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[期刊] 中国水产科学
[作者]
张国亮 王浩 张也 许丹 吕利群
为了解嗜水气单胞菌全基因组信息的结构和功能，对嗜水气单胞菌（ＡｅｒｏｍｏｎＡｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌＡ）Ａｈ１０（ＣＣＴＣＣ保藏号：ＡＢ２０１４１５５）进行了全基因组测序。将提取的Ａｈ１０全基因组ｄｎＡ进行片段化、构建文库后上机测序；将基因组组装后进行注释和比较分析。结果显示：Ａｈ１０全基因组序列总长度为４．９１ ｍＢ，ＧＣ含量为６１．１％，共预测到４５７０个基因，３３５１个基因具有明确的生物学功能。共找到２５９２个基因具有直系同源族（ＣｌｕｓＴｅｒ ｏｆ ｏｒＴｈｏｌｏＧｏｕｓ Ｇｒｏｕｐｓ，ＣｏＧ）分类，１２８１个与代谢通路有关的基因，基因组岛３１个。比较基因组学研究发现：Ａｈ１０比对到ｓｎ．．．
关键词：
嗜水气单胞菌 基因组测序 基因 比较分析
[期刊] 水产学报
[作者]
谢恒 魏文燕 汪开毓 刘韬 何晟毓 杨倩 刘家星
嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
马水燕 王楠楠 董雨豪 刘锦 陆承平 刘永杰
#N/A
[期刊] 淡水渔业
[作者]
祖国掌 余为一 李槿年 李郁
从鲫鱼肌肉和脏器先后分离到四株嗜水气单胞菌Ｄｙ、ｘＡ、ｘＡ５和ｘＡ６。与南京农业大学惠赠的嗜水气单胞菌Ｊ—１株进行了系统的比较鉴定。结果表明：１．五株细菌在培养特性、生化特性和药敏特性方面，除在分解水杨素和蔗糖能力以及新生霉素和新霉素敏感性等指标外，其他均基本一致；２．Ｄｙ、ｘＡ５和ｘＡ６同Ｊ—１一样能致死小白鼠和鲢鱼，而ｘＡ却不能；３．在与兔抗Ｊ—１抗血清的凝集反应中，Ｄｙ、ｘＡ５和ｘＡ６呈强阳性反应，而ｘＡ呈弱反应。这些结果表明，从不同地区分离的四株气单胞菌在致病性和抗原结构方面均存在差异。
关键词：
嗜水气单胞菌,致病性,抗原结构
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张艳珍 付龙威 隋智海 王咏星 刘云国
致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌，其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治。本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序，对测序数据进行组装和组分分析，进行基因预测与功能注释，预测次级代谢产物合成基因簇，并进行病原宿主互作以及比较基因组分析。测序结果显示，CHL02基因组大小为36.17 Mb，GC含量为53.09%；预测包含8093个编码基因、1618个转座因子(TEs)、4572个串联重复序列及114个tRNA；共注释7724个基因，其中，1985个基因获得KOG注释，GO聚类分析中，2687个基因参与代谢过程，预测到22个次级代谢产物合成基因簇，1162个基因参与病原宿主互作机制中。基因聚类分析和系统发育树均显示，CHL02菌株与参考菌株昆虫源C. confragosa RCEF 1005具有较高的同源性。本研究首次报道了河鲈源致病性虫草菌C. confragosa CHL02菌株的全基因组序列并分析其基因组的基本特征，与参考菌株进行比较基因组分析，为后续深入开展该病菌侵染河鲈的作用机制等相关研究奠定了理论基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
严亚贤 孙建和 陈怀青 陆承平
用电镜观察嗜水气单胞菌Ｊ－１株，见有两种不同的菌毛，一种为短而硬直的Ｒ菌毛，另一种为长而易弯曲的Ｗ菌毛。Ｒ菌毛数量多，周身分布；Ｗ菌毛数量少，一个菌体仅４～６根。搅拌菌体悬液可使菌毛脱落，低速离心的上清液经ＰＥＧ沉淀、硫酸铵盐析和Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ４Ｂ层析后，获得纯化的Ｒ菌毛。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ显示，在有２－巯基乙醇存在时，Ｒ菌毛的亚单位分子量为１７０００。氨基酸组分分析表明，Ｒ菌毛含有４１％的疏水性氨基酸。用纯化的Ｒ菌毛免疫家兔获抗血清，建立菌体凝集试验和Ｄｏｔ－ＥＬＩＳＡ法，检测５０个待检样本的Ｒ菌毛，两法检出率均超过６０％，符合率为８８％。
[期刊] 水产学报
[作者]
吴谋胜 彭宣宪
采用蛋白质组学的方法之一二维电泳技术 ,对嗜水气单胞菌生长周期中各不同阶段的蛋白质组成进行了分析。结果显示 ,在不同生长阶段 ,其蛋白质组成均发生明显变化。发现了与细菌生长代谢各阶段生理活动有关的差异蛋白质 ,有助于深入了解嗜水气单胞菌生长周期中不同阶段的基因组表达情况。同时 ,还对二维电泳和普通SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳进行比较。结果表明 ,二维电泳技术是研究蛋白质组学的有效工具
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林俊彬 严俊杰 韩星 赵金 甘颖 苗人云 冯仁才 李斐 赖学飞 仝宗军 甘炳成
【目的】通过分析20份杏鲍菇菌株的遗传多样性和菌丝、子实体的性状，为新型分子标记在杏鲍菇资源保护利用方面提供一定的基础，也为后续主要性状基因的准确定位、杂交育种、表型预测提供理论依据。【方法】以20株全国不同地区收集到的杏鲍菇菌株作为试验菌株，对其进行全基因组重测序，将分析得到的SNP位点作为标记进行遗传多样性分析，并测定其菌丝在PDA培养皿上的生长速度、产量、子实体长度、菌盖直径、菌柄长度、菌柄直径、子实体硬度、子实体脆度、子实体咀嚼性和子实体胶着性，随后对10项性状指标进行主成分分析，将各项性状指标与遗传多样性结果进行联合分析，评价二者的相关性。【结果】当遗传距离大于0.08时，20份杏鲍菇菌株分为6个类群，每个类群的菌株的性状与其他类群相比均有一定的差异且类群内菌株性状比较接近。其中类群Ⅴ所含菌株数量最多，包含13份菌株，且各项性状指标最为突出；其次是类群Ⅱ包含3份菌株，其余几个类群都只包含1个菌株，不同类群之间性状均有差异，类群内差异很小。【结论】国内不同地区的杏鲍菇菌株在遗传多样性、菌丝生长速度、子实体性状和质构方面均有差异，其中各项性状比较优异且均衡的杏鲍菇菌株聚类在类群Ⅴ，说明杏鲍菇中SNP标记与子实体性状有很强的相关性。在育种实践中，可以通过SNP标记预测菌株的性状，以遗传距离比较远、个别性状比较突出的菌株作为亲本进行杂交育种，大大减少育种周期，提高育种效率与精度。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
朱兴国 范红结 陆承平 陈怀青
以EPC细胞和HEp 2细胞为细胞模型 ,用嗜水气单胞菌 (Aeromonashydrophila ,Ah)J 1株进行粘附试验 ,同时以Ah4型菌毛的抗血清作粘附抑制试验 ,用以分析AhJ 1株的粘附素及其受体。EPC细胞粘附和粘附抑制试验证实 ,AhJ 1株粘附素受体具有甘露糖、胆固醇成分 ,有少量半乳糖成分 ,无葡萄糖成分。HEp 2细胞粘附和粘附抑制试验证实 ,与其它非菌毛粘附素如S层及外膜蛋白相比 ,Ah 4型菌毛的粘附作用较为显著。抗 4型菌毛抗体抑制细菌的粘附力达 80 %以上。抗S层、外膜蛋白抗体也能使细菌的粘附力下降 ,表明Ah的粘附作用由菌毛粘附素与非菌毛粘附素共同参与。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱鑫海 张紫瑞 周丽颖 汤环宇 敖士奇 周一凡 高晓建 姜群 张晓君
嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是严重危害翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)养殖生产的主要病原之一，为揭示嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜后宿主基因表达水平的变化，筛选免疫相关基因，解析翘嘴鳜应答病原细菌感染的分子机制，本研究以病原嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜，于感染24 h后，采集感染组与对照组翘嘴鳜头肾组织，采用Illumina Hiseq 2000进行了RNA-Seq分析，原始数据拼接后组装共获得53，040个单基因(unigene)。基因差异表达分析结果显示，感染组和未感染组翘嘴鳜存在526个差异表达基因，包括254个上调基因和272个下调基因，其中免疫相关的显著上调的差异基因主要有炎症和免疫原性细胞因子白介素、补体系统、MHCⅠ型抗原提呈、溶菌酶、丝氨酸蛋白酶抑制因子、泛素蛋白连接酶等。GO富集分析发现，差异基因主要涉及免疫应答反应和炎症反应等，经KEGG富集分析显示，89个通路富集显著，免疫相关的代谢通路主要有内吞作用和吞噬体等。此外，实时荧光定量PCR验证结果表明，所选取7个差异表达免疫相关基因与RNA-seq结果具有相似的表达趋势。本研究为揭示翘嘴鳜对病原微生物感染的防御分子机制奠定了理论基础。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱鑫海 张紫瑞 周丽颖 汤环宇 敖士奇 周一凡 高晓建 姜群 张晓君
嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是严重危害翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)养殖生产的主要病原之一，为揭示嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜后宿主基因表达水平的变化，筛选免疫相关基因，解析翘嘴鳜应答病原细菌感染的分子机制，本研究以病原嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜，于感染24 h后，采集感染组与对照组翘嘴鳜头肾组织，采用Illumina Hiseq 2000进行了RNA-Seq分析，原始数据拼接后组装共获得53，040个单基因(unigene)。基因差异表达分析结果显示，感染组和未感染组翘嘴鳜存在526个差异表达基因，包括254个上调基因和272个下调基因，其中免疫相关的显著上调的差异基因主要有炎症和免疫原性细胞因子白介素、补体系统、MHCⅠ型抗原提呈、溶菌酶、丝氨酸蛋白酶抑制因子、泛素蛋白连接酶等。GO富集分析发现，差异基因主要涉及免疫应答反应和炎症反应等，经KEGG富集分析显示，89个通路富集显著，免疫相关的代谢通路主要有内吞作用和吞噬体等。此外，实时荧光定量PCR验证结果表明，所选取7个差异表达免疫相关基因与RNA-seq结果具有相似的表达趋势。本研究为揭示翘嘴鳜对病原微生物感染的防御分子机制奠定了理论基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
靳晓敏 葛慕湘 张艳英 房海 陈翠珍
采用PCR方法,对分离于唐山和秦皇岛养殖场的宽体金线蛭(Whitmania pigra)、中国林蛙(Rana temporaria chensinensis)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellua)、青鱼(Mylopharyngodon piceus)以及鲤(Cyprinus carpio)肝脏的42株不同水产养殖动物的致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了4种耐药基因β-内酰胺类(TEM)、氨基糖苷类(ant(3″)-I)、磺胺类(Sul3)和四环素类(tet(A))的检测。结果表明:42株...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵东康 Rachit PENGLEE 车金远 易欣鑫 邱超达 鲍宝龙
嗜水气单胞菌是水环境常见的病原体，具有较强致病性。在本研究中，首次敲除了嗜水气单胞菌aguA基因，通过转录组分析发现aguA敲除后细菌的粘附、致病、胺代谢等生物过程下降。通过qRT-PCR进一步验证发现10个粘附基因、9个发病基因和8个胺代谢基因的mRNA表达水平明显下降；此外，转录组水平分析结合qRT-PCR验证发现VI型分泌系统基因、II型分泌系统基因、鞭毛合成相关基因、菌毛合成相关基因、溶血基因、I型分泌系统基因、肠毒素基因、RTX基因等毒力基因的RNA表达水平也出现下调。对两株菌进行草金鱼的体内感染实验，与野生菌株（WT）相比，aguA敲除株（△aguA）感染草金鱼的致病力降低了7.47倍，且aguA敲除株生物膜形成能力降低了16.6%。以上结果显示aguA基因与嗜水气单胞菌的致病性密切相关。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张吉红 陆承平
建立嗜水气单胞菌(Aeromonashydrophila,Ah)的生物被膜(BF)体外形成模型,用银染法及扫描电镜观察检测Ah致病株J1、N1及非致病株W1、4332株产生BF的情况,同时研究温度和消毒剂对AhJ1株的游离(FC)细菌(以下简称FC细菌)和具有BF的细菌(以下简称BF细菌)的影响。实验表明:致病株AhJ1、N1株均可形成BF,而非致病株AhW1、4332株均不形成BF。AhJ1株的BF细菌经85℃30min、-20℃80d、0.01%新洁尔灭处理后均有存活,而FC细菌无存活细菌。根据已发表的AhA1株的转录调节蛋白基因(AhyR)核苷酸序列,设计并合成了一对引物,对AhJ1、N...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
芦运超 邱军强 胡鲲
为了揭示嗜水气单胞菌的耐药潜力，运用微量肉汤稀释法和比较基因组学方法对其进行了分析。结果显示：恩诺沙星、硫酸新霉素、氟苯尼考、盐酸多西环素对3株菌株有抑制作用，而磺胺间甲氧嘧啶对3株菌株均无抑制作用。菌株的耐药表型未与耐药基因一一对应，某些菌株虽然未注释到耐药基因，也可以表现出相关耐药表型；自测的3株菌株基因组大小差异较大，亲缘关系非近缘，但耐药基因数量基本一致；经ANI（平均核苷酸一致性）计算后，基因组比较分析发现嗜水气单胞菌基因组具有较强的可变性，即使是近缘菌株，其基因组间仍有较大差异；系统发育分析显示，不同宿主来源的菌株在进化树上呈现分散分布，近缘菌株分布在不同国家和地区；所有菌株在CARD（综合抗生素耐药性数据库）中共注释到21种耐药基因，其中7种耐药基因为所有菌株共享。造成这一现象的原因，很可能是由于嗜水气单胞菌基因组较强的可变性以及其宿主分布的广泛性，菌株间进行频繁的基因交流，促进了耐药基因在整个物种的快速扩散，所以即使菌株间基因组变化较大，但耐药基因在菌株间的变化较小。
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