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[期刊] 西南农业学报
[作者]
庞通 李玉武 兰国玉 魏亚情 许心诺
【目的】分析橡胶树根际微生物群落多样性和组成差异及环境驱动因素，为优化橡胶林种植管理模式提供科学依据。【方法】利用宏基因组测序技术，从不同生态位视角分析橡胶树根际细菌群落结构和多样性及环境因素。【结果】在物种组成方面，共检测到细菌150个门，240个纲，414个目，809个科，3284个属和26 710个种，橡胶树根际细菌主要富集的优势菌门是变形菌门(Proteobacteria， 39.05%)、放线菌门(Actinobacteria， 29.91%)和酸杆菌门(Acidobacteria， 16.18%)，用主坐标分析法可视化呈现群落分布情况，发现根际与土壤样本聚集，根表细菌与土壤和根际细菌的分布具有显著差异，置换多元方差分析(PERMANOVA)也验证了该点；在多样性方面，橡胶树根际不同部位细菌群落多样性表现为土壤>根际>根表，α多样性Shannon指数在土壤和根表中差异较显著(P＜0.01)，其中根际和根表差异极显著(P＜0.001)，但土壤与根际之间没有显著差异(P＞0.05)，根表细菌α多样性与另外两个生态位隔室具有显著差异；在驱动因素方面，通过线性回归分析可知，细菌α多样性与pH、速效钾(AK)呈显著负相关(pH：R~(2)=0.53，P＜0.001；AK：R=0.20，P=0.005)，与温度(Temperature)、降水(Precipitation)、硝态氮(NN)呈正相关，所有环境因子中pH是影响细菌α多样性最重要的环境因子。RDA分析发现，pH和季节对细菌群落β多样性的影响最大，是影响细菌β多样性的最主要环境因子，季节、pH、全钾、全磷、土壤有机质、铵态氮、硝态氮、有效钾与橡胶林土壤细菌群落具有显著相关性(P<0.05)。【结论】橡胶树根际细菌群落多样性和组成存在显著的生态位差异，pH和季节是影响微生物群落多样性最重要的环境因子。
关键词：
橡胶林 细菌 群落组成 多样性 驱动因子
[期刊] 海洋渔业
[作者]
高权新 李云莉 齐占会 岳彦峰 施兆鸿 彭士明 高阳
近年来,随着海水养殖业的迅猛发展,我国沿海水域生态系统遭受了不同程度的污染。选取我国沿海10个典型养殖水域(大连、唐山、蓬莱、连云港、启东、象山、宁德、东山,湛江、陵水),并以美济礁水域作为对照组(无水产养殖活动),采用宏基因组de novo测序方法系统分析了这些水域微生物的多样性,并进行了对比研究。结果发现,我国典型养殖水域微生物多样性与非养殖水域(美济礁)相比差异较大,美济礁水域微生物多样性明显低于各养殖水域;不同的养殖水域之间,微生物的丰度和多样性亦存在较大的差别;厚壁菌门和变形菌门是这些水域丰度最大的门类,其中厚壁菌门中的芽孢杆菌是其优势菌种。研究结果不仅有助于了解中国沿海典型养殖水域微生物的多样性,并可为评估我国海洋生态系统的污染水平提供基础数据。
关键词：
海水养殖 微生物多样性 de novo
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵圣国 王加启 刘开朗 李旦 于萍
利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物PCR扩增并测序,揭示奶牛瘤胃尿素分解菌的多样性。提取本研究室前期鉴定的16个脲酶克隆的质粒,利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,将PCR产物连接到pMD19-T载体,转化E.coliJM109,挑取阳性克隆测序。利用Blast程序将序列与GenBank和RDP数据库进行比对,并使用Mega 4.0软件构建系统发育树。4个脲酶克隆含有脲酶保守序列ureC,系统发育树分析表明,U1、U5、U13和U15分别属于Firmicutes、ε-Proteobacteria、β-Proteobacteria和A...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
林海燕 刘昌伟 杨勇 张志旭 曾超珍 伍岗 刘仲华
以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
林海燕 刘昌伟 杨勇 张志旭 曾超珍 伍岗 刘仲华
以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡雲飞 张玥 张彩丽 杨路成 陈暄 庄静 黎星辉
从不同季节的茶树根系和根际土壤中分离得到真菌2 019株,包括茶树根系内生真菌826株、根际土壤真菌1 193株。采用分子生物学鉴定方法,对rDNA-ITS区段进行扩增及分析,共鉴定出13个属28种真菌,其中茶树根系内生真菌12种,根际土壤真菌20种。对不同季节分离得到的真菌进行多样性分析,结果表明:春、夏、秋季分离出茶树根系内生真菌种类分别为12、11、12;3个季节Shannon-Wiener多样性指数差异不明显;而均匀度指数夏季最高,秋季次之,春季最低。春、夏、秋季分离出根际土壤真菌种类分别为18、17、20;3个季节Shannon-Wiener多样性指数及均匀度指数差异均不明显。根际土...
关键词：
根际土壤 根系 真菌 茶树 多样性指数
[期刊] 林业科学
[作者]
丁新景 敬如岩 黄雅丽 陈博杰 马风云
【目的】研究黄河三角洲4个不同树种人工林根际土壤细菌群落结构及多样性,揭示人工林改善土壤生产力的微生物学机制,为人工林的栽培和管理提供理论依据。【方法】应用高通量测序技术,比较臭椿、榆树、绒毛白蜡和刺槐4种人工林根际土壤细菌群落结构及多样性,并结合根际土壤理化性质进行相关性分析。【结果】1)臭椿、榆树、白蜡和刺槐人工林根际土壤细菌分别有27、26、28和28门,酸杆菌门、变形菌门和放线菌门3门细菌在4种人工林根际土壤中相对丰度大于10%,是根际土壤中的优势群落;硝化螺旋菌门、绿弯菌门、浮游菌门、芽单胞菌门
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李文秀 贺军军 张华林 翁俊亮 李进良 罗萍
【目的】从表型性状和分子标记两个方面分析亲本和杂交子代群体的遗传特性和遗传分化，为亲本组合的甄选和杂交子代的差异分析等工作提供参考依据。【方法】以35份橡胶树杂交后代群体为供试材料，利用表型性状和SSR分子标记进行遗传特性及遗传多样性研究。【结果】32个表型性状的变异系数平均值为32.59%，其中叶枕沟的变异系数最大为60.90%，小叶柄沟的变异系数最小为0；多样性指数分布在3.22～3.53之间，平均为3.49。杂种优势分析表明，F_(1)杂种在树围、年平均增长量和产量上具有较强的杂种优势，分别为101.2%、117.2%和95.38%。在35个杂种F_(1)中，产量最高的是材料A38，最低的是材料A9。2017—2020年4年间，材料A22每年都是树围最大的杂交子代；35个F_(1)杂种的年增长量分布在5.6～10.4 cm之间，年平均周长增量居6.7～8.8 cm之间。根据分子标记分析结果，从104对引物中筛选出扩增效果较好的引物15对，利用15对SSR标记亲本和后代群体遗传多样性分析，共扩增出15个等位基因，多态信息含量值（PIC）在0.2710～0.6827之间，Shannon’s信息指数(I)，观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别处于0.5004～1.3459、0.1714～1和0.3246～0.74之间；采用UPGMA方法进行聚类分析，结果表明杂种可分为3个类群。【结论】亲本选配合理，杂交子代多样性丰富，解析了杂交子代遗传变异和遗传多样性，为杂交育种及亲本选配提供材料和理论支持。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱迎春 王洋 樊晓盼 马俪珍 王凯丽
【目的】分析鲶鱼肉片贮藏过程中微生物多样性和菌群动态变化,探究天然保鲜剂对鲶鱼肉片菌相及菌落组成的影响。【方法】试验分8组,即新鲜鲶鱼片(CK0);空气包装(air-package,AP)鲶鱼片低温贮藏(4±1)℃第4、7天(AP4和AP7)样品;气调包装(modified atmosphere package,MAP,60%CO_2/40%N_2)鲶鱼片冰温贮藏(-0.7±0.02℃)第10、30天(MAP10和MAP30)样品;添加5%天然保鲜液(由壳聚糖、蜂胶、溶菌酶、Nisin和茶多酚复配而成)M
关键词：
鲶鱼片 宏基因组学 菌相变化 天然保鲜液
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张剑 侯晓强 付亚娟
【目的】从分子水平上对珍稀濒危药用植物大花杓兰根际土壤细菌群落多样性进行初步探讨。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对大花杓兰根际土壤细菌16S rRNA基因的V3V4高变区片段进行测序,而后进行生物信息学分析。【结果】共得到166,847条16S rRNA基因序列。基于≥97%的相似度水平,通过聚类共获得1549个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)。大花杓兰根际土壤细菌在门、纲、目、科和属分类水平上的优势类群分别为变形菌门Proteob
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王真辉
The presence of endomycorrhiza in rubber trees was found long ago. But compared with other plants, few research on arbuscular mycorrhizae in rubber tree was conducted at home and abroad. In this paper, the advances and main achievements in recent years were reviewed, which included the survey of end...
关键词：
橡胶树 AM菌根 生长 抗病性
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孟晓露 高凯 冯治洋
[目的]本文旨在筛选土壤微生物来源的芳香聚酮抗生素。[方法]通过宏基因组学技术,利用基于酮基合成酶基因(KSα)保守序列设计的简并引物筛选土壤宏基因组文库,获得含有芳香聚酮生物合成基因簇的阳性克隆。对阳性克隆质粒测序并通过BLASTx同源比对分析其所包含的芳香聚酮生物合成基因簇。通过接合转移方法将基因簇整合进异源表达宿主白色链霉菌基因组中,培养发酵接合子,利用高效液相色谱技术确定克隆特异性产物并对发酵产物进行抑菌活性检测。[结果]从珠穆朗玛峰土壤宏基因组文库第493号混合文库中扩增得到了1个KSα片段ZF493,蛋白序列分析显示其与酮基合成酶同源,文库筛选得到了含有其对应芳香聚酮生物合成基因簇的阳性克隆cos493。对cos493的测序分析显示其插入片段大小为34 kb,包括酮基合成酶基因(KSα,orf 21)、链长因子基因(KSβ,orf 20)、酰基载体蛋白基因(ACP,orf 19)、环化酶基因(CYC,orf 17和orf 18)、糖基转移酶基因(orf 12)、单加氧酶基因(orf 16)等芳香聚酮合成相关基因。ORF 21与化合物calixanthomycin A聚酮合酶的KSα有67%的相似性,ORF 20与化合物griseorhodin A的KSβ有49%的相似性。通过接合转移使含芳香聚酮合酶基因簇的cos493整合进白色链霉菌宿主基因组中。高效液相色谱分析发酵粗提物发现了2个克隆特异化合物峰,紫外光谱分析显示化合物1在223、296和420 nm处有特征吸收峰,化合物2在214、261和447 nm处有特征吸收峰,特异峰具备芳香聚酮化合物的紫外吸收特征。对发酵粗提物的抑菌活性检测发现,其对金黄色葡萄球菌有抑制作用。[结论]本研究运用基于序列的宏基因组学技术,在链霉菌宿主中表达了来源于土壤微生物的芳香聚酮合酶基因簇并产生了具有抗菌活性的化合物。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
汤涤洛 涂修亮 潘国雄 熊伟 汪红武
【目的】本文研究了不同苎麻品种根际土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用Illumina平台Miseq高通量测序技术结合相关生物信息学对深根型、中根型、浅根型苎麻根际土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获得230 664个OTUs,257 100条读数,平均读长420 bp。Venn图表明不同处理之间共有的细菌OTU数目为459个,深根型苎麻与中根型苎麻共有的细菌类群最多。深根型苎麻Chao指数显著高于浅根型苎麻13.86%,与中根型苎麻差异不显著。深根型苎麻Shannon指数显著高于中根型
关键词：
高通量测序 苎麻 土壤微生物 细菌多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘文波 秦春秀 薛文华 梁鹏 邬国良 林春花 缪卫国 郑服丛
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔垂思 李友勇 孙云南 尚卫琼 刘本英 杨涛
【目的】云南是中国茶树资源最大的遗传多样性中心，研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制，不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异，揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性之间的关系，为优化商品茶叶种植生产提供理论支撑。【方法】本研究选择不同茶树品种，利用土壤农业化学结合16SrRNA高通量测序技术分析不同品种氮磷钾含量茶树的根际土壤理化性质及细菌群落多样性的差异，并对其做相关性分析。【结果】不同茶树品种新梢氮磷钾含量差异较大，不同茶树品种中，氮含量高的茶树品种根际土壤的pH值、有机质、全氮、水解性氮含量均较高，磷含量高的茶树品种根际土壤的全磷、有效磷含量均较高，钾含量高的茶树品种根际土壤的全钾、速效钾含量较高。群落结构分析表明，不同茶树品种根际土壤优势菌群在门水平为变形杆菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)等。根际土壤pH、有机质含量、水解性氮含量、有效磷含量、速效钾含量对细菌群落结构影响较大，尤其是对变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门影响较大。【结论】不同茶树品种中，新梢氮含量高、磷含量高、钾含量高的茶树土壤pH、有机质、全钾、有效磷、速效钾的含量较高，进而引起细菌群落丰富度、细菌群落多样性较大，是茶树养分差异形成的重要环境因子。不同茶树品种中，高养分含量茶树根际土壤中变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门的细菌群落相对丰度较高。
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