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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张金勇 何暮春 项子龙 柳淑芳 庄志猛
以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象，采用Micro Satellite (MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)位点信息。结果显示，在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点，分布在64,933条Unigene中，SSR位点发生频率为36.49%，出现频率为90.66%。其中，最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR所包含的重复基元中，A/T是单核苷酸的优势重复基元，AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。有66,004个重复基元长度≥20 bp，占SSR总数的40.91%，且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)SSR位点数量占优。以上结果表明，金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高，研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
管奥 毋玉婷 陈宇 孙扬 祁鹏志 郭宝英
本研究基于高通量测序获得的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)转录组数据,采用MISA(MIcro SAtellite)软件对其简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。组装并去冗余后,得到127575个Unigene,序列拼接的总长度为103104058 bp。对Unigene序列进行SSR分析,共得到62124个SSR(完整型SSR 36813个),分布在50626条Unigene序列当中,SSR出现频率为48.70%,平均16.6 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以二碱基重复类型为主(31227,50.27%),其次为三碱基重复(16230,26.13%)。共发现122种碱基重复基元,在所有重复基元中(AT/AT)n占的比例最高为23.33%,其次为(AAAG/CTTT)n(17.42%)。曼氏无针乌贼SSR(完整型)的平均长度为25.87 bp,微卫星主要为重复长度大于20 bp的长序列,长度大于20 bp的微卫星序列占总数的51%。本研究发现,曼氏无针乌贼微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为–0.594。该研究结果为开发高度多态性微卫星引物进行曼氏无针乌贼亲缘关系鉴定、种群遗传多样性和增殖放流效果评估等研究奠定了基础。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邓丽丽 李德龙 蔡年辉 周军 孙琪 唐红燕 王大玮 许玉兰
以思茅松针叶为材料，采用ＩｌｌｕｍＩｎａ ＨＩｓｅｑ２０００平台测序，得到１２１ ８８２条无冗余的序列，对这些序列进行ｓｓＲ位点搜索，共获得３５３４个ｓｓＲ位点，出现频率为２．９％，分布平均距离２５ｋｂ。所搜索的ｓｓＲ以单核苷酸重复类型最多，其次为三核苷酸和二核苷酸，而四、五、六核苷酸重复类型较少（＜１％．．．
关键词：
思茅松 高通量测序 微卫星
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵良杰 彭新亮 郭旭升
采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
岳华梅 翟晴 宋明月 叶欢 杨晓鸽 李创举
采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序技术，对兴国红鲤（ＣｙｐｒＩｎｕｓ ＣａｒｐＩｏ ｖａｒ．ｓＩｎｇｕｏｎｅｎｓＩｓ）垂体和性腺等组织进行转录组测序分析，筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示：共获得１３ ６５２个微卫星标记，对所得位点进行分类，单核苷酸重复类型占４７．８６％，二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为３４．４３％、１６．３２％、１．２５％、０．１２％以及０．０２％。随机选取３０个ｓｓｒ位点进行ｐＣｒ验证，有２０对可以扩增出清晰稳定的条带。在２４个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析，结果表明，具有多态性的微卫星引物为９对。不同位点得到的等位基因范围为２～４，平均等位基因．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 草业科学
[作者]
刘倩倩 谭宇尘 姚宝辉 康宇坤 苏军虎
利用第二代高通量测序技术对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)大脑组织进行转录组测序,筛选微卫星标记,分析其组成与特征,并检验其多态性,为高原鼢鼠微卫星标记的开发及后续研究等奠定基础。结果发现:在获得的29 090个微卫星标记中单核苷酸重复A/T是重复次数最多的类型(54.31%),其次为二碱基重复CA/TG (10.46%),其他碱基重复类型仅占16.79%。随机选取104个微卫星位点进行引物设计,发现有43个位点扩增成功。12个多态性位点经毛细管电泳检测发现,等位基因数为3～12个,观测杂合度(Ho)为0.263～0.937,平均值为0.651,期望杂合度(He)为0.285～0.844,平均值为0.600。使用Bonferroni校正后,有2个微卫星位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P 0.01)。多态信息含量(PIC)在0.251～0.816,全部为中度多态性(0.250 0.500)。这些微卫星标记为高原鼢鼠的亲权关系鉴定、种群遗传学等研究提供了基础数据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
倪守胜 杨钰 柳淑芳 庄志猛
为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其
关键词：
虾夷扇贝 二代测序 基因组 微卫星
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
安俊 郑彩霞 姚阳 陈彬丽
为利用微卫星分子标记技术进一步研究油松胚珠发育分子调控机制以及微卫星对油松胚珠发育的影响，本文以前期高通量测序结果为基础，用ＭＩＳＡ软件对所获得的转录组数据进行ＳＳＲ位点的发掘和分析，为后续研究提供重要信息资源和数据保障。得到的１ ４１２个ＳＳＲ位点存在于１ ２７４条序列中，平均每２．１５ ｋｂ出现一个ＳＳＲ。油松胚珠转录组微卫星中存在８７种重复基元，其中（Ａ／Ｔ）ｎ比例最高，约占４５．８９％；出现频率较高的重复类型是单核苷酸（４６．８８％）和三核苷酸（３４．９９％）重复。所得微卫星多为长度
关键词：
油松 胚珠 转录组 微卫星
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
冯延芝 李芳东 魏琦琦 莫文娟 王璐 黄地歌 傅建敏
对杜仲（Ｅｕｃｏｍｍｉａ ｕｌｍｏｉｄＥｓ）国审良种‘华仲６号’和‘华仲１０号’花后７０和１６０ｄ的种仁共４个样本进行转录组测序，对测序数据进行组装和功能注释分类，并对转录组获得的单基因簇（ｕｎｉｇＥｎＥ）进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉｓＥｑ～（Ｔｍ）２０００对杜仲样品进行转录组测序，采用软件ＴｒｉｎｉＴｙ进行组装；利用ＢｌａｓＴ软件将ｕｎｉｇＥｎＥ序列分别与ｎｒ、ｇｏ、ｃｏｇ和ＫＥｇｇ等数据库比对分析；利用ｍｉｓａ软件对转录组的９６ ４６９条ｕｎｉｇＥｎＥｓ进行ｓｓｒ搜索。结果表明：转录组测序分析，共得到７２ ７９１ ３９９个高质量的序列读取片段（ｃｌＥａ．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
罗明 白志毅 李应森 李家乐
采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5～20,有效等位基因数2.321 3～13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2～1.000 0和0.582 5～0.946 1;PIC值0.547 2～0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
毛瑞鑫 鲁翠云 刘福军 赵莹莹 谷晶晶 常玉梅 梁利群 孙效文
利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库。并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12探针进行第二次筛选。结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5(;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8(。经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增...
关键词：
中华绒螯蟹 微卫星 磁珠富集
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔雨 石凤翎 张雨桐 钱亚斯 闫伟 伊风艳
[目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeq~(TM) 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13%),二核苷酸次之(22.07%);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16%),其次为AAG/CTT(14.30%);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种)。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3 130条(38.29%)。[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。
关键词：
蒙农红豆草 花瓣转录组 微卫星SSR
[期刊] 中国农业科学
[作者]
魏丹丹 刘燕 杜洋 李刚 李婷 袁明龙 王进军
【目的】通过磁珠富集法构建柑橘全爪螨（Ｐａｎｏｎｙｃｈｕｓ ｃｉｔｒｉ）微卫星富集文库，发掘柑橘全爪螨基因组微卫星（ｇ ｓｓｒ）序列。同时，利用柑橘全爪螨转录组数据库，筛选其功能微卫星（Ｅｓｔ－ｓｓｒ）分子标记，设计柑橘全爪螨微卫星（ｓｓｒ）引物并验证其适用性。【方法】在提取柑橘全爪螨高质量基因组Ｄｎａ的基础上，使用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素标记的微卫星探针结合，亲和性捕捉由限制性内切酶酶切产生的含ｓｓｒ的单链基因组Ｄｎａ目的序列，经Ｐｃｒ扩增为双链后，克隆并构建ｓｓｒ富集文库，测序筛选ｓｓｒ序列。另一方面，基于柑橘全爪螨转录组数据，利用ｍｓａｔｃｏｍｍａｎＤＥｒ软件发掘其功能微卫星标记。采．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
温强 徐林初 江香梅 李江 顾胤聪 徐立安 黄敏仁
采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重...
关键词：
山茶属 454高通量测序 微卫星
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