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[期刊] 水产学报
[作者]
徐芝亮 吴灶和 简纪常 黄郁葱
运用RAPD分型和BOX分型分子方法研究患病的海水鱼类体内和海水环境的101株哈维氏弧菌的分子遗传多样性。结果显示,从10个RAPD引物中发现只有PM2引物的分辨率和重复性较好,出现15条不同RAPD条带,在相似度65%下,101株哈维氏弧菌可以分为18种不同型;BOX分型出现20条不同的条带,在相似度为40%的情况下,可以把101株哈维式弧菌分15种不同的型;综合RAPD PM2和BOX分型,发现在相似度50%下,101株哈维氏弧菌可分18种型。综合RAPD和BOX分型数据可以很好地克服各自的缺点,得到更加准确的分型结果。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
瞿诗雨 卢昇 陈松林 刘洋 周茜 王磊 徐文腾 宋煜
哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)患“烂身病”的主要致病菌，每年6―8月发病率极高，严重影响了该品种养殖业的可持续发展。因此，培育抗病良种是豹纹鳃棘鲈养殖业的迫切需求。为评估豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数，本研究基于高密度单核苷酸多态性位点构建的基因组亲缘关系矩阵，使用4种模型(BLM、BTM、LLM和LTM)拟合了2种抗病表型(测试日性状，TDS；二元死亡存活性状，TS)，并用约束最大似然法(REML)估算方差组分。经分析，豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传力为0.182～0.486，属中高遗传力性状，加性遗传方差为0.071～0.262。其中，利用线性模型(BLM和LLM)估算的遗传力分别为0.382和0.476，利用阈值模型(BTM和LTM)估算的遗传力分别为0.182和0.207。表明可以通过遗传选育提高豹纹鳃棘鲈抗弧菌能力。对不同模型估算的基因组估算育种值(GEBV)进行相关性分析，不同模型拟合同种抗病表型时，GEBV之间相关系数> 0.9，属于高强度正相关关系，表明使用同种表型定义时，阈值或线性模型对GEBV排名影响很小。对不同模型估算的GEBV与不同表型进行相关性分析的结果显示，纵向模型(LLM和LTM)估算的GEBV与表型TS之间的相关系数高于横截面模型(BLM和BTM)，说明表型TDS可能比表型TS更适合作为抗病表型。此外，在线性模型中，使用表型TDS和表型TS估算的GEBV之间的相关系数<0.85，说明采用2种表型定义下估计的豹纹鳃棘鲈抗哈维弧菌GEBV排名不一致。但基于表型TDS估算的GEBV与表型TS之间的相关系数较强(0.824)，表明使用表型TDS和纵向模型(LLM)估算豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数更有优势。本研究补充了豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌遗传参数研究，为豹纹鳃棘鲈抗哈维氏弧菌良种选育提供了参考。
关键词：
遗传参数 遗传力 豹纹鳃棘鲈 哈维氏弧菌
[期刊] 华北农学报
[作者]
张斌 闫伟
在外生菌根研究中,外生菌根真菌遗传多样性是近几年研究的热点之一。随着新技术的应用,特别是分子标记的引入使得外生菌根真菌遗传多样性研究飞速发展。文章就分子标记在外生菌根真菌遗传多样性中的运用作了综述,为以后相关研究提供帮助。
关键词：
分子标记 外生菌根真菌 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
秦国夫 赵俊 田淑敏 JarkkoHantula
从北美、欧洲和中国收集 2 3个高卢蜜环菌菌株 ,PCR扩增其rDNA的IGS和ITS区域 ,用AluⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ和TagⅠ四种限制性内切酶进行酶切 ,同时结合随机扩增微卫星 (RAMS)多态性 ,对北半球的高卢蜜环菌的遗传多样性进行了分析。结果发现了高卢蜜环菌的 6种IGS RFLP图谱类型 ,其中gal(B)和gal(D)是国内外尚无报道的新的IGS RFLP型。RFLP系统树发现该种有明显的大陆之间遗传分化 ,存在中国、欧洲、北美和亚洲 4个亚群体。RAMS分析表明北半球高卢蜜环菌存在亚洲、欧洲、北美 中国和北美 欧洲等 4个高卢蜜环菌发育系 ,而且不同大陆的高卢蜜环菌具有较...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张羽 张晓娟 李英 谌国鹏 孙晓敏
为探索ＳＣＯＴ标记在油菜遗传多样性研究中的应用，本利用３６对有多态性的ＳＣＯＴ标记和在油菜多样性分析中广泛使用的３０对ＳＲＡＰ标记，对６５份陕南地区甘蓝型油菜高代材料进行遗传多样性分析。结果表明，ＳＣＯＴ标记平均每个标记检测到５个等位变异，每个ＳＣＯＴ位点的遗传多态性信息含量在０．２８～０．８１，平均值为０．５７，供试材料的遗传相似系数集中在０．５６～０．８９。平均每个ＳＲＡＰ标记检测到４个等位基因，每个ＳＲＡＰ位点的遗传多态性信息含量在０．１７～０．８５，平均值为０．５１。供试材料的遗传相似系数集中在０．５０～０．８８。本试验得出，ＳＣＯＴ标记的聚类结果和ＳＲＡＰ标记近似，ＳＣＯＴ标记的多态．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
周连第 兰彦平 韩振海
板栗为中国栗属的代表种,广泛分布于中国的寒温带、温带和暖温带,其分布区地形复杂,由于条件各异,形成了极其丰富的板栗品种。采用AFLP技术对收集到的86个板栗品种进行了分子水平的遗传多样性研究,结果表明,供试板栗群体间的遗传多样性(Dst)为0.072 8,群体内遗传多样性(Hs)为0.080 4,群体分化系数Gst为0.475 3,基因流Nm为0.452 9,供试板栗群体内分化比较严重。通过对AFLP分析的各个步骤进行反复试验,证明了以AFLP-荧光法来分析板栗品种资源分子水平遗传多样性是可行的方法。
关键词：
板栗 AFLP 遗传多样性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王玲 叶冬梅 包文泉 白玉娥 吴晓萌 孙昊田
基于cpDNA分子标记对白杄天然分布区(内蒙古自治区、山西省和河北省)内的9个群体进行遗传多样性及亲缘关系研究.结果表明:正蓝旗群体的遗传多样性最高,小五台山群体的遗传多样性最低;白杄9个群体的Fst为1.033%,Nm为6.172 6;白杄群体的遗传变异主要存在于群体内部,群体间存在广泛的基因交流且不易受环境影响.多伦群体的多态位点数(S)最多,对环境变化的适应能力更强;机械林场群体的单倍型个数(H)和单倍型多样性(Hd)最丰富,遗传多样性高于其他群体;大石洞群体与正蓝旗群体的遗传距离(D)最小(D=0.000 8),机械林场群体与小五台山群体的遗传距离(D)最大(D=0.016 0);根据群体遗传距离进行聚类,在0.365 24～0.397 88取值时分为3类,河北的机械林场群体自为一类,内蒙古的九峰山群体与山西的小五台山群体聚为一类,其他6个群体聚为一类.
关键词：
白杄 cpDNA 聚类分析 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
彭木 王秋玉 闫绍鹏
桦剥管菌Piptoporus betulinus作为一种褐腐真菌,是白桦木材的专性腐朽菌,在工业污染物降解和医药领域中起着重要作用。以桦剥管菌为材料,在SRAP-PCR体系优化的基础上,对来自东北主要林区(带岭、塔河、帽儿山以及敦化)不同种群的桦剥管菌进行遗传多样性分析,为桦剥管菌多态性鉴定以及进一步利用提供理论依据。结果表明:用单因素法及均匀设计法优化后的SRAP-PCR体系为10×Buffer 2.0μL、Primer各8μmol/L、dNTP 16 mmol/L、Taq polymerase 2.5
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘佳 张梦雅 任世龙 王永芳 马继芳 全建章 刘磊 董志平 白辉 李志勇
了解谷瘟病菌的变异和群体结构，为今后谷瘟病的防控及抗病品种培育提供理论基础。利用20对SRAP引物对采自9个地区的90株谷瘟病菌菌株进行了PCR扩增，利用NTSYSpc-2.11F软件进行数据分析，通过UPGMA方法进行聚类分析，使用Popgene 32软件计算各群体间的遗传多样性指数。结果表明，筛选出了8对引物用于谷瘟病菌的遗传多态性分析，这8对引物共扩增出条带1 728条，其中多态性条带1 492条，多态性比率为86.34%。对90株病原菌进行聚类分析，其相似性系数为0.77～0.85,遗传相似系数为0.802时，所有菌株被分为27个遗传宗谱(L1～L27),其中L1为绝对优势组群，共包含来自山东、河北、山西、河南和辽宁5个省份的29株谷瘟病菌，占总菌株的32.22%。经Popgene 32软件计算分析，9个地区谷瘟病菌的Nei′s遗传多样性指数(H)为0.141 4～0.288 1,Shannon′s信息指数(I)为0.196 0～0.441 6,河北夏谷区Nei′s遗传多样性指数和Shannon′s信息指数最高，遗传多样性最丰富，而海南群体遗传多样性最低。对不同地区谷瘟病菌群体比较，吉林群体与海南群体的遗传亲缘关系最远，而河北夏谷区群体与河北春谷区群体的亲缘关系最近。可见，不同地区谷瘟病菌的遗传多样性丰富，各菌株间存在遗传分化，但菌株间的遗传分化与地理来源无明显相关性。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
孙常青 屈非 王晋 韵晓冬 李新凤
为明确美丽组尖孢镰孢菌和李瑟组镰孢菌种间和种内的差异与亲缘关系,以采自不同寄主的57株镰孢菌(Fusarium)为研究对象,采用ISSR-PCR标记技术对其进行遗传多样性分析,结果表明:利用11条引物对供试的3种菌株进行ISSR-PCR扩增,共扩增出121条条带,其中多态性位点为117个,多态性比例为96.7%,平均每条引物产生条带为11条。说明镰孢菌基因组DNA的SSR区域具有明显的多态性,镰孢菌的遗传多样性采用ISSR技术是可行的分析。聚类分析结果表明:57个菌株间的遗传相似系数为0.568～0.992,当相似系数为0.568时,供试菌株可明显分为两大类群,第一类群IG-I为1～35,全部为美丽组尖孢镰孢菌,第二类群IG-II为36～57,全部为李瑟组镰孢菌;第二类群又可以分为两大亚类群,第一亚类为轮枝镰孢菌,第二亚类为层生镰孢菌。ISSR类群划分与镰孢菌菌种分类之间具有一定的相关性,而与其地理来源无相关性。本研究镰孢菌种间与种内均表现出明显的遗传差异。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
彭斌 刘丽锋 吴会杰 田莉莉 周增强 古勤生
【目的】分析苹果轮纹病菌(Botryosphaeria berengeriana)的遗传多样性并确认其优势类群。【方法】对采集分离的64个菌株进行形态特征和致病性测定,对部分菌株的进行了ITS序列测序,采用ISSR分析这些菌株的遗传多样性。【结果】通过形态特征和致病性明确了所分离的64个菌株是苹果轮纹病菌。17个菌株ITS序列与贝格伦葡萄座腔菌(Botryosphaeria berengeriana de Not f.sp.piricola(Nose)Koganezawa et Sakuma)的序列一致,并且被分成两个类型H1和H2。用13条ISSR引物从64个菌株中扩增出121条条带,其中8...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
唐传红 张劲松 陈明杰 谭琦 曹晖 徐伟 潘迎捷
利用RAPD和酯酶同工酶技术对来自国内外的10个灵芝属代表菌株进行了遗传多样性分析。RAPD分析结果表明,在0.560的相似性水平上分成3个组:第1组包括密纹薄芝(1号)、两个灵芝(3号和4号)和两个无柄灵芝菌株(7号和8号);第2组包括灵芝(2号)、近拟鹿角灵芝(5号和6号)和紫芝(10号);第3组是树舌(9号)。这一结论与传统分类学结论基本一致。当相似性水平达到0.800时,上述10个菌株聚成8组,这与传统分类学中种的分类几乎一致。酯酶同工酶的分析结果表明,在0.560的相似性水平上,所有菌株分为两组:第一组是树舌(9号);其他菌株构成一组。这一结论与传统分类学结论也一致。当相似性水平达到...
关键词：
灵芝 RAPD 同工酶 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
李志真 谢一青 陈坚 郑伟文 陈启锋
DNA extracted directly from the living nodules of Casuarina cunninghamiana, C.collina, C.glauca, Alnus cremastogyne, A.trabeculosa and Myrica rubra and also from 21 Frankia strains isolated from the root nodules of the actinorhizal plants in Fujian, including C. cunninghamiana, C.equisetifolia, C.gl...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张涛 郑家奎 徐建第 蒋开锋 吴先军 汪旭东
【目的】研究香稻品种的遗传多样性。【方法】利用分布于12条水稻染色体上的60个SSR引物和22个水稻功能基因标记检测了32个香稻品种的遗传多样性。【结果】60对SSR引物共检测出188个等位基因,其中有效等位基因数126个。每对引物等位基因数在2～6之间,平均为3.13个。多态性信息含量(PIC)变幅为0.116～0.744,平均为0.467±0.175。32个品种间的遗传相似系数在0.51～0.96之间,平均为0.697。聚类分析将32个香稻品种在遗传相似系数0.58处分为籼、粳两类,分类结果与品种系谱分析比较吻合。【结论】SSR分子标记在香稻品种遗传多样性分析和育种应用方面具有重要价值。功...
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