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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郭丽琴 卫尊征 张金凤 王欢 李贤 郭军
采用均匀设计方法,对影响杨属SRAP-PCR体系的MgCl2、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶和模板浓度等因素分别进行了U16(45)和U12(35)两轮优化,建立了适用于杨属的SRAP-PCR反应体系。在25μL反应体系中,MgCl23.5mmol/L、dNTPs0.20mmol/L、引物0.44μmol/L、TaqDNA聚合酶1.50U、模板浓度28ng/L为最适条件。在此基础上又对退火温度进行了摸索,结果发现,扩增结果对退火温度变化不敏感。最后运用优化体系对杨属3派10个种共16个单株的DNA进行扩增验证,结果获得的DNA条带清晰,多态性比较丰富。说明这一优化的SRAP-PCR反应体...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王卫 陈义挺 陈婷 黄新忠 陈小明 胡薇
采用均匀设计对影响猕猴桃SRAP-PCR体系的5种因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)进行5因素5水平和5因素3水平的两轮优化,建立猕猴桃SRAP-PCR的最佳体系(25μL):Mg2+2.50 mmol·L-1,dNTPs 0.25 mmol·L-1,引物0.2μmol·L-1,Taq DNA聚合酶1.25 U,模板DNA 150 ng.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min,53℃复性1 min,72℃延伸1 min,33个循环,72℃延伸10 min.
关键词：
猕猴桃 SRAP 均匀设计 优化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
郑婷婷 林萍 王开良 姚小华 杨水平
Camellia oleifera is one of the important oil tree species in south China,and C.oleifera industry is quickly developed with the support of the national policies in recent years.The disorder of C.oleifera varieties is one of the key issues restricting the development of C.oleifera industry.Because of...
关键词：
油茶 SRAP 正交设计 体系优化
[期刊] 华北农学报
[作者]
史红丽 韩明玉 赵彩平
建立适宜桃基因组DNA的SRAP-PCR扩增体系,为桃基因图谱的构建和分子标记打下基础。以桃基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从dNTPs、Mg2+、Taq酶、引物、模板5种因素4个水平对桃SRAP-PCR反应体系进行优化,所建立的体系为25μL:dNTPs为0.12 mmol/L,Mg2+为4 mmol/L,Taq酶2 U,引物为0.3 mmol/L,模板DNA50ng。PCR反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性l min,35℃复性l min,72℃延伸l min,5个循环;94℃变性l min,50℃复性l min,72℃延伸l min,35个循环,72℃延伸10 min。
关键词：
桃 SRAP 优化 正交试验
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
汪成成 崔文山 董健 冯健 王骞春 姜韬 闫文文 张璐
利用正交设计L16(45)对日本落叶松SRAP-PCR反应体系的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶浓度五因素在四个水平上进行优化试验,PCR结果采用统计软件SPSS13.0进行分析,结果表明:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中模板DNA影响最大;筛选得到日本落叶松SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为模板DNA浓度为120ng.20μL-1,dNTPs的浓度为0.15mmol·L-1,引物浓度为0.3μmol·L-1,Mg2+浓度为1.5mmol·L-1,Taq酶浓度为0.5U.20μL-1。这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对日本落叶松遗传多样...
关键词：
正交设计 SRAP-PCR 日本落叶松
[期刊] 统计与决策
[作者]
邹娜 蔡艳丽 仵思融
均匀设计是计算机试验和稳健试验的重要方法。文章将完全因析设计剖分为两个子设计,它们互为补设计。基于补设计理论,在两种重要的偏差下研究了原设计均匀性与其补设计均匀性之间的关系,得到了用于构造更大均匀设计的结论,丰富了均匀设计与因析设计的理论。
关键词：
均匀设计 混合偏差 Lee偏差 补设计
[期刊] 数理统计与管理
[作者]
覃红 肖遥 宁建辉
在试验设计中,序贯均匀设计(sequential uniform design)是一种基于区域压缩思想的序贯空间填充设计,又可称为序贯数论优化方法(简记为SNTO),常被实际工作者用来寻求黑箱优化问题的全局最优值。该算法的核心思想是在每阶段的压缩子区域内迭代散布低偏差序列,如数论格子点(number-theoretic net),均匀设计(uniform design)等。原始的SNTO算法存在两个缺点:1)它是一种纯粹的区域压缩搜索算法,搜索过程中未使用任何统计代理模型信息,只关注试验点本身的信息;2)迭代过程中,非最优试验点的信息被完全丢弃,未被充分利用。本文引入序贯自适应试验设计思想,帮助SNTO算法更好的确定区域压缩中心,并称改进后的算法为EI-SNTO方法。该算法通过建立高斯过程代理模型,采用期望提高准则(expected Improvement,EI)和重要性抽样来帮助选择和更新试验点。一些经典的优化检验函数模拟结果验证了EI-SNTO算法的优化性能,同时本文还展示了该算法在机器学习模型(包括支持向量机和人工神经网络)超参数优化中的优良表现。
[期刊] 林业科学
[作者]
胡蕙露 蔡新玲
应用均匀设计法安排银杏体外培养试验。以3、4月份生长旺盛的银杏植株上的幼嫩部位为外植体,包括幼叶、茎段、顶芽,采用MS培养基,添加不同浓度植物生长调节剂2,4_D、6_BA、NAA,设置6个不同的水平数,按照均匀设计表U4(64)建立6个试验组合,运用均匀设计软件分析这些不同材料和不同激素及其各浓度水平配比下的愈伤组织诱导情况及植株的再生效果。通过建立试验方案、数据处理、回归分析以及优化拟合,得到了最佳配方并予以验证。结果表明以芽为外植体时,最佳的试验配比是NAA2.0mg.L-1+6_BA1.5mg.L-1+芽,激素2,4_D对试验结果没有显著影响,6_BA、NAA均以浓度适中为宜。
关键词：
银杏 均匀设计 培养基配比 优化
[期刊] 统计与决策
[作者]
曹慧荣 李莉
介绍了构造均匀设计表的好格子点算法与生成原理,以中心化偏差为均匀性测度,使用MATLAB编写了生成中心化偏差值最小的均匀设计表的计算机通用程序,通过与文献比较,验证了程序的正确性,得到了更多的均匀设计表。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
夏敏 余明玉 杜瑞卿 惠丰立 杨柯金
以玉米秸秆粉为主料,栎木屑和麦麸为辅料,采用有限制的配方均匀设计对玉米秸秆代料栽培香菇的配方进行了优化研究,以80%栎木屑和20%麦麸的组合为对照组,测定了香菇产量和绝对生物学效率2个指标。结果表明:玉米秸秆粉质量分数与香菇产量和绝对生物学效率存在显著负向线性回归关系;栎木屑质量分数与香菇产量和绝对生物学效率存在显著正向线性回归关系;麦麸的质量分数变化虽没有直接表现出与香菇产量和绝对生物学效率变化的规律性关系,但与玉米秸秆粉、栎木屑共同作用时,与玉米秸秆粉的交互作用表现出与香菇产量和绝对生物学效率的负向线性回归关系。由此可以得出:玉米秸秆粉质量分数不宜过高,当质量分数小于或等于72.61%,栎...
关键词：
配方均匀设计 香菇 玉米秸秆
[期刊] 华北农学报
[作者]
王振国 张海英 于广建 张峰 王永健 许勇 郭绍贵 宫国义
采用正交试验设计方法,对影响黄瓜SRAP反应体系的5种因素(dNTP、模板DNA、引物、Taq聚合酶及变性剂)4个水平进行优化筛选,确立了适合黄瓜SRAP分析的优化反应体系,即在10μL PCR反应体系中含有1μL 10×PCR buffer,150μmol/L dNTP,30 ng模板DNA,0.3μmol/L引物、1.5 U Taq聚合酶,PCR产物变性时用10μL变性剂。
关键词：
黄瓜 正交设计 SRAP
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭小菲 姜立娜 蔡祖国 任文娟 赵一鹏
为建立菜用大黄最佳的SRAP反应体系,进一步对菜用大黄品种进行遗传多样性分析,以菜用大黄基因组DNA为模板,采用单因素与正交设计相结合的方法,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶浓度5个因素进行优化,并确立菜用大黄SRAP-PCR的最佳体系。结果表明:菜用大黄各因素对反应体系影响大小依次为:引物浓度>Mg2+浓度>dNTPs浓度>Taq DNA聚合酶浓度>DNA用量;最佳反应体系为:25μL反应体系中含10×PCR Buffer 2.50μL、模板DNA 30 ng、Mg2+2.50 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、Taq...
关键词：
菜用大黄 SRAP-PCR 体系优化
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孙祖霞 刘兆磊 陈素梅 陈发棣 楼望淮 郭海林
以荷花(Nelumbo nucifera Gaertn)品种‘新红’叶片为材料,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物和模板DNA用量5因素进行了优化,并确立了适用于荷花SRAP-PCR的最佳反应体系。结果表明:荷花的SRAP-PCR最佳反应体系为:反应总体积10μL,包含2.0 mmol.L-1 Mg2+、300μmol.L-1 dNTPs、0.5 UTaqDNA聚合酶、4μmol.L-1上下游引物、50 ng DNA及10×PCR Buffer。各因素水平变化对反应体系影响由大到小依次为:TaqDNA聚合酶、Mg2+、引...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李晓慧 王从彦 徐小利 常高正 张四普
以西瓜品种中华拳王为试材,探索了西瓜SRAP-PCR反应程序,并对西瓜SRAP-PCR反应体系的各影响因子进行了梯度设置试验,筛选和建立了可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳SRAP-PCR反应程序和体系。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃退火1 min,72℃延伸1 min,共5个循环;94℃变性1 min,50℃退火1min,72℃延伸1 min,共35个循环;72℃延伸5 min;4℃保存。反应体系(Total为15μL):DNA 100 ng,Mg2+2.0 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,Primer 60 ng,Taqpolymer...
关键词：
西瓜 SRAP 体系优化
[期刊] 华北农学报
[作者]
李红双 邱杨 李锡香
以萝卜基因组DNA为模板,对其SRAP-PCR反应体系的各个主要影响因子进行了系统的优化,建立了重复性好、多态性丰富的萝卜SRAP-PCR反应体系:20μL反应体系中,DNA50 ng、Mg2+2.25 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、Taq1 U、Primer 0.7μmol/L。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min、35℃复性1 min、72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min、50℃复性1 min、72℃延伸1 min,35个循环,72℃延伸10 min,4℃保温。该反应体系在不同萝卜种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建、分子标记辅助选择育种...
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萝卜 SRAP-PCR 反应体系
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