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[期刊] 水产学报
[作者]
梅高尚 纪德华 李兵 徐燕 陈昌生 谢潮添
坛紫菜栽培中经常遭遇高温胁迫危害而产生烂菜现象,为研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,分离并克隆高温胁迫应答的相关基因,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系Z-61叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得一条在高温胁迫条件下表达水平显著降低的基因片段,通过5′-RACE技术获得了它的全长,命名为Phrps15a(GenBank登录号:JN991055.1)。该基因序列全长676 bp,包含一个390 bp的开放阅读框编码130个氨基酸的核糖体S15a蛋白(PhRPS15a),蛋白分子式为C664H1066N188O180S7,由3条螺旋、7个片层及8个环状连接组成,与...
[期刊] 水产学报
[作者]
谢潮添 张元 陈昌生 徐燕 纪德华
为了研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系(Z-61)叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得了一条核糖体蛋白S7基因的全长序列,命名为Phrps7(GenBank登录号:JF719273)。该基因序列全长702 bp,包含一个585 bp的开放阅读框,其编码195个氨基酸的核糖体S7蛋白(PhRPS7),蛋白分子式为C984H1604N294O283S2,由5条α螺旋,6个片层及6个环状连接组成,与多个物种的RPS7蛋白具有较高的序列一致性(>55%)。系统进化树分析表明,PhRPS7蛋白与真菌的亲缘关系较近,而与其它物种的亲缘关系...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
罗淋淋 蔡紫玲 林同
【目的】研究不同类型农药胁迫下松墨天牛核糖体蛋白基因表达的变化，为靶标防治松树重要害虫松墨天牛提供理论依据和参考。【方法】从构建的松墨天牛ｃＤＮＡ文库中获得表达序列标签（ＥＳＴ），用ＢｌＡＳＴ程序从ＧＥＮＢＡＮｋ数据库中查找同源序列，克隆得到松墨天牛的一个核糖体蛋白基因；用实时荧光定量ＰｃＲ（ＲＴ－ｑＰｃＲ）检测１１种农药胁迫下该基因的表达。【结果】从松墨天牛ｃＤＮＡ文库中获得１条ＥＳＴ序列与昆虫核糖体蛋白Ｓ１５Ａ（ＲＰＳ１５Ａ）同源的基因，命名为ＭＡＲＰＳ１５Ａ。ＭＡＲＰＳ１５ＡｃＤＮＡ长５０４ＢＰ，含有５′、３′非编码区和长３９３ＢＰ的开放阅读框，编码１３０个氨基酸，预测的蛋白质分子质量为．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
江红霞 李屹铮 张冉 王磊 张猛 于淼 乔志刚 李学军
为了阐明克氏原螯虾(Proambaus clarkii)核糖体蛋白S24(ribosomal protein S24,RPS24)基因序列特征及其在卵巢发育中的作用,本研究利用RACE方法克隆获得了克氏原螯虾RPS24(PcRPS24)基因全长cDNA序列,并利用实时荧光定量PCR(QPCR)方法对该基因的表达模式进行了分析。结果显示:PcRPS24 cDNA序列全长438 bp,编码136个氨基酸,并具有11个磷酸化位点和1个RPS24e标志序列;克氏原螯虾与八棘多刺鱼的RPS24氨基酸序列相似性最高,与昆虫纲动物在进化上的亲缘关系最近;PcRPS24基因表达量在克氏原螯虾发育过程中逐渐升高,在卵巢发育至Ⅰ期的成虾中达到最大值;在成虾的不同组织中,PcRPS24基因在肝胰腺和卵巢中的表达量较高;在Ⅰ-Ⅵ期的卵巢中,PcRPS24基因在Ⅰ期卵巢中的表达量最高。结果表明PcRPS24可能在克氏原螯虾早期卵巢发育中起重要作用。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
卫福磊 王朝溪 师园 王辰龙 史建全 祁洪芳 李长忠
青海湖裸鲤是青海湖及其周边流域唯一的经济鱼类,在鱼-鸟-草地生态系统中处于核心地位。核糖体蛋白S3a(RPS3a)是真核细胞中核糖体40S小亚基的组成成分,为一种多功能性蛋白。开展青海湖裸鲤高盐适应机理的研究,有助于揭示青海湖裸鲤的基本生命活动规律,为该鱼种的资源保护和人工增殖放流提供理论依据。我们通过RT-PCR和RACE技术,得到了青海湖裸鲤RPS3a的完整编码序列[KC818610.1]。通过实时荧光定量检测胚胎发育不同阶段和不同盐度胁迫条件下RPS3a表达水平的变化,显示其在盐度胁迫条件下和胚胎发育过程中表达水平逐步上升,初步表明RPS3a对于青海湖裸鲤胚胎发育和盐度适应性生理机制的变...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾若南 林枫 许强华
为研究斑马鱼核糖体蛋白应对低氧胁迫的生物学功能，对低氧胁迫和常氧条件下斑马鱼（Danio rerio）鳃组织进行转录组分析，利用高通量测序检测了低氧胁迫与常氧条件下斑马鱼鳃转录组中核糖体蛋白家族基因的表达差异。结果表明：在两个不同浓度的低氧胁迫下，斑马鱼鳃组织中60个核糖体蛋白基因的表达量显著上调。其中大亚基核糖体蛋白基因35个，小亚基核糖体蛋白基因25个。在低氧胁迫下斑马鱼鳃中显著差异表达基因GO富集的前15条通路中，均包括核糖体蛋白基因，且其中的5条通路与核糖体蛋白组装合成相关。在富集到“translation”GO通路中，富集到44个核糖体蛋白基因。另外，利用前期筛选出的低氧条件下斑马鱼鳃中显著低表达的2个miRNAs，针对低氧下表达量显著上调的60个核糖体蛋白基因进行靶基因预测，结果表明：斑马鱼miR-455-3p可以同时靶向核糖体蛋白基因rpl13和rplp1来调控斑马鱼对低氧环境的适应。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐齐君 扎桑 王玉林 原红军 曾兴权 尼玛扎西
【目的】克隆青稞核糖体蛋白基因HbRPL19,分析其序列特征并在大肠杆菌中诱导目的蛋白,为后续的研究奠定基础。【方法】根据鉴定得到的青稞HbRPL19的序列设计了引物,从青稞叶片的c DNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行了测序鉴定和序列分析,同时构建了原核表达载体p ET28a-RPL19,转化入大肠杆菌BL21(DE3)后利用IPTG诱导外源蛋白质表达并检测。【结果】成功扩增出了青稞核糖体蛋白基因HbRPL19的CDS全长序列,大小为654 bp。根据生物信息学分析的结果,HbRPL19编码的蛋白质含有217个氨基酸,相对分子质量为24.47 KD,理论等电点(p I)为10.42,总平均亲水性(GRAVY)为-0.353,不稳定系数为53.46,存在典型的SH3-like结构域和核糖体蛋白L19结构域。系统进化分析表明,HbRPL19与小麦和山羊草的RPL19具有较近的亲缘关系。蛋白表达结果显示,重组蛋白主要以包涵体形式存在于沉淀中。【结论】获得了青稞抗寒相关基因HbRPL19的序列和蛋白。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李屹铮 张帅帅 刘雪巍 张冉 林鑫辉 张猛 王磊 于淼 乔志刚 江红霞
为了探究日本沼虾(Macrobrachium nipponense)核糖体蛋白S3a(MnRPS3a)在其卵巢发育中的功能，利用cDNA末端快速扩增(RACE)-PCR技术获得了MnRPS3a基因的全长cDNA序列，并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和免疫荧光(IF)技术分别进行了该基因的表达模式和蛋白定位分析。结果显示，MnRPS3a基因cDNA全长902 bp,共编码266个氨基酸；MnRPS3a与墨吉对虾(Fenneropenaeus merguiensis)RPS3a氨基酸序列相似性最高，进化上的亲缘关系也最近；在不同组织中，MnRPS3a基因在肌肉中的表达量最高；在不同发育阶段卵巢中，MnRPS3a基因在Ⅰ期卵巢中的表达量最高；注射5-羟色胺(5-HT)能诱导日本沼虾卵巢MnRPS3a和卵黄蛋白原(Vg)基因表达升高，而注射多巴胺(DA)则抑制这2个基因表达。MnRPS3a蛋白主要定位于日本沼虾Ⅰ期和Ⅱ期卵巢的滤泡细胞、Ⅲ期和Ⅳ期卵巢卵母细胞的细胞质中。结果表明MnRPS3a可能在日本沼虾卵巢发育调控中发挥重要的作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
陈玉婷 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
小分子热激蛋白（ｓ ＨｓＰ）不仅在应激条件下高效表达，还在正常状态的细胞中广泛存在，参与一些重要细胞生理活动的调节。为研究坛紫菜应答高温和失水等逆境胁迫的分子机制，本研究以坛紫菜转录组测序获得的ｕｎｉｇｅｎｅ序列为基础，采用ＲＡＣｅ或直接ＰＣＲ扩增，克隆获得了坛紫菜２种ｓ ＨｓＰ的全长基因：ＰＨ ＨｓＰ２２和ＰＨ ＤｎＡ Ｊ。序列分析结果表明，ＰＨ ＨｓＰ２２序列全长８５７ ｂＰ，包含一个５１９ ｂＰ的开放阅读框，所编码的多肽包含１７２个氨基酸，分子量为１９．１ ｋｕ，等电点为５．２４（收录号：ｋＭ１０２５４０）；ＰＨ ＤｎＡ Ｊ序列全长１ ６１６ ｂＰ，包含一个１ ２９０ ｂＰ的开放阅读框，．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
陈玉婷 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
小分子热激蛋白(s HSP)不仅在应激条件下高效表达,还在正常状态的细胞中广泛存在,参与一些重要细胞生理活动的调节。为研究坛紫菜应答高温和失水等逆境胁迫的分子机制,本研究以坛紫菜转录组测序获得的unigene序列为基础,采用RACE或直接PCR扩增,克隆获得了坛紫菜2种s HSP的全长基因:Ph Hsp22和Ph Dna J。序列分析结果表明,Ph Hsp22序列全长857 bp,包含一个519 bp的开放阅读框,所编码的多肽包含172个氨基酸,分子量为19.1 ku,等电点为5.24(收录号:KM102540);Ph Dna J序列全长1 616 bp,包含一个1 290 bp的开放阅读框,...
[期刊] 林业科学
[作者]
袁红雨 马宁 杨会敏 庞秋芬 谢素霞 程琳
【目的】克隆茶树Ⅱ型核糖体失活蛋白基因CsRIP1和CsRIP2,探讨CsRIPs基因的组织表达特异性以及假眼小绿叶蝉和机械伤害处理对其表达的影响。【方法】Cs-Ev2(Gen Bank登录号:GH618807)为一受假眼小绿叶蝉取食诱导的茶树Ⅱ型核糖体失活蛋白基因的c DNA片段,利用RACE技术克隆该基因的全长c DNA,命名为CsRIP1(Gen Bank登录号:FJ648831)。利用RT-PCR技术从茶树子叶中分离出一个新的Ⅱ型核糖体失活蛋白基因的c DNA序列,命名为CsRIP2(Gen Bank登录号:GU951535)。利用PCR技术克隆CsRIPs的基因组序列。设计基因特异性...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张安勉 杨玉菊 王凤 李国泽 赵平 丁勇
【目的】克隆樟叶越桔稳定内参基因60S核糖体蛋白L9基因全长cDNA和基因组DNA序列，并分析其序列特征及密码子偏好性，为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上，筛选60S核糖体蛋白L9基因cDNA序列并设计特异性引物，以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板，应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列，并克隆、测序、进行序列分析。同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数（CAI）、相对密码子使用度（RSCU）、同义密码子第三位核苷酸的GC含量（GC_(S3)）、有效密码子数（ENC）。【结果】克隆获得樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因666 bp cDNA序列（NCBI:ON637115）和2 224 bp基因组DNA序列（NCBI:ON584188），将该基因命名为VdRPL9。VdRPL9基因含有2个内含子，分别为1 616 bp的intron1、144 bp的intron2。VdRPL9基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长585 bp，其翻译编码194个氨基酸残基构成VdRPL9蛋白。从动物、植物和真菌RPL9蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9基因在进化上极度保守，具有共同的祖先。相比于RSCU聚类树，RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系。VdRPL9基因偏好性强的密码子（RSCU> 1）共有25个、且多以CG结尾，CAI和ENC的值分别为0.29和51.8，故推测该基因表达水平偏低。【结论】本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9基因序列及序列特征，并分析了VdRPL9基因的密码子特征。这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子，提高其在樟叶越桔中的表达水平，探究其表达调控及作用机制奠定了基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
司凯歌 江南 张海耿 周勇 刘文枝 曾令兵 倪琦 范玉顶
实验克隆了中华鲟(Acipenser sinensis)热休克蛋白hsp30基因cDNA的全长、分析了其分子结构与特征,并研究了其在高温胁迫下的表达水平。结果显示,中华鲟hsp30基因cDNA序列全长为1 037 bp,其中开放阅读框(ORF)636 bp,5′端非编码区(5′UTR)38 bp,3′端非编码区(3′UTR)363 bp,共编码211个氨基酸。氨基酸多序列比对发现含有一个保守的α晶状体结构;系统进化分析显示,中华鲟HSP30与鱼类HSP30聚为一支,与小体鲟HSP30氨基酸序列相似性最高,为79%。荧光定量PCR结果表明,中华鲟hsp30基因在皮肤中的表达量最高,肝脏次之,在肠中的表达量最低。高温胁迫后,心脏、脾脏、肾脏和皮肤中hsp30基因表达量均显著增加,表明这些器官在中华鲟应对高温胁迫中可能起着重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
许抗抗 严毅 蔡兴颖 李灿 杨文佳
克隆药材甲热激蛋白９０（Ｈｅａｔ ｓＨｏｃｋ ｐｒｏｔｅｉｎ ９０，Ｈｓｐ９０）基因并探讨其对高温胁迫适应性的分子机制，采用生物测定法研究了药材甲的热激存活率，并采用ｒｔ－ｐｃｒ技术克隆了药材甲Ｈｓｐ９０基因的ｃ Ｄｎａ全长序列（Ｇｅｎ Ｂａｎｋ登录号：ｋＸ３５６６９１），命名为ｓｐ Ｈｓｐ９０，通过实时定量ｐｃｒ技术检测其在高温胁迫后的表达量变化。结果显示，药材甲成虫的存活率随温度的升高而明显下降，４４℃热激处理可导致成虫全部死亡。药材甲ｓｐ Ｈｓｐ９０基因开放阅读框全长２ １７２ Ｂｐ，编码７２３个氨基酸，理论分子量和等电点分别为８２．６ ｋ Ｄａ和５．０１。ｓｐ Ｈｓｐ９０具有Ｈｓｐ９０．．．
关键词：
药材甲 热激蛋白 基因克隆 表达模式
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
蔡琼 丁贵杰 文晓鹏
克隆马尾松Ｐｉｎｕｓ ｍａｓｓｏｎｉａｎａ水通道蛋白（ａＱＰ），并对其生物信息学与干旱胁迫表达模式进行分析。采用逆转录聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）以及互补脱氧核糖核酸（Ｃ Ｄｎａ）末端快速扩增（ＲａＣＥ）方法克隆马尾松水通道蛋白基因。采用实时荧光定量聚合酶链式反应（Ｑ ＲＴ－ＰＣＲ）分析其在干旱胁迫下的响应模式。结果克隆到一个马尾松水通道蛋白基因，命名为Ｐｍ ＰｉＰ１（ＧＥｎ Ｂａｎｋ登录号为ｋＦ５８２０３８）。此基因Ｃ Ｄｎａ全长序列为１ ３０１ ＢＰ，包括８６７ ＢＰ的完整开放阅读框，９９ ＢＰ的５′末端非翻译区和３３５ ＢＰ的３′末端非翻译区。编码２８８个氨基酸残基，分子量为３０．８６．．．
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植物学 马尾松 水通道蛋白 克隆 表达
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