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[期刊] 海洋渔业
[作者]
于劼豪 黄郁葱 孙良娟 钟键 鲁义善 简纪常 蔡双虎
为加强对哈维氏弧菌（Vibrio harveyi）早期快速诊断，本研究探究建立一种基于环介导等温扩增（LAMP）技术的可视化快速检测方法。基于环二聚体磷酸二酯VieA基因序列在哈维氏弧菌中的保守性，将其作为靶基因设计引物并初步建立LAMP反应体系，对LAMP反应体系中各反应物浓度、内外引物比例、反应时间和反应温度进行优化，并对优化后的LAMP反应的特异性和灵敏度进行检测；分别在优化后的LAMP反应体系中加入SYBR Green I、钙黄绿素-锰离子或羟基萘酚蓝作为指标剂对LAMP反应产物进行可视化判别，从而建立了一种针对哈维氏弧菌的LAMP可视化检测方法。研究表明该LAMP反应体系最佳反应温度60℃、反应时间60 min、Mg~(2+)浓度1.2 mmol·L~(-1)、dNTPs浓度0.64 mmol·L~(-1)、甜菜碱浓度0.25 mmol·L~(-1)及内外引物比例16:1；该反应体系能特异性检测到哈维氏弧菌，且灵敏度为3.4×10~(-6 )ng·μL~(-1)。可视化指标剂钙黄绿素-锰离子的添加比例为12:1或羟基萘酚蓝的添加浓度为390 μmol·L~(-1)时LAMP反应结果的可视化效果最好，临床应用表明该LAMP可视化技术能准确并特异性地检测到珍珠龙胆石斑鱼和凡纳滨对虾组织中感染的哈维氏弧菌。本研究提供了一种简单、快速和结果可视化的哈维氏弧菌LAMP检测方法，可以为水生动物哈维氏弧菌的现场检测和弧菌病的早期诊断提供技术支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
涂志刚 杨海朋 崔婧 严耿杰 李丹萍 周永灿 邱名毅
哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起海南省后水湾深水网箱养殖卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)"烂身病"的主要病原菌。为了能够快速诊断该病原菌,急需建立一种耗时短、准确以及便捷的检测方法。本研究利用分离到的致病菌株QT520的ToxR基因序列设计特异性引物和加入SYTO-9特异荧光染料,建立了一种可以实时、快速检测哈维氏弧菌的LAMP法(RT-LAMP)。该方法对哈维氏弧菌的基因组DNA及菌液灵敏度分别为100 fg/μL和10~3 cfu/mL,与Real-time PCR法检测灵敏度相当,比普通PCR的检测灵敏度要分别高1000倍和10倍,能有效区分哈维氏弧菌与坎氏弧菌(Vibrio campbellii);可以实时观察检测结果,且检测时间只需要40 min;具有耗时短、特异性和灵敏度高、仪器便携、操作简单且能实时观察检测结果等优点,非常适合在生产现场进行哈维氏弧菌的检测。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘宁宁 易萍 郭爱珍 胡长敏 陈颖钰
为建立一种能够快速、高效检测牛溶血性曼氏杆菌（Mannheimia haemolytica）的可视化LAMP检测法，利用LAMP引物设计软件，以溶血性曼氏杆菌保守基因lktC序列设计内引物、外引物及环引物，对其反应温度、Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度等条件进行优化，并检测了方法的敏感性、特异性及实用性。结果显示，该方法在68.2℃、6 mmol/L Mg~(2+)、1.6 mmol/L dNTPs条件下达到最佳，40 min内完成检测并可通过肉眼判定结果，对细菌的最低检测限为6.7×10~(-1) cfu/μL，对lktC重组质粒的最低检测限为7.9×10~2 copies/μL，敏感性高；与15种病原均不发生交叉反应，特异性好；对背景清晰小鼠肺组织样本检测结果显示该方法实用性良好，且优于普通PCR方法。表明该方法可快速、高效检测牛溶血性曼氏杆菌。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张静 施慧 谢建军 许文军
从浙江宁波的发病鲈鱼(Lateolabraxjaponicus)分离到1株致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)LY-1。从该菌的DNA样本中成功扩增出大小为873 bp的ToxR基因片段。DNA序列分析表明:该序列与已登录哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)ToxR基因同源性为96.57%,与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)、鳗弧菌(V.anguilarum)、创伤弧菌(V.vulnificus)、费氏弧菌(V.fisheri)、溶藻胶弧菌(V.alginolyticus)、霍利斯弧菌(V.hollisae)、拟态弧菌(V.mimicus)、河弧菌(V.fl...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
车勇良 陈如敬 王隆柏 江斌 吴学敏 刘玉涛 严山 庄向生 周伦江
【目的】建立一种可快速检测副猪嗜血杆菌的环介导等温扩增(LAMP)方法。【方法】根据GenBank中副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白(PalA)基因序列,在其保守区域设计外引物、内引物和环引物用于LAMP检测。优化副猪嗜血杆菌LAMP检测的反应体系,在反应产物中加入SYBR GreenⅠ,对检测结果进行肉眼判定,建立副猪嗜血杆菌可视化LAMP检测方法,评价该检测方法的特异性、敏感性。用建立的副猪嗜血杆菌可视化LAMP检测方法对临床分离的8株不同血清型副猪嗜血杆菌进行检测。从疑似患副猪嗜血杆菌病的猪体内采集10种体液,用所建立的可视化LAMP检测方法进行检测。【结果】建立了副猪嗜血杆菌可视化LAMP...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赖多 王德林 邵雪花 秦健 庄庆礼 肖维强
【目的】建立余甘子果实斑点病菌快速、便捷、灵敏、可视的环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）检测方法,为该病害的风险预判和科学防治提供依据。【方法】以余甘子果实斑点病致病菌间座壳菌（Diaporthe phoenicicola）的翻译延伸因子EF-1α基因为靶序列,设计LAMP特异性扩增引物;以余甘子间座壳菌DNA为模板,优化反应温度、反应时间、d NTPs浓度、Mg2+浓度和内外侧引物浓度比,建立LAMP检测最佳反应体系,测试其特异性和灵敏性,并对余甘子发病果实进行实际检测。【结果】适用于余甘子果实斑点病LAMP检测的最佳引物为引物组合4（EF4-F3/EF4-B3和EF4-FIP/EF4-BIP）;LAMP检测最佳反应条件为d NTPs浓度1.0 mmol/L,Mg2+浓度4 mmol/L,内外侧引物质量比6∶1,反应温度63℃,反应时间50 min。优化后的LAMP检测方法可特异性地检出余甘子间座壳菌（D. phoenicicola）,检测灵敏度可达0.01 ng/μL,且在实际应用中准确率高达100%。【结论】首次建立了余甘子果实斑点病致病菌间座壳菌LAMP可视化快速检测方法,该方法特异性强、灵敏度高,操作简单,可用于田间余甘子果实斑点病菌的快速检测。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
廖梅杰 张正 荣小军 王印庚 刘智超 栾晶 李彬 王岚 陈贵平
根据哈维氏弧菌(Vibro harveyi)溶血素基因vhhP2的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测哈维氏弧菌的方法。构建含vhhP2基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为60℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个特异峰,扩增所得标准曲线为y=–3.331x+37.48,相关系数为0.998,扩增效率为1,最低可检测到7个拷贝。实验结果表明该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对哈维氏弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙晶晶 高晓建 张晓君 马丽娜 阎斌伦 白雪松 赵佳铭 毕可然 秦蕾
本研究检测了分离自发病大菱鲆、半滑舌鳎及鲤鱼的22株病原鳗弧菌(Vibrio anguillarum)毒力相关基因的携带情况,并建立了病原鳗弧菌的分子生物学检测方法。以PCR方法检测8个毒力相关基因的分布,结果显示,22株病原鳗弧菌均可扩增出6个基因(emp A、vah1、vah4、fla A、rtx A和ton B)目的条带,未扩增出vir A和ang M基因;针对vah4和rtx A设计引物进行双重PCR扩增,同一PCR反应体系可扩增出两条目的条带,灵敏度为2.4×103 CFU/ml,对照菌无任何扩增条带;以vah4设计引物进行LAMP扩增,病原鳗弧菌可扩增出阶梯状条带,呈现阳性反应,6...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙晶晶 高晓建 张晓君 马丽娜 阎斌伦 白雪松 赵佳铭 毕可然 秦蕾
本研究检测了分离自发病大菱鲆、半滑舌鳎及鲤鱼的２２株病原鳗弧菌（Ｖｉｂｒｉｏ ａｎｇｕｉｌｌａｒｕｍ）毒力相关基因的携带情况，并建立了病原鳗弧菌的分子生物学检测方法。以ＰＣｒ方法检测８个毒力相关基因的分布，结果显示，２２株病原鳗弧菌均可扩增出６个基因（ｅｍＰａ、Ｖａｈ１、Ｖａｈ４、ｆｌａａ、ｒｔｘａ和ｔｏｎｂ）目的条带，未扩增出Ｖｉｒａ和ａｎｇｍ基因；针对Ｖａｈ４和ｒｔｘａ设计引物进行双重ＰＣｒ扩增，同一ＰＣｒ反应体系可扩增出两条目的条带，灵敏度为２．４×１０３ Ｃｆｕ／ｍｌ，对照菌无任何扩增条带；以Ｖａｈ４设计引物进行ｌａｍＰ扩增，病原鳗弧菌可扩增出阶梯状条带，呈现阳性反应，６株对照菌无阶梯．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
庞耀珊 谢芝勋 谢丽基 谢志勤 邓显文 刘加波 彭宜 范晴
根据环介导等温扩增(LAMP)技术原理,针对奥尔森派琴虫(Perkinsus olseni)的5.8 S核糖体RNA与内转录2间隔区序列,设计了6条特异性LAMP扩增引物,分别为两条外引物F3和B3、两条内引物FIP和BIP、两条环引物LF和LB。通过对反应条件的优化,建立了一种适用于贝类奥尔森派琴虫的可视化LAMP检测技术。该技术只对奥尔森派琴虫发生扩增反应,产生黄绿色荧光扩增产物,对其他对照DNA样品无扩增反应,不产生黄绿色荧光。对F3和B3外引物扩增产物进行测序分析,其序列与Gen-Bank中奥尔森派琴虫序列一致,检测结果具有高度特异性。对奥尔森派琴虫质粒DNA的最低检测量为100 fg...
关键词：
派琴虫 贝类 LAMP 荧光反应 检测
[期刊] 西南农业学报
[作者]
何苹萍 赵永贞 陈秀荔 张彬 黄婷 彭敏 杨春玲 杨彦豪 李咏梅 邵朋威 陈晓汉
研究基于哈氏弧菌HSP60基因序列设计1对特异性引物,通过优化PCR条件,特异性及敏感性检测,建立了一套哈氏弧菌特异性PCR检测方法。结果表明,该PCR检测方法可使分离自患病南美白对虾的哈氏弧菌扩增出238 bp的HSP60基因片段,其他五种对照病原弧菌未扩增出任何条带;检测方法最低能检测出2.1 pg的哈氏弧菌基因组DNA。表明建立的哈氏弧菌PCR检测方法可用于该菌引起的水产动物疾病的快速诊断。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈吉祥 杨慧 颜显辉 钟英斌 张晓华 李筠
从山东沿海的发病鲈鱼(Lateolabrax japonicus)分离到1株致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi),从该菌的染色体DNA扩增出一条长约1.4 kb的特异性片段。DNA序列分析表明,该克隆片段含有完整的1 254 bp溶血素基因,该溶血素基因与哈维氏弧菌VIB645的溶血素基因VhhA和VhhB的相似性分别为99.0%和98.5%;与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)热稳定性溶血素基因(TDH)的相似性为74.5%;与拟态弧菌(V.mimicus)、创伤弧菌(V.vulnificus)、霍乱弧菌(V.cholerae)磷脂酶基因的序列相似性分别为57.4...
关键词：
哈维氏弧菌 溶血素 基因克隆 海水环境
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘衍鹏 黄冠军 刘天强 李爱华 肖丹
根据弧菌属细菌(Vibrio spp.)共有的rpo A基因序列,比对和设计了一对PCR引物,建立了能够快速而准确地检测弧菌属细菌的通用PCR检测方法,该方法对靶标DNA的检测灵敏度为58 fg/μL,对菌液的检测灵敏度为2.7×102cfu/m L,能够区分该属细菌与其它属的细菌,具有极高的特异性。使用建立的方法对分离自南美白对虾的病原菌进行了检验,并结合16S r DNA序列分析,结果显示待检测病原均为弧菌属的细菌,与测序结果一致,说明该检测方法可用于弧菌属细菌的检测和诊断。
关键词：
弧菌属细菌 rpo A基因 特异性 检验
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘晓丹 肖自东 孙威 李席席 周一凡 张晓君
根据NCBI已发表的维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)促旋酶B亚单位基因gyrB和编码细菌RNA聚合酶σ70因子基因rpoD的保守序列设计引物,建立了一种快速检测青虾源维氏气单胞菌的双重PCR检测方法。结果显示:青虾源维氏气单胞菌gyrB和rpoD基因PCR扩增产物大小分别为815 bp、554 bp,而对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、哈维弧菌(Vibrio harveyi)、副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus)、需钠弧菌(Vibrio natriegens)、非O1霍乱弧菌(non-O1 Vibrio cholerae)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)扩增结果皆为阴性;灵敏性试验结果显示该方法检测到的最低菌体DNA量为1.8×10~(-2) ng/μL,且10份送检样本检测结果与传统细菌分离鉴定结果相一致。结果表明,双重PCR检测方法特异性好、灵敏性高,适用于青虾源维氏气单胞菌的快速检测。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
蓝燕 农花萍 彭子嘉 陆颖 李坤蓬 徐勇 余仲东
[目的 ]为实现北美栅锈菌和松杨栅锈菌快速有效的鉴别及鉴定。[方法 ]本研究根据两种锈菌的28SrDNA基因序列设计若干组LAMP引物。经筛选得到的引物以北美栅锈菌、松杨栅锈菌、图拉斯叉钩丝壳菌、芍药白粉菌、梨胶锈菌、羊肚菌、金针菇的基因组DNA为模板进行LAMP反应并完成特异性检测；首先建立初始LAMP反应体系，再进一步优化LAMP反应体系的组分和反应条件，加入羟基萘酚蓝实现可视化检测；最后确定检测体系灵敏度。[结果 ]表明，筛选出的引物具有特异性；25μL北美栅锈菌LAMP检测体系最佳Mg2+浓度为6 mmol·L~(-1)，最佳内外引物比例为8:1，最佳dNTPs浓度为1.2 mmol·L~(-1)；同样地，25μL松杨栅锈菌LAMP检测体系最佳Mg2+浓度为4 mmol·L~(-1)，最佳内外引物比例为6:1，最佳dNTPs浓度为1 mmol·L~(-1)。加入160μM羟基萘酚蓝（HNB）可清晰地指示反应结果，两种检测体系在61℃条件下，分别反应30 min和40 min可实现目视判断结果，且灵敏度分别可达34 fg·μL~(-1)和60 fg·μL~(-1)。[结论 ]通过建立两种锈菌的可视化LAMP-HNB检测体系可实现对北美栅锈菌和松杨栅锈菌进行区分及鉴定，为快速鉴定和区分重要杨树锈病提供了技术支撑和实践参考。
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