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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杜文兴 虞德兵 刘红林 练春兰 候水生 王林云
用双重抑制PCR技术分离11对鹅的特异微卫星引物,应用于浙东白鹅和太湖鹅的基因组PCR扩增。结果表明:11对引物在浙东白鹅和太湖鹅中分别扩增出37和36个清晰条带,20个等位基因为两品种所共有,11对引物中有5对呈中等多态、6对呈高度多态。各位点产生2～6个等位基因,各位点的平均杂合度为0.456～0.772,以G07位点为最高,G06位点为最低;平均多态信息为0.375～0.737,以G07位点为最高,G01、G03和G11位点为最低。浙东白鹅和太湖鹅有效等位基因数分别为2.655和2.558,与实际测得的两品种平均值3.364和3.273较接近。研究结果表明,两品种的等位基因分布较为均匀,...
关键词：
双重抑制PCR技术 微卫星标记 鹅
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨成 朱新平 郝君 孙效文
利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆。其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%)。从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记。采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2~20,期望杂合度变动范围为0.261 5~0.950 0。本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。
关键词：
鲮鱼 微卫星 富集法 多态性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
阮小凤 Gabi Krczal 杨勇
【目的】分离柿属植物的微卫星标记,为柿种质资源的分类、进化等遗传研究奠定基础。【方法】提取磨盘柿(Diospyros kaki)基因组DNA后,用EcoRⅠ和MesⅠ2种内切酶酶切并连接接头,再用接头特异引物进行PCR扩增。扩增产物与生物素标记的(GA)15和(AC)15探针杂交,杂交复合物用链亲和素包裹磁珠进行结合,得到单链DNA目标片段,经PCR扩增,连接pGEM-T载体,转化入感受态大肠杆菌,得到微卫星富集小插入片段DNA文库。用Colony-PCR法筛选阳性克隆,进行测序分析。【结果】测序96个克隆,54个含微卫星序列,24个为有效微卫星序列,其中完美型(perfect)9个,占37....
关键词：
柿 微卫星 磁珠富集
[期刊] 水产学报
[作者]
战爱斌 包振民 陆维 汪小龙 胡景杰
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物...
关键词：
仿刺参 微卫星标记 多态性 通用性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
匡刚桥 刘臻 鲁双庆 刘红玉 张建社 唐建洲
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集...
关键词：
鳜鱼 微卫星标记 富集文库
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 孙效文 梁利群
采用常规方法从鳙鱼(Aristichthysnobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件PrimerPremier5 0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。
关键词：
鳙鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 淡水渔业
[作者]
成为为 杨凯 高银爱 朱思华 李波 王青云 罗峰 夏儒龙 程颖红 邓国乔 郑翠华
利用９个多态性较高的微卫星标记对翘嘴鳜（Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔＳｉ）进行亲子鉴定分析。结果显示，２２个家系翘嘴鳜个体中共观测到９５个等位基因，其观测杂合度和期望杂合度的平均值（范围）分别为０．５７８（０．２１９～０．８００）和０．６０７（０．２００～０．８０６），多态信息含量（范围）为０．５５２（０．１８７～０．７８７）。通过软件ｃｅｒｖｕＳ统计分析得到９个微卫星座位累计排除率为９９．９６５８％，在２７个可能的父母对条件下，混养养殖家系后代个体鉴定准确率为９１％，研究结果表明筛选的这些多态微卫星分子标记可以用于翘嘴鳜优势家系的鉴定和分离，通过验证的微卫星标记建立的亲子鉴定技术为基础选育．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李绍戊 常玉梅 梁利群 孙效文
采用磁珠富集法与放射性杂交相结合开发团头鲂(Megalobrama amblycephala)基因组微卫星资源。以团头鲂基因组DNA为材料,经Sau3AⅠ限制性内切酶消化后,选取400~900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CA)15探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P标记的放射性同位素探针进行第二轮杂交。结果表明,共获得微卫星基因组文库2 000个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为50%;杂交后得到的阳性克隆为230个,占11.5%。从得到的230个阳性克隆中挑出120个进行测序,有94个克隆含有重复次数大于...
关键词：
团头鲂 微卫星 磁珠富集
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李文升 刘翠 鲁翠云 李超 孙效文
采用磁珠富集法、通过质粒检测法结合同位素杂交检测获得草鱼(Ctenopharyngodon idellu)三、四核苷酸阳性克隆1 378个,测序705个,共得到846个微卫星座位,其中完美型632个(占74.7%),非完美型114个(占13.48%),混合型100个(占11.82%)。根据微卫星侧翼序列设计并合成100对微卫星引物,检测结果显示35对(35%)引物在邗江野生群体中表现出多态性。选择其中20对多态性稳定的引物进行遗传多样性分析,结果显示,20个位点共检测到212个等位基因,平均观察杂合度(Ho)为0.681 1,平均期望杂合度(He)为0.797 5,平均多态信息含量为0.777...
关键词：
草鱼 微卫星标记 微卫星文库 多态性
[期刊] 水产学报
[作者]
孙效文 鲁翠云 梁利群
磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,回收纯化400～900bp片段,连上接头,构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记。本研究又通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所...
关键词：
磁珠富集 草鱼 微卫星分子标记
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
任宪云 刘萍 李健 李晓萍 韩智科 刘磊
选择三疣梭子蟹22个多态性高的微卫星标记,经过引物间的搭配、组合测试以及反应条件的优化(退火温度、Mg2+含量、dNTPs的浓度等参数),构建了多重PCR扩增技术体系。本研究最终建立了47个二重PCR组合,并在47个二重引物的组合基础上建立15个三重PCR组合,3个四重PCR组合。该多重PCR技术体系的建立为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供快速、有效分子检测技术。
关键词：
三疣梭子蟹 SSR 多重PCR体系
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
汤青萍 陈宽维 屠云洁 李慧芳 章双杰 赵东伟
利用22个微卫星DNA标记对中国15个地方白羽鹅种进行遗传分析。结果表明:22个微卫星标记中3个为高度多态座位,1个低度多态座位,其余均为中度多态座位。平均杂合度最高的是太湖鹅(0.710 5),最低的是皖西白鹅(0.583 8)。织金白鹅与溆浦鹅遗传距离最近,为0.041 7,而太湖鹅与四川白鹅最远,为0.725 9。通过UPGMA法15个地方白羽鹅聚为3大类:织金白鹅、溆浦鹅、闽北白鹅、右江鹅、莲花白鹅、武冈铜鹅、固始鹅、浙东白鹅、籽鹅聚为第一类,广丰白翎鹅、皖西白鹅聚为第二类;酃县白鹅、百籽鹅、太湖鹅、四川白鹅聚为第三类。本研究证明中国地方鹅群体的遗传多性样比较丰富,具有较高的选择潜力。
关键词：
鹅 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙效文 张晓锋 赵莹莹 张研 贾智英 常玉梅 鲁翠云 梁利群
微卫星标记的发展和利用极大地扩展了DNA分子标记应用的深度和广度,使探索生物性状遗传本质的研究发生了革命性变化。本文简要介绍了微卫星标记技术的发展及其在水产遗传与育种研究中的应用。首先回顾了微卫星克隆技术的发展,尤其是水产生物微卫星标记及技术的发展过程,以及水产生物微卫星序列的主要来源,并对微卫星标记与其他DNA分子标记在使用范围、难易程度等方面做了比较;其次探讨了微卫星标记在遗传连锁图谱的制备、性状分析及QTL定位、群体遗传学、进化遗传、种质鉴定与亲权分析、品种培育等6个研究领域的应用;本文还对几种DNA分子标记在操作上的难易程度、多态性程度、重复性与可比性等方面进行了比较,同时还分别阐述了...
关键词：
水产生物 微卫星标记
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
马海涛 鲁翠云 于冬梅 孙效文
采用新型的生物素-磁珠吸附微卫星富集法与传统的放射性同位素杂交法相结合的方式,研究了草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组中存在的微卫星资源。结果,从1 000个细菌中,挑出90个阳性克隆,把其中45个进行测序分析,在这些序列中共含有68个微卫星核心序列,有55个含有重复次数大于5次的微卫星核心序列。其中,单一型标记49个,占72%,包括CA重复单元共22个,GT重复单元共18个,其他重复单元为9个;在72%的单一型标记中,完美单一型微卫星标记为44个,占65%。另外,混合型标记共19个,13为完美混合型;在所有微卫星标记中,CA重复类型最普遍,依次为GT、GA等。在68...
关键词：
草鱼 生物素 磁珠 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
全迎春 孙效文 刘伟 梁利群 鲁翠云
通过磁珠富集的方法分离大口鲶(Silurus meriaionalis)的微卫星分子标记。将基因组DNA酶切,梯度离心收集400~900bp片段并纯化,连接Brown接头,用生物素标记的寡核苷酸(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,然后将这些片段洗脱,PCR扩增,进行克隆构建“基因组文库”,再通过同位素标记的探针(CA)15进行2次杂交筛选,所得到的阳性克隆测序。从所获得593个阳性克隆中选取178个经测序,97.19%(173个)含有微卫星序列,90.60%重复数在10以上,75.98%为完美型。除探针中使用的CA重复单元外,还观察到CT、GA、ATG的重复序...
关键词：
大口鲶 微卫星 磁珠富集
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