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[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱迎春 王洋 樊晓盼 马俪珍 王凯丽
【目的】分析鲶鱼肉片贮藏过程中微生物多样性和菌群动态变化,探究天然保鲜剂对鲶鱼肉片菌相及菌落组成的影响。【方法】试验分8组,即新鲜鲶鱼片(CK0);空气包装(air-package,AP)鲶鱼片低温贮藏(4±1)℃第4、7天(AP4和AP7)样品;气调包装(modified atmosphere package,MAP,60%CO_2/40%N_2)鲶鱼片冰温贮藏(-0.7±0.02℃)第10、30天(MAP10和MAP30)样品;添加5%天然保鲜液(由壳聚糖、蜂胶、溶菌酶、Nisin和茶多酚复配而成)M
关键词：
鲶鱼片 宏基因组学 菌相变化 天然保鲜液
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵圣国 王加启 刘开朗 李旦 于萍
利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物PCR扩增并测序,揭示奶牛瘤胃尿素分解菌的多样性。提取本研究室前期鉴定的16个脲酶克隆的质粒,利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,将PCR产物连接到pMD19-T载体,转化E.coliJM109,挑取阳性克隆测序。利用Blast程序将序列与GenBank和RDP数据库进行比对,并使用Mega 4.0软件构建系统发育树。4个脲酶克隆含有脲酶保守序列ureC,系统发育树分析表明,U1、U5、U13和U15分别属于Firmicutes、ε-Proteobacteria、β-Proteobacteria和A...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
高权新 李云莉 齐占会 岳彦峰 施兆鸿 彭士明 高阳
近年来,随着海水养殖业的迅猛发展,我国沿海水域生态系统遭受了不同程度的污染。选取我国沿海10个典型养殖水域(大连、唐山、蓬莱、连云港、启东、象山、宁德、东山,湛江、陵水),并以美济礁水域作为对照组(无水产养殖活动),采用宏基因组de novo测序方法系统分析了这些水域微生物的多样性,并进行了对比研究。结果发现,我国典型养殖水域微生物多样性与非养殖水域(美济礁)相比差异较大,美济礁水域微生物多样性明显低于各养殖水域;不同的养殖水域之间,微生物的丰度和多样性亦存在较大的差别;厚壁菌门和变形菌门是这些水域丰度最大的门类,其中厚壁菌门中的芽孢杆菌是其优势菌种。研究结果不仅有助于了解中国沿海典型养殖水域微生物的多样性,并可为评估我国海洋生态系统的污染水平提供基础数据。
关键词：
海水养殖 微生物多样性 de novo
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
计青青 冯治洋
[目的]本文旨在挖掘土壤微生物宏基因组(environmental DNA,eDNA)中的Ⅱ型聚酮化合物酮基合成酶基因(ketosynthase alpha,KS_α),并依据获得的KS_α基因与化合物结构的关系初步预测其所在基因簇可能合成的Ⅱ型聚酮化合物种类。[方法]利用Ⅱ型聚酮合酶基因KS_α保守区域设计简并引物筛选珠穆朗玛峰及峨眉山土壤宏基因组文库,对筛选得到的KS_α基因片段进行测序,并与已知Ⅱ型聚酮化合物KS_α基因、孢子色素基因的氨基酸序列用邻接法构建系统发生树,以大肠杆菌的fabB基因作为系统发生树的外群。[结果]总共筛选得到28个珠峰文库来源的KS_α基因,11个峨眉山文库来源的KS_α基因。将这些KS_α基因的氨基酸序列与34种编码已知Ⅱ型聚酮化合物KS_α基因和5种聚酮化合物孢子色素KS_α基因的氨基酸序列构建系统发生树,结果显示许多eDNA来源的KS_α基因与已知聚酮化合物的KS_α基因的氨基酸序列相似性较低,并且除在不同Ⅱ型聚酮结构类型对应的KS_α基因分支中均有分布外,有些eDNA来源KS_α基因在系统发生树中形成了独立的一个分支。[结论]利用宏基因组学方法可以获得新的KS_α基因,通过新基因与已知KS_α基因的同源比对,可以预测新基因所合成化合物的新颖性,为新化合物的发现奠定基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孟晓露 高凯 冯治洋
[目的]本文旨在筛选土壤微生物来源的芳香聚酮抗生素。[方法]通过宏基因组学技术,利用基于酮基合成酶基因(KSα)保守序列设计的简并引物筛选土壤宏基因组文库,获得含有芳香聚酮生物合成基因簇的阳性克隆。对阳性克隆质粒测序并通过BLASTx同源比对分析其所包含的芳香聚酮生物合成基因簇。通过接合转移方法将基因簇整合进异源表达宿主白色链霉菌基因组中,培养发酵接合子,利用高效液相色谱技术确定克隆特异性产物并对发酵产物进行抑菌活性检测。[结果]从珠穆朗玛峰土壤宏基因组文库第493号混合文库中扩增得到了1个KSα片段ZF493,蛋白序列分析显示其与酮基合成酶同源,文库筛选得到了含有其对应芳香聚酮生物合成基因簇的阳性克隆cos493。对cos493的测序分析显示其插入片段大小为34 kb,包括酮基合成酶基因(KSα,orf 21)、链长因子基因(KSβ,orf 20)、酰基载体蛋白基因(ACP,orf 19)、环化酶基因(CYC,orf 17和orf 18)、糖基转移酶基因(orf 12)、单加氧酶基因(orf 16)等芳香聚酮合成相关基因。ORF 21与化合物calixanthomycin A聚酮合酶的KSα有67%的相似性,ORF 20与化合物griseorhodin A的KSβ有49%的相似性。通过接合转移使含芳香聚酮合酶基因簇的cos493整合进白色链霉菌宿主基因组中。高效液相色谱分析发酵粗提物发现了2个克隆特异化合物峰,紫外光谱分析显示化合物1在223、296和420 nm处有特征吸收峰,化合物2在214、261和447 nm处有特征吸收峰,特异峰具备芳香聚酮化合物的紫外吸收特征。对发酵粗提物的抑菌活性检测发现,其对金黄色葡萄球菌有抑制作用。[结论]本研究运用基于序列的宏基因组学技术,在链霉菌宿主中表达了来源于土壤微生物的芳香聚酮合酶基因簇并产生了具有抗菌活性的化合物。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张旭 周丽 蔡敏 崔娜欣 庞思 邹国燕 赵志勇 袁泉 黄伟伟 张亚雷
养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成，于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标，同时基于宏基因组学技术分析了养殖期内水体中微生物物种组成及功能结构特征，并探讨了二者与环境因子的关系。结果显示，该养殖池塘在养殖中后期主要超标水质指标为pH、高锰酸盐指数、总磷和总氮。在养殖期水体中，6―8月的微生物群落多样性以及7―8月的微物群落丰富度处于较高水平，优势门为细菌中的变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和病毒中的尾噬菌体门(Uroviricota)，而在属水平上，丰度占比前10的优势属在多组之间均存在显著差异，如7月蓝藻门微囊藻属(Microcystis)细菌和8―10月的有尾噬菌体目(unclassified＿o＿Caudovirales)病毒丰度明显高于其他月份。微生物的主要功能为代谢功能包括能量代谢、全局和概览图、氨基酸代谢等，不同月份的功能组成存在显著差异，尤其是6―7月代谢途径丰度明显高于8―10月，而优势细菌变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是上述功能的主要贡献者。环境因子对微生物群落结构和功能组成的影响趋势一致，叶绿素a和pH是影响最显著的环境因子，溶解氧、总磷的影响作用稍弱。在养殖水体中，丰度占比较大的致病菌为肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。研究结果可为中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成研究提供基础数据，并可为养殖水质调控及生态系统构建提供理论依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵素君 曹冶 李江凌 张金灵 刘锐 王秋实 于吉锋
【目的】探究生猪养殖粪污在堆肥过程中耐药基因的消减规律。【方法】以猪粪和菌渣为发酵原料，进行有氧堆肥处理，在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天，进行上、中、下分层多点采样，提取总DNA构建文库，经定量和检测合格后，进行宏基因组测序分析。通过宏基因组学方法对堆肥过程中耐药基因的动态变化进行分析。【结果】堆肥期间共发现613个耐药基因，分别对32类抗生素产生耐药。其中，丰度较高的抗生素分别为青霉烷类抗生素(Penam)、头孢菌素类抗生素(Cephalosporin)、氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside antibiotic)、磷霉素类抗生素(Fosfomycin)、糖肽类抗生素(Glycopeptide antibiotic)和四环素类抗生素(Tetracycline antibiotic)，这与现实中常用的抗生素种类相吻合。分析发现耐药基因的消减出现2个峰值，第一个峰值出现在试验起始时，在第4天迅速下降，然后在第12天(对照组)和第8天(实验组)达到第二个峰值，随着细菌的自然凋亡，耐药基因的丰度又下降到低值，慢慢消减下去。【结论】在堆肥过程中，生猪养殖粪污中耐药基因丰度呈现波动式消减。
关键词：
宏基因组学 粪污 发酵 耐药基因
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
朱庆竖 郭巨先 杨运英 谭卫萍
定期测定了储良龙眼(Longan chinensis Sonn.cv.chuliang)果实在不同贮藏条件下的纤维素酶活性,并探索其与果肉自溶的关系。结果表明:常温和丙烯处理后,随着贮藏时间的延长,果肉纤维素酶的活性逐渐增强,最大值分别出现在第4天和第5天,果肉自溶指数也随之增高,二者的变化趋势一致。4℃下贮藏1个月时,纤维素酶活性变化较小,始终保持在100μg/(mL.h)左右,此条件下贮藏的果实只在贮藏后期开始自溶,但在之后的货架期纤维素酶活性迅速升高,24 h就达150μg/(mL.h),自溶指数也迅速提高。
关键词：
龙眼 纤维素酶活性 果肉自溶
[期刊] 西南农业学报
[作者]
诸永志 王静 王道营 徐为民 曹建民
本文研究了甜玉米在25、15和4℃条件下贮藏的相关酶系的变化情况。结果表明,在较低贮藏温度下甜玉米丙二醛(MDA)含量较低轻,活性氧清除酶系统的超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性较高,有利于延缓甜玉米的衰老,保持较高的商品品质。
关键词：
甜玉米 温度 酶系
[期刊] 西南农业学报
[作者]
庞通 李玉武 兰国玉 魏亚情 许心诺
【目的】分析橡胶树根际微生物群落多样性和组成差异及环境驱动因素，为优化橡胶林种植管理模式提供科学依据。【方法】利用宏基因组测序技术，从不同生态位视角分析橡胶树根际细菌群落结构和多样性及环境因素。【结果】在物种组成方面，共检测到细菌150个门，240个纲，414个目，809个科，3284个属和26 710个种，橡胶树根际细菌主要富集的优势菌门是变形菌门(Proteobacteria， 39.05%)、放线菌门(Actinobacteria， 29.91%)和酸杆菌门(Acidobacteria， 16.18%)，用主坐标分析法可视化呈现群落分布情况，发现根际与土壤样本聚集，根表细菌与土壤和根际细菌的分布具有显著差异，置换多元方差分析(PERMANOVA)也验证了该点；在多样性方面，橡胶树根际不同部位细菌群落多样性表现为土壤>根际>根表，α多样性Shannon指数在土壤和根表中差异较显著(P＜0.01)，其中根际和根表差异极显著(P＜0.001)，但土壤与根际之间没有显著差异(P＞0.05)，根表细菌α多样性与另外两个生态位隔室具有显著差异；在驱动因素方面，通过线性回归分析可知，细菌α多样性与pH、速效钾(AK)呈显著负相关(pH：R~(2)=0.53，P＜0.001；AK：R=0.20，P=0.005)，与温度(Temperature)、降水(Precipitation)、硝态氮(NN)呈正相关，所有环境因子中pH是影响细菌α多样性最重要的环境因子。RDA分析发现，pH和季节对细菌群落β多样性的影响最大，是影响细菌β多样性的最主要环境因子，季节、pH、全钾、全磷、土壤有机质、铵态氮、硝态氮、有效钾与橡胶林土壤细菌群落具有显著相关性(P<0.05)。【结论】橡胶树根际细菌群落多样性和组成存在显著的生态位差异，pH和季节是影响微生物群落多样性最重要的环境因子。
关键词：
橡胶林 细菌 群落组成 多样性 驱动因子
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾小平 张博 全建章 李剑峰 王永芳 袁玺垒
为揭示控制株高的遗传机理,为开展理想株型标记辅助选择育种奠定基础,在海南、洛阳、吉林3个不同种植区光周期条件下调查了98份谷子材料的株高,并对98份谷子材料进行基因组重测序,开展单核苷酸多态性(SNP)位点标记与株高的全基因组关联分析。结果表明:不同光周期条件下谷子株高的变异在58. 5～169. 3 cm,广义遗传力为0. 501,且随着日照时间的延长,谷子株高呈递增的趋势。基因组重测序获得了4 482 208个高质量的SNP位点,主成分分析将98份谷子材料分为3个亚群,连锁不平衡(LD)分析发现谷子基因组LD衰减距离为47. 5 kb。全基因组关联分析获得10 703个与株高关联的SNP位点(P
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
顾卫瑞 郭姗姗 熊善柏 赵思明
分别采用紫外线照射、臭氧杀菌和柠檬酸淋洗3种方式处理草鱼片,然后在冰温(-0.7℃)下贮藏,考察了3种处理方式对草鱼片总菌数、挥发性盐基氮(TVB-N)、硫代巴比妥酸(TBA)值、pH值、总酸度和感官质量的影响。结果表明:与对照组相比,3种处理方式均能抑制细菌生长,延缓蛋白质腐败,其中以臭氧杀菌处理效果最好。由蛋白质腐败指标TVB-N值到达一级鲜度预测草鱼片货架期,臭氧杀菌、柠檬酸淋洗和紫外线照射处理后的货架期分别为15、10和9d。
关键词：
冰温贮藏 草鱼 品质
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张海波 杨桂娟 高卫东 祝燕 黄放 裴昊斐 李庆梅
[目的]通过对不同贮藏条件下香椿种子发芽指标、抗氧化酶活性等测定分析,探索种子含水量和贮藏温度对香椿种子生理生化特性的影响,为香椿种子的贮藏方法提供技术支持。[方法]利用100%湿度环境获得9.1%、12.2%、14.0%、15.8%和17.8%五个含水量的香椿种子,在10、15、和20℃下分别贮藏90 d,每30 d测定种子发芽率和抗氧化酶活性等指标。[结果]在相同贮藏条件下,随贮藏时间延长,种子发芽率、活力指数、过氧化氢酶(CAT)和过氧化物酶(POD)活性逐渐下降,超氧化物歧化酶(SOD)活性先升后降,浸出液电导率和丙二醛(MDA)逐渐上升。经90 d贮藏,随种子含水量或贮藏温度的升高,香椿种子发芽率和活力指数呈下降趋势,浸出液电导率和MDA含量显著上升,种子中SOD、POD和CAT活性均随贮藏时间的延长而显著下降。[结论]种子浸出液电导率和MDA含量与香椿种子发芽率呈显著负相关,抗氧化系统酶活性与发芽率呈显著正相关,膜质过氧化作用是引起香椿种子老化劣变的重要原因之一。本研究得出的香椿种子安全贮藏条件为:当温度不超过15℃时,含水量应控制在12.2%以下,当温度在15～20℃时,含水量应低于9.1%。
关键词：
香椿 温度 含水量 种子贮藏 生理变化
[期刊] 水产学报
[作者]
高昕 韩芳 许加超 付晓婷 李辉 于甜
研究鲈在微冻贮藏条件下组织构造、质地剖面分析(TPA)及流变学特征参数(弹性模量E,应力松弛时间τ,粘性模量η,破断强度)的变化,同时结合鲜度指标、细菌总数、K值、TVB-N、pH值和感官特性判断其在微冻条件下的品质变化特征。结果表明,随着贮藏时间的延长,菌落总数、K值和TVB-N上升,pH值则先下降后上升,且上升速度随温度的升高而加快;组织结构呈现肌原纤维间空隙逐渐增大,方向性增强,构造逐渐断裂崩解的趋势;弹性模量呈上升趋势,破断强度、硬度、弹性、粘聚性、咀嚼性呈下降趋势,而应力松弛时间、粘性模量的变化则不显著。与冷藏样品相比,微冻样品的货架期能够延长20d,说明微冻条件比冷藏条件能更有效的...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
成广雷 张海娇 赵久然 刘春阁 王元东 王晓光 王荣焕 陈传永 徐田军
【目的】了解不同基因型玉米种子在临界胁迫贮藏条件下的生活力及生理变化规律,对不同基因型玉米种子的耐贮性做出客观评价,为玉米种子耐贮性生理生化机制提供理论依据。【方法】选用目前主栽玉米杂交种郑单958、农大108、先玉335、正大619、京科968种子为试验材料,分别测定供试材料的初始含水量、活力水平及相关生理指标。将供试材料的种子含水量回湿至14%,在种子含水量14%和贮藏温度35℃(14%&35℃)的临界胁迫贮藏条件下,贮藏一年时间,每月测定种子发芽势、发芽率、发芽指数、活力指数、电导率、MDA浓度、可溶性蛋白含量、可溶性糖含量及脱氢酶活性。采用砂培法进行发芽试验,用DDS-ⅡA型电导率仪测...
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