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[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
蒋向辉 徐玉平
该研究利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，为食管癌的临床诊治开创新思路.首先在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中筛选出茯苓的有效活性成分及对应靶点，运用Cytoscape软件中鉴定候选药物作用靶点，接着在癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达谱差异(GEO)数据库中下载肿瘤相关基因表达数据集，通过WGCNA鉴定出与食管癌紧密相关的基因，并将鉴定出的基因与茯苓的候选药物作用靶点进行比对，确定茯苓抗食管癌的潜在作用靶点，最后采用RT-PCR的方法对筛选出核心基因在人食管癌细胞中的表达量进行检测.结果共获得34种茯苓有效活性成分，及17个对应靶点，主要候选药物作用靶点为：CHRM1、NCOA2、PGR、ADRA1B、ADH1B、PTGS2.其中ADH1B为茯苓抗食管癌的潜在作用靶点.筛选出DLGAP5、MCM2、CCNA2、CDK1、TPX2、TRIP13、KIF23、KIF2C、CENPF、CHAF1A等10个核心基因，其中CHAF1A和MCM2的表达水平对食管癌患者的预后具有影响.RT-PCR结果显示，CDK1、CHAF1A、TPIP13和MCM2基因经不同浓度的茯苓水煎液处理后，表达量与对照存在显著差异(p<0.05),表明CDK1、CHAF1ATPIP13和MCM2是茯苓水煎液治疗食管癌的主要作用靶点.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
龚高 严晓春 王凤红 张磊 李文泽 闫晓敏 刘虹夫 吕琦 李金泉 苏蕊
为了解加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法在畜禽中的应用研究，本文对近年来国内外通过WGCNA方法对牛、羊、猪、禽等畜禽进行研究的相关文献进行了整理与分析，总结了WGCNA方法应用的一般分析流程、策略及畜禽WGCNA的研究现状。结果表明：WGCNA是一种系统生物学的方法，可分析转录组、蛋白组、代谢组、DNA甲基化和单细胞转录组等高通量数据，解析分子间调控的表达模式，确定关键调控因子；在畜禽的研究中，WGCNA方法已经广泛应用在生长性状、繁殖性状、抗病性状和品质性状等复杂性状的优势功能因子的挖掘。综上，WGCNA方法对分析组学数据具有较强的优势，可为畜禽重要经济性状的挖掘，阐明性状生物学机制提供助力。
关键词：
WGCNA 网络分析 高通量测序 畜禽
[期刊] 华北农学报
[作者]
裴虎 熊才运 张亚辉 任文闯 李小琴 黄君
为深入探究甜玉米果皮厚度发育的分子机制，利用华南农业大学甜玉米课题组选育的果皮厚度差异较大的甜玉米自交系M03和M08为试验材料，对其授粉后15,19,23 d的果皮进行转录组测序。联合差异表达基因分析与加权基因共表达网络(WGCNA)分析，鉴定甜玉米乳熟期果皮厚度相关的共表达基因模块，根据模块内基因的连接度鉴定核心基因，利用qRT-PCR验证核心基因表达量的可靠性。比较M03和M08不同时期果皮转录组数据共筛选出4 748个差异表达基因(DEGs),DEGs主要富集到碳水化合物代谢过程、植物-病原体相互作用、植物MAPK信号通路。WGCNA分析共构建了18个共表达模块，通过筛选得到4个具有生物学意义且与果皮厚度显著相关(相关系数的绝对值>0.60)的特异性共表达模块，分别是Turquoise、Yellow、Magenta和Pink模块。GO和KEGG功能富集分析结果均表明，特异性模块富集到的天冬氨酸、丙氨酸和谷氨酸代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢以及植物MAPK信号通路在甜玉米果皮厚度发育中具有重要的作用。选取连接度最高的前20个基因进行核心基因筛选，通过基因功能注释最终筛选到包括MYB转录因子、细胞周期蛋白(CYC15)、β-淀粉酶、细胞凋亡调节基因(BCL-2)在内的13个核心基因。以核心基因为节点构建的共表达网络中还包括生长素转录因子(ARF、AUX/IAA)、乙烯反应元件结合因子(ERF)、亮氨酸拉链(bZIP)等转录因子，功能预测表明，这些基因可能在甜玉米果皮厚度调控中发挥重要作用。
关键词：
甜玉米 果皮厚度 WGCNA 转录组测序
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高进 刘金叶 陈傅晓 王永波 符书源
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高进 刘金叶 陈傅晓 王永波 符书源
为揭示豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)生长差异分化的分子调控作用机制，该研究利用豹纹鳃棘鲈中间培育过程中不同生长阶段(42、70和91日龄)的18个幼鱼肌肉组织样本进行全转录组测序，获得lncRNA和mRNA基因表达谱数据，利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建生长差异分化相关lncRNA和mRNA的共表达网络。通过特异性基因模块中差异表达基因的GO和KEGG富集对模块生物学功能进行分析，并运用Cytoscape软件构建基因互作网络，挖掘豹纹鳃棘鲈生长差异分化相关的关键候选基因。结果显示，基因差异表达分析共筛选到6 252个差异表达mRNA和367个差异表达lncRNA；共表达网络分析获得MEmagenta、MEgreenyellow和MEblack共3个生长差异分化特异性基因模块；GO和KEGG结果显示，特异性模块中差异表达基因显著富集于肌肉蛋白形成、横纹肌组织发育调控、主轴组织形成等生物学过程，参与了蛋白酶体、肌动蛋白细胞骨架调控及肌醇磷酸代谢等与生长差异分化相关的代谢通路；筛选3个特异性模块中权重和连通度高的lncRNA和mRNA构建基因互作网络，得到包括psmd6、nmt1、als2、brcc3、kank1、ada12、at131、hdac3等在内的生长差异分化关键基因和MSTRG.15660、MSTRG.8694、MSTRG.1896等20个lncRNA，为进一步解析豹纹鳃棘鲈生长差异分化的分子机制提供了新思路。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
汪伟平 白婷 贺帅 李倩 胡动刚
利用Frank-Copula函数构建相关系数,并应用于权重基因共表达网络分析模型的改进。同时,利用该改进模型分析小鼠基因数据,发现在相关度最大的模块中有67个基因与小鼠肥胖导致的体质量问题相关。其中,模型的筛选结果有效率为62.6%,说明其在功能基因筛选应用前景中的科学性、有效性和可行性。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
汪伟平1 2 白婷3 贺帅1 2 李倩4 胡动刚5
利用Frank-Copula函数构建相关系数，并应用于权重基因共表达网络分析模型的改进。同时，利用该改进模型分析小鼠基因数据，发现在相关度最大的模块中有67个基因与小鼠肥胖导致的体质量问题相关。其中，模型的筛选结果有效率为62.6%，说明其在功能基因筛选应用前景中的科学性、有效性和可行性。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王 颖 朱彤霞
经1994-1996连续3年调查食管癌高发区林县井头村口粮玉米样品的真茵区系发现,镰刀菌属、青霉属、交链孢霉属、芽枝霉属、曲霉属及毛霉属是当地常见的玉米污染真菌类群。其中镰刀菌属真菌的污染最为严重,并以串珠镰刀菌(Fusarium moniliforme)和F.proliferatum为主。3年间,口粮玉米中镰刀菌属的污染程度虽有逐年下降的趋势,但其污染水平在常见的真菌中为最高(>50%),且贮藏过程进一步加重了镰刀菌对玉米的污染。此外,通过病区和对照区北京的比较还发现,两地间玉米样品的真菌区系分析差异不显著。
关键词：
食管癌 真菌区系分析 镰刀菌
[期刊] 中国成人教育
[作者]
胡玉宁 丁明 伊鹏
大学生网络虚拟社群已成为新媒体时代高校思想政治教育的新平台。文章选取某高校团属新媒体综合服务平台为研究对象,以平台的虚拟社群聊天内容为数据源,运用ROSTCM内容挖掘软件进行数据分析,分析了虚拟社群社会网络结构的整体特征和成员参与角色,总结归纳出网络社群的人际关系和信息传播特点,并在此基础上对社群功能完善、内容丰富和运行管理方面提出意见和建议,从而提高高校网络思想政治教育的实效性与科学性。
[期刊] 图书情报工作
[作者]
张玉涛 李雷明子 王继民 王建冬
基于SCI和SSCI数据库中以"数据挖掘"为主题的文献题录信息,构建三个科研合作网络(高校间、公司间、国家间),利用社会网络分析方法对这三个不同类型的网络特征进行对比分析。结果显示,数据挖掘领域的研究成果涉及众多研究方向,不同的机构实体有不同的研究重点,所构建的三个不同类型的科研合作网络在诸多网络特征上存在较大的差异,包括合作网络的密度、节点的平均度、最大成分的平均最短路径、最大成分的比重等。最后对部分高校与公司的研究重点进行具体分析。
关键词：
数据挖掘 科研合作网络 社会网络分析
[期刊] 现代管理科学
[作者]
周季蕾 周静 李季
文章基于文本分析和社会网络分析的方法,通过中心度分析、派系分析、动态社群发现、双模网络分析等具体方法来挖掘"IP剧"的社交互动内容。研究结果表明,中心度特征可以区分人物在剧集中的不同作用,派系分析能够识别剧集中存在的派系及成员构成,动态社群发现可以识别不同阶段的人物关系。"组织—人物"双模网络分析可以帮助识别每个组织的核心人物。
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
张玉峰 何超
本文在分析、比较和综合国内外网络舆情信息分析处理技术的基础上,将Web挖掘技术引入舆情智能分析处理中,构建了基于Web挖掘的舆情信息智能分析模型,并通过系统实例介绍了Web挖掘在网络舆情智能分析中的具体应用。
关键词：
网络舆情 网络挖掘 智能分析
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
马红梅 甘利人 岑咏华
The article introduces the concept of Web mining.Then a system for automatic personalization based on Web usage mining and Web content mining is focused on.
[期刊] 中国卫生经济
[作者]
周英智 尹畅 王鲁军 雷复华 刁玉涛 马清 崔佳 李会庆 周瑞雪 孟庆跃
目的:分析肥城市自愿参加碘染色内镜食管疾病普查和全人群高应答率普查两类资料,为进一步探讨在食管癌高发区开展碘染色内镜普查可滚动持续发展的模式提供基础。方法:自愿参加普查组普查免费、治疗自费,高应答率普查组普查费和治疗费用全免,分析两组人群的食管疾病检出率和成本效益比率。结果:自愿参加普查组总应答率22.10%,高应答率普查组为79.99%;自愿参加普查组食管疾病的检出率显著高于高应答率普查组,自愿参加普查组的成本效益比率为1.0∶5.7,高应答率普查组为1.0∶1.43。结论:自愿参加普查组成本效益比率远远高于高应答率普查组,如何筛选需要进行内镜普查的高危险性个体是需要解决的关键问题。
关键词：
食管癌 内镜普查 效益评估 高发区
[期刊] 中国农业科学
[作者]
束婧婷 姬改革 单艳菊 章明 肖芹 屠云洁 盛中伟 张笛 邹剑敏
【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻鸡为研究对象,首次对其骨骼肌中不同类型肌肉的转录组差异进行了研究,以期挖掘在鸡肌纤维生成和类型转换中发挥调控作用的关键因子。【方法】采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对清远麻鸡骨骼肌表型差异较大的比目鱼肌和趾长伸肌中与肌纤维类型组成和转换相关的候选基因进行系统筛查,采用荧光定量PCR对芯
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