林木SSR标记的引物筛选工作量大,十分费时且消耗大量实验材料。采用基因组DNA混合池技术,将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后,作为单一模板进行SSR的PCR扩增,能显著降低实验的工作量和成本。以选择的150对EST-SSR引物为对象,对6个桉树基因组DNA样品进行等量混合,进行PCR扩增筛选引物,结果表明,与常规筛选方法相比,基因组DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期,显著减少了基因组DNA的消耗,可用于大量林木SSR引物的快速高效筛选。

桉树是桃金娘科(Myrtaceae)桉属(Eucalyptus)、杯果木属(Angophora)和伞房属(Corymbia)3个属的树种总称,约有945种。桉树具有生长迅速、轮伐期短、耐干旱、耐贫瘠、适应性广等优良特性,且用途广、经济效益高,因此,桉树现已被世界近百个国家与地区引种,遍布于地中海地区、东南亚、美洲和非洲,目前已经成为世界第二大类造林树种(陈少雄等,2008;欧阳乐军等,2008;祈述雄,2006)。我国自1890年引种桉树以来,已有120

从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...

利用ＭＩＳＡ软件对双须骨舌鱼（ＯＳｔｅＯｇｌＯＳＳｕＭ ｂＩｃＩｒｒｈＯＳｕＭ）性腺转录组测序获得的１８８ ４６１条ｕｎＩｇｅｎｅ进行ＳＳｒ检测，结果在１１ ９１７个ｕｎＩｇｅｎｅ中共检测到ＳＳｒ位点１２ ５７８个，其中包含２个及以上ＳＳｒ位点的ｕｎＩｇｅｎｅ有６３３个。ＳＳｒ的发生频率为６．３２％，平均分布距离为９ ９４９ ｂｐ。在筛选到的ＳＳｒ位点中，优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸，其中二核苷酸重复基序数量最多，占总数的５０．５２％。重复基元类型共２１６种，其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ａｃ／ｇｔ，占总数的２０．６６％。从所有筛选出的ＳＳｒ位点中随机选取５０个位点并运用ｐｒＩ．．．

快速高效的DNA提取是作物大规模分子育种的关键一步。旨为构建一种快速提取大白菜基因组DNA的方法,以大白菜叶片为试验材料,比较了CTAB法、二步CTAB法以及4种碱裂解法提取DNA的质量,分析了不同方法提取的DNA为模板的PCR扩增效果,还对不同方法提取的基因组DNA的保存时间和保存条件进行了比较,选择最优的方法在抗根肿病基因分子标记辅助选择中进行了应用。结果表明,CTAB法和3种碱裂解法提取的基因组DNA作为模板的PCR扩增产物,都可以通过8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测到清晰的条带。其中碱裂解法Ⅲ,

【目的】适合机械化收获是当今油菜育种改良和遗传研究的重要目标。该研究以一个自然变异产生的油菜有限花序(denterminate inflorescence 1,di1)突变体为研究对象,通过分析有限花序的遗传模式,开展有限花序性状的基因定位和克隆,以期发掘候选基因,为培育适合机械化收获的油菜新品种提供新思路和新材料,为揭示油菜有限花序遗传机制奠定基础。【方法】以一个稳定遗传的有限花序突变株系FM8与野生型自交系FM7开展正反交,观察F1和F2后代的花序形态,分析有限花序性状的遗传模式。在F2群体中挑选20个有限花序单株和20个野生类型单株构建混合池,对混合池和亲本开展20×和10×覆盖度的全基因组重测序,定位有限花序性状的关联区间。根据关联区间对应到拟南芥基因组的共线性区段和基因注释信息,预测候选基因,并对候选基因进行同源克隆,发掘序列变异,筛选关键基因。【结果】油菜有限花序突变性状表现为初花期主花序和侧枝花序顶部形成一个或若干个顶生花,花序无限生长受阻,导致结角期主枝和侧枝有封顶特征即有限花序。有限花序突变株系与野生型正反交F1均表现为野生型,F2代无限花序与有限花序的分离比符合13﹕3,说明有限花序的遗传受2对隐性基因和1对隐性上位抑制基因互作控制。对混合池及亲本开展全基因组重测序,得到30 123个单核苷酸多态性(SNPs)标记和107 636个插入缺失标记(In Dels)标记,用于有限花序性状的全基因组定位。定位结果共检测获得7个显著关联区间,分布于油菜A08、A09、A10、C08和C09共5条染色体。其中,A10染色体上的关联区间峰值最高,是控制有限花序性状的主效位点。并且,A10染色体关联区间内的14.36—15.07 Mb的区域与C09染色体2个关联区间显示高度同源性。候选基因预测发现位于A08、A09、A10、C08和C09的5个关联区间包含有8个候选基因,包括TERMINAL FLOWER 1(TFL1)、FLOWERING LOCUS C(FLC)、ATBZIP14(FD)、MULTICOPY SUPPRESSOR OF IRA1 4(FVE)和SCHLAFMUTZE(SMZ)。基因序列分析表明di1突变体TFL1、FVE和SMZ的基因编码区存在序列变异,并导致蛋白序列变异。【结论】油菜有限花序突变由2对隐性基因和1对隐性上位抑制基因互作控制。与有限花序性状显著关联的区间有7个,其中,位于染色体A10和C09的关联区间具有高度同源性。TFL1、FVE和SMZ被推断为有限花序性状的候选基因。

为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.072～5.539之间,平均值为4。PIC多态信息指数在0.483～0.786之间,平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13～0.60之间,平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大,为0.60;‘美人’梅和‘黄金’梅...

利用从NCBI上下载的9 474条EST(Expressed Sequence Tags)序列,设计并开发EST-SSR引物,用于柿属种质资源的遗传多样性研究。下载的初始序列拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列。用SSRHunter软件搜索到601条EST序列中含有540个SSR。SSR出现频率为10.96%,其中以2核苷酸为主。依据检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对9个柿属(Diospyros L.)种质资源样品进行了PCR扩增,其中42对引物有扩增带,占设计引物的42%,其中30对引物有多态性,占可扩增引物的71.4%。同时发现引物15是美洲柿(雄)的特异引...

通过添加Vc对传统的CTAB法进行改进,结果表明:在磨样时,1 g鲜样中添加0.10 g的Vc提取的DNA质量最高;最佳提取材料是嫩芽,其次是新梢和成熟叶片。

采用超声波法、煮沸法和微波法3种方法分别对塔玛亚历山大藻、环状异帽藻和角毛藻进行细胞破碎及快速制备基因组DNA的研究。通过细胞计数和DNA浓度测定的手段对三种方法进行了比较,以选择适合不同藻种的细胞破碎方法。结果表明,塔玛亚历山大藻和环状异帽藻用超声波法破碎效果较好;角毛藻用微波法较好。对用该三种方法制备的基因组DNA做了PCR扩增,电泳检测表明,与CTAB法扩增效果一样。本文建立的微藻DNA快速制备方法有望应用在赤潮藻类的快速分子鉴定方面。

用227对小麦微卫星引物对多枝赖草基因组DNA进行PCR扩增,共有81对引物有扩增产物,占所用引物的35 7%。这81对小麦微卫星引物涉及101个微卫星位点,覆盖了小麦全部7个部分同源群。其中有76对引物可在多枝赖草和中国春及丰抗13间扩增出多态性标记。这说明多枝赖草虽然和普通小麦亲缘关系较远,但小麦SSR引物还是可以在多枝赖草上应用的,这不仅拓宽了小麦微卫星引物的使用范围,更重要的是为使用小麦微卫星引物对普通小麦与多枝赖草远缘杂交种质材料进行深入研究奠定了基础。

【目的】探究玉米大斑病菌（Exserohilum turcicum）基因组简单重复序列（SSR）位点信息特征，并筛选和验证多态性引物，为后续玉米大斑病菌遗传多样分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索；采用Primer 3.0设计SSR引物，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR引物多态性进行筛选和验证。【结果】玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12 046个SSR位点，SSR位点平均密度为276.9个·Mb^-1。其中：三核苷酸重复型SSR最多，占总SSR数量的31.38%；五核苷酸重复型SSR最少，占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型，其中，C/G重复类型最多，SSR位点数量为2 299个，占比19.09%，AC/GT次之（1 669个，占比13.86%）。SSR位点的重复次数主要集中在5～16次，占总SSR数量的91.38%；重复次数为10次的SSR位点数量最多，占总SSR数量的18.40%；SSR序列长度范围为10～300 bp，其中，10～20 bp占比最多，占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点，具有开发多态性SSR引物的潜力；筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究。

[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS

【目的】分析望春玉兰基因组微卫星序列和分布特征，开发多态性高和稳定性好的SSR引物，并构建玉兰商业品种指纹图，为玉兰属植物群体遗传结构和遗传多样性研究提供分子标记资源，也为玉兰优良品种的遗传真实性鉴别和育种工作者知识产权保护提供技术支撑和科学依据。【方法】基于已公布的望春玉兰基因组序列信息，采用MISA软件对全基因组微卫星序列进行查找和分析，使用Primer Premier 5.0软件设计SSR引物。随机合成203对引物，利用6株不同望春玉兰的基因组DNA进行筛选，并进一步利用筛选出的多态性SSR引物构建26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱。【结果】望春玉兰基因组中共检测出2 820 303个SSR位点，6碱基重复类型占比最高（62.13%），其次是2碱基（12.02%）和单碱基重复（9.98%）；共发现501种重复基序，其中出现频率高的基序为AAACCT/AGGTTT(16.46%)，其次是A/T(8.63%)和AG/CT(5.9%)。在随机合成的203对引物中，有94对（46.31%）能够对6株不同望春玉兰的基因组DNA进行有效扩增，有25对引物（12.32%）的扩增谱带清晰、易于判读、多态性高，多态信息量（PIC）在0.24～0.72之间。利用PIC值最高的前10对引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱数据库，共扩增出85种基因型，每对引物产生的基因型在4～18之间；引物鉴别力在0～13之间，最少采用3对引物即可将26个玉兰品种完全区分开。【结论】本研究在望春玉兰全基因组微卫星序列统计和分析的基础上，开发了10对条带清晰、多态性高、重复性好的SSR引物，并利用这些引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱，DNA指纹图比对结果显示本研究所涉及的26个玉兰品种不存在同种异名或异种同名现象。