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[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帝 强俊 傅建军 徐钢春 周国勤 董在杰 陶易凡 路思琪 陆健 徐跑
为探讨当前国内大口黑鲈(Micropterus salmoides)群体遗传多样性和变异情况,采用14个微卫星(简单重复序列, SSR)标记和线粒体D-loop序列,对国内3个养殖群体(“优鲈1号”YL1、“优鲈3号”YL3和中国台湾群体CTW)、1个引进群体(北方亚种US)和1个杂交群体(“优鲈3号”♀×北方亚种♂, HYB)共计5个群体175尾个体进行群体遗传变异分析。结果显示, 14个SSR位点中有5个位点(LMB24、LMB28、LMB38、LMB39和LMB42)表现出高度多态性[(多态信息含量(PIC)>0.5)]。其中,北方亚种群体多态性水平最高(PIC=0.514),其他4个群体多态性普遍较低(0.278
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵立祥 董浚键 孙成飞 田园园 胡婕 卢迈新 叶星
采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598 bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.000 0～0.543 5、0.000 00～0.001 76,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(H_e)=0.396～0.516、PIC=0.320～0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数F_(ST)上存在差异,分别为0.403 5(D-loop)和0.044 5(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李胜杰 白俊杰 叶星 简清 宋红梅
对大口黑鲈国内养殖种群(G)和北方亚种(N)、佛罗里达亚种(F)两个野生种群共23个个体的线粒体DNA D-loop区序列进行分析,探讨国内养殖大口黑鲈(Micropterus salmoides)的分类地位和遗传变异。D-loop区序列分析结果表明,共检测到73个变异位点,总变异率为9.0%。三群体间没有共享单倍型,群体G的5个个体含2种单倍型,群体N的11个个体含9种单倍型,群体F中每个个体均为一种单倍型。对三个群体间的遗传距离分析表明,养殖群体与北方亚种野生群体的遗传距离为0.009,与佛罗里达亚种野生群体的遗传距离为0.053,表明国内养殖的大口黑鲈在分类上属于北方亚种,分子系统进化树...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
颉晓勇 李思发 蔡完其
对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析,47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点,占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F0、F6、F7、F8、F9分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明,随选育的进展,选育群体逐步纯化。选育基础群体F0与F6、F7、F8、F9之间的遗传距离呈增大趋...
关键词：
罗非鱼 选育 D-loop序列 遗传变异
[期刊] 海洋渔业
[作者]
陈康 王伟峰 陈秀荔 朱威霖 王焕岭
为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8～0.002 9(Cytb)和0.000 8～0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0～0.010 1(Cytb)和-0.014 3～-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4～6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 水产学报
[作者]
牛东红 冯冰冰 刘达博 沈和定 李家乐
我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究。利用微卫星标记和线粒体COⅠ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平。基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2～9.0,期望杂合度(He)为0.806～0.875;基于线粒体COⅠ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942～1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6～0.011 5。基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4～0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体COⅠ标记的群体间遗传分...
关键词：
缢蛏 微卫星 线粒体DNA 遗传结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 武小斌 万海付 穆淑梅 康现江 肖国华 薛建民
[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘贤辉 周康奇 陈忠 杜雪松 黄姻 覃俊奇 文露婷 潘志忠 邓潜 罗辉 叶华 林勇
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王军 吴惠仙 杨新鑫 马玉清 钱龙 李思发 王成辉
本研究应用18个微卫星分子标记,对白斑狗鱼(Esox lucius L.)3个中国新疆群体(乌伦古湖、吉力湖和6号湖)和1个匈牙利巴拉顿湖群体的遗传结构进行了分析。结果表明,3个中国白斑狗鱼群体的平均等位基因丰富度(AR)、平均观测杂合度(HO)和平均期望杂合度(HE)均显著低于匈牙利巴拉顿湖群体(P<0.05),而匈牙利群体的平均近交系数(FIS)高于中国群体;经SMM和TPM模型检测,匈牙利白斑狗鱼群体存在显著的遗传瓶颈信号(P<0.001);AMOVA和群体两两比较的FST值表明,中国与匈牙利白斑狗鱼的遗传分化十分显著(P<0.01);NJ树、主成分分析(PCA)进一步证实中国白斑狗鱼与...
关键词：
白斑狗鱼 微卫星 遗传结构 瓶颈效应
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李潇轩 郑端端 罗明坤 杨志强 郭珺 王兰梅 董在杰
为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况，基于mtDNA D-loop序列对6种颜色（全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写）锦鲤、2个“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及2个杂交鲤群体（青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂），共150尾个体进行序列分析。结果发现，全长932bp的D-loop序列，A、T、G、C含量为33.2%、32.8%、14.2%和19.8%。所有个体共检测34个变异位点，呈18个单倍型。其中，红白和绯写存在2个优势单倍型，全白和青灰“福瑞鲤2号”均存在2个特有单倍型，青灰、红色“福瑞鲤2号”共享1个优势单倍型。10个鲤群体间遗传距离0.001～0.018，遗传分化指数（F_(st)）0.011～0.933。分子方差（AMOVA）分析群体间变异67.17%，群体内变异32.83%，呈极显著（P<0.01）分化水平。研究表明，绯写、全白和大正三色3个锦鲤群体具较高遗传多样性，白写、“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及杂交鲤遗传纯度较高，结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据，为后期种质资源利用和遗传选育提供参考。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 马洪雨 马凌波 杨柯
利用8个微卫星标记对引进的SPF凡纳滨对虾G0和两个养殖群体(G1,G2)进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因,位点的等位基因数在5~l3之间。多态信息含量PIC在0.405 2~0.869 3之间,其中有6个位点为高度多态位点,适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个,占总数的47%。3个群体的平均观测杂合度分别为0.193 8、0.196 1、0.232 5,说明3个群体的遗传多样性较低。对近交系数Fis分析显示3个群体中存在近交,通过对哈迪温伯格平衡检验,显示所有座位均显著偏离平衡,存在杂合子缺失。通过配对Fst和Ne i遗传距离分析,显示3个群体之间有明显...
[期刊] 水产学报
[作者]
彭士明 施兆鸿 侯俊利
运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
余成晨 张伟 徐晓雁 王荣泉 李家乐 沈玉帮
为了分析草鱼(Ctenopharyngodonidella)选育群体不同世代的遗传变异和遗传结构,本研究利用了已建立的一套标准微卫星标记对草鱼长江选育群体F0、F3、F4进行了遗传变异的评估,并与黑龙江选育群体和珠江选育群体进行了遗传变异的比较分析。实验结果表明长江选育群体的各世代均具有高度的遗传多样性(PIC>0.05),且长江选育群体的遗传多样性相对于黑龙江和珠江选育群体的遗传多样性水平更高(P<0.05)。遗传分化指数(Fst)分析结果表明,长江选育群体F0、F3、F4之间遗传分化的水平较低(0
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