本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。

利用30个微卫星标记分析了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)4个品系,即芬兰虹鳟、挪威虹鳟、美国金鳟及日本金鳟的遗传多样性,并对部分品系2005年及2011年采集的样品进行了比较分析,揭示了在养殖及育种的选择压力下同品系虹鳟的遗传多样性的变化趋势。结果表明:①30个微卫星标记均可用于4个虹鳟品系的种质鉴定;②4个品系的平均等位基因数为3.77~5.80,平均期望杂合度为0.590 6~0.722 1,平均观察杂合度为0.587 5~0.786 1,平均多态性信息含量为0.535 0~0.647 0,说明4个品系均属高度多态,遗传多样性较高;③计算4个虹鳟品系遗传距离,并进行聚类分析...

The levels of genetic variation at 40 genic loci of 15 isozymic systems in rainbow trout(Oncorhynchus mykiss) were determined among Donaldsons super rainbow trout,rainbow trout from California of USA,rainbow trout from Norway, rainbow trout from Danmark,and Jalo rainbow trout respectively.The geneti...

【目的】选择具有重要育种价值的玉米自交系进行遗传多样性与群体遗传结构解析,为玉米育种实践提供指导和参考。【方法】选用344份具有广泛代表性和时效性的玉米自交系,其中包括美国主要杂种优势群、由国内地方种质发展来的杂种优势群、由美国商业化杂交种选系发展来的杂种优势群以及近年来在中国玉米育种中应用的新种质。利用北京市农林科学院玉米研究中心自主研发的包含3 072个SNP位点的Maize SNP3072芯片对供试自交系进行全基因组扫描,揭示其遗传多样性与群体遗传结构。【结果】在344份自交系中,3 072个SNP

自2004年至2009年历经两个世代研究了5个虹鳟(Oncorhynchous mykiss Walbaum)品系的相对繁殖力、绝对繁殖力与形态学指标的关系及其遗传进展。结果显示:美国加州、美国道氏、挪威品系的繁殖力指标好于丹麦和渤海品系。各品系绝对繁殖力与体长呈幂函数关系,即F=7.2071L1.6099(R2=0.6479,P<0.01)。绝对繁殖力随着卵径的增加而呈增加趋势,但卵径达到(0.4±0.1)cm时这一规律不明显。5个品系子一代优势选育系(G1优势选育系)与基础种群相比较,绝对繁殖...

【目的】株高与产量之间关系密切。进一步挖掘具有育种利用价值的小麦株高数量性状位点（quantitative trait loci,QTL），并解析株高QTL对产量相关性状的遗传效应，为分子育种提供理论依据。【方法】以田间自然变异株msf为母本、小麦品种川农16为父本杂交衍生的F_6代重组自交系群体（MC群体）为试验材料，于2020—2022年在四川省温江区、崇州市和雅安市试验基地进行2年5个生态环境点的种植和株高表型鉴定。使用16K SNP芯片所构建的高质量、高密度遗传连锁图谱定位株高性状。同时，利用株高主效QTL侧翼标记的基因型分析其正效应位点对于产量相关性状的遗传效应，评估主效QTL对产量提升的潜力。【结果】定位结果显示，分别在1A、3D、4D、5A和7B染色体共鉴定到8个控制株高的QTL。其中，定位到2个稳定的主效QTL:QPh.sau-MC-1A和QPh.sau-MC-5A，分别解释9.09%—25.56%和3.91%—13.09%的表型变异率，其正效应位点均来源于川农16。加性效应分析发现同时携带QPh.sau-MC-1A和QPh.sau-MC-5A正效应位点株系的株高显著高于仅携带单一正效应位点或没有携带任何正效应位点的株系。相关性分析发现，株高与有效分蘖数之间存在极显著的正相关性，与旗叶宽之间存在显著的负相关性，而与每穗粒数、每穗粒重、千粒重、旗叶长和开花期之间无显著相关性。遗传效应分析发现，QPh.sau-MC-1A正效应位点极显著增加有效分蘖数（56.51%），显著减少每穗粒数（-11.26%）、每穗粒重（-13.04%）、千粒重（-5.47%）和旗叶宽（-2.85%），促进开花期提前（-0.61%）。QPh.sau-MC-5A正效应位点显著增加有效分蘖数（10.57%）、每穗粒重（4.32%）和千粒重（2.92%），延迟开花期（1.07%）。【结论】在5A染色体定位到1个株高主效QTL—QPh.sau-MC-5A，其正效应位点显著提高有效分蘖数、每穗粒重及千粒重，对产量提高可能有积极效应。

【目的】分析山西省冬小麦种质资源的遗传多样性演变规律，为山西省小麦育种的亲本选配和品种选育提供更丰富多样的原始亲本材料。【方法】以山西省冬小麦323份地方品种和105份育成品种为自然群体，利用55K SNP芯片对428份自然群体进行全基因组扫描，分析品种间的遗传多样性、遗传结构、主成分、遗传聚类及亲缘关系。【结果】SNP位点在21条染色体上的分布范围为329—1 639个，平均值为1 152个；7个部分同源群中的分布范围为2 154—3 852个，平均值约为3 456个；基因组的分布规律为：B基因组>A基因组>D基因组；基因组注释多态性标记，在基因间区分布最多，约占50%，分析表明，SNP位点在21条染色体、7个同源群和3个基因组上均有覆盖，但分布各异，多态性比率为45.60%。整个群体的平均观测杂合度（0.0185）均低于平均期望杂合度（0.4992），整个自然群体的香农-威纳指数和多态性信息含量的变化幅度不大。对比自然群体多样性各参数，发现群体的遗传多样性不高，育成品种的遗传多样性比地方品种略高。群体结构分析将群体分为2个类群，第Ⅰ类群307份材料，以地方品种为主；第Ⅱ类群121份材料，以育成品种为主。主成分和聚类分析均将自然群体分为5个类群，第Ⅰ类群品种间的遗传距离平均值为0.21831，变幅为0.00127—0.72461；第Ⅱ类群品种间的遗传距离平均值为0.14619，变幅为0.00038—0.76489；第Ⅲ类群品种间的遗传距离平均值为0.16521，变幅为0.00049—0.43033；第Ⅳ类群品种间的遗传距离平均值为0.17643，变幅为0.00118—0.60496；第Ⅴ类群品种间的遗传距离平均值为0.12039，变幅为0.00042—0.37032，可见，山西省冬小麦品种间的遗传距离变异幅度较大，但平均遗传距离值较低，聚类分群明显，类群中部分品种的遗传关系较近。经对比，第Ⅰ类群和第Ⅳ类群的平均遗传距离均要高于第Ⅱ类群、第Ⅲ类群和第Ⅴ类群，第Ⅰ类群和第Ⅳ类群的遗传距离变幅大于第Ⅲ类群和第Ⅴ类群，可知，育成品种的遗传距离普遍大于地方品种。【结论】利用55K SNP芯片对山西省冬小麦种质资源进行遗传多样性分析，明确了山西省冬小麦育成品种和地方品种在基因组层面上的遗传多样性分布特点，育成品种通过外源基因的导入有利于品种的遗传多样性提高，地方品种的遗传多样性相对较低，同时，极少数品种的亲缘关系呈两极分化，在后续利用时应合理地区分利用。

采用联合异速生长遗传模型,对中国水产科学研究院黑龙江水产研究所渤海冷水性鱼类试验站培育的F1杂交虹鳟(Oncorhynchus mykiss)和F2杂交虹鳟的体质量和体尺性状异速生长进行了遗传分析,旨在为虹鳟及其他水产动物异速生长的遗传参数估计和实现体质量与体型的同步选育奠定理论基础。首先采用逐步回归分析法选择体尺性状对体质量的异速生长显著的性状,建立最优表型联合静态、动态异速生长指数模型,随后构建了两个用于遗传分析多个静态、动态异速生长的随机回归模型。虹鳟多个体尺性状相对体质量的异速生长遗传分析结果表明,体长与体质量具有较大的异速生长指数,为1.633 8,且为正异速生长,而其他体尺性状相对...

生殖调控是针叶树种遗传改良与良种生产过程中的重要环节,已经有许多实践经验积累,然而对其中雌雄球花发育及调控的分子生物学基础研究仍相当匮乏。以油松多个体多组织样本均一化cDNA文库为材料,通过转录组测序,获得46 584个油松单基因簇;基于这些基因信息,设计并定制油松表达谱芯片;通过对雌雄球花基因表达芯片分析,筛选到2 460个在球花发育后期显著差异表达的基因,其中1 309个在雄球花优势表达,1 151个在雌球花优势表达。分别从雄球花与雌球花优势表达的基因中各挑选1个表达水平差异超过800倍的基因,由于其功能未知,分别命名为MCE1(Male Cone Expressed 1)与FCE1(Fe...

【目的】利用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)标记估算油菜优异亲本间的遗传距离,分析其与杂种优势间的关系,探讨利用SNP标记预测油菜杂种优势的可行性,为油菜杂种优势利用育种提供指导。【方法】将油菜波里马细胞质雄性不育系的6个保持系(1019B、1055B、6098B、8908B、6019B、ZS11B)和8个恢复系(R1、R2、R3、R6、R9、R10、R11、OR1)采用不完全双列杂交试验设计配制得到的46个F1杂种及其亲本,在湖北武汉、贵州贵阳和安徽巢湖3种生态环境下考察株高、分枝部位高度、一次有效分枝数、结角密度、主花序有效长、主花...

在口岸压载水检测中发现有多种食源性致病菌的存在,给公共卫生和口岸生态环境带来极大风险。目前对食源性致病菌的检测主要是通过细菌的培养及生化鉴定、荧光PCR等方法,但是不能同时检测多种致病菌。本研究针对一种能检测12种食源致病菌的芯片进行了应用研究,用参比菌株和实验室自分离的菌株检测该芯片的特异性,结果表明该芯片的特异性良好,在所检测的菌株之间无交叉反应。在DNA水平上可以检测到110~7 000 copy的DNA分子,在菌裂解液的水平上可以检测到104~105copy数目的菌体,样品添加实验证明1 cfu/m L的菌浓度就可以通过增菌后芯片检测到。该芯片可鉴别金黄色葡萄球菌、阪崎肠杆菌、肠出血性大肠杆菌O157∶H7、霍乱弧菌、志贺氏痢疾杆菌、空肠弯曲杆菌、单增李斯特菌、副溶血性弧菌、弯曲肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、蜡样芽孢杆菌和产气荚膜杆菌等。研究证明该芯片的灵敏度比PCR水平略低,但是其具备高通量、快速、准确,简单易操作等优点,可以应用于口岸压载水中携带食源致病菌的快速检测。

为了解繁育基地养殖鲟鱼亲鱼的遗传背景,利用线粒体控制区部分序列对49个鲟鱼亲鱼中遗传多样性进行分析。结果表明:检鲟鱼亲鱼(目的序列长度412~420 bp)可以划分为3大类:E(达氏鲟,Acipenser dabryanus)、B(中华鲟,Acipenser sinensi)、D(史氏鲟,Acipenser schrencki)类,分别包括3、2、13个单倍型,多态位点分别有13、15、30个,单倍型多样度(Hd)分别为0.417、0.2、0.853,核苷酸多样性(Pi)分别为0.005 41、0.007 28、0.013 14,平均核苷酸差异数(K)分别为2.222、3、5.52。同类各单倍...

利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。

通过来自渤海、丹麦、道氏、挪威和美国加州的5个虹鳟(Onchorynchus mykiss)养殖群体的完全双列杂交试验,分别在第249天、397天、552天和771天4个时间点观测了体重和体长变化。多重比较分析发现,20个杂交组合与对应5个自繁系之间在体重或体长性状上存在显著差异(P<0.05)。采用最小二乘分析法估算了不同时间点体重和体长的一般配合力、特殊配合力、反交效应、母体效应及自繁效应值。结果显示,只有少数的遗传效应是显著存在的,而且这些遗传效应在不同性状和不同时间点的表现不尽相同。整个观测过程中,渤海群体和道氏杂交组合的体重和体长生长速度都是最快的,并且在体长上与对应的自繁系比较差异...

利用微卫星分子标记技术,对中华鳖(Trionyx sinensis)黄河群体选育F3世代与其基础群体—黄河野生群体以及淮河、鄱阳湖、洞庭湖、太湖野生群体的遗传变异进行了测定和比较分析。结果表明:①从所筛选的14个微卫星位点中,6个群体共检测出334个等位基因;平均等位基因数(N a)为3.6~4.2,平均有效等位基因数(N e)为2.53~2.99,平均观察杂合度(H o)为0.4714~0.5821,平均期望杂合度(H e)为0.551 5~0.599 7,平均多态信息含量(PIC)为0.487 2~0.540 6,平均Shannon多样性指数(H')为1.001~1.106,表明这6个中华...