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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王雷 吴惠仙 王琼 袁林 刘亮
利用高通量测序技术分析了三艘公海交换压载水、一艘近岸交换压载水的远洋船舶微生物的群落组成,共检测出27门、61纲、138目、249科、481属、836种;黄海远岸的压载水样检测到的细菌种类最多,达到564种;东海远岸的压载水样细菌种类最少,只有406种。主要优势类群为变形菌门(Proteobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),其中变形菌门(Proteobacteria)占主导地位。假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)为γ-变形菌纲中绝对优势属,分布于各海域压载水样中,同温度和营养盐有一定的正相关性,同盐度、p H有较强的负相关性;蓝细菌门(Cyanobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)是南海远岸交换的压载水样中检测出的优势门类,远高于其它海域压载水样,其所对应的原绿球藻属和浮霉状菌属同环境因子溶解氧(DO)有显著的正相关性,与温度、营养盐呈负相关性;Salinimicrobium是黄海远岸压载水样品独有优势属,与p H和溶解氧呈正相关性,与营养盐呈负相关性;不同海域海洋微生物及其海洋环境对压载水微生物的多样性起决定作用,压载舱独特的环境对压载水微生物有一定的选择作用。依据IMO准则结合本文研究,在公海交换压载水对压载水微生物群落组成结构有很大的影响,且对海洋环境的保护,防止生物入侵和致病菌传播具有重要的作用。
关键词：
压载水 微生物 公海换水 生物多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
孙涛 王雪庆 赵遵岭 于淑慧 杨璞
[目的]了解白蜡虫越冬时体内微生物的多样性,比较昆明与长春越冬虫体内微生物种类和数量的差异,为了解白蜡虫低温适应机制提供有用信息。[方法]采用Miseq高通量测序方法对昆明越冬雌成虫(KM)和长春越冬雌成虫(CC)体内细菌16s rRNA及真菌ITS基因进行测序,利用Usearch软件进行细菌和真菌OTU(Operational Taxonomic Unit)划分,并利用Mothur软件对OTU进行分类学分析和多样性指数分析。[结果]细菌KM和CC样品中共得到344个OTU,真菌KM和CC样品中共得到23
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
谭益民 何苑皞 郭文平
土壤微生物多样性是维系土壤功能的重要因素,但是由于传统的研究方法存在一定的局限性,使得过去研究其多样性及群落结构成为一个难题。随着分子生物学方法的应用,现在可以同时对可培养微生物和不可培养微生物进行研究,解决了传统培养方法存在的问题。综述了土壤微生物多样性的分子生物学研究方法,对比了各方法的优缺点,为选择合适的方法进行土壤微生物多样性研究提供了参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
周亦 边佳胤 王晓媛 王琼
选取9艘停泊于洋山深水港、在太平洋公海海域进行压载水交换的到港船舶,分析其压载水中浮游植物的种类组成和丰度,共检测出浮游植物4门18属29种(包括变种或变型),其中硅藻门占主要优势地位,共计13属21种,占总种类数72.4%,包括未定种8种;甲藻门3属6种,占总种类数20.7%,其中未定种1种;绿藻门1属1种,占总种类数3.5%,其中未定种1种;蓝藻门1属1种,占总种类数3.5%。所有船舶压载水样品中均发现有赤潮藻,存在潜在外来种入侵风险。在公海海域进行压载水交换后浮游植物丰度远小于在国内沿岸海域交换压载水的丰度,显示公海换水可有效降低压载水内浮游植物的密度,但仍有适应港口环境的种类存在,未能完全消除外来藻类入侵的潜在生态风险。
[期刊] 林业科学
[作者]
陈秀波 朱德全 赵晨晨 张路路 陈立新 段文标
【目的】分析凉水国家级自然保护区内的3种原始红松林(云冷杉红松林、椴树红松林和枫桦红松林)、红松人工林和红松天然次生林5种林型的土壤nosZ型反硝化微生物的群落组成和多样性特征,为全面了解不同林型红松林土壤的反硝化潜势和氮循环过程提供数据支持。【方法】以选取的5种林型红松林林下土壤为研究对象,以反硝化过程中的关键酶——氧化亚氮还原酶的编码基因nosZ为标记基因,采用高通量测序和生物信息学分析技术进行研究。【结果】从5种林型红松林15个土壤样品中一共得到nosZ基因631 878条有效序列,579 871条优质序列,长度分布在178～383 bp之间,主要分布在260 bp。5种林型红松林土壤nosZ型反硝化微生物主要门类为变形菌门和拟杆菌门,核心属为伯霍尔德杆菌属、黄杆菌属、慢生根瘤菌属、假单胞菌属、Dechloromonas属、芽单胞菌属、无色杆菌属和中华根瘤菌属。nosZ型反硝化微生物α多样性分析显示:除枫桦红松林的Shannon和Simpson指数显著高于红松天然次生林外,5种林型红松林之间土壤nosZ型反硝化菌群的4种α多样性指数(Shannon、Chao1、ACE和Simpson指数)差异不显著。β多样性分析显示:5种林型土壤nosZ型反硝化微生物群落组成差异显著(R=0.387,P=0.006),但3种原始红松林之间差异不显著。土壤铵氮和全氮含量是显著影响nosZ型反硝化微生物群落的主要因子(P﹤0.05)。【结论】5种林型红松林土壤nosZ型反硝化微生物多数α多样性指数无显著差异,但β多样性差异显著,引起不同林型之间nosZ型反硝化微生物组成和丰度的主要环境因子是土壤铵氮和全氮含量。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
荣华 谢雨晴 赵涛 殷红 袁莉芸 刘襄河 杨子寒 石宇 李修峰 张雷
本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
林奕岑 徐帅 倪学勤 曾东 周梦佳 曾燕
为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索，选取１５只饲养在相同条件下的科宝－５００肉鸡，利用ＩｌｌｕｍＩｎａ ｍＩＳｅｑ测序平台与ｑＩＩｍｅ等１６Ｓｒｒｎａ序列分析工具在２２日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示：１）测序共获得３５９ １５８条有效序列与３ ２１０个ＯＴｕ，并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。２）各样品菌群之间存在差异，得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。３）通过核心菌群分析可知，４个共享菌群在门水平上分别为：拟杆菌门ＢａｃＴｅｒＯＩｄｅＴｅＳ（７０．０％±１２．１％）、厚壁菌门ＦＩｒｍＩｃｕＴｅＳ（２５．４％±１１．２％）、变形菌门ＰｒＯＴｅＯＢ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄伟雄 安振宇 方仁 尧金燕 龙兴
【目的】探究感染根腐病番荔枝根际土壤微生物群落的多样性和分布规律,为筛选鉴定番荔枝根腐病病原菌提供参考依据。【方法】采集感染根腐病的番荔枝根际土壤(感病根际土壤)和健康番荔枝根际土壤(健康根际土壤)样品,采用高通量测序技术,以ITS1和ITS4为引物,对其真菌ITS1区和细菌V3+V4区进行扩增测序,在门、纲、目、属和种水平上分析其微生物群落的结构和多样性。【结果】感病根际土壤的真菌数量明显增多,细菌数量明显减少。感病根际土壤中的真菌隶属于2界5门16纲36目48科81属96种,健康根际土壤中的真菌隶属于3界7门17纲43目73科113属160种。感病根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康根际土壤下降,真菌种类较少但均匀度上升。在PDA培养基上培养4 d后真菌类菌株形成中等量、呈放射状的气生菌丝;菌落直径4.5 cm,菌落平铺,全缘,呈圆形,白色,气生菌丝绒状。采用供试引物对根际土壤病原菌菌株进行扩增,显示菌株的ITS序列与Fusarium acutatum(登录号AY569567.1)同源性达99.45%,说明扩增出的ITS序列(RRD-1)为F.acutatum的基因片段。【结论】感染根腐病番荔枝根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康荔枝根际土壤明显下降,而真菌种类较少,均匀度上升。经病原菌形态学观察和生物比对鉴定,初步确定引起广西地区番荔枝根腐病的病原菌可能为真菌镰刀属的F.acutatum。
关键词：
番荔枝 根腐病 根际土壤 高通量测序
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
翟万营 汪倩 王佳华 陈良标
以中国第34次南极科考采集的中山站附近海域5个站点海水样品为研究对象，通过Illumina高通量测序，鉴定微生物组成和微生物群落结构，发现取样的中山站海水中变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）最为丰富，其次为蓝细菌（Cyanobacteria），属水平上黄杆菌属（Flavobacterium）和嗜冷杆菌属（Psychrobacter）含量最多，均超过20%。首次在南极海水中发现UBA1315属微生物，功能注释分析显示含有丰富的DNA修复基因，可能有助于适应南极恶劣环境。对中山站和罗斯海上层海水以及南北极不同地理位置海水微生物比较，发现变形菌门、拟杆菌门和蓝细菌在所有海水中普遍存在，变形菌门为优势菌，蓝细菌在南极海水中含量丰富，罗斯海上层海水比中山站海水微生物多样性丰富，且主要菌群丰度不同。本研究初步揭示了中山站附近海域微生物群落组成，为后续进一步研究南极中山站海水微生物资源调查和开发研究提供一定的基础数据。
关键词：
南极 中山站 微生物 宏基因组 适应
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
刘海燕 魏天兴 王仙
为研究不同植被下土壤微生物群落结构多样性的差异，采用磷脂脂肪酸（ＰＬＦＡ）生物标记法，对山西吉县黄土丘陵区典型人工林刺槐、油松以及荒草地的土壤微生物群落结构多样性进行分析研究。结果表明：不同植被下土壤微生物ＰＬＦＡ标记含量存在显著差异，刺槐人工林的土壤微生物ＰＬＦＡ总量最大，细菌、真菌、放线菌的ＰＬＦＡ含量均大于油松人工林和荒草地；细菌ＰＬＦＡ含量在３种样地中的差异显著；２种人工林的真菌ＰＬＦＡ含量接近，而与荒草地差异显著，与荒草地相比，人工林的种植可明显提高土壤中真菌的比例；革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌呈现相同的变化趋势，油松人工林与荒草地２种菌群的ＰＬＦＡ含量接近，而与刺槐人工林差异显著。通．．．
关键词：
刺槐 油松 人工林 微生物 磷脂脂肪酸
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔纪超 武小霞 林怡 钟玉扬 余金姜 王义祥 中奕 黄枝
【目的】通过探究不同品种甘薯根际土壤细菌和真菌群落结构及其分布规律，旨在探讨根际细菌和真菌对甘薯生长发育的影响。【方法】提取龙薯24、普薯32和福宁紫3号3个甘薯品种根际土壤微生物的总DNA，采用高通量测序技术对样品进行测序，分析研究细菌和真菌群落结构和多样性。【结果】3个品种土壤样品中共获得细菌OTUs 2978个，真菌OTUs 686个。物种分类显示细菌种类隶属于33门91纲222目364科630属1248种，真菌隶属于13门30纲61目108科163属213种，细菌群落的多样性和丰富度均高于真菌。不同品种甘薯根际土壤样品中细菌和真菌群落组成和结构均存在一定差异，细菌丰富度和多样性为：福宁紫3号＞普薯32＞龙薯24，真菌丰富度和多样性为普薯32＞龙薯24＞福宁紫3号。细菌群落中变形菌门（Proteobectria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)4个菌门相对丰度均大于10%，丰度之和达79.38%～82.21%，是绝对优势菌门。真菌群落中子囊菌门（Asccomycota）在龙薯24、普薯32和福宁紫3号样品中相对丰度分别高达81.4%、57.03%和72.24%，是最绝对优势菌门。【结论】不同品种甘薯根际土壤样品中的细菌和真菌群落结构均存在一定差异，变形菌门（Proteobectria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)4个菌门是细菌绝对优势菌门，子囊菌门（Asccomycota）是真菌绝对优势菌门。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晨霞 来航线 韩刚 李凯荣 韦小敏
【目的】研究在不同石油污染胁迫水平下,适合陕西延安气候与土壤条件的4种耐性植株根区土壤微生物多样性的变化。【方法】采用室外盆栽模拟法,在含0,5,10,15和20g/kg石油的土壤中栽植油松、沙棘、刺槐、紫穗槐4种植株,待苗木生长6个月后采集其根区周围土壤,采用微生物平板培养法、酸碱滴定法及Biolog微平板法,从微生物区系、呼吸强度及功能多样性角度,对不同石油污染胁迫水平下植株根区土壤的微生物多样性进行分析。【结果】栽植4种植株均能促进根区土壤微生物的生长,增加根区土壤微生物多样性;在高水平石油污染胁迫下,4种植株对根区土壤微生物的多样性具有保护作用,其中刺槐植株表现最为明显;5~10g/k...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周评平 李治华 董玲 赵驰 朱永清
【目的】分析蚕豆瓣醅微生物多样性并比较与过去采用16S、ITS等扩增子测序的差异。【方法】利用de novo测序方法研究微生物菌群多样性。【结果】嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)是蚕豆瓣酱醅的优势微生物,相对丰度占一半以上(m OTUs方法为64.26%,Metaphlan2方法为50.80%),Metaphlan2方法发现破布子乳酸菌(Lactobacillus pobuzihii)也是优势菌株,其相对丰度为17.60%,另外,存在大量未分离到的微生物有待进一步研究。【结论】该方法能分析到蚕豆瓣醅微生物中种或菌株的水平,研究结果不仅为后续深入研究提供了技术支撑,而且对郫县豆瓣的微生物安全性评价提供了有效的方法。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
魏继华 李佳益 刘宏 张建国 罗红梅 何彩云
【目的】沙棘Hippophae rhamnoides根瘤中拥有丰富的微生物资源，探究根瘤内生菌微生物多样性，比较高通量测序与纯培养方法的优劣。【方法】运用16S rRNA高通量测序技术探究沙棘根瘤内生菌相对丰度和多样性差异，并对根瘤内生菌进行分离纯培养，以完成内生菌株库初步构建。【结果】(1)传统分离方法得到纯培养菌株96株，共4门8纲8目13科19属。在门分类水平上，相对丰度较高的主要为变形菌门Proteobacteria和厚壁菌门Firmicutes。(2)高通量测序分析6组样品(M1～M6)中共有14门34纲89目148科314属。在门分类水平上，相对丰度较高的主要为放线菌门Actinobacteria和变形菌门，两者相对丰度之和为87.50%～97.10%。在属的分类水平上，弗兰克氏菌属Frankia占绝对优势，相对丰度为20.12%～74.81%，平均相对丰度为51.49%。(3)高通量测序与纯培养方法的结果有明显差异，在科和属的分类单元上差异较大。【结论】2种方法都体现沙棘根瘤内生菌的多样性，但纯培养方法仅能够分离到部分内生菌，难以评估物种组成及相对丰度。高通量测序分析能够更为全面地反映多样性信息，且为优化纯培养条件而分离特定物种奠定基础。图3表3参41
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