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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛钟相 常维山 唐珂心 姜世金
双歧杆菌(Bifidobacterium)为人和动物肠道中的主要正常菌群,它具有保障人和动物健康、增强胃肠道消化功能、促进新陈代谢和抗肿瘤等作用,日益受到人们的重视。细菌基因组DNA的提取是研究细菌遗传变异,建立DNA文库等分子生物学研究的基本方法。G+C mol%是细菌分类学和菌种鉴定的重要指标。笔者用巨量法和微量法相结合,提取了高纯度的双歧杆菌基因组DNA,并测定其解链温度(T_m)。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴丽婷 阮小蕾 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡青海 李刚 郑明球 蔡宝祥
采用苯酚－氯仿混合法，提取了鸭疫里氏杆菌（Ｒｉｅｍｅｒｅｌａａｎａｔｉｐｅｓｔｉｆｅｒ）血清１型Ｊｂ２株、Ｊｂ３株、未定型菌Ｔｂ１株以及鸭大肠杆菌Ｅ４株和大肠杆菌Ｋ１２株的基因组ＤＮＡ。用热变性法测得Ｊｂ２、Ｊｂ３、Ｔｂ１和Ｋ１２株的解链温度（Ｔｍ）分别为６８．５，６８．５，６９．０和７３．５℃（缓冲液为０．１×ＳＳＣ）。由计算可知Ｊｂ２、Ｊｂ３和Ｔｂ１株的Ｇ＋Ｃ含量分别为３５．６２％，３５．６２％和３６．６７％。应用ＤＮＡ－ＤＮＡ杂交技术（初始复性速率法）比较了１型鸭疫里氏杆菌Ｊｂ２与Ｊｂ３株之间以及Ｊｂ２与Ｔｂ１株、Ｅ４株之间的同源性。结果表明，Ｊｂ２与Ｊｂ３之间的ＤＮＡ同源值为６８．６３...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘进 张晓军 苏琳 刘石林 汝少国 杨红生
仿刺参基因组大小测定采用流式细胞术,以鸡红血细胞DNA含量(2.5 pg/2C)为内标,用夏眠、正常和野生3个群体的仿刺参体腔细胞测定了52只刺参的单倍体基因组含量,其C-值为(0.90±0.06)pg,由此得出仿刺参基因组大小为(880.2±58.68)Mb。其中,夏眠、正常和野生群体C-值分别为(0.93±0.05)、(0.90±0.05)和(0.84±0.02)pg。运用独立样本t检验对比分析显示:(1)夏眠与正常的仿刺参基因组大小之间差异不显著,说明仿刺参基因组大小与夏眠这一生理因子不具有相关性;(2)池塘(围堰)养殖环境下与野生环境下的仿刺参基因组大小之间有显著差异,野生环境下的仿刺...
关键词：
仿刺参 基因组大小 流式细胞术
[期刊] 林业科学
[作者]
戴莲韵 李红 王学聘
苏云金芽孢杆菌在害虫的生物防治以及植物抗虫育种中的作用日益扩大。该类细菌资源的开发和利用越来越被重视,而正确的分类鉴定方法是进行该项研究的基础。目前苏云金芽孢杆菌的分类鉴定是根据形态特征、生理生化特性、鞭毛抗原(H)的血清型以及营养细胞的酯酶型等,将其分为31个亚种。随着分子生物学和遗传学的高速发展,
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
吴丽萍 唐岩 李颖岳 尹丹妮 庞晓明
本研究旨在找出最适合枣和酸枣的流式细胞术流程,进而测定它们的基因组大小。结果显示,在所对比的5种裂解液中,WPB最适合枣属植物细胞裂解。以毛果杨为内标,通过比较待测样品和内参G0/G1期峰,计算得出6种枣属植物基因组大小。各枣品种的基因组大小有一定差异,平均基因组大小约为418.56Mb,其中:‘冬枣’的基因组大小为(393.60±4.72)Mb,即C-值为(0.40±0.01)pg;‘鲁枣2号’的基因组大小为(428.00±3.61)Mb,即C-值为(0.44±0.00)pg;‘金丝小枣’的基因组大小为(424.00±5.81)Mb,即C-值为(0.44±0.01)pg;‘孔府酥脆枣’的基因...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邹远超 符鹏 李骞 吴田 王永明 谢碧文
采用流式细胞术,以鸡(Gallus gallus)血细胞DNA含量(2.3pg/2C,C指单倍体)为标准,对5种经济鱼类白甲鱼(Onychostoma sima)、三倍体兴国红鲤(triploid Cyprinus carpio var.singuonensis)、胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)、中华沙鳅(Sinibotia superciliaris)和花鱼骨(Hemibarbus maculatus)的基因组大小(或称C-值)和倍性进行测定。结果表明,5种淡水鱼类的的C-值分别为:白甲鱼(1.18±0.01)pg,三倍体兴国红鲤(1.92±0.07)pg,胭脂鱼(2.62±0.28)pg,中华沙鳅(0.89±0.01)pg,花鱼骨(1.24±0.02)pg,C-值从大到小排列依次为:胭脂鱼>兴国红鲤>花鱼骨>白甲鱼>中华沙鳅。在5种经济鱼类中,除了亲缘关系很近的白甲鱼与花鱼骨(同一科)的C-值大小差异不显著外(P>0.05),其余的种间(不同科)的C-值大小差异显著。倍性分析结果表明,白甲鱼、花鱼骨和中华沙鳅属于二倍体,兴国红鲤属于三倍体,胭脂鱼属于四倍体。
关键词：
基因组大小 DNA含量 流式细胞术
[期刊] 华北农学报
[作者]
王伟 郭巍 徐大庆 孙伟明 刘大群 李瑞军
Cry8Ea2蛋白是一种新型苏云金杆菌杀虫晶体蛋白。通过穿梭载体pSXY422b将cry8Ea2导入Bt无晶体突变菌株中,获得工程菌HD8Ea2。Cry8Ea2蛋白在工程菌中获得表达。通过分子筛层析,成功获得纯化的130 kDa活性毒素蛋白。用改进的生物活性测定方法进行Cry8Ea2蛋白对华北大黑鳃金龟和暗黑鳃金龟一龄幼虫的杀虫活性测定,LC50分别为0.267 9μg/mL和0.071 9μg/mL。研究首次发现Cry8Ea2蛋白对华北大黑鳃金龟具有较高毒力,拓展了该蛋白的杀虫谱,为转基因工程提供了新资源。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈妞 余成敏 崔百明 任彩霞 杨丽颖 董钰 刘琳 郑银英
【背景】解淀粉欧文氏菌（Erwinia amylovora）是仁果类果树火疫病的病原体，对全球苹果和梨的生产构成严重威胁。随着抗生素耐药菌株的出现，火疫病的防治面临巨大的挑战。【目的】分离一种新的裂解解淀粉欧文氏菌的噬菌体，并分析该噬菌体裂解相关基因的功能，为火疫病的防治提供新的选择。【方法】以解淀粉欧文氏菌Ea102为宿主菌，采用双层平板法从流行火疫病的果园土壤中分离噬菌体。通过噬菌斑和透射电镜观察其形态。用PacBio测序技术测定噬菌体基因组，SPAdes组装序列，RAST注释基因组。通过大肠杆菌原核表达系统分析噬菌体Kuerle的裂解机制。【结果】分离纯化出一株裂解解淀粉欧文氏菌的噬菌体，命名为Kuerle。Kuerle由二十面体衣壳的头部和短尾组成，潜伏期约为50 min，裂解量约为240 pfu/cell。噬菌体基因组全长75 599 bp,GC含量48.0%，末端有393 bp的重复序列，未发现与溶原调控相关的基因。共预测到85个开放阅读框（open reading frame,ORF），其中33个已知功能蛋白中包含一个由3 550 aa组成的巨大病毒颗粒相关的RNA聚合酶（virion-associated RNA polymerase,vRNAP），该vRNAP是Schitoviridae科噬菌体的主要特征之一。病毒粒子和基因结构表明噬菌体Kuerle属于有尾噬菌体类的Schitoviridae科病毒。聚集在DNA晚期表达区的3个裂解相关基因holin、endolysin和spanin组成了“裂解盒”。在大肠杆菌中Kuerle-holin的表达会抑制细胞的生长，而Kuerle-endolysin的表达可裂解细胞。二者共表达时Kuerle-holin会加速Kuerle-endolysin引起的细胞裂解。用叠氮化钠抑制细菌的一般分泌系统（Sec）或Kuerle-endolysin N端信号序列的缺失均会导致endolysin裂解功能丧失。上述结果表明噬菌体Kuerle具有pinholin-SAR endolysin裂解系统。Kuerle-holin(pinholin)使细胞质膜去极化以激活分泌的Kuerle-endolysin(SAR endolysin)降解肽聚糖层。【结论】Kuerle是一株烈性噬菌体并且Kuerle-endolysin抑菌效果显著，为后续火疫病生防试剂的制备提供了理论依据和研究材料。
[期刊] 水产学报
[作者]
石彩霞 王瑾璞 张丽 刘彦君 魏念文 岳城 郝翠兰
为确定奇异双身虫线粒体基因组基本结构特征并探究奇异双身虫分类地位，同时了解双身虫科物种的密码子偏好性，实验采用二代高通量测序技术获得奇异双身虫线粒体基因组序列，通过线粒体在线注释网站MITOS对线粒体基因组序列进行注释并通过PhyloSuite (version1.2.2)软件对其结构进行分析，同时对奇异双身虫及其他8种双身虫科物种的线粒体蛋白质编码基因的密码子组成情况及密码子偏好性进行分析。结果显示，奇异双身虫的线粒体基因组序列长度为15 713 bp (大非编码区未测全)，A+T含量为68.7%，表现出明显的AT偏向。系统发育树结果显示，基于现有数据双身虫科物种聚为一支，支持双身虫科物种的单系性。对双身虫科物种的密码子使用偏好进行分析，结果显示双身虫科有效密码子数(ENC)为30.632～37.495，相对同义密码子使用度(RSCU)>1的密码子共有18个，偏好以碱基U(T)结尾。PR2-plot分析结果显示，T的使用频率高于A,G的使用频率高于C，突变和选择等因素均可对密码子的使用偏好产生一定的影响。中性绘图分析显示，奇异双身虫和马口鱼拟双身虫受突变压力的影响分别为61.89%和51.31%，其余7种双身虫受突变压力的影响均小于50%。双身虫科密码子偏好性存在略微差异，但都受突变压力、自然选择和碱基组成的共同影响。本研究可以为后续的系统进化研究提供重要依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄雄 郭英华 田林 李全梓 岳志强
以买麻藤(Gnetum montanum)为内参,测定5种常用裂解液(Tris·MgCl_2、LB01、WPB、Otto’s、Galbraith’s)对桫椤(Alsophila spinulosa)细胞核的裂解效果,并通过比较桫椤和买麻藤流式细胞仪测定的荧光峰值,计算出桫椤的基因组大小。结果表明:5种裂解液中,WPB为桫椤最佳裂解液;桫椤基因组大小为6 003.25Mb,即2C DNA含量为6.138 pg。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张苏芳 张真 王鸿斌 孔祥波 罗基同 杨忠武
本研究采用流式细胞术,以公鸡(Gallus domesticus)血红细胞DNA含量为标准,测定了我国南方几种重要松毛虫的基因组大小(或称C-值)。结果显示,马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)的基因组大小为563.36±7.26 Mb,其雌、雄2C DNA含量分别为1.175 6±0.016 4和1.128 6±0.013 4 pg;思茅松毛虫(Dendrolimus kikuchii)的基因组大小为719.30±9.70 Mb,其雌、雄2C DNA含量分别为1.449 2±0.021 2和1.442 8±0.018 4 pg;云南松毛虫(Dendrolimus houi...
关键词：
流式细胞仪 基因组大小 松毛虫 鸡血细胞
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高静 黄晓红 曾华嵩 尤颖哲 丁少雄
采用流式细胞术,以人(Homo sapiens)淋巴细胞DNA含量(7.00pg/2C)为标准,以鱼的红血细胞为材料,测定中国6种重要经济鱼类条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)、斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)、赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、中华乌塘鳢(Bostrichthys sinensis)、大菱鲆(Scophthalmus maximus)的基因组大小(C-值)。结果显示,这6种经济鱼类的单倍体DNA含量分别为:条纹斑竹鲨(4.91±0.24)pg;斜带石斑鱼(1....
关键词：
基因组大小 经济鱼类 流式细胞术
[期刊] 林业科学
[作者]
王学聘 戴莲 陈倩 田颖川
四株表达苏云金杆菌δ－内毒素蛋白基因的大肠杆菌对林业主要害虫杨扇舟蛾Ｃｌｏｓｔｅｒａａｎａｃｈｏｒｅｔａ（Ｆａｂｒｉｃｉｕｓ），马尾松毛虫Ｄｅｎｄｒｏｌｉｍｕｓｐｕｎｃｔａｔｕｓ（Ｗａｌｋｅｒ），舞毒蛾Ｌｙｍａｎｔｒｉａｄｉｓｐａｒ（Ｌｉｎｎａｅｕｓ），杨尺蠖Ａｐｏｃｈｅｉｍａｃｉｎｅｒａｒｉｕｓ（Ｅｒｓｃｈｏｆｆ）幼虫作用进行了室内生物测定，结果表明：该四株菌对上述四种昆虫幼虫均表现出较高的杀虫活性，而且能显著抑制昆虫幼虫的生长发育。
关键词：
苏云金杆菌,δ-内毒素,生物测定
[期刊] 华北农学报
[作者]
李军星 王一成 袁秀芳 徐丽华 曹会敏 申世川 张鲁滨
CDT毒素是多种革兰氏阴性致病菌的毒力因子。为了阐明CDT毒素在副猪嗜血杆菌不同菌株中的分布及其遗传变异情况,本试验对从浙江省不同地区猪场临床发病猪中分离到的41个副猪嗜血杆菌分离株进行了CDT基因PCR扩增,并对其中21个分离株CDT 3个亚基进行了基因测序及氨基酸序列分析。结果表明:所有41个临床分离株中都可以检测到CDT 3个亚基的基因,其中cdtA蛋白的氨基酸序列在不同副猪嗜血杆菌菌株中最为保守,同源性≥97.8%;cdtB及cdtC蛋白氨基酸序列变化较大,同源性均≥92.1%。其中cdtB亚基与牛DNase I活性关键位点的氨基酸残基具有一致性,且这些位点的氨基酸残基在不同菌株中高度...
关键词：
副猪嗜血杆菌 CDT 同源性
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