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[期刊] 西南农业学报
[作者]
李治华 黄驰 王自鹏 姚英政 董琳 谢江 李浦 陈福生
宏基因组DNA提取是免培养方法研究微生物菌落多样性的基础。本研究对常用的几种微生物宏基因组DNA提取方法进行比较研究,并结合郫县发酵豆瓣酱的特点,开发出适合发酵豆瓣酱微生物宏基因组DNA提取的方法。结果表明,使用磷酸缓冲溶液(pH7.2)+溶菌酶+(蛋白酶K-SDS)+(CTAB-NaCl)提取的方法能有效提高发酵豆瓣酱微生物群落宏基因组DNA的质量和产率,宏基因组DNA能满足后续研究的要求。本研究对其他发酵食品宏基因组DNA提取也具有参考价值。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周评平 李治华 董玲 赵驰 朱永清
【目的】分析蚕豆瓣醅微生物多样性并比较与过去采用16S、ITS等扩增子测序的差异。【方法】利用de novo测序方法研究微生物菌群多样性。【结果】嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)是蚕豆瓣酱醅的优势微生物,相对丰度占一半以上(m OTUs方法为64.26%,Metaphlan2方法为50.80%),Metaphlan2方法发现破布子乳酸菌(Lactobacillus pobuzihii)也是优势菌株,其相对丰度为17.60%,另外,存在大量未分离到的微生物有待进一步研究。【结论】该方法能分析到蚕豆瓣醅微生物中种或菌株的水平,研究结果不仅为后续深入研究提供了技术支撑,而且对郫县豆瓣的微生物安全性评价提供了有效的方法。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
段嘉 程功 胡永飞 李晶 律娜 朱宝利
利用宏基因组学方法,以人肠道微生物样品为原材料,构建了1个约30 000个克隆的fosmid文库。以三丁酸甘油酯为底物,通过功能筛选,获得1个酯解酶阳性克隆。对该阳性克隆构建亚克隆,挑选具有酯解酶活性的阳性亚克隆进行测序分析,最终获得1个肠道微生物来源的酯解酶基因(GenBank登录号:JQ972699)。结果表明,文库克隆的平均插入片段约为40kb,没有重复插入片段克隆。获得的酯解酶基因推演蛋白与Pyramidobacterpiscolens W5455的patatin样磷脂酶同源性最高,氨基酸一致性为95%。生物信息学分析结果表明该基因可能通过Vd型分泌方式进行分泌并发挥功能。本研究是通过...
[期刊] 水产学报
[作者]
宁豫昌 吴祖芳 翁佩芳
鱼酱油是一种在东亚和东南亚地区被广泛使用的海鲜调味品,一般是以新鲜海鱼或虾为原料,并拌入大量的食盐(一般20%~30%),在开放环境下经过长期缓慢发酵而制成,具有味道鲜美、营养丰富等特点。传统的鱼酱油生产存在发酵周期过长、生物胺积累、产品品质不一致等问题,利用特定的微生物发酵剂有望解决上述问题。文章在概述传统鱼酱油生产工艺的基础上,着重介绍了传统鱼酱油中的产酶微生物种类,以及利用微生物促进鱼酱油发酵和改善鱼酱油产品品质的研究和应用情况。
关键词：
鱼酱油 微生物 发酵 品质
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李锡阁 周成翀 吴志新 王辉 罗燕儿 陈孝煊
从4种具有优良发酵豆粕能力的微生物(枯草芽孢杆菌、酿酒酵母、米根霉、产黄青霉)中筛选最优发酵菌株组合,以粗蛋白含量和大豆肽含量为评价标准,对发酵工艺条件进行优化,并对豆粕固态发酵前后的营养物质含量和抗营养因子变化进行分析。结果显示:枯草芽孢杆菌B-8和米根霉M-1为最优发酵菌株组合。复合发酵最佳发酵工艺条件为:枯草芽孢杆菌和米根霉同时接入到豆粕中,两菌株接种比例2∶1,发酵总接种量10%,发酵温度40℃,料水比1.0∶1.4(质量比),发酵时间96 h。豆粕经复合发酵后,发酵产物中大豆肽、粗蛋白、粗灰分、粗脂肪含量较发酵前均得到显著提升,水分含量显著下降,大分子蛋白质基本降解为10 ku以下的小分子,大豆球蛋白、β-伴大豆球蛋白和胰蛋白酶抑制因子含量显著低于未发酵豆粕。结果表明,豆粕经复合发酵后营养成分显著增加,抗营养因子含量显著降低,营养品质得到改善。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张旭 周丽 蔡敏 崔娜欣 庞思 邹国燕 赵志勇 袁泉 黄伟伟 张亚雷
养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成，于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标，同时基于宏基因组学技术分析了养殖期内水体中微生物物种组成及功能结构特征，并探讨了二者与环境因子的关系。结果显示，该养殖池塘在养殖中后期主要超标水质指标为pH、高锰酸盐指数、总磷和总氮。在养殖期水体中，6―8月的微生物群落多样性以及7―8月的微物群落丰富度处于较高水平，优势门为细菌中的变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和病毒中的尾噬菌体门(Uroviricota)，而在属水平上，丰度占比前10的优势属在多组之间均存在显著差异，如7月蓝藻门微囊藻属(Microcystis)细菌和8―10月的有尾噬菌体目(unclassified＿o＿Caudovirales)病毒丰度明显高于其他月份。微生物的主要功能为代谢功能包括能量代谢、全局和概览图、氨基酸代谢等，不同月份的功能组成存在显著差异，尤其是6―7月代谢途径丰度明显高于8―10月，而优势细菌变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是上述功能的主要贡献者。环境因子对微生物群落结构和功能组成的影响趋势一致，叶绿素a和pH是影响最显著的环境因子，溶解氧、总磷的影响作用稍弱。在养殖水体中，丰度占比较大的致病菌为肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。研究结果可为中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成研究提供基础数据，并可为养殖水质调控及生态系统构建提供理论依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
翟万营 汪倩 王佳华 陈良标
以中国第34次南极科考采集的中山站附近海域5个站点海水样品为研究对象，通过Illumina高通量测序，鉴定微生物组成和微生物群落结构，发现取样的中山站海水中变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）最为丰富，其次为蓝细菌（Cyanobacteria），属水平上黄杆菌属（Flavobacterium）和嗜冷杆菌属（Psychrobacter）含量最多，均超过20%。首次在南极海水中发现UBA1315属微生物，功能注释分析显示含有丰富的DNA修复基因，可能有助于适应南极恶劣环境。对中山站和罗斯海上层海水以及南北极不同地理位置海水微生物比较，发现变形菌门、拟杆菌门和蓝细菌在所有海水中普遍存在，变形菌门为优势菌，蓝细菌在南极海水中含量丰富，罗斯海上层海水比中山站海水微生物多样性丰富，且主要菌群丰度不同。本研究初步揭示了中山站附近海域微生物群落组成，为后续进一步研究南极中山站海水微生物资源调查和开发研究提供一定的基础数据。
关键词：
南极 中山站 微生物 宏基因组 适应
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
丁彦蕊 蔡宇杰 孙俊 饶志明 须文波
挑选了NCBI COG数据库中具有全基因组的单细胞微生物,选择其中三维结构已知的蛋白质作为研究对象,研究了盐桥数目和类型对古细菌和细菌类蛋白质耐热性的影响作用。结果表明:无论古细菌还是细菌类蛋白质,总盐桥含量和盐桥网络都随耐热性的提高而增加;古细菌类超高温蛋白质形成盐桥时对Asp的利用率比较高;细菌类耐热蛋白质形成盐桥时尽量利用带正电荷的Lys和带负电荷的Glu,而常温蛋白质尽量利用带正电荷的His和带负电荷的Asp;由于耐热蛋白质对带电荷氨基酸的利用率高,即使细菌类耐热蛋白质和常温蛋白质含有等量的带电荷氨基酸,其稳定性也会提高。
关键词：
全基因组 蛋白质 耐热性 盐桥
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
吕欣 王颖 赵德学 胡喜怀 郭志刚
【目的】探索烟用增香微生物对陕西烤烟理化指标和吸食质量的影响。【方法】采用本实验室从烟叶上分离筛选并保存的14株烟用增香微生物,通过接种微生物并在恒温恒湿条件下发酵,考察不同增香微生物对陕西烤烟烟叶理化指标及吸食质量的影响。【结果】经增香微生物处理后,烤烟烟叶各项主要理化指标均有不同程度的改变,LBT 1.0005等菌株可使烟碱含量降低,LBT 1.0001等菌株可使总糖和还原糖含量上升,而LBT 2.0003等菌株可使烟碱含量增加,LBT 1.0005和LBT 1.0013等菌株可使总糖含量降低,LBT 2.0003可使还原糖含量降低。评吸结果表明,经微生物处理后,陕西烤烟烟叶的烟气浓度、香...
关键词：
增香微生物 发酵 烤烟 烟叶品质
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵素君 曹冶 李江凌 张金灵 刘锐 王秋实 于吉锋
【目的】探究生猪养殖粪污在堆肥过程中耐药基因的消减规律。【方法】以猪粪和菌渣为发酵原料，进行有氧堆肥处理，在堆肥第1、4、8、12、16、22、29天，进行上、中、下分层多点采样，提取总DNA构建文库，经定量和检测合格后，进行宏基因组测序分析。通过宏基因组学方法对堆肥过程中耐药基因的动态变化进行分析。【结果】堆肥期间共发现613个耐药基因，分别对32类抗生素产生耐药。其中，丰度较高的抗生素分别为青霉烷类抗生素(Penam)、头孢菌素类抗生素(Cephalosporin)、氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside antibiotic)、磷霉素类抗生素(Fosfomycin)、糖肽类抗生素(Glycopeptide antibiotic)和四环素类抗生素(Tetracycline antibiotic)，这与现实中常用的抗生素种类相吻合。分析发现耐药基因的消减出现2个峰值，第一个峰值出现在试验起始时，在第4天迅速下降，然后在第12天(对照组)和第8天(实验组)达到第二个峰值，随着细菌的自然凋亡，耐药基因的丰度又下降到低值，慢慢消减下去。【结论】在堆肥过程中，生猪养殖粪污中耐药基因丰度呈现波动式消减。
关键词：
宏基因组学 粪污 发酵 耐药基因
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王巧华 陈卫华 熊利荣 刘俭英 陈守文 文友先
用VC ++6 .0开发出的微生物发酵过程集散控制系统 (DCS)软件由 5大功能模块即 5个线程组成 :主线程、采样线程、控制线程、报警线程和储存线程。主线程负责用户界面的创建和显示 ;采样线程按采样频率从输入模块采集数据 ;控制线程按控制频率对过程实施控制 ;报警线程根据异常情况启动报警服务程序进行多媒体报警 ;储存线程则负责把在线数据和异常时间储存到数据库 ,以便查询和分析。系统软件经现场中试 :发酵罐各参数的检测误差为± 0 .0 1,模糊控制器控制误差为± 0 .1,软件工作稳定可靠
关键词：
发酵 集散控制系统 软件
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
石其伟 刘强 荣湘民 谢桂先 彭建伟 喻夜兰 张玉平 陈煦
为了筛选出对水稻秸秆发酵效果较好的微生物菌剂,采用室内模拟堆肥的方法,研究了5组不同的微生物复合菌剂对水稻秸秆发酵效果的影响.结果表明,菌剂2,菌剂3,菌剂4促进了发酵原料升温的提前和高温期的延长,发酵30d后,3个处理的T值即(终点C/N)/(初始C/N)降到了0.6,种子发芽率达到了80%,木质素的降解率分别为16.68%,17.04%,16.82%;半纤维素的降解率分别为40.19%,42.05%,39.19%;纤维素的降解率分别为37.74%,37.23%,35.09%,比其他菌剂和对照效果好.
关键词：
微生物菌剂 水稻秸秆 发酵
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘遵春 包东娥 廖明安
通过添加Vc对传统的CTAB法进行改进,结果表明:在磨样时,1 g鲜样中添加0.10 g的Vc提取的DNA质量最高;最佳提取材料是嫩芽,其次是新梢和成熟叶片。
关键词：
金花梨 基因组DNA 提取
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郑雪芳 刘波 蓝江林 苏明星 卢舒娴 朱昌雄
【目的】通过调查微生物发酵床养猪基质垫层大肠杆菌及其毒素基因的数量分布变化动态,分析微生物发酵床对猪舍大肠杆菌的生物防治作用。【方法】分离不同使用时间、不同层次基质垫层的大肠杆菌,利用PCR特异性扩增UdiA基因来鉴定、检测大肠杆菌,并对大肠杆菌12种毒素基因进行多重PCR检测。构建大肠杆菌种群分布的动态模型,分析微生物发酵床对大肠杆菌病原的生防效果。【结果】从不同使用时间不同层次基质垫层分离鉴定出大肠杆菌419株,并从这些菌株中检测出59株携带毒素基因,毒素基因类型为8种。其中1个月基质垫层的毒素基因阳性检出率最高,为22.47%,其次是7个月基质垫料,为16.5%,最低的是9个月基质垫料,...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高金波 牛钟相
【目的】以小白鼠为实验动物模型、玉米秸秆为发酵床垫料,探讨发酵床垫料中的微生物对小鼠机体免疫功能的影响。【方法】将小鼠随机分为4组,第1—3组小鼠分别置于用不同微生物配方发酵的玉米秸秆垫料中饲养,第4组作为对照组,放入未发酵的垫料中饲喂。期间检测小鼠血清中的抗体效价、IL-4和IFN-γ的含量,血液中白细胞总数、淋巴细胞数量、红细胞总数及小鼠盲肠内乳酸菌数量,抗疲劳游泳时间等指标。【结果】发酵垫料组微生物能显著提高小鼠抗体效价和血液中红细胞数量、血红蛋白浓度及盲肠乳酸菌数量(P0.05);抗疲劳...
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