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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
韩金磊 李占杰 王凯
真核生物转录调控过程是大量的顺式调控元件与反式作用因子相互作用的结果.研究发现,这一调控过程与染色质核小体的动态定位相关,调控因子的结合需要裸露的无核小体的DNA区域,即开放的染色质位点.因此,高效精确地定位基因组上的开放染色质位点为成功地发掘基因组调控元件,乃至揭示基因表达调控机制提供了重要线索和有效手段.本文对开放染色质位点的定义、主要研究方法以及功能注释进行概述,希望对在基因组水平上调控元件的发掘,尤其是在植物中的应用提供借鉴.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
董浩 彭小薇 王晓英 孙雨 宋晓晖 吴清民
为研究羊种布鲁氏菌转录调控因子ＭｕｃＲ蛋白的毒力相关机制，对染色质免疫共沉淀技术进行了优化。构建了表达ＭｕｃＲＦｌａｇ融合蛋白的羊种布鲁氏菌菌株，并用商品化抗Ｆｌａｇ标签抗体对ＭｕｃＲＦｌａｇ蛋白进行富集，从而替代ＭｕｃＲ蛋白抗体的制备过程。通过该染色质免疫共沉淀方法对羊种布鲁氏菌ＭｕｃＲ蛋白的结合靶点基因进行了鉴定，结果显示：通过使用该方法鉴定出羊种布鲁氏菌ＭｕｃＲ蛋白可以结合到ＢＭＥＩ０４３０和ＢＭＥＩ１３６４（ＭｕｃＲ基因）的启动子序列上。结果表明优化的染色质免疫共沉淀技术适用布鲁氏菌转录调控因子结合靶点的研究。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨春葆 原红军
【目的】探究白粉病胁迫对青稞基因表达和染色质开放性的影响及青稞白粉病胁迫响应分子机制。【方法】对青稞白粉病高抗品种GND7和高感品种ZQ13进行白粉菌侵染和空白处理（利用水替代侵染），收集青稞叶片进行转录组测序和染色质开放性测序，筛选差异表达与差异开放性基因。【结果】ZQ13样本白粉菌侵染前后得到1647个差异基因，其中980个基因在侵染过程中上调表达，667个基因在侵染过程中下调表达。针对白粉菌侵染过程中染色质开放性研究发现，ZQ13样本侵染前后共获得7310个差异开放性区域，其中424个区域开放性上调，6886个区域开放性下调。GND7样本白粉菌侵染前后得到1119个差异基因，其中657个基因在侵染过程中上调表达，462个基因在侵染过程中下调表达。针对白粉菌侵染过程中染色质开放性研究发现，GND7侵染前后共获得2573个差异开放性区域，其中1343个区域开放性上调，1230个区域开放性上调。通过转录组和染色质开放性联合分析，筛选出AP2/ERF转录因子（HOVUSG2735700）、MYB1R1转录因子（HOVUSG4226000）等。【结论】青稞在白粉菌侵染过程中基因表达量与染色质开放性发生了较大变化，AP2/ERF转录因子（HOVUSG2735700）、MYB1R1转录因子（HOVUSG4226000）等可能在青稞响应白粉病胁迫中发挥了重要作用。
关键词：
青稞 白粉病 基因表达 染色质开放性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
房艳华 韦小敏 李肖 来航线 马小娟
【目的】对斜卧青霉转录调控因子Hac1进行染色质免疫共沉淀(CHIP)试验,为其调控机制及生物学功能研究奠定基础。【方法】以斜卧青霉为材料,DTT诱导转录调控因子Hac1表达,用交联Buffer处理菌丝,使Hac1与靶基因交联,超声破碎染色质后,进行解交联染色体检验,研究不同交联时间(5,10,20,30,40min)、不同菌丝用量(10mL CHIP缓冲液中分别添加0.25,0.50,1.00,1.50g菌丝)及不同超声功率(15,20,25,30 W)、超声时间(1,3,5s)、超声间隔时间(10,2
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘春燕 郭楠 闫红飞 刘大群
利用黑麦基因组特异SCAR标记对小麦抗叶锈病近等基因系材料TcLr45和其背景材料Thatcher进行PCR扩增,在TcLr45中获得了单一条带,而在Thatcher中则扩增出2条与其大小不同的条带。进一步利用49个小麦抗叶锈近等基因系进行扩增,经5%聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,该片段为TcLr45特有片段。经TcLr45×Thatcher F2分离群体验证,该标记与Lr45基因连锁距离较远。对该片段进行克隆测序,片段长度为650 bp,与该引物在黑麦中的扩增序列有差异(643 bp),进一步经BLAST2对这2个序列分析,相似性为97%,表明该片段为由黑麦向小麦转移的外源片段。100个小麦品种检...
关键词：
黑麦 抗叶锈基因 Lr45 SCAR标记
[期刊] 中国农业科学
[作者]
叶新福 杨德卫
野生稻长期处于野生状态,经受了各种灾害和不良环境的自然选择,保存着栽培稻不具有的或已经消失了的特异基因,抗逆性较强,是天然的基因库。染色体片段置换系是进行基因分析的理想材料。建立染色体片段置换系群体,不仅可以挖掘新的基因资源,还可以实现植物分子育种从单个基因利用到基因组综合利用的跨越发展。文中介绍了染色体片段代换系群体的特点和构建原理,综述了野生稻染色体片段代换系群体构建及应用的研究进展,并对其研究方向进行了分析和展望,以便为今后开发和利用野生稻资源提供理论依据。
关键词：
野生稻 染色体片段置换系 构建
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张媛媛 黄冬梅 邓班 李丹静 张玉 缪颖
以拟南芥成熟叶片为材料,探索3种不同型号超声破碎仪器的染色质免疫共沉淀(Ch IP)超声破碎条件.根据超声破碎结果推荐使用Covaris M220 Focused-ultrasonicator仪器,并将该仪器破碎条件设置为10%duty cycle、75 Watts Intensity Peak Incident power、200 cycle per Burst、7℃bath temperature、破碎时间12 min时,可获得约500 bp的DNA片段.同时,为检测不同H3K9ac抗体用量对染色质免疫沉淀效率的影响,通过半定量和实时荧光定量PCR检测确定初始量0.25 g的拟南芥叶片所需H3K9ac抗体的最适用量为3μL.此外,以不同衰老程度的水稻旗叶为材料,根据上述破碎条件,进一步优化超声破碎时间,同样可以获得合适的DNA片段,根据优化的样品与抗体用量比例,通过免疫沉淀可以获得适用于后期实时定量PCR(Ch IP-q PCR)和高通量测序(Ch IP-seq)分析的DNA样品.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王洪程 梅楚刚 昝林森 成功 李安宁 王洪宝
牛作为反刍动物的代表,具有独特的生物学特征和重要的哺乳动物进化地位,是人类生产活动的重要工具和肉、奶等物质需求的主要来源。近10年来,牛全基因组研究取得了很多重要的进展,为解释牛的生物学特征和加快品种的分子育种进程发挥了重要作用,文章重点介绍了牛全基因组测序的相关研究成果,以及测序工作完成后的研究进展,讨论了牛全基因组测序工作的机遇、研究重点,以及今后面临的挑战。
关键词：
牛 全基因组 测序
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
马志杰
为了解牦牛基因组和转录组研究现状,以"牦牛、基因组、转录组和高通量测序"为关键词,对2012—2018年的研究进展进行文献检索。研究发现:在牦牛基因组研究方面,已有研究对牦牛基因组进行了首次测序和重测序分析,构建了基因组"草图"和变异图谱,比较了家、野牦牛及与其他物种间全基因组水平上的异同,阐释了牦牛高原适应的遗传学机制,探究了牦牛的驯化和群体历史发展动态,初步揭示了牦牛与普通牛种间杂交渐渗状况,并对部分性状(如角、多肋性状)进行了全基因组关联分析和遗传机理揭示;在牦牛转录组研究方面,已有研究对牦牛睾丸、卵巢、心脏等多个组织器官及不同发育阶段的卵母细胞和胚胎细胞进行了转录组分析,发掘出一批潜在的与牦牛经济性状及一些生物学变化相关的差异表达基因。为推动牦牛分子育种进程,应进一步利用高通量测序技术获得牦牛大数据,继续完善牦牛全基因组结构。
关键词：
牦牛 基因组 转录组 高通量测序
[期刊] 西南农业学报
[作者]
汤青林 宋明 王小佳 张洪 李成琼 王志敏
春化记忆在植物发育开花过程中起着非常重要的作用。拟南芥春化细胞的记忆来源于FLC染色质结构的改变。组蛋白H3在Lys-4的三甲基化和组蛋白的乙酰化作用与FLC的激活表达有关。组蛋白的去乙酰化作用和组蛋白H3在Lys-9和Lys-27上的三甲基化参与FLC的抑制作用。本文对此方面进行了综述。
关键词：
春化记忆 染色质改变 春化相关基因
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
管雨 杨洋 张智俊 罗淑萍 汤定钦
从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
徐川梅
山核桃属(Carya Nutt)植物是胡桃科(Juglandaceae)中的一个重要的属,是重要的经济树种,具有极高的经济价值,特别是其中的山核桃(Carya cathaynesis Sarg.)和薄壳山核桃(Carya illinoinensis),在浙江省干果产业发展中占有举足轻重的作用。近年来,山核桃产业发展迅速,生产上对山核桃良种的需求也越来越大。然而,山核桃遗传育种工作进展缓慢,远远不能满足生产上对良种的需求,这在一定上制约了山核桃产业的发展。山核桃属植物约有16个种,间断分布于北美和东亚地区,
[期刊] 华北农学报
[作者]
邢苗苗 田多成 李海龙 姚丽君 冀瑞琴 康俊根
细菌人工染色体(BAC)文库是克隆甘蓝抗病优质重要基因的基础,以抗枯萎病、富含硫代葡萄糖苷的结球甘蓝自交系R4P1为材料,美国Epicentre公司的CopyControlTMpCC1BACTM为载体,构建了甘蓝细菌人工染色体文库。该文库有73 344个克隆,插入片段平均大小约97 kb,空载率<3%,覆盖甘蓝基因组约10.9倍,筛选到甘蓝任一基因的概率为99.99%,这些结果表明,构建的文库质量较好,可用于后续分析。构建的甘蓝BAC文库不仅可用于枯萎病基因的克隆,而且为克隆其他重要的功能基因及基因组学等的研究奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
耿波 关云涛 孙效文
为了开展鲤基因组研究,深入研究遗传连锁图谱遗传标记的定位及数量性状的定位和克隆,并最终为分子育种提供服务,本实验构建了鲤的BAC基因组文库。通过采集黑龙江野鲤(Cyprinus caxpio haematopterus)全血细胞制备琼脂糖凝胶包埋块的方法获得了高分子量(HMW)DNA。通过BamHⅠ部分酶切和PFGE电泳分离选择获得100～300kb的DNA片段,用电洗脱和透析的方法对产物进行浓缩和纯化。纯化的HMWDNA连接到大小为7.2kb的克隆载体pEZBAC上。为了评估构建的文库的质量使用一系列引物对文库进行了验证。本研究首次构建黑龙江野鲤的BAC文库,该库含有46656个克隆,插入片...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李珍 云岚 王俊 高志琦 马琳萍 李峥 任晓敏
【目的】利用流式细胞仪检测新麦草种质的染色体倍性和基因组大小,为新麦草的种质鉴定及遗传育种研究提供基础数据。【方法】以31份新麦草种质为材料,利用流式细胞仪检测新麦草种质染色体倍性、核DNA含量,通过根尖染色体压片法验证检测结果。同时用已知基因组大小的黑麦草(Lolium perenne L.)和大麦(Hordeum vulgare L.)为对照,采用外标法估测新麦草的基因组大小。【结果】31份新麦草种质中,四倍体材料2份,分别为200803和595289号,占新麦草种质的6.45%;其余29份材料均为二倍体,占新麦草种质的93.55%。二倍体新麦草基因组大小为6.73 Gb,核DNA含量为(13.74±0.483) pg,四倍体新麦草基因组大小为13.62 Gb,核DNA含量为(27.842±0.681) pg。经根尖染色体制片法验证,二倍体新麦草种质体细胞染色体数为2n=2x=14,四倍体新麦草种质染色体数为2n=4x=28。根尖压片法和流式细胞仪法对新麦草种质染色体倍性鉴定结果完全一致。【结论】明确了新麦草种质的染色体倍性及基因组大小。
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