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[期刊] 中国水产科学
[作者]
佟广香 鲁翠云 匡友谊 梁利群 尹家胜 孙效文
采用磁珠富集法构建哲罗鱼(Hucho taimenPallas)基因组微卫星文库。哲罗鱼基因组DNA经MboI限制性内切酶消化后,选取400~900 bp的片段,用生物素标记的简单重复序列(ACA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,获得目的片段,连接T载体克隆,构建基因组微卫星富集文库。再用同位素标记的(ACA)15探针进行二次筛选,筛选出686个阳性克隆,阳性克隆率为35.94%。对其中140个阳性克隆进行测序,共获得149个微卫星序列,4个小卫星序列,其GenBank Accession Number为DQ110955~DQ121108。其中perfect(完美...
关键词：
哲罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李晓萍 刘萍 宋协法
采用富集文库–菌落原位杂交法分离了30个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星标记。三疣梭子蟹基因组DNA经HaeⅢ酶切连接后,用固定了(AC)15和(AG)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星的片段,转化至大肠杆菌DH5α中,构建三疣梭子蟹微卫星富集文库。菌落原位杂交后,任意选取150个克隆进行测序,阳性克隆率为85.48%。利用软件设计了105对微卫星引物,筛选到稳定扩增标记56对,采用30个三疣梭子蟹个体进行多样性评价,30个位点均表现出多态性。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)的范围分别为0.222 2~1....
[期刊] 中国水产科学
[作者]
许巧情 谢骏 张书环 赵朝阳 袁汉文
通过磁珠富集法构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)微卫星富集文库。共获得800个阳性克隆,其中的100个阳性克隆经测序分析,共获得微卫星序列54个。利用这些微卫星序列可设计33对引物,经过PCR扩增筛选获得了25对可用引物。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳,对洞庭湖1个种群的30只三角帆蚌进行扩增,发现13对引物呈现多态性,等位基因数在4～9。观测杂合度在0.2543～0.9827,期望杂合度在0.3629～0.8217,信息多态含量平均为0.5198。由于存在无效等位基因,两个微卫星基因座(GenBank登录号为GQ302651和GQ302658)明显地偏离哈代-温伯格平衡,但没有发...
[期刊] 水产学报
[作者]
贾舒雯 刘萍 韩智科 李健 潘鲁青
采用人工合成的生物素标记(AG)15探针及磁珠富集法构建了脊尾白虾基因组微卫星富集文库。将脊尾白虾基因组DNA经HaeⅢ酶切后,收集400～1 200 bp片段,连接特定接头,与生物素标记(AG)15探针杂交并捕获含有微卫星的DNA片段,然后连接到pMD18-T载体中,构建脊尾白虾微卫星富集文库。随机挑取947个克隆,经菌落PCR检验,其中667个为阳性克隆。从阳性克隆中随机选取184个克隆进行测序,有150个克隆含有微卫星序列,共获得199个微卫星序列,其中完美型158个(79.4%),非完美型27个(13.6%),复合型14个(7.0%)。根据微卫星序列,设计了119对微卫星引物,64对扩...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋春妮 李健 刘萍 陈萍 高保全
采用磁珠富集法筛选日本蟳微卫星分子标记。日本蟳基因组DNA经Sau3 AⅠ酶切后,收集400～1 200 bp大小的片段并纯化,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)15从中筛选出含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的基因组文库,经PCR检测筛选出阳性克隆进行测序。从随机挑选的970个菌落中筛选出369个阳性克隆进行测序,结果86.99%(321个)含有微卫星序列,其中完美型占80.54%,非完美型占15.95%,混合型占4.28%。除使用的探针AC重复外,还得到GA、CT等重复序列。共设计出102对微卫星引物,其中65对能扩增出清晰条带,27对具有多态性。...
关键词：
日本蟳 微卫星 磁珠富集法
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
[期刊] 淡水渔业
[作者]
佟广香 匡友谊 张超 尹家胜 孙效文
利用22个微卫星标记对野生哲罗鱼(Hucho taimen)F1代4个家系、176个个体的基因组进行分析。首先利用SPSS软件对体长、叉长、头长、吻长、口裂长、口裂宽和眼径等7个性状进行正态分布检验,7个性状都显示出连续变异的特点,属典型的数量性状或者多基因遗传,符合正态分布;其次用GLM程序对22个微卫星标记与性状进行相关性分析,并将与性状显著相关的标记进行基因型之间的多重比较,结果显示22个微卫星座位中,有10个标记至少与一种性状显著相关,其中与口裂长和眼径相关的标记最多的为7个;多重比较可知每个标记中同一性状均有部分基因型差异达到显著水平。这些标记为哲罗鱼进一步的分子标记辅助育种提供了基...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
毛瑞鑫 鲁翠云 刘福军 赵莹莹 谷晶晶 常玉梅 梁利群 孙效文
利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库。并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12探针进行第二次筛选。结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5(;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8(。经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增...
关键词：
中华绒螯蟹 微卫星 磁珠富集
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 张亚东 彭婵 宋丛文 杨彦伶
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗
关键词：
水杉 基因组 微卫星 标记开发
[期刊] 水产学报
[作者]
战爱斌 胡景杰 胡晓丽 王明玲 彭薇 李艳 李纪勤 包振民
应用微卫星富集文库—菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记。用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库。利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA。富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆。任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点。利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵蕊蕊 徐胜勇
绒杜父鱼(Hemitripterusvillosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类,近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息,开发基因组范围内遗传标记,以期为资源管理和保护工作提供参考,本研究对绒杜父鱼开展全基因组survey分析, k-mer分析表明绒杜父鱼基因组大小约为713.18 Mb,杂合率为0.26%,重复序列的比例为38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50和Scaffold N50分别为7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内,总共检测到583498个微卫星位点,相对丰度为1010个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%),单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是AC/GT和AGG/CCT类型,微卫星重复拷贝数主要集中在5～17次。研究结果表明,绒杜父鱼基因组为简单基因组,可以用“Illumina+PacBio+Hi-C”的测序策略组装出高质量全基因组序列,而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁双庆 刘臻 刘红玉 肖调义 苏建明
采用微卫星技术,用9对微卫星引物对4个鲫鱼群体普通鲫鱼(C.auratusauratus)、红鲫(C.auratusredvar)、白鲫(C.auratuscuvieri)和彭泽鲫(C.auratusauratusvar.Pengze)的遗传多样性及亲缘关系进行研究。结果表明,4种鲫鱼的平均遗传杂合度值在0.607～0.721,其中白鲫0.721、红鲫0.652、彭泽鲫0.629、鲫鱼0.607;平均多态信息含量值在0.530～0.670,其中白鲫0.670、红鲫0.586、彭泽鲫0.549、鲫鱼0.530。由此可见,4个鲫鱼群体的遗传多样性总体水平较高,但白鲫的遗传多样性最高,鲫鱼的遗传多样...
关键词：
鲫鱼 遗传多样性 微卫星
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王旭蕾 高进 齐鑫 王永波 陈傅晓 刘金叶 符书源
为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)、鞍带石斑鱼(E. lanceolatus) 5种石斑鱼全基因组中微卫星的分布特征，本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选，分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示，在5种石斑鱼全基因组中，均筛选出超过28万个微卫星位点，相对丰度介于271～296个/Mb之间，平均长度在22 bp左右，微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%～0.67%，其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致，二碱基重复最多，其次为单碱基，且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN、AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大，但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致，即随着拷贝数增加，微卫星数目随之递减，拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中，各个重复类型中均有数量尤为突出的位点：鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别重复了502、803和48次，云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别重复了205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致，鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考，并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。
关键词：
石斑鱼 全基因组 微卫星 分布特征
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马骞 吴雨薇 王刘永 赵晓龙 周启苓 陈刚 黄建盛
为更好地开发军曹鱼(Rachycentron canadum)高多态性微卫星分子标记，本研究基于军曹鱼全基因组测序结果，利用MISA1.0软件对其简单重复序列(simple sequence repeat， SSR)的位点信息进行检索及分析。结果显示，基因组中共筛选出1～6个核苷酸为重复单元的SSR位点344 820个，其中以单核苷酸重复序列最多(174 146个)，占SSR总数的50.50%；其次为二核苷酸重复和三核苷酸重复序列，分别占SSR总数的30.23%和14.02%。在SSR包含的重复单元中，单核苷酸重复以A/T类型为主，AC/GT是二核苷酸的优势重复单元类型。军曹鱼基因组SSR核心序列重复次数在4～275次范围内波动，单核苷酸SSR重复数为10的最多，二核苷酸SSR重复次数为6的最多。本研究设置长度≥12 bp为筛选高多态性SSR位点的标准，共获得361 684个位点。在上述位点中随机选取100个候选位点进行基因分型检测，利用从中筛选到多态性较高的10个SSR标记分别对北海、陵水、硇洲、徐闻和三亚5个养殖群体进行遗传多样性分析，145尾个体中共检测到69个等位基因，观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.628、0.706及0.653。相关研究结果表明，军曹鱼基因组中SSR位点类型较为丰富、多态性潜能较高，从中筛选获得的多态性SSR标记可为军曹鱼分子标记辅助育种、群体遗传多样性评价等研究提供有力支持。
[期刊] 水产学报
[作者]
孙效文 鲁翠云 梁利群
磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,回收纯化400～900bp片段,连上接头,构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记。本研究又通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所...
关键词：
磁珠富集 草鱼 微卫星分子标记
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