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[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈明 罗洪林 朱佳杰 王瑞 甘西 罗永巨 李莉萍
以吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼的血液为试验材料,采用抑制性消减杂交技术(SSH)构建YY超雄罗非鱼和XY雄鱼的消减文库。采用PCR方法评价文库的质量后,通过DNA测序技术对204个克隆进行测序,经手动去除载体和引物序列后获得86条Contig,应用BLASTX和BioGPS程序对所获Contigs进行生物信息学分析。成功构建了吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼消减文库,文库库容量(CFU)为3860,库重组率为95%,所获得的DNA片段集中分布在400~650 bp之间。获得31条罗非鱼序列,19条非罗非鱼序列,36条序列未发现同源蛋白,可能为YY罗非鱼的新基因。对罗非鱼种属的25条差异序列进行...
关键词：
吉富罗非鱼 超雄鱼 消减文库 差异基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
蔡更元 陈瑶生 李加琪 张豪 王翀
【目的】寻找肉质性状候选优势表达基因,研究猪肉质优良性状的遗传基础和分子机制。【方法】利用抑制性消减杂交技术构建蓝塘猪和大白猪肌肉组织差异表达的消减cDNA文库,利用实时荧光定量PCR法研究基因的差异表达。【结果】获得61个有效克隆。对整个文库进行测序分析,获得47条有效序列。用BLAST在线软件与GenBank和GenBank EST等数据库进行同源序列比较,发现其中有2条未知序列。对文库中所包含的MYL1、LDHA、KPNA3、TPM3、HUMMLC2B、GNTN和Oaz等基因进行了实时荧光定量PCR检测,结果显示MYL1、LDHA、KPNA3、TPM3和HUMMLC2B这5个基因在蓝塘猪...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谢正露 沈学怀 刘琳 殷复建 马海田 范红结
【目的】检测健康C57BL/6和A/J小鼠常规免疫指标,构建脾脏消减cDNA文库并筛选差异表达基因,以探讨两品系小鼠对猪链球菌抗病性差异的分子机制。【方法】利用ELISA法检测血清常规免疫指标,抑制性消减杂交(suppression subtraction hybridization,SSH)技术构建8周龄小鼠脾脏差异表达基因的cDNA文库。【结果】试验结果表明,A/J品系小鼠血清中IgA水平明显高于C57BL/6品系小鼠(P<0.05),而血清IgG和IFN水平在两品系小鼠间均无显著差异。对筛选的149个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后获得56条差异表达序列标签(ES...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谢正露 沈学怀 殷复建 刘琳 马海田 范红结
为了分离与猪链球菌2型感染密切相关的基因,利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建了8周龄A/J小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库,并对其中169个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后共获得110条差异表达序列标签(EST)。利用GenBank的BLAST软件分析比较核酸和蛋白质同源性,发现共有36个基因与这些EST具有高度的同源性,它们分别参与细胞成分、免疫、信号转导、凋亡、转录等重要功能。这些差异表达基因主要有ATP/GTP结合蛋白1(Agtpbp1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒多肽5、核蛋白p68、ATP-依赖RNA解旋酶、真核生物转录因子2亚基(Ei...
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭爽 王雯 杨文才 沈火林
本试验对构建的辣椒育性恢复相关基因的消减cDNA文库进行质量分析。通过对文库构建过程中的各个环节,包括总RNA的提取,mRNA的分离纯化,RasⅠ酶切,接头连接,消减效率检测以及菌落PCR等,进行分析和评估,证明利用抑制消减杂交技术(SSH)所构建的消减文库是准确可靠的,富集了大量与辣椒育性恢复相关的基因,为进一步精确筛选、克隆、分析辣椒育性恢复相关基因奠定了基础。
关键词：
辣椒 恢复基因 抑制消减杂交 消减文库
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 陈韬 肖调义 陈立祥 章怀云
以致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染的1龄草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道组织为材料,应用抑制性差减杂交技术,构建了肠道组织的消减cDNA文库.以草鱼管家基因β-actin作为差减指标检测文库差减效率达2~(10)倍,表明感染细菌后某些差异表达基因得到了相应倍数的富集.将获得的cDNA片段连接到A/T载体,并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞.
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨永铨 张海明 梁宏伟 邹桂伟
综合系列观察研究,简要描述了尼罗罗非鱼(Orechromis niloticus)超雄鱼的形态构造、生长发育和繁殖功能、染色体组型以及DNA检测等方面的基本特征,说明尼罗超雄鱼的生物学特征与原系尼罗罗非鱼基本相同,一样具有较强的适应环境的能力。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张新中 吴灶和 简纪常 鲁义善
应用抑制性消减杂交技术(SSH)构建红笛鲷(Lutjanus sanguineus)头肾消减cDNA文库,筛选红笛鲷免疫相关基因的EST。以哈氏弧菌(Vibrio harveyi)灭活疫苗体内诱导红笛鲷为实验组,以注射无菌生理盐水的红笛鲷为驱动组,通过SSH技术构建红笛鲷头肾消减cDNA文库。利用PCR技术和斑点杂交对文库进行筛选,从2424个含插入片段的阳性克隆中筛选了680个克隆在上海生工进行了序列测定。使用BLASTx和BLASTn工具对获得的ESTs与GenBank数据库进行同源性比较并根据相似性序列的名称通过GO法对ESTs进行注释。结果获得了30个与红笛鲷免疫防御相关基因的EST,...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李世国 杨帆 吴倩倩 乔坤 佟少明 侯和胜
利用抑制消减杂交技术构建了潮间带绿藻孔石莼(Ulva pertusa)在干出胁迫状态下上调表达基因的消减cDNA文库。获得的阳性克隆经测序得到150条上调表达的EST片段,其中21条为冗余序列(RS),137条非冗余序列(NRS)。片段中最长833 bp,最短106 bp,平均长度364 bp。参与比对的EST片段按照其注释功能可分类为:细胞生长与发育、蛋白合成与分解、代谢过程、胁迫应答、光合作用与光诱导、转录调节、信号转导等相关基因。未知功能和无对比结果序列共60条,占非冗余序列的43.80%。比对相似度主要分布在20%~60%之间,主要与已经完成基因组测序的藻类或高等植物的氨基酸序列具有较...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴奎 梁宏伟 李忠 王丹 王春枝 邹桂伟
应用引物退火控制技术(ACP)筛选尼罗罗非鱼雌雄鱼肌肉组织差异表达基因,寻找与雌雄鱼肌肉生长发育相关的候选基因。本实验从同等条件下养殖的尼罗罗非鱼群体中随机选取雌、雄鱼各5尾组成RNA池,采用引物退火控制技术,分析了两组个体肌肉组织差异表达基因。利用20对随机引物差异显示扩增,共获得8条ESTs,其中5个已知的ESTs分别为转录变体3(LOC100691543)、60S核糖体蛋白(RL3)、小白蛋白β样蛋白、肌型肌酸激酶M2-CK和转录因子Sox4,其余3个为未知的ESTs。实时定量PCR分析各差异表达基因在尼罗罗非鱼雌雄肌肉组织中的表达发现,8个差异表达基因中转录变体3与ACP6-Y在尼罗罗...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ ａｎｎｕｌａＴａ）可以感染牛Ｂ淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞，并可使被感染细胞发生转化，体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库，筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞（即非转化宿主细胞）为试验材料，提取总ｒｎａ和ｍ ｒｎａ，反转录合成ｃ Ｄｎａ；然后分别作为ＴｅｓＴｅｒ和Ｄｒｉｖｅｒ，进行抑制性消减杂交（ｓｓｈ），构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库；对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息．．．
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
潘建菁 兰岚 庄伟建 蔡宁波 罗帮明 郭艳
利用抑制性消减杂交(SSH)技术,构建烤烟品种K326的茎叶抑制性消减cDNA文库.结果表明,文库的滴度为1.76×106cfu.mL-1,重组率为75%,随机扩增480个克隆,显示插入片段长度在200-1000 bp之间,符合建库的质量标准.
关键词：
SSH cDNA文库 烟草 茎叶
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何炎森 何玮毅 陈晓静
采用抑制消减杂交(SSH)技术,以多花水仙的栽培品种‘黄花水仙2号’黄色花瓣和‘金盏银台’白色花瓣的cDNA分别作为测试子和驱动子,建立正、反向抑制消减杂交cDNA文库.随机挑选正、反向文库各216个阳性克隆测序,对已知功能的uniESTs进行基因本体论(GO)分类分析,荧光定量PCR检测部分可能参与色素形成的uniESTs.结果表明:水仙花色差异表达正、反向消减文库经检验质量可靠,为分离花色形成相关基因奠定了基础;GO功能分类分析显示,水仙花色差异可能受到多个代谢途径的影响;经初步筛选得到11个与水仙花色形成相关的uniESTs,为进一步克隆基因全长和功能验证提供参考.
关键词：
多花水仙 花色 抑制消减杂交
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和m RNA,反转录合成c DNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息...
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
薛浩 张志宏 傅俊范 王丰 马跃
寒富苹果是沈阳农业大学育成的二倍体、抗寒大苹果品种,通过秋水仙素诱导获得寒富苹果同源四倍体在田间表现明显矮化等特性。为了探寻苹果同源四倍化后表型差异的分子机理,采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,分别建立寒富四倍体上调和下调表达cDNA文库。分别从这两个cDNA文库中各随机挑取200个阳性克隆测序,发现其中有211条序列与已知植物基因同源性大于80%,定量RT-PCR验证了部分uni ESTs的表达趋势和表达水平。初步筛选获得了与植株矮化相关的BKI1和DWF4基因,与植物光合特性相关的光系统II中的关键基因Psb Z;发...
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抑制消减杂交 苹果同源四倍体 矮化
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