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[期刊] 中国农业科学
[作者]
万宣伍 刘映红 张彬 周浩东
【目的】探讨重庆地区桔小实蝇遗传分化情况。【方法】以8对微卫星引物对重庆地区6个桔小实蝇种群155个个体的遗传多样性进行研究。【结果】在8个微卫星位点上共检测到51个等位基因。6个种群在各位点的平均表观杂合度Ho为0.1731—0.2958,平均期望杂合度He为0.1311—0.6796,经卡方检验,各种群在大多数位点上不符合Hardy-Weinberg平衡。对多态位点百分率P、基因多样性指数Nei’s,Shannon信息指数I的分析表明,本文所研究的6个桔小实蝇种群具有较丰富的遗传多样性。种群间分化系数FST平均值为0.0777,说明遗传变异主要发生在种群内。武隆种群和永川种群之间的遗传距离...
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
黄勇杰
务川臭蛙(Odorrana wuchuanensis),无尾目(Anura),蛙科(Ranidae),臭蛙属(Odorrana),中国特有种,是中国最濒危的8种两栖类之一,其模式标本因采于贵州省东北部的务川仡佬族苗族自治县而被命名。2016年被国际自然保护联盟(IUCN)重新评估,由极度濒危(Critically Endangered,简称CR)降级为易危(Vulnerable,简称VU),但目前未列入中国重点野生动物保护名录。截止2016年,野外调查主要发现于贵州省东北部和南部,但由于该物种栖息地多位于
[期刊] 水产学报
[作者]
郭香 李琪 孔令锋 于红
为了提高长牡蛎遗传图谱上的微卫星标记密度,实验采用6个家系图谱间的共有微卫星标记作为锚定标记,构建了长牡蛎的整合图谱。该整合图谱共有161个微卫星标记,覆盖10个连锁群,图谱长度和平均间距分别为615.4和3.8 cM。各连锁群的标记数介于10～24个之间,连锁群长度为47.3～73.3 cM,是目前密度最高的长牡蛎微卫星图谱。不同作图家系连锁群上的标记分组保持一致,但标记顺序出现差异,可能与长牡蛎自然群体中存在大量的染色体重排现象有关。结果表明,该图谱可以为今后长牡蛎的遗传育种研究提供新的遗传工具。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
商鹏 郭新颖 张健 吴绿草 段梦琪 杨娜娜 赵雨农 李盼 强巴央宗
为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。
关键词：
藏马 微卫星标记 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔景香 李传忠 孟祥凯 尹逊河 王慧
采用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种:汶上芦花鸡、济宁百日鸡和日照鸡的遗传多样性,在40种微卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的6个引物。统计分析了各群体的等位基因数(NA)、多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、群体间的遗传距离(DS)和相似系数(I)。采用UPGMA法构建系统发生树。结果表明:3个地方鸡种在6个微卫星位点上共发现了15个等位基因,每个位点的等位基因数为2~3个;每个群体的平均等位基因数分别为2.5、2.2和2;大小在110~300bp之间,期望杂合度与观测杂合度比较接近。芦花鸡(W)多态信息含量最大,为0.3075;日照鸡(R)中最小,为0.2915。以...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
汤青萍 陈宽维 李慧芳 章双杰 赵东伟
利用27个微卫星位点对中国斗鸡(河南斗鸡、鲁西斗鸡、吐鲁番斗鸡、西双版纳斗鸡及漳州斗鸡)进行了遗传检测,统计了其群体杂合度、多态信息含量、有效等位基因数及品种间的遗传距离,并进行了系统聚类分析。结果表明,西双版纳斗鸡群体杂合度最高,为0.662,具有丰富的遗传多样性;河南斗鸡群体杂合度较低,为0.532,说明河南斗鸡基因型趋于一致。漳州斗鸡与吐鲁番斗鸡遗传距离最远,为0.516;鲁西斗鸡与西双版纳斗鸡遗传距离最近,为0.206。聚类结果表明,西双版纳斗鸡与吐鲁番斗鸡均为鲁西斗鸡的后裔,三者之间距离较近,而漳州斗鸡则与河南斗鸡、鲁西斗鸡、吐鲁番斗鸡及西双版纳斗鸡的遗传距离较远。
关键词：
微卫星 中国斗鸡 遗传分化 系统聚类分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张露 樊威 苏建 焦晓磊 周剑 黄志鹏 赵瀚 赵仲孟 段元亮 李强 杜军 卓婷 苏全森 吴俊 罗煜
【目的】为了解7个不同地理位置的4个乌鳢（Channa argus）群体和3个白化乌鳢育成群体的群体遗传多样性和遗传分化特点。【方法】采用20对微卫星引物对4个乌鳢群体和3个白化乌鳢育成群体，共计350尾个体的微卫星位点进行了分型检测，分析了所有微卫星标记的多态性及遗传多样性信息，并分析了群体间遗传分化特点。【结果】所有20对微卫星引物共检测出356个等位基因，等位基因数（N_(a)）介于4～40个，每个位点平均有17.8个等位基因。观测杂合度（H_(o)）介于0.000～0.791，平均值为0.578；期望杂合度（H_(e)）介于0.31～0.91，平均值为0.732；多态信息含量（PIC）介于0.271～0.901，平均值为0.700，且所有乌鳢群体的N_(a)、H_(o)、H_(e)、PIC均高于白化乌鳢群体。7个群体的遗传分化指数（F_(ST)）在0.07 876～0.40 303，所有群体间的遗传分化均达显著水平（P<0.05）。将4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分为两组进行分子方差分析（AMOVA），发现这几个群体的遗传变异主要来源于个体内，占遗传变异来源总量的69.65%。而UPGMA系统发育树聚类结果显示4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分别被聚类到了2个独立分支上。【结论】本研究的3个白化乌鳢群体的遗传多样性均相对低于4个乌鳢，在繁育过程中应加强白化乌鳢遗传多样性保护，尽量避免近亲交配，本研究为乌鳢和白化乌鳢的遗传资源保护及综合利用提供理论依据。
关键词：
乌鳢 白化乌鳢 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
许宙 黄耀江 周文化
为了从分子水平上揭示独龙鸡群体遗传结构,利用鸡基因组中25个微卫星标记,检测了独龙鸡群体的遗传多样性,同时探讨了独龙鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位.结果表明:25个微卫星位点共检测到90个等位基因,其中ADL0166位点的等位基因数最多,为8个,而ADL0112、LEI0166、MCW0067、ADL0268、MCW0294、MCW0078和MCW0183这7个位点的等位基因数最少,为2个;聚类分析结果显示,独龙鸡与我国华南、西南地区鸡种之间有比较密切的亲缘关系,而与我国华北和东北地区鸡种亲缘关系均较远.总体而言,该系统聚类结果与13个鸡种的地理分布是一致的,并且认为独龙鸡是由红原鸡进化而来...
关键词：
独龙鸡 微卫星标记 遗传多样性 聚类分析
[期刊] 林业科学
[作者]
黄平 崔娇鹏 郑勇奇 张川红
以月季品种的微卫星标记数据为基础,选择7个遗传相似系数对月季品种间遗传相似度进行计算,并采用非加权组平均法(UPGMA)建立相应的系统树。通过遗传相似系数相关性、聚类结果一致性以及拟合优度等分析方法,探讨不同的遗传相似系数在微卫星遗传分析中的适用性。分析数据显示7个系数之间相关系数介于0.726～1.000。共表型相关系数rc介于0.85～0.93,表明品种间遗传差异在基于UPGMA方法的聚类树状图中有良好体现。系统树之间的CIc指数范围为0.468～1.000,表明采用不同相似系数进行聚类分析时,结果存在较大差异。7个遗传相似系数的S统计值介于16.24%～29.90%,RusselandR...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
刘云国 陈松林 李八方
应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示,微卫星标记比其他标记具有更高的多态性,10个微卫星座位的等位基因数在4～10之间,有效等位基因数在2.23～5.82之间,平均等位基因数为7.6,群体平均杂合度为0.6960,Hardy-wein-berg遗传偏离指数的平均值为0.1774。
关键词：
牙鲆 养殖群体 遗传变异 微卫星标记
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨濯羽 张艳萍 娄忠玉 焦文龙 王太
采用１０对微卫星标记分析了道氏虹鳟（ＯｎｃＯｒｈｙｎｃｈｕｓ ｍｙｋｉｓｓ）２２个选育家系的遗传多样性及遗传结构。结果显示：２２个道氏虹鳟家系均具有较高的遗传多样性，在９个微卫星位点共获得７１个等位基因，平均等位基因数为７．８９；平均多态信息含量（Ｐｉｃ）为０．７４；平均观测杂合度（ｈＯ）和期望杂合度（ｈｅ）分别为０．７８０和０．７７１。进行ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡检验，发现２２个群体在不同位点均发生了不同程度偏离。计算遗传距离，发现部分家系之间遗传距离较大。综合分析，得出２２个道氏虹鳟家系中家系８、家系１１、家系１２、家系２１、家系２８、家系２９遗传多样性相对丰富，具有较大的遗传潜力．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李可 马徐发 谢鹏 高萌 郭焱 谢从新 侯杰
利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾可为 宋文 王青云 夏儒龙 王守荣 邓国乔 成为为 曹小娟
采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
于悦 庞美霞 俞小牧 童金苟 沈建忠
利用１０个高度多态的微卫星标记对采自长江、赣江、鄱阳湖湖口和都昌水域的４个鲢野生群体遗传结构进行分析。检测到１４８个等位基因，每个微卫星位点的等位基因数５～２４，有效等位基因数６．４～７．１，平均观测杂合度Ｈｏ为０．８０２～０．８２１，平均期望杂合度Ｈｅ为０．８１７～０．８３９，表明这４个鲢群体遗传多样性较高。鲢群体间的遗传相似系数为０．９２２ ２～０．９４４ １，遗传距离为０．０５７ ６～０．０８１ ０，固定系数Ｆｓｔ值为－０．０１２ ３５～０．００５ ２８，表明这４个鲢群体间遗传一致性高，遗传距离小，群体遗传分化不显著。ＡＭｏＶＡ结果显示遗传变异主要来自群体内，基因流分析认为长江、赣江、鄱．．．
关键词：
鲢 遗传结构 微卫星 长江 赣江 鄱阳湖
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴井生 李新宇 朱孟玲 张建生
为丰富枫泾猪与小梅山猪的种质特性,评价其保种效果,制订有效的保种方案,对枫泾猪与小梅山猪群体的遗传多样性进行分析,采用ISAG/FAO联合推荐的30个微卫星标记,分析2个猪群的遗传多样性。结果表明:枫泾猪的有效等位基因数(ne)、多态信息含量(PIC)、基因杂合度(He)、基因丰度(R)分别为(3.012 9±0.875 5)、(0.568 4±0.161 8)、(0.635 6±0.157 3)、(4.266 7±1.337 4),小梅山猪的遗传多样性参数中除平均观察等位基因数(na)与基因丰度外,其余均低于枫泾猪;2个群体间的遗传分化系数(Fst)与遗传距离(D)分别为0.005 3、0....
关键词：
枫泾猪 小梅山猪 微卫星标记 遗传多样性
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