳢群体的N_(a)、H_(o)、H_(e)、PIC均高于白化乌鳢群体。7个群体的遗传分化指数（F_(ST)）在0.07 876～0.40 303，所有群体间的遗传分化均达显著水平（P<0.05）。将4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分为两组进行分子方差分析（AMOVA），发现这几个群体的遗传变异主要来源于个体内，占遗传变异来源总量的69.65%。而UPGMA系统发育树聚类结果显示4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分别被聚类到了2个独立分支上。【结论】本研究的3个白化乌鳢群体的遗传多样性均相对低于4个乌鳢，在繁育过程中应加强白化乌鳢遗传多样性保护，尽量避免近亲交配，本研究为乌鳢和白化乌鳢的遗传资源保护及综合利用提供理论依据。
关键词：
乌鳢 白化乌鳢 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
周伟 高天翔 王俊 宋娜
为了解乌鳢群体遗传变异规律,本研究对8个群体共212个个体的mtDNA控制区全序列进行群体遗传多样性、遗传结构和群体历史动态分析。结果显示,乌鳢控制区全序列长度为907 bp,乌鳢群体单倍型多样性水平变化较大,中国黄河及以北的乌鳢群体单倍型多样性水平比淮河和长江等南方群体相对较低,所有群体表现出较低的核苷酸多样性水平(h<0.5%)。基于单倍型构建的系统发育树和群体聚类树结果均未显示出与地理位置相对应的谱系结构。单倍型网络图显示存在多个主单倍型。遗传结构分析显示,不同水系间存在显著的遗传差异,相同水系间遗
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 穆淑梅 周楠 康现江 罗青 白俊杰
为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fs...
关键词：
乌鳢 线粒体DNA控制区 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
谢楠 刘凯 冯晓宇 姚桂桂 潘彬斌
乌鳢（Ｃｈａｎｎａ ａｒｇｕｓ，♂）、斑鳢（Ｃｈａｎｎａ ｍａＣｕｌａｔｕｓ，♀）是杂交鳢＂杭鳢１号＂的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量Ｅｓｔ序列后，利用ｍＩｓａ软件进行微卫星信息分析，结果表明，通过转录组测序获得乌鳢Ｅｓｔ序列５９ ９５９条，长度４５ ｍｂ，发现１５ ４２８个ｓｓｒ，出现频率为２５．７３％；获得斑鳢Ｅｓｔ序列４４ ３３７条，长度２７ ｍｂ，发现８ ４３９个ｓｓｒ，出现频率为１９．０３％。在乌鳢和斑鳢Ｅｓｔ－ｓｓｒ中，重复单元以１～２碱基重复为最多，并以长度小于１６ ｂｐ的短重复序列为主，间隔ｓｓｒ和复合ｓｓｒ的Ｅｓｔ序列ｒｐＫｍ均值要低于单纯型．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
章芸 俞丹娜 杜卫国 郑荣泉 杨光
利用8个微卫星标记对7个乌龟养殖群体进行了遗传多样性和遗传结构的检测。结果显示,7个养殖群体都表现出较高的多态性,8个位点共检测出130个等位基因,范围在9～26,平均16.25;其多态信息含量(PIC)范围为0.57～0.92,平均值为0.71;观测杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.30～0.87和0.60～0.93。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异5.91%来自群体间,84.29%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0143～0.1127,其中57.14%的两两群体间无分化,42.86%的两两群体间出现了中等程度的分化。哈迪-温伯格平衡检测表明,8个位点中有5个...
关键词：
乌龟 遗传多样性 微卫星
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李可 马徐发 谢鹏 高萌 郭焱 谢从新 侯杰
利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾可为 宋文 王青云 夏儒龙 王守荣 邓国乔 成为为 曹小娟
采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
商鹏 郭新颖 张健 吴绿草 段梦琪 杨娜娜 赵雨农 李盼 强巴央宗
为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。
关键词：
藏马 微卫星标记 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔景香 李传忠 孟祥凯 尹逊河 王慧
采用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种:汶上芦花鸡、济宁百日鸡和日照鸡的遗传多样性,在40种微卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的6个引物。统计分析了各群体的等位基因数(NA)、多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、群体间的遗传距离(DS)和相似系数(I)。采用UPGMA法构建系统发生树。结果表明:3个地方鸡种在6个微卫星位点上共发现了15个等位基因,每个位点的等位基因数为2~3个;每个群体的平均等位基因数分别为2.5、2.2和2;大小在110~300bp之间,期望杂合度与观测杂合度比较接近。芦花鸡(W)多态信息含量最大,为0.3075;日照鸡(R)中最小,为0.2915。以...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郑义 鲁翠云 郑先虎 那荣滨 唐富江
为研究移植大银鱼(Protosalanx chinensis)群体的遗传多样性和遗传结构,本研究从大银鱼基因组中筛选了18对多态微卫星引物,对2016—2020年采集的4个水系(8个水体)大银鱼共计281个样本进行群体遗传学分析。共得到172个等位基因,其中等位基因数(N_a)为3～24,平均值为9.600;有效等位基因数(N_e)为1.039～4.595,平均值为2.384;期望杂合数(H_e)为0.035～0.804,平均值为0.507;多态信息含量(PIC)为0.034～0.775,平均值为0.469,其中10个位点属于高度多态位点(PIC>0.5)。群体平均等位基因数(N_a)为3.389～5.389,多态信息含量(PIC)为0.373～0.479,8个水体的群体均处于中度多态水平(0.250.15)。为防止群体遗传衰退,建议将南方和北方作为不同群体进行保护,连环湖作为大银鱼的主要产地,应当进行重点保护。
[期刊] 水产学报
[作者]
梁利群 常玉梅 董崇智 孙效文
从网上查询获得鳟微卫星标记30对,并对乌苏里江哲罗鱼的基因组进行遗传多样性分析,结果筛选出10对具多态性的微卫星标记。并用其中6对微卫星引物对17尾乌苏里江哲罗鱼进行基因组DNA扫描检测。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析,计算了6个基因座的等位基因频率、杂合度等。结果表明,乌苏里江哲罗鱼等位基因频率为0.0455～0.7857,多态信息含量(PIC)为0.2801～0.6351,杂合度(H)为0.3368～0.6563。统计结果初步表明乌苏里江哲罗鱼的遗传多样性程度处于中等偏下水平。同时,结合资源量下降的事实,建议在保护遗传多样性的前提下对其采取...
关键词：
哲罗鱼 微卫星标记 遗传多样性 乌苏里江
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
许宙 黄耀江 周文化
为了从分子水平上揭示独龙鸡群体遗传结构,利用鸡基因组中25个微卫星标记,检测了独龙鸡群体的遗传多样性,同时探讨了独龙鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位.结果表明:25个微卫星位点共检测到90个等位基因,其中ADL0166位点的等位基因数最多,为8个,而ADL0112、LEI0166、MCW0067、ADL0268、MCW0294、MCW0078和MCW0183这7个位点的等位基因数最少,为2个;聚类分析结果显示,独龙鸡与我国华南、西南地区鸡种之间有比较密切的亲缘关系,而与我国华北和东北地区鸡种亲缘关系均较远.总体而言,该系统聚类结果与13个鸡种的地理分布是一致的,并且认为独龙鸡是由红原鸡进化而来...
关键词：
独龙鸡 微卫星标记 遗传多样性 聚类分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑嫩珠 董晓宁 郑丽祯 陈晖 李慧芳 朱志明 宋卫涛 缪中纬 孙世坤
利用筛选出的6个微卫星标记对福建德化黑鸡、白绒乌鸡、金湖乌鸡、河田鸡以及江西泰和乌鸡等优良地方鸡种进行遗传多样性分析.结果表明,所选的6个微卫星标记均呈高度多态(平均多态信息含量即PIC均大于0.5).5个地方鸡种的平均杂合度为0.716-0.729,均具有较高的杂合度,表现出丰富的遗传多样性.采用邻结法(NJ)对Ne i氏遗传距离(DA)进行聚类分析,结果表明,5个鸡种被聚为2类,泰和乌鸡与河田鸡先聚为一小类(DA=0.0957),然后再与金湖乌鸡聚为一类(DA=0.1553);德化黑鸡与白绒乌鸡则聚为另一类(DA=0.1980).聚类结果基本反映了各鸡群的地理分布和选育现状.
关键词：
地方鸡种 微卫星 遗传多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
邹杰 马爱军 赵艳飞 何伟国 王婷 岳亮 刘大勇 郭正龙
针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGA...
关键词：
暗纹东方鲀 养殖群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
夏婷婷 周丽 陈兴勇 匡厚坤 耿照玉
利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态信息含量在0.1866-0.9471之间,有效等位基因数为2-6个,基因遗传杂合度变化范围为0.0516-0.8054.群体遗传结构显示巢湖麻鸭核心群存在一定的遗传多样性,可用于巢湖麻鸭的定向选育.
关键词：
巢湖麻鸭 微卫星标记 群体遗传多样性
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