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[期刊] 中国水产科学
[作者]
李绍戊 常玉梅 梁利群 孙效文
采用磁珠富集法与放射性杂交相结合开发团头鲂(Megalobrama amblycephala)基因组微卫星资源。以团头鲂基因组DNA为材料,经Sau3AⅠ限制性内切酶消化后,选取400~900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CA)15探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P标记的放射性同位素探针进行第二轮杂交。结果表明,共获得微卫星基因组文库2 000个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为50%;杂交后得到的阳性克隆为230个,占11.5%。从得到的230个阳性克隆中挑出120个进行测序,有94个克隆含有重复次数大于...
关键词：
团头鲂 微卫星 磁珠富集
[期刊] 淡水渔业
[作者]
耿瑞静 谢明辉 王卫民 刘寒
本试验选用8个高质量多态性的微卫星标记对团头鲂(Megalobrama amblycephala)选育世代F1、F2、F3、F4和团头鲂"浦江1号"的357个子代进行了亲子鉴定,主要方法是通过Cervus 3.0.7计算机模拟软件依次进行等位基因频率分析、模拟分析和亲子分析,根据LOD值大小判定亲子关系。结果表明在团头鲂混养家系中,微卫星位点的平均等位基因数为35,平均观测杂合度为0.867,平均期望杂合度为0.94,平均多态信息含量为0.935,最终所有子代准确地找出对应的父母本,亲子鉴定准确率为100%,证实微卫星标记在团头鲂亲子鉴定中的应用价值。
[期刊] 水产学报
[作者]
曾聪 张耀 曹小娟 罗伟 刘肖莲 高泽霞 钱雪桥 王卫民
利用12对微卫星(SSR)引物对采自梁子湖、鄱阳湖和淤泥湖3个地理种群团头鲂的遗传多样性、杂合度和遗传距离进行了分析,并以3个种群的团头鲂为亲本,用完全双列杂交方法建立全同胞家系,对F1个体体质量、全长进行了配合力分析,以期预测各种群间配组的杂交优势。在一般配合力分析中,父本全长和体质量配合力效应值大小依次为淤泥湖、鄱阳湖和梁子湖;母本全长的配合力效应值大小依次为鄱阳湖、淤泥湖和梁子湖,体质量的配合力效应值依次为梁子湖、鄱阳湖和淤泥湖。在特殊配合力分析中,鄱阳湖团头鲂种群内杂交组合相对效应值最大,其次为梁子湖作为母本与淤泥湖作为父本的组合,最小的为鄱阳湖作为母本与淤泥湖作为父本的组合。对3个种...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张新辉 夏新民 罗伟 高泽霞 钱雪桥 王卫民
采用松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)的紫外线遗传灭活精子刺激团头鲂(Megalobrama amblycephala)卵子后冷休克抑制卵子第二极体释放方法,获得团头鲂雌核发育个体。流式细胞仪检测雌核发育个体的DNA含量与正常团头鲂二倍体的DNA含量并没有显著性差异,表明雌核发育个体为二倍体。通过引物优化,筛选父母本具有特异性的8对微卫星引物,对雌核发育后代进行检测,结果表明雌核发育个体的遗传物质均来自母本,没有父本的遗传物质渗入。筛选出母本为杂合的10对微卫星引物对子代的纯合性进行评价,结果显示雌核发育后代在TTF-EST46、TTF-EST61、TTF-ES...
关键词：
团头鲂 雌核发育 微卫星 纯合性
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
马海涛 鲁翠云 于冬梅 孙效文
采用新型的生物素-磁珠吸附微卫星富集法与传统的放射性同位素杂交法相结合的方式,研究了草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组中存在的微卫星资源。结果,从1 000个细菌中,挑出90个阳性克隆,把其中45个进行测序分析,在这些序列中共含有68个微卫星核心序列,有55个含有重复次数大于5次的微卫星核心序列。其中,单一型标记49个,占72%,包括CA重复单元共22个,GT重复单元共18个,其他重复单元为9个;在72%的单一型标记中,完美单一型微卫星标记为44个,占65%。另外,混合型标记共19个,13为完美混合型;在所有微卫星标记中,CA重复类型最普遍,依次为GT、GA等。在68...
关键词：
草鱼 生物素 磁珠 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
全迎春 孙效文 刘伟 梁利群 鲁翠云
通过磁珠富集的方法分离大口鲶(Silurus meriaionalis)的微卫星分子标记。将基因组DNA酶切,梯度离心收集400~900bp片段并纯化,连接Brown接头,用生物素标记的寡核苷酸(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,然后将这些片段洗脱,PCR扩增,进行克隆构建“基因组文库”,再通过同位素标记的探针(CA)15进行2次杂交筛选,所得到的阳性克隆测序。从所获得593个阳性克隆中选取178个经测序,97.19%(173个)含有微卫星序列,90.60%重复数在10以上,75.98%为完美型。除探针中使用的CA重复单元外,还观察到CT、GA、ATG的重复序...
关键词：
大口鲶 微卫星 磁珠富集
[期刊] 水产学报
[作者]
徐湛宁 李福贵 郑国栋 陈杰 蒋霞云 邹曙明
为了指导团头鲂耐低氧群体的后续选育工作开展,利用筛选出的20对微卫星引物,比较分析了团头鲂耐低氧群体(TN)及其减数分裂(TNM)、有丝分裂(TNDH)雌核发育后代群体的遗传结构;结果显示,团头鲂TN、TNM、TNDH及团头鲂"浦江1号"(TPJ1)对照的平均等位基因数(N_a)分别为3.90、3.55、3.45、4.25,平均观测杂合度(H_o)分别为0.7853、0.3934、0.2768、0.8075,平均期望杂合度(H_e)分别为0.6491、0.5563、0.4870、0.6855,平均多态信息
[期刊] 水产学报
[作者]
战爱斌 包振民 陆维 汪小龙 胡景杰
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物...
关键词：
仿刺参 微卫星标记 多态性 通用性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
匡刚桥 刘臻 鲁双庆 刘红玉 张建社 唐建洲
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集...
关键词：
鳜鱼 微卫星标记 富集文库
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨成 朱新平 郝君 孙效文
利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆。其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%)。从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记。采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2~20,期望杂合度变动范围为0.261 5~0.950 0。本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。
关键词：
鲮鱼 微卫星 富集法 多态性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 孙效文 梁利群
采用常规方法从鳙鱼(Aristichthysnobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件PrimerPremier5 0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。
关键词：
鳙鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张彦锐 李宝玉 郑国栋 邹曙明
为获得团头鲂(Megalobramaamblycephala)的纯合品系,本研究以团头鲂“浦江2号”作为亲本,采用紫外线灭活的鲤鱼精子刺激团头鲂卵子,经冷休克抑制第二极体排出的方法获得异源雌核发育一代群体(Meio-G1)和雌核发育二代群体(Meio-G2)。利用筛选出的20对微卫星引物,研究分析了团头鲂“浦江2号”正常群体、雌核发育一代群体(Meio-G1)和雌核发育二代群体(Meio-G2)的遗传特征。结果表明,正常群体、Meio-G1和Meio-G2中,分别扩增出129、99、84个等位基因,平均等位基因数(N_a)分别为4.30、3.30、2.80,平均有效等位基因数(N_e)分别为3.23、2.24、1.76,平均观测杂合度(Ho)分别为0.8067、0.4067、0.1733,平均纯合度(H)分别为0.2035、0.6000、0.8263,平均多态信息含量(PIC)分别为0.6198、0.4701、0.3628,表明Meio-G1和Meio-G2相较于正常群体其遗传多样性下降,其中Meio-G2的遗传多样性最小。Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数表明Meio-G1和Meio-G2出现杂合子缺失的现象,而正常群体则表现为杂合子过剩。聚类分析显示,正常群体与Meio-G1共同汇聚成为一支,而Meio-G2单独成为一支,产生了一定程度的遗传分化。本研究结果表明,Meio-G2的纯合度高、遗传多样性低,是良好的育种材料,可为团头鲂的选育工作提供重要参考依据。
关键词：
团头鲂 雌核发育 微卫星标记 遗传结构
[期刊] 淡水渔业
[作者]
唐首杰 李思发 蔡完其
以普通团头鲂(Megalobrama amblycephala)选育系群体为对照组,利用17个多态性微卫星标记比较分析了团头鲂人工减数雌核发育一代群体(meio-G1)、二代群体(meio-G2)和三代群体(meio-G3)的遗传结构及其基因座位的纯合度,探讨了连续多代诱导减数分裂雌核发育对团头鲂基因纯化的效果。结果表明:17个微卫星座位在对照组、meio-G1、meio-G2和meio-G3中,分别扩增到102、77、45、27个等位基因,平均等位基因数分别为6.0、4.53、2.65、1.59,平均观测杂合度(Ho)分别为0.840 8、0.326 8、0.098 3、0.018 5。me...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杜文兴 虞德兵 刘红林 练春兰 候水生 王林云
用双重抑制PCR技术分离11对鹅的特异微卫星引物,应用于浙东白鹅和太湖鹅的基因组PCR扩增。结果表明:11对引物在浙东白鹅和太湖鹅中分别扩增出37和36个清晰条带,20个等位基因为两品种所共有,11对引物中有5对呈中等多态、6对呈高度多态。各位点产生2～6个等位基因,各位点的平均杂合度为0.456～0.772,以G07位点为最高,G06位点为最低;平均多态信息为0.375～0.737,以G07位点为最高,G01、G03和G11位点为最低。浙东白鹅和太湖鹅有效等位基因数分别为2.655和2.558,与实际测得的两品种平均值3.364和3.273较接近。研究结果表明,两品种的等位基因分布较为均匀,...
关键词：
双重抑制PCR技术 微卫星标记 鹅
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈钢铭 王卫民 曹小娟
从DDBJ数据库中选取已发表的47个泥鳅微卫星标记,在采自湖北省的大鳞副泥鳅群体中进行跨种扩增,发现有44个微卫星标记能在该群体获得扩增产物,另外有3个微卫星标记(即Mac31、Mac63和Mac541)完全不能获得扩增产物。以湖北省泥鳅和大鳞副泥鳅自交子代幼鱼DNA为模板,采用Mac31、Mac63和Mac541这3个微卫星标记的引物对进行PCR扩增,结果显示在以泥鳅自交子代幼鱼DNA为模板的体系中能扩增出目的条带,在以大鳞副泥鳅自交子代幼鱼DNA为模板的体系中完全不能扩增出目的条带。因此,Mac31、Mac63和Mac541这3个微卫星标记可用来鉴别幼鱼阶段的泥鳅与大鳞副泥鳅。
关键词：
微卫星标记 泥鳅 大鳞副泥鳅 幼鱼 鉴别
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