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[期刊] 水产学报
[作者]
王琼 李健 何玉英
中国明对虾是我国最重要的养殖虾类之一。性成熟后的中国明对虾在生长和体色上表现出性别二态性。为了探查基因组上潜在的性别分化相关区域,对中国明对虾进行了全基因组重测序研究。分别使用中国明对虾基因组和其近缘物种凡纳滨对虾的基因组作为参考基因组,计算了雌雄中国明对虾之间的遗传分化指数F_(st),以筛查基因组上的性别分化相关区域。当使用中国明对虾参考基因组时,有大约89%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到中国明对虾参考基因,覆盖度大约为84%。基因组上F_(st)出现较多杂乱的峰,其中LG5的F_(ST)值整体呈升高的趋势,另外LG13,LG17及LG35均有F_(ST)指数相对较高的区域。而当使用凡纳滨对虾参考基因组时,有大约60%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到凡纳滨对虾参考基因,覆盖度大约为52%。Scaffold 2550和Scaffold 3683上分别有2个最显著的峰。将雌雄中国明对虾转录组测序数据与凡纳滨对虾的参考基因组比对后,获得了中国明对虾的粗略表达谱,挖掘出了丰富的差异表达基因。分析了前述2个Scaffold上的基因表达情况。在Scaffold 2550上,有2个肌肉中的差异表达基因,有3个性腺中的差异表达基因;在Scaffold 3683上,有4个性腺中的差异表达基因,全部都是雄性高表达,且都位于F_(ST)峰值区域,其中两个基因编码外周型苯二氮卓受体相关蛋白1(peripheral-type benzodiazepine receptor-associated protein 1),参与类固醇激素生物合成,推测这两个雄性高表达基因参与了雄虾的性别特异性生理机制,与雄性生殖功能相关,在性别分化过程中发挥一定作用。本研究初步筛选到了与中国明对虾性别分化相关的区域和基因,为中国明对虾性别二态性的进一步研究提供了依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
王攀攀 谢姝敏 于世豪 陈昊 邢超凡 高焕 阎斌伦
为了进一步分析日本囊对虾两种表型差异类型的系统发育关系,实验系统比较了两种类型线粒体全基因组的基因结构、遗传距离和密码子偏好性等特征。结果显示,两种类型线粒体基因组的基因重叠区、基因间隔和密码子等方面均存在差异。两种类型的线粒体蛋白编码基因核苷酸序列的相似度为91.10%~95.00%,氨基酸序列的相似度为96.15%~100%。两种类型的A+T富集区的同源性只有82.60%,分歧度为15.40%,呈现高度遗传分化。日本囊对虾两种类型蛋白编码基因的核苷酸序列分歧度大于明对虾属和叉肢螯虾属,但氨基酸序列的分歧度小于后者。研究发现,基于cytb基因的种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍;基于cox1基因的种间遗传距离分别是类型Ⅰ和类型Ⅱ的种内遗传距离的14.6倍和5.2倍。两种类型的nd1、nd4和nd5基因的Ka/Ks值大于1,表明受到正向选择。基于20种隶属9属的对虾线粒体基因组蛋白编码序列构建系统发育树,结果显示能有效地区分各属对虾,其中日本囊对虾的两种类型首先聚类,再与宽沟对虾聚类。以上结果表明日本囊对虾的两种表型差异类型基本达到物种水平,有必要进一步评估更多的性状差异,以提高两种囊对虾的特异性养殖技术。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杜盈 何玉英 李健 刘磊 孙铭 王清印
为了从表观遗传学角度讨论中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体和人工选育新品种"黄海1号"不同组织间甲基化水平和多态性差异,应用甲基化敏感扩增多态性(mehylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分别对野生群体组中国明对虾和"黄海1号"肌肉、鳃、血液3种组织样品基因组DNA的CCGG甲基化水平进行对比分析,试图从表观遗传学角度探讨影响中国明对虾生长性状的分子机制。采用30对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polyacrylamide Gel Electrophoresis,PAGE)带型结果显示,野生...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王凤娇 孟宪红 傅强 栾生 隋娟
本研究基于简化基因组测序(2b-RAD)技术,对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)"黄海2号" 2015~2017年3个连续选育世代(G9~G11)的亲本群体、共649个个体进行了简化基因组测序,并对这3个亲本群体进行了遗传结构和遗传多样性分析。实验在3个选育世代中共获得66985个SNP位点。遗传分析的结果显示,G9~G11平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.1439、0.1587和0.1674,平均观测杂合度(Ho)分别为0.1388、0.1515和0.1609,多态信息含量(PIC)分别为0.1241、0.1360和0.1430。G9~G11亲本群体的遗传多样性整体呈现一定的上升趋势,但差异不显著。F检验显示,3个世代总的Fst值为0.0061,G9~G11相邻世代群体间遗传分化程度较弱(G9~G10为0.0029, G10~G11为0.0026),表明相邻世代的遗传距离逐渐减小。3个世代间基因交流充分,基因流为62.91~94.63。本研究表明,人工定向选育工作的推进对中国明对虾选育群体遗传多样性和遗传结构产生了一定的影响:在固定的选择压力下(4%~5%),亲本群体的遗传多样性并无降低的趋势,中国明对虾选育群体遗传分化小,遗传结构趋向稳定。研究结果为进一步制定中国明对虾选育计划提供基础遗传数据和科学的理论指导。
[期刊] 水产学报
[作者]
徐海龙 陈勇 陈新军 谷德贤 周文礼
为掌握不同自然死亡估算方法对资源变动规律和群体结构特征的影响,以放流中国明对虾渔业为例,采用2种基于生长参数的经验公式估算自然死亡系数,并与已报道的基于渔获量数据得到的结果进行比较,分析3种自然死亡系数随时间的变化规律及对资源的性比结构影响。结果显示:估算方法理论及依据的数据资料不同对自然死亡系数的估算结果影响显著,利用叶昌臣等基于渔获量数据得到的自然死亡系数进行放流后至捕捞结束全时段的模拟,存在低估放流初期个体自然死亡的现象;利用Chen等提出的经验公式估算的自然死亡系数,存在高估放流初期幼体自然死亡的可能,至放流个体生长一周年时性比达4.44:1;利用Gislason等提出的方法估算的自然...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张峥 黄倢 高强 成君军 王明森
中国明对虾肝胰腺细小病毒是一种单链、线性DNA病毒。本研究利用DNA末端加尾和嵌套PCR首次完成了对虾肝胰腺细小病毒(hepatopancreatic parvovirus,HPV)中国分离株(HPV-Pc)全基因组序列的测定,研究结果表明,HPV-Pc株(GenBank登录号GU371276)的全基因组由6 085个核苷酸组成,包含3个开放阅读框(ORF)(分别代表ns1、ns2和cp基因)和2个非编码区。ORF1、ORF2和ORF3分别编码由427、578和821个氨基酸组成的蛋白,分子量分别为50.4 kD、68.2 kD和92 kD。分析HPV-Pc基因组结构,发现该基因组没有末端反向...
[期刊] 水产学报
[作者]
栾生 孔杰 王清印 高焕 王伟继 张庆文
为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广(3.1-47.6),其次是10bp(2.5-44),再次是12bp(2.2-28)。平均拷贝...
[期刊] 水产学报
[作者]
张沛东 张秀梅 李健 孟庆武
在(22±1)℃及高密度养殖环境条件下,观察中国明对虾、凡纳滨对虾仔虾的摄食、自残、运动、间隔及攻击和防御行为,并探讨充气对两种仔虾行为的影响。结果表明,两种仔虾都偏好卤虫幼体。中国明对虾仔虾自残行为高发,运动活跃,间隔行为明显,攻击频率高;凡纳滨对虾仔虾自残现象少,好静,可忍受身体的相互接触,攻击频率低。充气对两种仔虾的行为均有显著影响。
关键词:
中国明对虾 凡纳滨对虾 行为 充气
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张健 张志峰 邵明瑜
采用组织学和细胞学方法,初步研究了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)脑的发生和分化过程。成神经细胞起源于原肠胚期,至膜内无节幼体期位于幼体前端;脑神经节起始于无节幼体Ⅰ期(N1),1对;无节幼体Ⅲ期(N3)脑神经节前端愈合;状幼体Ⅰ期(Z1)分化出嗅脑和前中后脑,此时前脑和中脑前端两侧愈合;仔虾期脑的大部分已经愈合,但后脑仍分离。随发育脑体积增加,髓质占脑体积的比例增加。脑神经细胞在无节幼体Ⅵ期(N6)初步分化为2类:Ⅰ类神经细胞核着色浅,异染色质较少;Ⅱ类神经细胞着色深,核内异染色质较多。神经分泌细胞(NSC)在Ⅱ期(Z2)出现,胞体巨大,电镜下可见分泌颗粒;随着...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
冯政夫 林晓菲 葛蕾蕾 朱伟
中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的性别分化和生殖器官发育是其繁殖生物学的重要部分,也是进行性别调控的基础。经过2年的取样观察,研究了中国明对虾雌性纳精囊和雄性交接器的分化与发育过程。结果显示,早在仔虾后16 d(16 days post-larva,pl16)即开始雌雄分化,此时,雌虾第4与第5对步足间腹甲处的锥突出现明显下陷,而雄虾的没有下陷。pl54时,雌虾纳精囊瓣膜出现,然后继续发育,到pl124时形成纳精囊雏形;雄虾交接器发育较晚,到pl54时,雄虾第1泳足的内肢才出现分化,在pl106基本形成雄性交接器。
[期刊] 水产学报
[作者]
宋晓红 毛勇 董宏标 张曼 边力 王军
高温耐受值(CTMax)为评估日本囊对虾稚虾高温耐受性的重要指标,本实验探讨了不同暂养温度(24、28和32℃)和升温速率[(1±0.2)℃/h和(1±0.2)℃/min]对CTMax值的影响,同时利用CTMax和环境响应系数ARR比较了两种形态变异类型日本囊对虾稚虾的高温耐受性差异,并从二者的地理分布、耗氧率、窒息点和温度系数Q10生理代谢指标对其高温耐受机理进行了分析。实验结果如下:(1)不同的暂养温度和升温速率对两种形态变异类型日本囊对虾稚虾的CTMax值均有显著影响(P<0.05);(2)在相同升温速率下,32℃组形态变异类型Ⅱ稚虾的CTMax值高于形态变异类型Ⅰ(P<0.05),各实...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
张培旗 李健 刘淇 王群
用药浴的方法,分别研究了复方新诺明对中国对虾幼体的急性毒性、对幼虾生长的影响和中毒的机理。结果表明,无节幼体、蚤状幼体的24h LC50和48h LC50分别为300、355mg/L和232、172mg/L,安全浓度分别为42、12mg/L;用50、100、200mg/L的复方新诺明对幼虾药浴35d,各试验组未见任何临床变化,而100、200mg/L药物浓度对幼虾体长和体重的增长影响极显著(P<0·05),血清AST、AL...
[期刊] 水产学报
[作者]
孙犁 卢霞 孔杰 孟宪红 闫允君 李波波 仲伟鹏 陈宝龙 曹宝祥 罗坤 栾生
中国明对虾在养殖中表现出较强的竞争行为,对其生长性能产生了较大的影响,然而,到目前为止其发生的分子机制尚不清楚。钙调神经磷酸酶(calcineurin,CN)是高度保守的Ca~(2+)/钙调蛋白(calmodulin, CaM)依赖性丝氨酸/苏氨酸磷酸酶,由催化亚基(CNA)和调节亚基(CN-B)组成,是参与许多重要生理过程的多功能蛋白质。CNB在Ca~(2+)/CaM的介导下主要在动物的中枢神经系统发挥重要作用。另外,前期通过比较转录组分析筛选出的与中国明对虾竞争行为相关的候选基因中包括CNB基因。为了进一步明确CNB在中国明对虾竞争过程中的作用,实验通过RACE技术克隆了中国明对虾CNB基因(FcCN-B)的全长cDNA序列,并利用Real-time PCR技术分析了其在高竞争能力组(HCG)和低竞争能力组(LCG)组间不同组织(神经节、心脏、胃、肝胰腺和肠)中的表达情况。结果显示,FcCN-B的cDNA全长序列为2 867 bp,包括95 bp的5′非编码区(UTR),540 bp的开放阅读框(ORF),和2 232 bp的3′UTR,其中ORF中具有4个保守的EF-hand Ca~(2+)结合结构域。蛋白质同源性分析显示,FcCN-B的氨基酸序列与其他物种具有较高的同源性(78.8%~93.8%),其中最高的是中华绒螯蟹(93.8%)和黑腹果蝇(90.5%);系统进化关系分析显示,脊椎动物和无脊椎动物分别独立为一支,且中国明对虾与中华绒螯蟹单独聚为一支,之后与黑腹果蝇聚类关系最近,提示FcCN-B在中国明对虾中可能具有与其在中华绒螯蟹和果蝇中相类似的功能。Real-time PCR定量结果显示,FcCN-B在HCG组的神经节中的表达极显著高于LCG组,而其在HCG组的心脏中的表达极显著低于LCG组。研究结果表明,calcineurin B基因在中国明对虾的竞争行为中可能发挥一定的作用,将为解析中国明对虾竞争行为的分子机制奠定重要的基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
邓敏 何建国 吕玲 左涛 龙綮新 陈兆明
通过分离纯化白斑综合症病毒 (WSSV)粒子 ,抽提病毒DNA ,用限制性内切酶EcoRⅠ或SalⅠ酶切后 ,克隆入质粒pBluescriptⅡKS中 ,从而建立了WSSV部分基因组文库。估计WSSV基因组DNA在16 5kb以上。将WSSVEcoRⅠ克隆片段标记制备为探针 ,进行Southern杂交、打点杂交和原位杂交 ,其结果证明了克隆片段对WSSV特异 ,并为检测WSSV提供了方法。通过对部分基因组文库序列分析发现 ,WSSV核酸序列与已知杆状病毒核酸序列的同源性低 ,与GenBank中已有病毒核酸序列比较都无较大同源性 ,说明WSSV不属于杆状病毒科 ,目前只能列为未分类的无脊椎动物病...
[期刊] 水产学报
[作者]
隗健凯 柳承璋 张晓军 王兵 董波 李富花 相建海
对前期获得的中国明对虾头胸部、血液、眼柄、卵巢4种组织的EST测序数据进行了生物信息学挖掘和分析。4种组织的原始EST序列分别为10 446条、2 690条、1 067条和1 282条,通过聚类拼接得到unigene 3 454条、1 053条、406条和544条,对其进行了NR、GO、KEGG等数据库的功能注释,并在此基础上进行了组织差异分析。通过同源比对的方法找出了各组织特异的转录本,并根据注释信息将其进行了GO功能分类。结果显示,血液组在细胞杀伤、迁移和节律等功能分类上特异性富集;眼柄组在色素生成、信号传递和生物学调控等功能分类上特异性富集;卵巢组在营养贮存运输、繁殖和定位等功能分类上特...
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