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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
潘克迈 秦雪瑞 刘雄恩
鉴于现行分子系统发育分析中为应用4-状态DNA进化马尔可夫模型而采取删除同源DNA多序列比矩阵中缺失位点的数据预处理方法导致进化信息丢失、序列间进化距离的偏低估计和重建进化树枝长估算等精确性降低的问题,本文借鉴统计学中参数估计的最大似然法,提出核苷酸最大似然插补比对缺失位点的数据预处理方法.通过对3组真实同源DNA序列和系统发育模拟试验生成的虚拟同源DNA序列,基于3种预处理方法分别进行进化距离估算、系统发育重建和重建进化树枝长误差的统计等对照测试和结果分析,证实核苷酸最大似然插补和最近邻插补的数据预处理方法可在一定程度上减小序列间进化距离的偏低估计,提高DNA分子系统发育重建树枝长估算的精确度,该方法优于现行的删除比对缺失位点的预处理方法.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
秦雪瑞 刘雄恩
针对分子系统发育重建时忽略同源DNA序列中的间隔位点导致进化信息丢失和序列间进化距离偏低估计的问题,基于最小进化原理并借鉴统计学中缺失数据处理的方法,提出核苷酸最近邻插补间隔位点,对插补后序列再运用4-状态DNA进化马尔可夫模型估算序列间进化距离的方法.对3组同源DNA序列在不同方法下进行距离估算的对照测试,结果表明:5-状态的F81+gap和F84+gap模型不能有效融合间隔所携带的indel信息,反而更加低估序列间距离;改进的同类模型F81+gap’则在一定程度上降低了距离的偏低估计,而核苷酸最近邻插补处理方法可以融合DNA突变中更多的indel信息.
[期刊] 统计与决策
[作者]
高洁 孙立新
一、简介利用状态空间模型中的Kalman滤波可以很好地解决时间序列模型的缺失数据问题。《存在缺失值的ARFIMA模型的最大似然估计》一文(高洁,《系统工程》2004年,第10期)通过修改Kalman滤波递推公式解决了长记忆ARFIMA模型的缺失数据问题,得到了存在缺失值
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张大勇 王长彪 易金鑫 何晓兰 马鸿翔
自从大豆全基因组测序完成和序列公布之后,阐明每个基因的生物学功能和调控网络成为当前的主要任务。基于Perl脚本开发了一套可以高通量、快速提取序列的程序,该程序可以批量提取大豆染色体某个区间的核苷酸序列并利用其他工具进行批量分析,还可用于某个基因在全基因组中的所有序列分析。本研究分别对大豆第4染色体Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间的基因序列和水通道蛋白基因家族成员TIP(液泡膜水通道蛋白)序列进行提取。结果发现:Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间共含有112个基因序列;大豆全基因组共有91个TIP基因,在20条染色体上均有分布,且...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙广宇 彭友良 李振歧 张天宇
讨论了将核苷酸序列分析应用于真菌系统学研究的优越性,分析了分子系统学在解决一些传统分类学难题中的作用,并对分子系统学与传统形态分类学之间的关系提出了作者的观点。
关键词：
核苷酸序列 系统发育 真菌 核糖体
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张雪寒 何孔旺 周俊明 俞正玉 倪艳秀 陆承平
【目的】猪链球菌2型(Streptococcus suis type2,SS2)为一种重要的人兽共患病病原,次黄嘌呤核苷酸脱氢酶(IMPDH)为SS2新近鉴定的一个蛋白,本文旨在体外构建基因缺失株明确IMPDH与SS2致病力的相关性。【方法】选用自杀性质粒,通过体外构建具有同源臂的重组自杀性质粒,电转化进入SS2,经同源重组,获得impdh基因缺失株。通过接种不同敏感动物,明确缺失株致病力的变化。【结果】经过PCR鉴定,impdh基因被氯霉素(cat)选择标记基因表达盒所代替,Western blot鉴定结果显示,IMPDH单抗没有检测到相应的IMPDH蛋白。SS2-H(△IMPDH)对6种糖...
[期刊] 统计与决策
[作者]
杨帆 庞新生
随着研究中对数据质量要求的提高,缺失数据相关问题也越来越受到重视。文章主要论述了处理缺失数据的方法之一——分数插补法的理论基础,并在此基础上研究了分数热卡插补法及其方差估计,同时使用模拟数据,对分数热卡插补法的实现过程做了模拟研究。通过对比实验,可以得到分数热卡插补法能够在保证原有数据分布的基础上,减少因插补造成的偏差,提供更加准确的插补结果。
[期刊] 统计与决策
[作者]
庞新生
文章将抽样调查中由于项目无回答所形成的缺失数据作为研究着眼点,从矩阵运算的角度分析了此类缺失数据带来的危害,在此基础上,对缺失数据插补处理方法的基本问题进行了讨论,分析了各种单一插补方法特点及局限性,并介绍了简单随机抽样、分层随机抽样条件下缺失数据多重插补的抽样推断方法,在此基础上,对常用的单一插补和多重插补方法进行了比较,并对简单随机抽样、分层随机抽样条件下缺失数据单一插补与多重插补方法的效率进行了实证研究与比较。
[期刊] 统计与决策
[作者]
杨帆 庞新生
随着研究中对数据质量要求的提高,缺失数据相关问题也越来越受到重视。文章主要论述了处理缺失数据的方法之一——分数插补法的理论基础,并在此基础上研究了分数热卡插补法及其方差估计,同时使用模拟数据,对分数热卡插补法的实现过程做了模拟研究。通过对比实验,可以得到分数热卡插补法能够在保证原有数据分布的基础上,减少因插补造成的偏差,提供更加准确的插补结果。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
程梦豪 Miroslava Karafiátová 孙昊杰 Kate?ina Holu?ová Jaroslav Dole?el 宋新颖 王海燕 王秀娥
【目的】开发纤毛鹅观草特异的寡核苷酸（oligonucleotide，oligo）探针，进一步完善纤毛鹅观草染色体鉴定技术。【方法】利用前期选育的普通小麦-纤毛鹅观草异附加系DA2S~(c)L和DA6S~(c)，通过流式分拣和基因组二代测序获得纤毛鹅观草染色体6S~(c)和染色体臂2S~(c)长臂的基因组序列，利用Reapeatexplorer2/TAREAN软件从中鉴定出卫星重复序列并设计成oligo探针，通过荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）分析所开发oligo探针的应用价值。【结果】本研究从6S~(c)和2S~(c)L 基因组序列中共鉴定出11个卫星重复序列并开发成11个oligo探针，oligo-FISH结果表明，其中6个探针可以在纤毛鹅观草染色体上产生明显杂交信号，而在小麦染色体上未产生明显杂交信号，可用于特异鉴定小麦背景中的纤毛鹅观草染色体或片段；对一套普通小麦-纤毛鹅观草异附加系oligo-FISH分析发现，oligo-2S~(c)L-163和oligo-6S~(c)-111仅在S~(c)基因组染色体上产生明显信号，可作为纤毛鹅观草S~(c)组特异探针；将oligo-2S~(c)L-161和oligo-2S~(c)L-163组合，对一整套二体异附加系进行双色oligo-FISH，构建了纤毛鹅观草染色体的oligo-FISH核型。【结论】本研究首次提供了纤毛鹅观草重复序列组成的初步信息，开发的探针对于特异鉴定纤毛鹅观草染色体、阐明纤毛鹅观草两个基因组的来源和分化、推动纤毛鹅观草优异基因的转移和利用有重要意义。
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱建勋 王继卿 胡江 刘秀 李少斌 闫伟 罗玉柱
为了分析绵羊ＫＡＰ１１－１基因的核苷酸序列变异，采用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ方法和ＤＮＡ测序技术检测了欧拉羊、甘肃高山细毛羊、滩羊、湖羊和青海细毛羊５个群体（７４９只个体）ＫＡＰ１１－１基因的单核苷酸多态性，同时分析了等位基因频率、遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等群体遗传特征。结果表明，５个绵羊群体的ＫＡＰ１１－１基因中共检测到Ｃ．９３Ｃ／Ｔ、Ｃ．２４０Ｇ／Ａ、Ｃ．２８５Ｃ／Ｇ／Ａ和Ｃ．３３１Ａ／Ｇ ４个单核苷酸多态位点，且Ｃ．３３１Ａ／Ｇ为非同义突变。等位基因Ａ在５个群体中出现的频率最高（８７．７０％），为优势等位基因，其次为等位基因Ｂ（基因频率为１１．０３％），等位基因Ｃ和Ｄ的频率最低（．．．
[期刊] 数理统计与管理
[作者]
王艳清 刘金灵
受控分枝过程是描述种群进化的一类重要模型,其中后代分布和控制分布决定了种群的进化特征,估计这些分布的参数对于过程的预测和控制至关重要。但在实际中,常常会由于观察的间断性或者资料丢失造成样本数据的断代缺失,这给参数估计带来一定的困难。本文主要是基于断代缺失数据,在一些正则假设条件下,推导了缺失样本的分布函数,基于EM算法,得到具有随机控制函数的受控分枝过程中若干参数的极大似然估计,并通过数值模拟验证了该方法的有效性。最后,我们利用此方法对2020年1月23日-2月16日杭州市COVID-19数据进行了实证分析,探索了COVID-19病毒在杭州市的传播机制,评价了疫情防控政策的实施效果。
[期刊] 统计与决策
[作者]
钱永江 秦永松
文章在数据缺失的情况下用两种不同的数据补足方式得到了"完全样本";进而给出了各自均值的经验似然的置信区间,并通过模拟比较了两种补足方式的优劣。
关键词：
缺失数据 经验似然 均值 置信区间
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄磊 俞咪娜 胡建坤 于俊杰 尹小乐 聂亚锋 陈志谊 刘永锋
【目的】分析稻曲病菌T-DNA插入突变体库中致病力减弱突变菌株B-726的生物学性状,分析其T-DNA插入位点的侧翼序列,克隆因外源基因插入被破坏正常表达的基因,为明确该基因在稻曲病菌致病过程中的作用奠定基础,并为稻曲病防治新途径的制定提供理论依据。【方法】通过测定突变菌株B-726生长速率、产孢能力及致病力检测,分析其生物学性状;Southern杂交分析B-726外源基因插入的拷贝数;利用HiTail-PCR获得T-DNA插入位点的侧翼序列;运用RACE-PCR技术,克隆与插入位点毗邻的基因全长;用半定量RT-PCR分析该基因表达情况。【结果】突变菌株B-726与野生菌株P1相比致病力极显著...
[期刊] 统计与决策
[作者]
彭海艳 李意芝 孟利军
文章通过多重插补方法对不同缺失率和缺失模式的多变量缺失样本进行插补,研究了多重插补误差与缺失率和缺失模式的依赖关系。结果表明,当缺失率为0～15%时,多重插补误差与缺失率呈线性关系;当缺失率大于15%时,两者呈偏离线性关系。多重插补误差与缺失模式的方差均值比呈正相关性,当方差均值比越大时,误差也越大。
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