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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘军万 李舟军 刘飞飞
从三维微阵列数据集挖掘出的三维聚类,能够分辨出与某些表现型(如疾病)相关的样本,而且能找出与这些表现型相关的候选基因.当挖掘3D微阵列数据矩阵中的3D聚类时往往要考虑同时优化几个目标,而且这些目标经常相互冲突,因此,应用多目标进化算法来求解GST数据集中的3D聚类是可行的.本文基于∈-支配和σ选择操作策略,提出一个新奇的多目标进化三维聚类算法来挖掘三维微阵列数据集中的3D聚类.通过在酵母细胞周期调控基因数据集上应用此算法,实验结果表明我们的方法能发现具有重大意义的高质量的3D聚类.
[期刊] 统计与决策
[作者]
万星火,檀亦丽
聚类是数据挖掘领域中的一个重要研究课题。本文介绍了数据挖掘领域中对聚类分析的典型要求、主要规则及数据挖掘领域中的聚类的有效性衡量。
关键词：
数据挖掘 知识发现 聚类方法
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖静 杨泽峰 徐辰武
【目的】比较不同监督聚类方法的优劣及其适用场合。【方法】应用2种高斯混合模型聚类法(GMM)、K-最近邻居法(KNN)、二分类支持向量机器法(SVMs)以及5种多分类支持向量机器法(MC-SVMs),分别对计算机模拟数据以及两组实际微阵列数据进行聚类分析,采用假阳性(FP)、假阴性(FN)、聚类的准确性以及马修斯相关系数(MCC)等指标进行评价。【结果】(1)对成千上万基因表达谱数据,在服从高斯分布条件下,2种GMM法聚类准确性最高,且在训练样本容量较小的情况下,GMM-II法聚类准确性优于GMM-I法。(2)相比较而言,多分类MC-SVMs法稳健性较高,适用性最广,其对高维数据不敏感。不仅适...
[期刊] 统计研究
[作者]
来升强,朱建平
In data mining, traditional clustering techniques are not so effective as hoped. The large-scale databases, the disagreements in variable's measurement levels, and the exhausting distance matrix operation, are the three main obstacles.By using roughset theory, we introduced a new clustering approach in large-scale data analysis without using geometry distance measurements.
关键词：
数据挖掘 粗糙集 聚类分析
[期刊] 统计与决策
[作者]
王劲波,翁伟,许华荣
聚类在数据挖掘、模式识别等许多领域有着重要的应用。本文介绍了聚类算法的几种分类,并例举了几种基于密度的聚类算法。最后以一种新颖的基于最大不相含核心点集的聚类算法LSNCCP为例,详细介绍整个聚类算法的工作过程。
[期刊] 管理现代化
[作者]
黄绣娟 魏长升
为响应产业绿色创新号召、充分利用产业数据发现高价值情报信息，基于哲学三维之时间、空间与意间基础，构建面向产业数据的三维分析框架，并将其作为基点，应用GSO-边缘计算设计绿色创新要素挖掘方法，应用Arena 3.0网络设计可及推定方法。以“光伏产业”数据为例进行实证分析，验证本文提出方法论的有效性。研究结果表明，绿色创新要素包括制度要素、产业要素、技术要素与基建要素4种类型，对应10种特征表达，上述类型与特征表现均能够被行业全部吸收。基于研究结果，提出产业绿色创新要素特点、可及推定关键因素与转移转化策略，有助于企业制定更有效的产业绿色化策略，在提升竞争力的同时高效应对日益变化的绿色需求。
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
邓少贵 梁盛煜 谭宝海
研制了一种三维阵列电阻率测井教学实验系统,用于模拟钻孔地层电阻率测量的教学实验,并分析了井周异常体对测井响应影响。该系统包括仿真地层模块、井下仪测量模块和响应信息处理模块,可提供3种探测深度、6个方位共计21条电阻率曲线,利用计算机处理成图。以裂缝地层为例,开展三维阵列电阻率测井仿真模拟的实验教学,并将物理模拟测量同数值仿真结果结合,帮助学生理解电阻率测井原理及其在地层评价中的应用,也有助于提升学生的实践动手能力。
关键词：
教学实验 电阻率测井 模拟系统
[期刊] 华北农学报
[作者]
王冰林 柳俊 李媛媛 谢从华
应用马铃薯晚疫病水平抗性相关的1 009条表达序列标签(ESTs)所制备的cDNA微阵列和荧光信号Cy3,Cy5杂交系统,通过同一样品RNA的自身比较试验及与不同样品RNA的差异分析试验,对该技术的重复性和可靠性进行了验证分析。结果表明,在自身比较试验中,芯片杂交的假阳性率仅为0.79%,相关系数高达0.981 1;在差异分析试验中,同向标记、正反向标记、同一芯片内2个重复杂交结果的相关系数分别为0.966 0,0.889 5,0.980 2。研究结果证实,cDNA芯片技术具有高度的可靠性,可以鉴定出显著差异表达基因,并构建高质量的基因表达数据库,通过3次生物学重复和2次技术重复试验(采用正、...
关键词：
cDNA微阵列 差异表达基因 可靠性
[期刊] 水产学报
[作者]
李明辉 吴风瑞 熊传奇 曾圣 杨世杰 叶凯 蒋汶洮 孙运侣 黄宝锋 魏莹莹 焦静 顾源 王德寿
以pCC2FOS为载体构建尼罗罗非鱼Fosmid基因组文库,共挑选115 200个单菌落,保存在300块384孔样品板中,构建4 800个行池、7 200个列池、300个板池和25个超级池,形成微阵列,并对其进行复制备份。该文库插入片段平均长度约为40 kb,覆盖约罗非鱼基因组的3倍。连续传代实验研究表明,文库具有良好的稳定性。由于构建超级池-板池-行、列池三级池系统形成的微阵列,有助于快速、准确、有效地筛选目的基因,仅需77个PCR反应(超级池25+板池12+行池16+列池24)就能筛选到含有目的基因的一个单克隆,解决了普遍存在的文库筛选难题。通过文库尝试筛选18个与性别分化和生长相关基因,...
关键词：
尼罗罗非鱼 基因组文库 微阵列 基因筛选
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高世强 张新建 吴茂森 何晨阳
DNA微阵列技术是近年来发展起来的一种功能基因组学研究技术。随着这项新技术的建立和日趋完善及其在植物病理学研究中的应用,为病原细菌致病机理的研究带来了新思路并开辟了新途径。利用DNA微阵列技术,检测病原细菌在不同生长条件下和在侵染植物过程中的基因转录谱,可以从基因组水平上鉴定出新的与毒性和适应性相关的基因及其表达调控网络,有助于阐明这些基因的生物学功能及其机理。本文结合本实验室近几年来的相关研究结果,综述DNA微阵列技术在病原细菌转录谱研究中应用的最新进展。
[期刊] 图书情报工作
[作者]
于跃 徐志健 王珅 王伟
运用TDA和gCluto软件对SCI数据库中近5年的相关文献进行处理,获得双聚类矩阵图,经分析后得到该学科领域近年来的期刊研究主题方向与热点。结论认为,双聚类方法能够很好地反映学科发展状况及研究热点,从而为医学人员提供有价值的信息与知识,值得进一步研究与推广。
[期刊] 统计研究
[作者]
殷瑞飞 朱建平
本文基于Q型因子分析的基本思想,结合对应分析方法,建立了一种适用于大型数据库聚类的方法。该方法既解决了Q型因子分析算法效率方面的问题,也解决了传统对应分析法中缺乏客观分类标准、信息损失严重等多种缺陷,在实证分析中也取得了良好的效果。
关键词：
数据挖掘 聚类分析 对应分析 因子旋转
[期刊] 中国农业科学
[作者]
韦克苏 程方民 董海涛 张其芳 刘奎刚 曹珍珍
【目的】揭示花后高温条件下水稻灌浆过程中胚乳淀粉和蛋白贮藏物代谢相关基因的表达谱,并阐明部分重要功能基因对花后高温胁迫的响应表达模式。【方法】利用人工气候箱设高温(日均温度32℃,日最高温36℃/日最低温28℃)和适温(日均温度22℃,日最高温26℃/日最低温18℃)2个温度处理,并在水稻开花后的不同时期取样,对水稻胚乳贮藏物代谢各类相关基因的表达谱与表达模式进行高通量的cDNA微阵列检测。【结果】在水稻胚乳贮藏物代谢的相关基因中,以对高温胁迫响应表现较迟钝的基因居多,其高温处理与低温处理之间的杂交信号(nARVOL)比值(称R值)大致在0.8—1.2,但随高温处理时间的持续,呈上调或下调差异...
[期刊] 水产学报
[作者]
李小燕 李振兴 林洪 SAMEE Haider 张轶群
采用辣根过氧化物酶(HRP)与3,3′,5,5′—四甲基联苯胺(TMB)—H2O2作为信号示踪系统,建立了一种可视化抗体微阵列检测菲律宾蛤仔过敏原的方法。对孵育时间、抗体浓度等免疫条件进行了优化。采用改良双抗体夹心法,将菲律宾蛤仔过敏原的兔多克隆抗体固定于琼脂糖三维芯片上,依次加入待检样品、菲律宾蛤仔鼠多克隆抗体和HRP-羊抗鼠IgG,孵育后加TMB显色,肉眼观察后,用平板扫描仪获取扫描图象,采用GenePixPro6.0软件分析灰度值。试验结果表明,该方法最低可检出10ng/mL的菲律宾蛤仔过敏原,片内平均变异系数(CV)为5.99%,片间为10.3%;香肠及蟹棒中3个不同浓度的加标回收率为...
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