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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
赵阳 冯延芝 杨超伟 王保平 乔杰 殷世雨 周海江 李芳东
【目的】基于全基因组重测序技术(WGRS)开发的SNP标记，对泡桐属的种间亲缘关系和群体遗传结构进行解析，为揭示泡桐属植物的系统发育关系及进行分类提供理论依据。【方法】对泡桐属11个桐种的典型株进行全基因组重测序，评估数据质量；以白花泡桐基因组为参考，获得高质量SNP位点，并进一步通过VCF2Dis、MEGA11和fast STRUCTURE等软件对其进行主成分分析(PCA)、系统发育分析和群体遗传结构分析；采用cluster Profiler包对基因进行富集分析。【结果】通过WGRS技术对泡桐属11个桐种的典型株进行测序，11份材料比对至白花泡桐参考基因组的平均比对率为81.87%，通过有效过滤筛选后获得7 492 966个SNP位点。基于这些SNP位点估算材料间的遗传距离，种间的遗传距离为0.15～0.59，毛泡桐与白花泡桐的遗传距离最大为0.59，宜昌泡桐与山明泡桐，鄂川泡桐与山明泡桐的遗传距离最小，均为0.15。PCA、系统发育树和遗传结构分析结果均将泡桐属划分为3个类群，类群Ⅰ为毛泡桐；类群Ⅱ包括川泡桐和台湾泡桐；类群Ⅲ包括白花泡桐、楸叶泡桐、山明泡桐、鄂川泡桐、宜昌泡桐、华东泡桐、建始泡桐和兰考泡桐。高突变率基因被富集到细胞壁代谢、花粉代谢、次生代谢物代谢和形态建成相关的生物学过程。【结论】利用WGRS技术挖掘覆盖全基因组的SNP标记可以有效地对泡桐属植物的亲缘关系及遗传结构进行解析，为泡桐属种质资源的系统分类和高效利用奠定基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林俊彬 严俊杰 韩星 赵金 甘颖 苗人云 冯仁才 李斐 赖学飞 仝宗军 甘炳成
【目的】通过分析20份杏鲍菇菌株的遗传多样性和菌丝、子实体的性状，为新型分子标记在杏鲍菇资源保护利用方面提供一定的基础，也为后续主要性状基因的准确定位、杂交育种、表型预测提供理论依据。【方法】以20株全国不同地区收集到的杏鲍菇菌株作为试验菌株，对其进行全基因组重测序，将分析得到的SNP位点作为标记进行遗传多样性分析，并测定其菌丝在PDA培养皿上的生长速度、产量、子实体长度、菌盖直径、菌柄长度、菌柄直径、子实体硬度、子实体脆度、子实体咀嚼性和子实体胶着性，随后对10项性状指标进行主成分分析，将各项性状指标与遗传多样性结果进行联合分析，评价二者的相关性。【结果】当遗传距离大于0.08时，20份杏鲍菇菌株分为6个类群，每个类群的菌株的性状与其他类群相比均有一定的差异且类群内菌株性状比较接近。其中类群Ⅴ所含菌株数量最多，包含13份菌株，且各项性状指标最为突出；其次是类群Ⅱ包含3份菌株，其余几个类群都只包含1个菌株，不同类群之间性状均有差异，类群内差异很小。【结论】国内不同地区的杏鲍菇菌株在遗传多样性、菌丝生长速度、子实体性状和质构方面均有差异，其中各项性状比较优异且均衡的杏鲍菇菌株聚类在类群Ⅴ，说明杏鲍菇中SNP标记与子实体性状有很强的相关性。在育种实践中，可以通过SNP标记预测菌株的性状，以遗传距离比较远、个别性状比较突出的菌株作为亲本进行杂交育种，大大减少育种周期，提高育种效率与精度。
[期刊] 林业科学
[作者]
莫文娟 傅建敏 乔杰 雷莉莉 李芳东 袁德义 邱乾栋
利用ISSR分子标记对泡桐属21份种、变种及变型材料进行亲缘关系分析。结果表明:从100个ISSR引物中筛选出9个扩增产物电泳后带型清晰可辨的引物,共扩增出85条DNA片段,其中多态性带74条,多态位点百分率为87.05%,反映出泡桐属不同种质间遗传差异明显,其丰富的多态性与供试材料广泛的种质代表性有关;UPGMA法将研究材料分成毛泡桐组、白花泡桐组和川泡桐组3大组,地理分布较近的种质聚类在一起,表现出较密切的亲缘关系;在对兰考泡桐、山明泡桐、白花兰考泡桐、楸叶泡桐、圆冠泡桐、亮叶毛泡桐、毛泡桐、白花泡桐、川泡桐的亲缘关系分析及分类处理上,基本上与形态学、细胞学、同工酶的研究结果一致。最后对泡...
关键词：
泡桐属 ISSR 亲缘关系 聚类分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
莫文娟 李少锋 邱乾栋 孙长忠 汤志敏 乔杰 杜红岩 傅建敏
【目的】通过测序法分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐在叶绿体ｒｐｓ１６序列上的遗传差异，旨在分析三者之间在叶绿体基因上的变化特点和规律，探讨其种间的遗传关系。【方法】选取兰考泡桐、白花泡桐和毛泡桐各１５个样本，对其提取的ＤＮＡ用ｐＣｒ扩增获得特异片段，并将其纯化与测序。利用软件ＣｌｕｓｔＡｌ Ｘ ２．０对所得序列进行排序；运行ＭＥＧＡ ４软件，进行多序列比对，分析其序列特征，并计算出Ｋ２ｐ遗传距离。【结果】（１）对获得的ｒｐｓ１６序列进行测定分析，得兰考泡桐序列长度分别为９３２ ９３３ ｂｐ；白花泡桐序列长度为９３２ ｂｐ；毛泡桐序列长度分别为９１６９１８ ｂｐ。对所得ｒｐｓ１６序列进行排序后的长．．．
关键词：
兰考泡桐 白花泡桐 毛泡桐 rps16
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
任勤 姬聪慧 龙小飞 罗文华 王瑞生 陈恒 高丽娇 曹兰 刘佳霖
【目的】解析重庆武隆中华蜜蜂的遗传变异及种群分化特征，为该地区传粉昆虫的遗传多样性研究提供理论参考。【方法】对重庆武隆中华蜜蜂进行全基因组重测序，并结合我国其他地区57群中华蜜蜂的重测序原始数据进行种群遗传分化分析。【结果】测序共获得武隆中华蜜蜂有效数据(clean data) 33.53 Gb,发现高质量单核苷酸多态性(SNP)位点共3 886 321个，小片段的插入与缺失(small indel)位点1 392 028个。在武隆中华蜜蜂样品中筛选出具有相同变异位点的非同义SNP突变基因589个，编码区发生small indel的基因214个。这些基因主要富集于赖氨酸降解、轴突导向、细胞外基质受体互作和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。最终获得16个具有相同SNP和small indel的突变基因，其中包括嗅觉受体基因2个、细胞色素P450基因1个。武隆中华蜜蜂与我国其他地理型中华蜜蜂可能存在显著的遗传分化，与华中中蜂和北方中蜂(陕西安康)种群的亲缘关系较近。【结论】推测氨基酸代谢、神经系统发育、嗅觉进化、抗逆性能改善以及对温度偏好性的转变与武隆中华蜜蜂适应重庆本地自然环境有关。随意引种可能导致优质中华蜜蜂品种混杂，生产性能和抗逆性能下降。因此，需要保护本土优质中华蜜蜂种质资源。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘子宁 魏津 汤新明 梁琳 崔尚金
为分析本实验室分离的犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组序列与其遗传变异情况,对CPIV-BJ01株全长进行分段扩增并测序,拼接获得全基因组序列,与GenBank发布的27株副流感病毒5型分别进行全基因组和包膜糖蛋白(F、SH和HN)核苷酸及氨基酸序列的相似性比对,分析其遗传进化关系。结果显示,CPIV-BJ01毒株与犬源PIV5 1 168-1亲缘关系最近,核苷酸相似性为99.9%,氨基酸相似性为99.8%。CPIV-BJ01的F和HN基因序列变化较为保守,核苷酸和氨基酸变化均在4%以内,其中F蛋白的氨基酸变化形成一处新的O-糖基化位点;CPIV-BJ01株的SH基因序列与其他演化分支毒株差异显著,核苷酸相似性为84.4%～97.0%,氨基酸相似性为31.8%～95.6%。综上,CPIV-BJ01株基因组序列与前人报道的毒株相比,在F、HN基因和部分非编码区存在核苷酸或氨基酸序列的改变,同时F蛋白存在糖基化修饰的改变,均为该毒株所特有,该研究结果丰富了中国CPIV流行株的基因组信息。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李双双 薛龙飞 苏爱国 雷彬彬 王玉美 华金平
线粒体是真核细胞内的重要细胞器,是一种遗传上半自主性的细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,参与生命活动一些过程。植物的线粒体基因组较动物的更为复杂,且与植物细胞质雄性不育和物种进化密切相关。本文概述了植物线粒体基因组测序工作,并在此基础上,综述了植物线粒体基因组的大小、组成形式、基因组序列的结构特征、基因组成,分析表达特点、RNA编辑、序列重组,以及线粒体基因组进化、线粒体相关的雄性不育机理研究的研究进展。
关键词：
植物 线粒体 基因组 序列分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王凤娇 孟宪红 傅强 栾生 隋娟
本研究基于简化基因组测序(2b-RAD)技术,对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)"黄海2号" 2015～2017年3个连续选育世代(G9～G11)的亲本群体、共649个个体进行了简化基因组测序,并对这3个亲本群体进行了遗传结构和遗传多样性分析。实验在3个选育世代中共获得66985个SNP位点。遗传分析的结果显示,G9～G11平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.1439、0.1587和0.1674,平均观测杂合度(Ho)分别为0.1388、0.1515和0.1609,多态信息含量(PIC)分别为0.1241、0.1360和0.1430。G9～G11亲本群体的遗传多样性整体呈现一定的上升趋势,但差异不显著。F检验显示,3个世代总的Fst值为0.0061,G9～G11相邻世代群体间遗传分化程度较弱(G9～G10为0.0029, G10～G11为0.0026),表明相邻世代的遗传距离逐渐减小。3个世代间基因交流充分,基因流为62.91～94.63。本研究表明,人工定向选育工作的推进对中国明对虾选育群体遗传多样性和遗传结构产生了一定的影响:在固定的选择压力下(4%～5%),亲本群体的遗传多样性并无降低的趋势,中国明对虾选育群体遗传分化小,遗传结构趋向稳定。研究结果为进一步制定中国明对虾选育计划提供基础遗传数据和科学的理论指导。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李晓玲 程岁寒 杨进
本文采用１０对ＳＲＡＰ引物，对１０份续断属植物样本进行遗传亲缘关系分析。结果表明，１０对引物共扩出５６６条谱带，平均每对引物扩增出５６．６条带，片段大小为１５０～２０００ ｂＰ，其中多态性条带为３６２条，平均每对引物扩增的多态性条带为３６．２条，平均多态性条带百分率为６４％，结果表明续断属植物具有丰富的遗传变异。ＵＰＧＭＡ聚类分析表明１０份续断属植物分为２个大类和４个亚类，大头续断和深紫续断有一定的亲缘关系，与其它续断属植物间遗传差异较大；日本续断、恩施续断、大理续断和川续断遗传亲缘关系较近，其中大理续断和川续断聚为一个小类群，支持大理续断并入川续断。
关键词：
续断属植物 SRAP 遗传亲缘关系
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
韩威 沈华伟 殷建玫 朱云芬 沈海玉 李国辉 薛倩 张会永 苏一军 窦新红 王克华 邹剑敏
利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325 531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度H_o为0.213 6、核苷酸多样度P_i为0.240 4,近交系数F_(is)为0.111 6,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数F_(st)为0.155 6,平均基因流N_m为1.398 2,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过F_(st)和θ_π检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路.
关键词：
金湖乌凤鸡 简化基因组测序 遗传进化
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
熊和丽 张彦 张斌 相德才 常雅洁 刘韶娜 赵智勇
为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异，本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序，并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析，获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异；利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现：1)2 211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异，138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路；2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控，1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控；3)10个基因共包含936个SNP,其中655个SNP位于基因间区，255个是内含子变异，少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异，为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
袁洁 何登骥 何加太 詹庆才 周昆 何艳 阳永建 魏颖娟 陶湘林 唐汉军
针对花粉管通道法导入苦瓜DNA的籼稻子代D9和受体RT,采用IlluminaHiSeq TM平台进行全基因组重测序,分析了精米的基本营养成分、总皂苷成分以及膨胀势和米饭的食味品质。结果表明:苦瓜的部分DNA片段被整合进了受体水稻的DNA中,使生理活性成分总皂苷含量显著提高;苦瓜基因对水稻的营养成分有改善作用,使脂肪含量增加,膳食纤维与灰分的含量有所减少。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
袁洁 何登骥 何加太 詹庆才 周昆 何艳 阳永建 魏颖娟 陶湘林 唐汉军
针对花粉管通道法导入苦瓜DNA的籼稻子代D9和受体RT,采用IlluminaHiSeq TM平台进行全基因组重测序,分析了精米的基本营养成分、总皂苷成分以及膨胀势和米饭的食味品质。结果表明:苦瓜的部分DNA片段被整合进了受体水稻的DNA中,使生理活性成分总皂苷含量显著提高;苦瓜基因对水稻的营养成分有改善作用,使脂肪含量增加,膳食纤维与灰分的含量有所减少。
[期刊] 林业科学
[作者]
邓敏捷 董焱鹏 赵振利 张晓申 范国强
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王星火 常雪晴 程方平 马路阔 徐旭丹 王有基 黄伟
为评估浙江省三门湾海域鱼类种质资源现状,采用简化基因组测序技术,对三门湾海域3种优势鱼种(白姑鱼Pennahia argentata、中华栉孔虾虎鱼Ctenotrypauchen chinensis和龙头鱼Harpadon nehereus)进行群体遗传多样性分析。结果表明,白姑鱼、中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼获得单核苷酸多态性(SNP)位点分别为125 225个、51 283个、55 128个,变异位点比例分别为1.74%、0.79%、0.54%,多态信息含量(PIC)分别为0.208、0.177、0.221,核苷酸多样性(P_i)分别为0.259、0.219、0.281。其中白姑鱼观测杂合度小于期望杂合度,显示出群体内纯合子较多,杂合子缺失;而中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼观测杂合度大于期望杂合度,显示出杂合过度。3种鱼类群体以龙头鱼观测杂合度最高。综合以上SNP位点多样性、多态性信息含量、群体遗传多样性比较结果,三门湾海域3种鱼类群体变异位点比例均较低,相同群体的个体间遗传分化较小,遗传结构较稳定,总体上遗传多样性处于较低水平,应进一步加强资源保护和恢复。
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