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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
秦雪瑞 刘雄恩
针对分子系统发育重建时忽略同源DNA序列中的间隔位点导致进化信息丢失和序列间进化距离偏低估计的问题,基于最小进化原理并借鉴统计学中缺失数据处理的方法,提出核苷酸最近邻插补间隔位点,对插补后序列再运用4-状态DNA进化马尔可夫模型估算序列间进化距离的方法.对3组同源DNA序列在不同方法下进行距离估算的对照测试,结果表明:5-状态的F81+gap和F84+gap模型不能有效融合间隔所携带的indel信息,反而更加低估序列间距离;改进的同类模型F81+gap’则在一定程度上降低了距离的偏低估计,而核苷酸最近邻插补处理方法可以融合DNA突变中更多的indel信息.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
潘克迈 秦雪瑞 刘雄恩
鉴于现行分子系统发育分析中为应用4-状态DNA进化马尔可夫模型而采取删除同源DNA多序列比矩阵中缺失位点的数据预处理方法导致进化信息丢失、序列间进化距离的偏低估计和重建进化树枝长估算等精确性降低的问题,本文借鉴统计学中参数估计的最大似然法,提出核苷酸最大似然插补比对缺失位点的数据预处理方法.通过对3组真实同源DNA序列和系统发育模拟试验生成的虚拟同源DNA序列,基于3种预处理方法分别进行进化距离估算、系统发育重建和重建进化树枝长误差的统计等对照测试和结果分析,证实核苷酸最大似然插补和最近邻插补的数据预处理方法可在一定程度上减小序列间进化距离的偏低估计,提高DNA分子系统发育重建树枝长估算的精确度,该方法优于现行的删除比对缺失位点的预处理方法.
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张大勇 王长彪 易金鑫 何晓兰 马鸿翔
自从大豆全基因组测序完成和序列公布之后,阐明每个基因的生物学功能和调控网络成为当前的主要任务。基于Perl脚本开发了一套可以高通量、快速提取序列的程序,该程序可以批量提取大豆染色体某个区间的核苷酸序列并利用其他工具进行批量分析,还可用于某个基因在全基因组中的所有序列分析。本研究分别对大豆第4染色体Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间的基因序列和水通道蛋白基因家族成员TIP(液泡膜水通道蛋白)序列进行提取。结果发现:Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间共含有112个基因序列;大豆全基因组共有91个TIP基因,在20条染色体上均有分布,且...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙广宇 彭友良 李振歧 张天宇
讨论了将核苷酸序列分析应用于真菌系统学研究的优越性,分析了分子系统学在解决一些传统分类学难题中的作用,并对分子系统学与传统形态分类学之间的关系提出了作者的观点。
关键词：
核苷酸序列 系统发育 真菌 核糖体
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈琳琳 孔晓瑜 周立石 陈丽梅 喻子牛
以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharcabroughtonii)的核糖体转录间隔子ITS 1和ITS 2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21 91%、24 73%、28 20%和25 16%(ITS 1),27 02%、25 52%、25 52%和21 95%(ITS 2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现ITS 1和ITS 2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的ITS 1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入/缺失;对5种蚶科贝类的ITS 2相应片段进行比较,发现中间有75b...
关键词：
魁蚶 核苷酸序列 ITS1 ITS2
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
桂仁意 金爱武 高培军 曹福亮
为研究银杏Ginkgo biloba种内核糖体DNA内转录间隔(ITS)区序列的多样性,以具有代表性的10个银杏嫩叶样本为材料,提取基因组DNA后用特异性引物进行PCR扩增,并直接测定其ITS区序列。结果表明,银杏ITS区(内含5.8 S)总长度为1 224-1 226 bp,其中ITS-1长度为821-823 bp,5.8 S长度为162 bp,ITS-2长度为241 bp。在全序列范围内,可变位点有28个,占总核苷酸的2.3%,但简约信息位点仅6个,变异量仅有0.5%。银杏的不同样本之间ITS区序列表现出高度一致。图2参13
关键词：
植物学 银杏 内转录间隔 序列测定
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
程梦豪 Miroslava Karafiátová 孙昊杰 Kate?ina Holu?ová Jaroslav Dole?el 宋新颖 王海燕 王秀娥
【目的】开发纤毛鹅观草特异的寡核苷酸（oligonucleotide，oligo）探针，进一步完善纤毛鹅观草染色体鉴定技术。【方法】利用前期选育的普通小麦-纤毛鹅观草异附加系DA2S~(c)L和DA6S~(c)，通过流式分拣和基因组二代测序获得纤毛鹅观草染色体6S~(c)和染色体臂2S~(c)长臂的基因组序列，利用Reapeatexplorer2/TAREAN软件从中鉴定出卫星重复序列并设计成oligo探针，通过荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）分析所开发oligo探针的应用价值。【结果】本研究从6S~(c)和2S~(c)L 基因组序列中共鉴定出11个卫星重复序列并开发成11个oligo探针，oligo-FISH结果表明，其中6个探针可以在纤毛鹅观草染色体上产生明显杂交信号，而在小麦染色体上未产生明显杂交信号，可用于特异鉴定小麦背景中的纤毛鹅观草染色体或片段；对一套普通小麦-纤毛鹅观草异附加系oligo-FISH分析发现，oligo-2S~(c)L-163和oligo-6S~(c)-111仅在S~(c)基因组染色体上产生明显信号，可作为纤毛鹅观草S~(c)组特异探针；将oligo-2S~(c)L-161和oligo-2S~(c)L-163组合，对一整套二体异附加系进行双色oligo-FISH，构建了纤毛鹅观草染色体的oligo-FISH核型。【结论】本研究首次提供了纤毛鹅观草重复序列组成的初步信息，开发的探针对于特异鉴定纤毛鹅观草染色体、阐明纤毛鹅观草两个基因组的来源和分化、推动纤毛鹅观草优异基因的转移和利用有重要意义。
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱建勋 王继卿 胡江 刘秀 李少斌 闫伟 罗玉柱
为了分析绵羊ＫＡＰ１１－１基因的核苷酸序列变异，采用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ方法和ＤＮＡ测序技术检测了欧拉羊、甘肃高山细毛羊、滩羊、湖羊和青海细毛羊５个群体（７４９只个体）ＫＡＰ１１－１基因的单核苷酸多态性，同时分析了等位基因频率、遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等群体遗传特征。结果表明，５个绵羊群体的ＫＡＰ１１－１基因中共检测到Ｃ．９３Ｃ／Ｔ、Ｃ．２４０Ｇ／Ａ、Ｃ．２８５Ｃ／Ｇ／Ａ和Ｃ．３３１Ａ／Ｇ ４个单核苷酸多态位点，且Ｃ．３３１Ａ／Ｇ为非同义突变。等位基因Ａ在５个群体中出现的频率最高（８７．７０％），为优势等位基因，其次为等位基因Ｂ（基因频率为１１．０３％），等位基因Ｃ和Ｄ的频率最低（．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孔晓瑜 张留所 喻子牛 刘亚军 王清印
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (1...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
喻子牛 孔晓瑜 庄志猛 刘亚军 宋林生
以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄磊 俞咪娜 胡建坤 于俊杰 尹小乐 聂亚锋 陈志谊 刘永锋
【目的】分析稻曲病菌T-DNA插入突变体库中致病力减弱突变菌株B-726的生物学性状,分析其T-DNA插入位点的侧翼序列,克隆因外源基因插入被破坏正常表达的基因,为明确该基因在稻曲病菌致病过程中的作用奠定基础,并为稻曲病防治新途径的制定提供理论依据。【方法】通过测定突变菌株B-726生长速率、产孢能力及致病力检测,分析其生物学性状;Southern杂交分析B-726外源基因插入的拷贝数;利用HiTail-PCR获得T-DNA插入位点的侧翼序列;运用RACE-PCR技术,克隆与插入位点毗邻的基因全长;用半定量RT-PCR分析该基因表达情况。【结果】突变菌株B-726与野生菌株P1相比致病力极显著...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李月梅 邢莹 张守发 薛书江 郑秀红 吕舟
为了解东北三省猪附红细胞体基因的流行变异情况,本试验选取相对保守的16S rRNA核苷酸序列作为分析对象,采用酚仿抽提法提取吉林株、辽宁株和黑龙江株猪附红细胞体基因组DNA,用一对特异性引物扩增目的DNA,然后分别与pMD-18T载体连接并转化BL-21菌株,经重组质粒PCR鉴定后并测序,比较其核苷酸序列。从同源性分析结果可以看出,黑龙江株、辽宁株与广东株猪附红细胞体核苷酸同源性最高,均达到100%;吉林株与美国株猪附红细胞体的核苷酸同源性最高,为97%。系统进化分析结果显示,黑龙江株与辽宁株猪附红细胞体亲缘关系最近,而与吉林株猪附红细胞体较远。结果表明,吉林株、辽宁株和黑龙江株猪附红细胞体1...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭长虹 寺地徹
检测了Ae.speltoides和Ae.ovata叶绿体基因组的一个长度热点突变区的核苷酸序列,并与普通小麦、四倍体Ae.crassa以及Ae.squarrosa的相应序列进行了比较分析。从rbcL基因的终止密码子到cemA基因内的HindIII位点,Ae.speltoides和Ae.ovata的核苷酸序列长度分别为2808和2810bp。与四倍体Ae.crassa的序列相比,在普通小麦和Ae.speltoides中各有一个791bp的大片段缺失,在Ae.ovata中存在一个793bp的大片段缺失。Ae.ovata的缺失片段比普通小麦和Ae.speltoides的长2个碱基,推测Ae.ovat...
[期刊] 水产学报
[作者]
于凌云 白俊杰 叶星 李胜杰 李小慧
采用PCR技术和基因组步移技术从大口黑鲈基因组DNA中扩增得到MyoD基因及其5′调控区序列。该基因序列全长3 797bp,其中5′调控区长1 077bp,MyoD基因转录区由3个外显子(分别为591、81和78bp)和2个内含子(分别为1 077和486bp)组成。5′调控区含有与肌肉特异性基因转录密切相关的转录调控元件E box、肌细胞增强因子2(MEF2)、肌肉特异性金属硫蛋白结合位点(MTBF)及一些转录反应调控元件(TATA box、OCAAT box、OCT1、PRE、AP4、Pit1)。运用PCR-SSCP技术和直接测序法进行大口黑鲈MyoD基因SNP位点筛选,结果表明MyoD基...
关键词：
大口黑鲈 MyoD SNPs 筛选
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑俊斌 张凤英 马凌波 陆亚男
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS)区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum)等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%~99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum...
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