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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李梦然 甘祥超
[目的]本文旨在提出一种基于长测序数据的单染色体组装方法，能够更加准确高效的组装出完整的基因组。[方法]利用GALA中的染色体分离算法，将初步组装中的contigs按染色体进行聚类，然后提取测序数据中的reads进行单染色体组装。由于受到测序数据质量和预组装结果的影响，有时contigs的聚类结果不够完美，导致后续单染色体组装难度增加。为了克服这一问题，提出了一种基于共线性分析辅助聚类的方法。该方法利用同物种或亲缘关系较近物种的参考基因组与GALA聚类生成的scaffolding groups进行共线性分析，根据比对结果将属于同一条染色体的scaffolding groups进行合并，使scaffolding groups中的序列长度与整条染色体相当，再根据合并后的结果提取reads进行单染色体组装。[结果]这套方法被应用在水稻（Oryza sativa）和桃金娘（Rhodomyrtus tomentosa）基因组组装，利用ONT的水稻测序数据组装出了长度379.89 Mb，N50为30.54 Mb，包含12条完整的端粒到端粒的染色体。基于HiFi测序数据组装出了总长度485.54 Mb，包含11条染色体，N50为46.71 Mb，不存在任何gap的桃金娘基因组。[结论]本文提出的组装方法不仅组装出了准确完整的基因组，而且在面对不同种类的测序数据时具有很强的适用性，为后续开展基因组学的相关研究提供了可靠数据资源。
[期刊] 统计与决策
[作者]
李红梅 吴喜之 王涛
文章通过R软件的编程和计算,对一个帕金森病的纵向数据和一个糖尿病的横截面数据做了人工神经网络及传统参数方法的预测比较。关于第一个数据,对于训练集不同的样本量,分别运用传统的线性随机效应混合模型和神经网络做了预测,并对比标准化均方误差。发现无论是长期预测还是短期预测,线性随机效应混合模型的预测效果都显著不如神经网络。关于第二个具有多重共线性的数据,分别用岭回归、Lasso回归、适应性Lasso回归、偏最小二乘回归(PLS)、逐步回归、线性回归及神经网络方法做十折交叉验证预测对比。结果显示,神经网络在处理多重共线性数据时远远好于其他的传统参数方法,而不那么传统的PLS方法也全面优于其他几种传统方法,但远不如神经网络方法。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
林盛华 褚孟嫄
为了研究梅染色体，鉴定梅品种资源的倍数性，为梅分类起源和遗传育种提供细胞学依据，该文采用“去壁低渗法”对我国９个省区梅５个变种，２个变型，１０８个栽培品种的染色体数目进行了观察．首次发现原产我国的云南杏梅是二倍体２ｎ＝２ｘ＝１６，但有９．５％的四倍体２ｎ＝４ｘ＝３２细胞．江苏南京的‘迟红’梅品种是二倍体和四倍体的嵌合体，２ｎ＝２ｘ＝１６，２ｎ＝４ｘ＝３２．其余供试材料均为二倍体２ｎ＝２ｘ＝１６．
关键词：
梅,变种,品种,染色体,数目
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杜培 刘华 李丽娜 秦利 张忠信 黄冰艳 董文召 汤丰收 亓增军 张新友
【目的】针对花生染色体较小,染色体细胞学标记少,细胞遗传研究相对滞后,染色体分类识别困难的问题,建立能够准确区分栽培花生(Arachis hypogaea L.,2n=4x=40,AABB)A、B染色体组的新核型,提高染色体识别准确率,以揭示栽培花生和野生供体亲本的染色体对应关系,鉴定栽培种花生染色体结构变异体。【方法】以花生栽培种(Arachis hypogaea L.,2n=4x=40,AABB)的2个可能供体亲本即花生野生种Arachis duranensis(2n=2x=20,BB)和Arachis ipa nsis(2n=2x=20,AA)全基因组DNA及5S rDNA和45S rD...
[期刊] 水产学报
[作者]
郑娇 曹款 杨安冉 张静 王志勇 蔡明夷
黄姑鱼是我国重要的海水经济鱼类。然而，由于细胞遗传标记匮乏，黄姑鱼染色体仍然难以辨识。为了提高黄姑鱼染色体的配对识别水平，本研究利用荧光原位杂交（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ｆｉｓｈ）、吉姆萨染色和荧光染色技术分析了黄姑鱼染色体的特征。以总ｄｎａ为探针进行基因组ｄｎａ荧光原位杂交（ｇｅｎｏｍｉｃ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ｇｉｓｈ），从而获得黄姑鱼染色体图谱，可使每对染色体呈现特定的荧光信号。依据ｇｉｓｈ荧光信号分布模式，可以辨识黄姑鱼的２４对染色体。１８ｓ ｒ ｄｎａ ｆｉｓｈ结果显示，１８ｓ ｒ ｄｎａ只．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孟庆磊 朱永安 李娴 董学飒 付佩胜
以澳洲长鳍鳗(Anguilla reinhardtii)头肾组织为材料,采用腹腔注射植物血细胞凝集素(PHA)、秋水仙素和空气干燥法制备染色体标本,进行染色体组型分析。结果显示:澳洲长鳍鳗染色体为38条,核型公式为2n=14m+6sm+18t,NF=58;未发现随体、次级缢痕及异形染色体。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
耿青 肖炜 李大宇 邹芝英 祝璟琳 杨弘
以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)为对象,采用体内注射植物血细胞凝集素(PHA)方式收集有丝分裂后期的鱼体头肾细胞,低渗法制片,运用激光显微分离获得尼罗罗非鱼1号染色体,分离后的单染色体通过特异性酶切和LA-PCR体外扩增,得到500~2 000 bp之间的DNA片段,并通过Southern blot和微卫星标记得到验证。扩增片段通过电泳回收、连接转化、感受态细胞培养等步骤构建尼罗罗非鱼1号染色体微克隆文库,克隆片段长度在300~600 bp之间。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李湘阳 周坚
The single chromosome of Cunninghamia lanceolata was successfully dissected by "glass needles" under the micromanipulator in this research. The dissected Cunninghamia lanceolata chromosomes were digested by proteinase K in Eppendorf respectively. After degenerate olionucleotideprimedPCR ampli...
关键词：
杉木 显微分离 PCR扩增 单染色体
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
焦天雷 谢小芳 童治军 肖炳光 吴为人
以普通烟草根尖为材料,在显微操作仪下分离单染色体,并用LAM-PCR方法进行扩增.对扩增产物用点杂交进行鉴定,用Southern杂交确定目的扩增片段的大小,并用本实验室开发的SSR特异引物检测SSR位点.结果表明:获得的单染色体扩增产物均存在来自烟草基因组的序列,扩增产物大小为250-3000 bp;利用SSR特异引物可以从单染色体扩增产物中检测到目标SSR位点.
关键词：
烟草 显微分离 LAM-PCR SSR
[期刊] 水产学报
[作者]
刘宇 毕燕会 周志刚
鉴于海带染色体比较小且数目存在分歧等原因,利用0.2%秋水仙素对海带配子体及孢子体处理10 h左右,经过卡诺试剂固定、多种酶组合处理及30 cm的高位滴片,可以获得质量比较高的海带染色体;使用灵敏度高、特异性强的DNA荧光染料DAPI进行染色,结果显示,海带雌、雄配子体的染色体各为31条,孢子体染色体为62条,大多为短杆状或者点状;雌配子体染色体的大小为0.78～2.61μm,稍大于雄配子体(大小为0.57～2.17μm)。根据染色体的大小,对海带配子体的染色体核型进行了初步分析。这些结果为分子标记的染色体定位等细胞学研究奠定了技术基础。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李凤辉 边力 史会来 周丽青 陈四清 葛建龙 刘长琳 卢斌 常青
以东海沿海捕获的野生真蛸(Octopus sinensis)为实验材料，用含秋水仙素终浓度为0.005%的海水活体暂养的方法，取鳃和肾脏细胞，利用热滴片法制备染色体标本，对其核型进行分析。结果显示，真蛸的二倍体染色体条数为60条，核型公式为2n=14 m+26 sm+12 st+8 t，其染色体臂数(NF)为100。未发现带有随体和次溢痕的染色体和异型染色体，推断真蛸可能为常染色体性别决定类型。本研究可为蛸属的细胞遗传学研究及真蛸种质鉴定和资源保护提供基础资料和参考依据。
关键词：
真蛸 染色体 核型
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