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[期刊] 林业科学研究
[作者]
安静 万友名 马宏 刘雄芳 张秀姣 曹毓蓉 李正红
[目的]为揭示CYP734A6基因在地涌金莲生长发育过程中的调控作用提供分子数据。[方法]从地涌金莲转录组数据库中筛选到1个注释为CYP734A6的差异基因片段,通过3′和5′RACE技术克隆得到该基因的全长序列,命名为MlCYP734A6(登录号为MW013148)。利用生物信息学技术对MlCYP734A6进行序列比对、分子特征分析、系统进化分析等。应用实时荧光定量PCR方法比较分析该基因在不同地涌金莲类型及不同组织部位中的表达量。利用高效液相色谱-质谱联用技术测定地涌金莲不同组织器官中油菜素内酯的含量。[结果]克隆得到1条包含c DNA全长为1 584 bp的MLCYP734A6基因序列,其编码527个氨基酸,相对分子量为60 038.84 Da,等电点为9.44。所编码的氨基酸序列通过序列比对及系统进化分析,结果显示:与小果野蕉亚种的同源序列相似度最高,亲缘关系最近。qRT-PCR分析结果显示:MlCYP734A6基因在地涌金莲的所有组织中均有表达,且表达量最低的部位是叶片,表达量最高的2个组织部位是花序轴和根尖。地涌金莲的各个组织器官中都能检测到油菜素内酯,且与MlCYP734A6的表达水平无显著相关性,矮杆类型的株形可能是由于过量内源油菜素内酯所致。[结论]从地涌金莲中成功克隆了油菜素内酯的失活基因MlCYP734A6,推测由于该基因参与了地涌金莲中油菜素内酯的代谢过程,从而调控了活性油菜素内酯的含量。本研究结果可为进一步分析CYP734As对地涌金莲及其他植物的生长发育的调控机理提供理论支持。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
石玉波 张荻 申晓辉 王玲 卓丽环
根据前期百子莲转录组测序分析的结果,获得了1个与光周期调控开花途径关键基因CONSTANS(CO)同源性较高的核心片段。采用cDNA末端快速扩增(RACE)方法得到了百子莲CO基因cDNA全长序列,命名为ApCOL,GenBank登录号为KF683287。序列分析表明,百子莲ApCOL基因cDNA全长1 648 bp,5'非编码区(5'UTR)和3'非编码区(3'UTR)分别为126和355 bp,开放阅读框(ORF,127~1 293 bp)1 167 bp,编码388个氨基酸。ApCOL具有CO蛋白典型的结构域:氨基末端有2个B-box结构域,羧基末端有1个CCT保守结构域。氨基酸同源性比...
关键词：
百子莲 ApCOL 克隆 基因表达
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李晔 张宝乐 丁建华 张子敬 徐银学
为了探明G蛋白偶联受体6基因(Gpr6)的结构、功能与表达模式,克隆了含有完整阅读框的猪Gpr6的cDNA序列。利用生物信息学方法对Gpr6基因的结构及功能进行了系统研究,运用Real-time PCR技术对其在组织中的表达规律进行了分析,并利用构建的原核表达载体pET32a-Gpr6对其在BL21菌株中的最佳蛋白表达条件进行了筛选。结果表明:猪Gpr6基因的cDNA序列由1 664个核苷酸组成,编码366个氨基酸残基,等电点为7.63,相对分子质量为38.38×103,与牛、犬、人、黑猩猩、大鼠和小鼠的氨基酸相似性分别为91.2%、89.5%、88.3%、88.3%、86.3%和86.1%。...
关键词：
猪 Gpr6基因 组织表达谱 原核表达
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
卓娟 侯丹 林新春
【目的】研究PhebHLH6转录因子在毛竹Phyllostachys edulis逆境胁迫应答中的作用，为毛竹抗逆分子机制研究奠定一定的基础。【方法】以毛竹实生苗为材料进行非生物胁迫处理[干旱胁迫、盐胁迫、水杨酸(SA)和脱落酸(ABA)处理]，利用转录组数据筛选出1条差异表达基因，命名为PhebHLH6，并对其进行了基因克隆及生物信息学分析；采用实时荧光定量PCR方法分析PhebHLH6在干旱、盐胁迫及SA、ABA处理下的表达模式。【结果】PhebHLH6基因编码区长度为801 bp，编码266个氨基酸，包含bHLH结构域，属于典型的bHLH转录因子。组织特异性表达分析表明：PhebHLH6在毛竹各个组织均有表达，其中在1.5和3.0 m的笋顶部表达丰度最高。在干旱和高盐胁迫处理下，PhebHLH6的表达水平在处理3 h时被强烈诱导，但在处理24 h后显著下调。在SA和ABA激素处理下，PhebHLH6的表达水平被SA和ABA诱导也呈先上升再下降的趋势，其中受SA强烈诱导，受ABA诱导作用较弱。【结论】PhebHLH6可能参与了毛竹干旱和盐胁迫早期响应途径，并可能在SA和ABA激素信号通路中起一定的调控作用。图4表2参32
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈华涛 陈新 顾和平 陈满峰 张红梅 袁星星 崔晓艳
为探明大豆中HKT蛋白基因的耐盐作用机理,从耐盐大豆材料中克隆到GmHKT6;2基因完整的cDNA序列,GmHKT6;2基因的开放阅读框(ORF)全长1 644 bp,编码547个氨基酸。序列比对与进化树分析表明:GmHKT6;2是大豆中的一个新HKT蛋白基因;GmHKT6;2基因在大豆的根、茎及叶中均能表达,150 mmol/L NaCl处理后,该基因在大豆根、茎及叶中的表达被强烈诱导并高效表达。结构域分析结果表明:大豆GmHKT6;2基因拥有10个可能的跨膜结构域(TMD)和阳离子转运蛋白保守结构域,推测其是通过调节相关阳离子的转运来调控大豆的耐盐性。
关键词：
大豆 耐盐性 基因克隆 表达分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈明洁 罗立廷 刘勇 何勇刚 何光源
puroindoline a(Pin a)和puroindoline b(Pin b)是控制小麦籽粒硬度的主效基因。根据已报道的小麦Pin a基因的保守序列,设计合成了1对特异性引物ForA1和RevA1,对六倍体牡山羊草Aegilops juvenalis(UUMMDD)的基因组DNA和胚乳cDNA进行Pin a基因扩增、克隆、序列测定和表达分析,发现了1个新型Pin a(Pin a-allele),其ORF长447 bp,编码148个氨基酸残基,具有麦类作物Pin a基因特有的28个氨基酸的信号肽序列和WRWWKWWK的色氨酸结构域基因序列,与软粒小麦cv.capitole的Pina-D1...
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾小平 桑璐曼 王振山 赵渊 张小梅 李剑峰 张博 周俊超
分析谷子成花素基因(Hd3a)在不同光周期条件下的表达规律,旨在揭示成花素基因在光周期调控谷子开花过程中扮演的角色。首先利用生物信息学方法获得位于谷子4号染色体的成花素基因序列(Seita.4G067600),命名为SiHd3a,然后根据基因序列设计1对特异引物,提取谷子农家种黄毛谷总RNA,利用RT-PCR技术克隆得到黄毛谷SiHd3a基因cDNA序列,其长度为792 bp,包含一个537 bp的CDS区,编码178个氨基酸;预测SiHd3a蛋白的分子质量为19.74 ku,等电点为6.82,初步判断其为亲水蛋白;蛋白质的二级结构中无规则卷曲所占比例最高(43.26%),其次为延伸链(β-折叠,29.21%)、α螺旋(16.29%)、β转角(11.24%);亚细胞定位分析发现,SiHd3a蛋白定位在细胞质和细胞间质;基于Hd3a蛋白序列进化分析发现,谷子与野生黍、玉米、高粱之间的亲缘关系比较近,聚在一组,而与水稻亲缘关系较远。半定量PCR发现,SiHd3a基因在短日照条件下表现为昼夜节律性表达,在早晨6:00、中午12:00各有1个表达峰,而在长日照条件下基因24 h内表现稳定表达水平。推测谷子SiHd3a基因长、短日照条件下昼夜表达模式的差异是导致其光周期敏感性的可能原因。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张超 马晓 刘倩 吴利敏 刘慧芬 李学军 王璐明
为了解NR5a2在中华鳖(Pelodiscus sinensis)性腺分化过程中的作用,通过RACE技术克隆获得中华鳖NR5a2 cDNA。结果显示:该基因序列全长为2 674 bp,开放阅读框为1 608 bp,编码535个氨基酸,5′非编码区长度为40 bp,3′非编码区长度为1 026 bp。生物信息学分析表明该基因编码的蛋白质分子质量为60.5 ku,等电点为8.57,具有保守的ZnF-C4结构域和HOLI结构域。氨基酸多重序列比对分析表明中华鳖NR5a2基因与西部锦龟(Chrysemys picta bellii)的相似性最高,其次是原鸡(Gallus gallus)。系统进化分析表明中华鳖NR5a2与西部锦龟的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果表明NR5a2在中华鳖不同组织中均有表达,且卵巢组织中的表达量显著高于精巢组织。31.5℃孵化条件下,不同发育时期的中华鳖胚胎组织中发现NR5a2基因在17期时表达量达到最高,随后显著下降。结果表明NR5a2可能参与中华鳖的性别分化。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
胡黎明 申建梅 胡美英 宾淑英 廖泓之 林进添
【目的】克隆桔小实蝇Bactrocera dorsalis(Hendel)P450基因,研究其在不同组织及发育时期的表达情况,探索其可能存在的生理功能。【方法】采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术,克隆桔小实蝇P450基因CYP6A41;采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)方法,研究CYP6A41mRNA在桔小实蝇不同组织及不同发育时期的相对表达量。采用Homology程序模拟构建CYP6A41蛋白的三维结构,应用CDOCK程序将之与甲酸乙酯、乙酸乙酯、甲基丁香酚3种气味分子进行模拟对接分析。【结果】克隆获得了桔小实蝇P450基因,并命...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李世鹏 刘富洋 张丛 邰付菊
利用同源克隆的方法分离了６个玉米ＥＲＦ（ＥｔｈｙｌＥｎＥ－ＲＥｓｐｏｎｓｉｖＥ ＥｌＥｍＥｎｔ ｂｉｎｄｉｎｇ ＦａｃｔｏＲ）基因，分别命名为ＺｍＥＲＦ４、ＺｍＥＲＦ２６、ＺｍＥＲＦ２８、ＺｍＥＲＦ６４、ＺｍＥＲＦ８９和ＺｍＥＲＦ２０２。基因结构分析显示，ＺｍＥＲＦ与拟南芥的ａｔＥＲＦ可能存在差异。系统发育分析显示，ＺｍＥＲＦｓ与ｏｓＥＲＦｓ的亲缘关系更加亲近，而与ａｔＥＲＦｓ的关系则稍远。Ｒｔ－ｐｃＲ表达分析表明，在乙烯利（Ｅｔ）处理之后，这６个ＺｍＥＲＦｓ的ｍＲｎａｓ水平在叶中都是先积累后下降的，但其中４个基因（ＺｍＥＲＦ４、ＺｍＥＲＦ２８、ＺｍＥＲＦ６４和ＺｍＥＲＦ８９）在玉米根中都是呈．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
杨志刚 姚琴琴 成永旭 施秋燕 杨青 何杰 马明君 王瑶 常东
根据已登录的中华绒螯蟹一种Δ６去饱和酶基因（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ：ＪＸ９４６４３４）及菁夜蛾去饱和酶基因（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ：ＫＪ６２２０５５．１）的保守区设计引物，通过逆转录Ｐｃｒ以及ｒＡｃｅ技术克隆了中华绒螯蟹另一种Δ６去饱和酶基因ＦＡＤ６－ｂ的全长序列。经序列分析，中华绒螯蟹ＦＡＤ６－ｂ ｃＤｎＡ全长为２ ３１０ ｂＰ，其中开放阅读框（ｏｒＦ）为１ ３２６ ｂＰ，共编码４４２个氨基酸（Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ：ＫＰ８７６０５８），理论分子量为５０．８６ Ｋｕ，理论等电点为８．４７，ＦＡＤ６－ｂ基因的氨基酸序列与已公布的一条中华绒螯蟹Δ６去饱和酶基因的一致．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
隋娟娟 李晓昕 吴健 曹兴 吴泽 何俊娜 义鸣放
为了深入研究重瓣百合花形成的分子机制,以重瓣百合比罗尼卡为试验材料,从中分离得到1个AGL6基因,其开放阅读框为744 bp,共编码247个氨基酸,蛋白质分子量为28.3 ku。亲水性平均系数为-0.748,等电点为8.23。蛋白结构分析显示,百合AGL6蛋白具有典型的MADS-box结构域、K-box区及2个AGL6基序。系统进化树分析结果显示,百合AGL6编码的蛋白属于AP1/AGL9亚家族AGL6分枝的单子叶植物类群,与同为单子叶植物的风信子亲缘关系最近,相似度达到78%,说明克隆得到的基因即为AGL6的同源基因,将其命名为LiAGL6。亚细胞定位表明,LiAGL6在洋葱表皮细胞的细胞核中表达,具备转录因子的基本特征。实时荧光定量PCR结果分析表明,LiAGL6基因在花中表达量最高,在茎、叶中几乎不表达;在整朵花中,LiAGL6在第7轮花瓣中的相对表达量最高,其次依次是第6轮和第3轮,第2轮花瓣中几乎检测不到表达。研究表明,LiAGL6基因可能在百合重瓣花形成方面发挥了调控作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
袁珍 张鹏钰 王国瑞 曹丽茹 库丽霞 卫丽
为了研究玉米蛋白磷酸酶2C (PP2C)基因对非生物胁迫的响应及生理功能,以耐旱玉米自交系豫882为试验材料,对玉米20%PEG6000胁迫处理转录组进行分析,筛选受干旱诱导强烈表达的PP2C基因,然后对其进行克隆、生物信息学分析及表达模式分析。结果表明,在玉米20%PEG6000胁迫处理转录组中筛选到一个干旱胁迫下显著上调表达的PP2C蛋白基因,命名为ZmPP2C6-01。ZmPP2C6-01基因的开放阅读框为1 242 bp,编码413个氨基酸,编码蛋白质的分子质量为43.8 ku,等电点为6.6,是一种亲水性蛋白。ZmPP2C6-01蛋白与高粱的PP2C蛋白亲缘关系最近,而与冬小麦、粗山羊草等的PP2C蛋白亲缘关系相对较远。ZmPP2C6-01蛋白定位于细胞核中。利用实时荧光定量PCR分析发现,ZmPP2C6-01基因在玉米根中的表达量最高,其次是叶,茎中最低;PEG胁迫下,ZmPP2C6-01基因在根中的表达量大部分时间点均高于对照,同时在叶中呈上调表达模式;在ABA、NaCl、高温胁迫下,ZmPP2C6-01基因在根中大部分时间点的表达量均低于对照,整体呈下降趋势,而在叶中的表达量均高于对照,呈上调表达模式。综上表明,ZmPP2C6-01基因响应干旱等逆境胁迫,但表达模式不一致。
[期刊] 水产学报
[作者]
吴羽媛 郭志颖 梁海鹰 林丽旋 郝瑞娟 焦钰
为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编
关键词：
马氏珠母贝 TLR6 基因克隆 表达分析
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