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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
马晓茜 刘至治 李思发 唐文乔 杨金权
为了解团头鲂MHCⅠ类基因的结构,采用cDNA末端快速扩增(Rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术,首次成功克隆了团头鲂"浦江Ⅰ号"F0基础群体及选育F8世代的MHCⅠ类基因,共获得3条cDNA全长序列。序列全长为2 040～2 079 bp,含有87～102 bp的5'-UTR,1 035～1 044 bp的编码区(包括信号肽,alpha 1、alpha 2和alpha 3三个结构域,跨膜区和胞质区)及911～946 bp的3'-UTR区,分别编码347、344个氨基酸。F8世代序列的核苷酸/氨基酸的同源性很高,为89.0%/93.0%,而与F0世代...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李伟 江翱 吴辉
通过同源克隆,结合RACE技术,从黄鳝肝脏c DNA中分离得到了MHC Iα基因的全长c DNA序列。结果表明:黄鳝MHC Iα基因c DNA全长1 731 bp,5′UTR长78 bp,3′UTR长600 bp,编码1条350个氨基酸的多肽;与其他鱼类不同,黄鳝Iα基因只具有4个外显子和3个内含子。二级结构分析结果表明,该基因具有MHC Iα基因的典型特征和保守区域。实时荧光定量PCR检测结果表明:黄鳝MHC Iα基因在不同组织中表达量的差别较大;嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophilia)感染可显著影响黄鳝肝脏、肾脏和脾脏MHC Iα基因的表达。对42个个体MHC Iα基因外...
关键词：
黄鳝 主要组织相容性复合体 克隆 多态性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
高凤山 王磊 李新生 李云岗 王慧飞 方勤美 郝慧芳 夏春
为推动猪主要组织相容性复合体(MHC)空间构象的研究,体外构建了猪的MHC-Ⅱ类蛋白复合体(SLA-Ⅱ)。首先克隆长白-达兰杂交商品猪DRA和DRB基因,用富含甘氨酸-丝氨酸的Linker(G4S)3连接DRA和DRB的胞外区,用SOE-PCR得到复合体基因DRA-linker-DRB,插入原核表达载体进行表达;对表达的融合蛋白进行Western-blot鉴定、纯化、蛋白酶切割并对切割后的蛋白进行分离和纯化。对分离的目的蛋白、融合蛋白及麦芽糖结合蛋白(MBP)进行二级结构测定。得到83.4 ku的可溶性融合蛋白MBP-DRA-(G4S)3-DRB,其Western杂交带与表达条带大小一致。切割...
[期刊] 水产学报
[作者]
张新中 鲁义善 吴灶和 简纪常
为研究红笛鲷免疫防御相关基因的作用机理和调控机制,实验应用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)成功克隆了红笛鲷组织相容性复合物Ⅰα(MHCⅠα)抗原基因的全长cDNA序列,MHCⅠα的全长序列为1 369 bp,编码354个氨基酸残基。BLAST分析显示,红笛鲷MHCⅠα与其他已知物种MHCⅠα基因的最高同源性为84%。构建的系统进化树显示,红笛鲷MHCⅠα与石斑鱼等MHCⅠα亲缘关系较近。Real-time PCR分析表明,MHCⅠα在头肾中的最大表达量出现在哈氏弧菌ZJ0706诱导后6～15 h内;构建的重组表达质粒pET3...
[期刊] 水产学报
[作者]
蔡完其 轩兴荣 王成辉 邹曙明
应用鱼类主要组织相容性复合体(MHC)基因来探讨鱼类种群间遗传结构,寻找分子遗传标记。根据已报道的鲤鱼MHCⅠ类基因序列,设计了一对特异性引物,从兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤及瓯江彩鲤基因组DNA中扩增了编码MHCⅠ类分子α2链的基因片段,并进行克隆、测序。结果表明,(1)编码MHCⅠ类分子α2链的基因多态性较为丰富,234bp长度中有106个变异位点,多态位点百分率达45.3%;荷包红鲤的基因序列与其它3群体红鲤有显著差异;(2)由编码MHCⅠ类分子α2链的基因和氨基酸序列构建的系统进化树一致,兴国红鲤与瓯江彩鲤关系较近,属于同一进化支,玻璃红鲤和荷包红鲤分别属于另外两个不同的进化支,荷包红...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
冯维 刘至治 李思发 李雪松 唐文乔 杨金权
利用MHCⅠ类α2结构域基因片段,分析鲢长江群体(YZL)与多瑙河群体(DAN)、密西西比河群体(MIS)间的遗传变异。从3群体共40尾个体的117个有效克隆中,获得MHCⅠ类α2结构域等位基因68个。主要结果为:(1)YZL、DAN和MIS群体的等位基因数分别为21、27和20个,且群体间核苷酸序列(54.1%～99.5%)、氨基酸序列(39.4%～98.6%)的同源性变异范围大,揭示3群体MHCⅠ类α2结构域的多态性都较丰富。(2)群体内平均核苷酸/氨基酸序列同源性的大小顺序为MIS>DAN>YZL;而群体内核苷酸/氨基酸多样性指数(π/πaa)的大小顺序恰与此相反,表明鲢YZL群体MHC...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
何珠子 邹曙明 袁襄南 陶洋
Hox基因是脊椎动物一类重要的生长和发育调节基因,其所编码具螺旋-转角-螺旋结构的转录因子能与靶基因特定区域DNA结合,从而调节动物胚胎发育过程中体轴的形成和器官组织的生长。本研究采用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了团头鲂HoxB3a的全长cDNA,并对团头鲂不同时期的胚胎和成鱼的不同组织进行了RT-PCR分析,以探索HoxB3a基因的时空表达特征。序列比对分析结果显示,团头鲂HoxB3a编码的氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)、大西洋鲑(Salmo salar)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)、青鳉(Oryzias latipes)、条纹鲈(Morone ...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
章琼 孙盛明 李冰 蒋高中 朱健 戈贤平
为了解团头鲂（ＭｅｇａｈｂｒａＭａ ａＭｂｌｙｃｅｐｈａｌａ）ｃａｓｐａｓｅ ９基因序列特征及其在氨氮胁迫过程中的作用，应用末端快速扩增（ｒａｐｉｄ ａＭｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｃ ｄｎａ ｅｎｄｓ，ｒａｃｅ）技术克隆得到团头鲂ｃａｓｐａｓｅ ９基因全长１６１３ ｂｐ的ｃｄｎａ序列，包括１８５ ｂｐ的５＇末端非翻译区（Ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ ｒｅｇｉｏｎｓ，Ｕｔｒ）、９６ ｂｐ的３＇Ｕｔｒ、１３３２ ｂｐ的开放阅读框（ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａＭｅ，ｏｒｆ）。氨基酸多序列比对显示，平均同源性为７７．７４％，表明团头鲂ｃａｓｐａｓｅ ９基因具有较高的保守性；系统进化分析显示，该基因．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王玉青 邬长松 马洁乐 陈会杰 刘小玲
为了探究诱导型一氧化氮合酶(NOS2)在嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染团头鲂(Megalobrama amblycephala)时发挥的作用,克隆并分析了团头鲂NOS2基因。结果显示,NOS2基因的cDNA序列全长4 215 bp,编码1 080个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,团头鲂NOS2基因与草鱼NOS2基因的相似性最高,达95%。进化关系分析表明,团头鲂NOS2基因与鲤科鱼类NOS2基因聚在一支。实时荧光定量PCR检测的结果表明,在嗜水气单胞菌感染团头鲂后,NOS2基因在肝脏和头肾中被诱导表达;在脾脏中NOS2基因在3 h被诱导表达,其余时间点表达量显著下调;在肠道组织中NOS2基因在3 h下调表达,在6 h有微弱的上调,之后趋于稳定。研究结果为进一步探索NOS2基因在嗜水气单胞菌感染团头鲂后免疫应答中发挥的作用打下基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李洁 王虹 周洋 马洁乐 刘小玲 林蠡
为了研究团头鲂(Megalobrama amblycephala)TLR2(ma TLR2)在抗嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染中的作用,本实验克隆了ma TLR2基因的c DNA全长。结果显示:ma TLR2基因c DNA的全长包括2923 bp,编码792个氨基酸。预测得到的ma TLR2的结构域包括一个信号肽、氨基端的亮氨酸重复基序(LRRs)、跨膜结构域(TM)和一个胞内的Toll/白介素(IL)-1受体区(TIR)。在嗜水气单胞菌感染后,团头鲂头肾中,TLR2的表达量
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韦新兰 张杰 陈丽萍 王卫民 高泽霞 王焕岭
采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4(sper-matogenesis associated gene 4,SPATA4)。该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32。序列分析显示团头鲂SPATA4基因与其他脊椎动物同源性较高。荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4 h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
苏利娜 丁祝进 李鸿 周凤娟 王卫民 刘红
为研究团头鲂Dmrt4基因的可能作用,采用RACE-PCR技术克隆了团头鲂卵巢Dmrt4基因的cDNA全长序列,采用实时荧光定量PCR技术对其胚胎及出膜后30d内各期、成鱼不同组织、雌雄性腺各分期的表达进行研究。结果表明,团头鲂Dmrt4基因至少存在2种不同的剪接形式,分别命名为Dmrt4a和Dmrt4b。其中,Dmrt4acDNA全长1 265bp,编码352个氨基酸,含DM和DMA 2个结构域;Dmrt4b cDNA全长1 081bp,编码281个氨基酸,仅含DMA结构域。氨基酸序列同源性分析显示,团头鲂Dmrt4与牙鲆、奥利亚罗非鱼的同源性最高。实时荧光定量PCR结果表明,Dmrt4基因...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
涂佳鹏 黄春筱 黄岩 王焕岭
以团头鲂为研究对象,扩增获得Junctophilin(Jph)家族4个成员,jph1a、jph1b、jph2和jph3的cDNA编码序列,分别为2 031、2 016、2 358和2361 bp,分别编码676、671、785和786 aa。团头鲂jphs均由5个外显子和4个内含子组成,与大多数物种的JPHs基因结构相似;结构域预测显示出8个MORN和1个TM结构域,且蛋白多序列比对分析显示Jphs在进化上非常保守。基于qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析显示,这4个基因呈现出组织特异性表达,其中jph1a、jph1b和jph2主要在肌肉和心脏中表达,而jph3主要表达于心脏、血液和大脑。在早期发育过程中,jph1a、jph1b、jph2和jph3的mRNA表达模式类似,分别在原肠胚期、心跳期和25 dph(days post hatching)达到高峰。综上研究结果表明,鱼类jphs基因在心脏和肌肉等组织中发挥重要作用,并且其功能可能不同于哺乳动物。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴文新 曹赞 王凡 徐佳 王卫民 赵玉华
为阐明团头鲂SREBP-1的功能,采用RT-PCR技术克隆获得SREBP-1基因的cDNA序列,利用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测SREBP-1基因在不同发育时期及不同组织中的表达情况。生物信息学分析发现,SREBP-1基因cDNA的编码序列(coding sequence,CDS)为3 426bp(GenBank登录号:MH633449),开放阅读框(ORF)编码1 141个氨基酸,与大西洋鲑、斑马鱼、草鱼、鲤、金线鲃SREBP-1的氨基酸序列相似性较高(74%～99%)。保守结构域分析显示,团头鲂SREBP-1蛋白具有SREBPs家族典型的"碱性螺旋-环-螺旋-亮氨酸拉链"(bHLH-Zip)结构域。表达分析结果显示,SREBP-1基因在团头鲂胚胎发育过程中的表达呈现先下降后增高的趋势,在眼囊期最低,至出膜期达到最高。在团头鲂幼鱼中,SREBP-1在脑组织中的表达量最高,其次是眼、肝脏、心脏、肌肉、脂肪组织、肾脏,鳃中表达量最低。在成鱼中,SREBP-1在脑组织表达量最高,其次是性腺组织、肌肉、肝脏、眼,肾脏、脾脏和心脏中的表达量较低。以上结果表明,SREBP-1基因在团头鲂幼鱼和成鱼的不同组织中的表达模式存在差异。
[期刊] 水产学报
[作者]
舒妙安 张龙韬 徐宾朋 胡杭娇 郭晓令
采用RT-PCR及RACE技术,从拟穴青蟹眼柄组织中克隆获得14-3-3基因cDNA全序列。序列分析结果表明:拟穴青蟹14-3-3基因全长1 112 bp,开放阅读框长744 bp,编码由247个氨基酸组成的蛋白,分子量为28.086 ku,等电点为4.675。与其他物种14-3-3基因氨基酸序列进行同源性比较分析显示,拟穴青蟹14-3-3基因与斑节对虾14-3-3基因同源性最高(95%),依次为墨吉对虾(93%)、苜蓿切叶蜂(92%)。聚类分析表明,拟穴青蟹14-3-3基因氨基酸序列与斑节对虾、墨吉对虾紧密聚为一支。经荧光定量检测,拟穴青蟹14-3-3基因在肝胰腺和肌肉中的表达量较高,其次为...
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