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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
崔喜艳 张继晓 窦瑶 孙小杰 尹悦佳 刘相国
【目的】分析玉米胚乳可溶性淀粉合成酶(SSⅠ)与质体型糖酵解途径关键催化酶丙酮酸磷酸双激酶(PPDK1)的蛋白互作关系,揭示可能发生互作的亚细胞位置。【方法】采用酶切连接的方法构建326-CYCHA-ss1和326-CYNEE-ppdk1双分子荧光互补表达载体,转化农杆菌EHA105,瞬时浸染烟草叶片组织,激光共聚焦显微镜下观察SSⅠ和PPDK1相互作用产生的荧光信号。【结果】双酶切试验鉴定表明,326-CYCHA-ss1和326-CYNEE-ppdk1重组载体构建正确;PCR结果证实,植物表达载体成功转化到农杆菌EHA105中;双分子荧光互补试验中,可观测到SSⅠ和PP-DK1相互结合而产生...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
崔喜艳 赵吉元 胡广宇 窦瑶 刘相国 韩四平
【目的】解析玉米淀粉合成限速酶ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase-bt2)与糖酵解关键酶甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GPN1)在植物体内是否存在相互作用。【方法】首先克隆获得AGPase-bt2和GPN1基因,然后采用双分子荧光互补技术(BiFC),构建326-CYCHA-AGPase-bt2和326-CYNEE-GPN1双分子荧光表达载体,转化农杆菌EHA105,并用2种载体共同瞬时侵染烟草叶肉细胞,48h后在激光共聚焦显微镜下观察AGPase-bt2与GPN1的相互作用。【结果】AGPase-bt2基因长1 428bp,GPN1基因长1 497bp。双酶切鉴定结果表明,326-CYCHA-...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
崔喜艳 赵吉元 胡广宇 窦瑶 刘相国 韩四平
【目的】解析玉米淀粉合成限速酶ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPAse-bt2)与糖酵解关键酶甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GPN1)在植物体内是否存在相互作用。【方法】首先克隆获得AGPAse-bt2和GPN1基因,然后采用双分子荧光互补技术(biFC),构建326-CYCHA-AGPAse-bt2和326-CYNee-GPN1双分子荧光表达载体,转化农杆菌eHA105,并用2种载体共同瞬时侵染烟草叶肉细胞,48H后在激光共聚焦显微镜下观察AGPAse-bt2与GPN1的相互作用。【结果】AGPAse-bt2基因长1 428bP,GPN1基因长1 497bP。双酶切鉴定结果表明,326-CYCHA-...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
崔喜艳 王阔 张继晓 鹿丹 范贝 尹悦佳 刘相国
【目的】利用双分子荧光互补(BiFC)技术,在烟草叶肉细胞中分析玉米ADP-葡萄糖焦磷酸化酶质体型小亚基(AGPase-bt2)与丙酮酸磷酸双激酶(PPDK1)之间的相互作用。【方法】构建326-CYCHA-AGPase-bt2和326-CYNEE-PPDK1双分子荧光表达载体,转化农杆菌EHA105,瞬时浸染烟草叶肉细胞,激光共聚焦显微镜下观察AGPase-bt2和PPDK1的相互作用。【结果】双酶切试验表明,326-CYCHA-AGPase-bt2、326-CYNEE-PPDK1载体构建正确;PCR结果证实,植物表达载体成功转化到农杆菌EHA105中;浸染烟草叶片后,AGPase-bt2和...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁洪宇 刘成倩 高骏 周佳明 司伏生 易建中
【目的】本实验基于双分子荧光互补(Bimolecular fluorescence complementation, BiFC)技术研究依据猪流行性腹泻病毒(PEDV)S蛋白受体结合位点肽段的靶标肽与互补肽在活细胞内的相互作用关系以及定位情况,为进一步利用该多肽进行猪流行性腹泻病毒的检测积累前期基础和提供理论支撑。【方法】依据靶标蛋白的氨基酸组成、所带电荷种类、形成分子间氢键的能力、极性的强弱、疏水性能等理化特性设计出靶标肽;根据靶标蛋白的氨基酸组成,设计出在理论上与其相互作用的互补肽,并利用生物信息学工具对靶标肽与互补肽进行预测分析;将靶标肽与互补肽的核苷酸序列分别插入EcoRΙ/XhoΙ双酶切后的pBiFC-VC155与NotΙ/SalΙ双酶切后的pBiFC-VN173载体中,构建出BiFC真核表达载体,经酶切及测序验证正确后转染Vero细胞来研究靶标肽与互补肽的互作关系以及形成的BiFC复合物在细胞内的精确定位。【结果】生物信息学分析表明靶标肽和互补肽分别带有亲水性和疏水性结构域,亲水性结构域都带有正负电荷,能够产生静电引力;酶切鉴定和测序结果表明成功构建了pBiFC-VC155-靶标肽和pBiFC-VN173-互补肽真核表达质粒;细胞转染试验表明重组质粒共同转染后靶标肽和互补肽能够在Vero细胞内形成BiFC复合物,表明两者发生了相互作用;间接免疫荧光试验证实该BiFC复合物主要分布于细胞核中。【结论】研究证实了基于猪流行性腹泻病毒S蛋白受体结合位点肽段设计的多肽能够在活细胞内发生相互作用,表明该肽段用于检测的可行性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
白薇 孙海莲 Mawsheng Chern Randy Ruan Pam Ronald 樊明寿
NPR1(Non-expresser of pathogenesis related genes 1)是水杨酸(Salicilic acid,SA)介导的系统获得抗性(Sys-temic aquired resistance,SAR)的关键调控因子,在水稻中过量表达拟南芥NPR1和水稻NH1/OsNPR1(NPR1 homo-logue 1)(NPR1的同源物)可增强抗病性。水稻基因组中还有4个NPR1旁系同源物(Paralog),为NH1的家族蛋白。本试验利用双分子荧光互补技术(Bimolecular Fluorescence Complementation,BiFC,or split YF...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘怀华 王莉雯 刘楠 刘旭 马侠 宁丽华 张华 崔德周 姜川 陈化榜
【目的】分离授粉早期玉米花丝的总蛋白质,为从蛋白质组角度揭示玉米花粉与花丝早期的相互作用奠定基础。【方法】以玉米(ZeamaysL.)自交系Ga25为试材,采用三氯乙酸-丙酮法提取总蛋白质,运用双向电泳、质谱分析与检索技术,比较自交授粉后1h和2h的花丝蛋白质组的差异。【结果】与授粉1h的蛋白质组相比,在授粉2h后的蛋白质组中出现28个差异蛋白点,其中,6个蛋白质点特异表达,19个蛋白质点上调表达,3个蛋白质点下调表达;通过MALDI-TOF-MS质谱测序和MASCOT序列分析,注释了23个蛋白质点,其余5个为未知蛋白;功能分类表明,差异蛋白质分别参与细胞壁合成(21.4%)、防御/抗胁迫(1...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
安秀红 厉恩茂 李敏 李壮 张修德 程存刚
【目的】克隆苹果茉莉酸信号途径阻遏因子基因MdJAZ1,并对其表达及蛋白互作进行分析,为进一步研究MdJAZ1的功能奠定基础。【方法】以TIFY及JAs功能域为探针,在苹果基因组中进行比对,获得多个同源基因,对其中的一个基因设计引物进行克隆;利用dNAMAN软件对该基因编码蛋白的分子量、等电点进行预测;利用sMART在线分析软件对该蛋白的功能域进行分析;利用MEGA5.0对该蛋白与拟南芥JAZ家族蛋白构建系统发育树;利用荧光定量PCR分析该基因在苹果不同组织器官、茉莉酸甲酯及创伤处理下的表达情况;利用PlANT CARE在线软件分析该基因启动子区域的顺式作用元件;利用酵母双杂交系统检测MdJA...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张淑红 张运峰 高凤菊 武秋颖 许可 李亚子 李艳梅 谷守芹 范永山 巩校东
【目的】克隆玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)小分子热激蛋白(small heat shock protein,sHSP)基因,分析其结构及在病菌发育和HT-毒素诱导过程中的表达模式。【方法】利用隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMM)筛选玉米大斑病菌全基因组范围内的sHSP家族成员,采用PCR技术克隆玉米大斑病菌01-23菌株的sHSP,通过生物信息学方法进行sHSP的理化性质分析、亚细胞定位、结构预测和系统发育分析,RNA-Seq和RT-qPCR分析sHSP在玉米大斑病菌不同发育阶段和HT-毒素诱导过程中的表达情况。【结果】从玉米大斑病菌基因组筛选到3个sHSP家族成员(StHSP37.2、StHSP37.0和StHSP22.6),克隆了01-23菌株中3个sHSP的DNA序列,编码的sHSP蛋白均属于弱酸、亲水蛋白,无跨膜结构域和信号肽;二级结构中无规则卷曲占58.97%—60.35%,而β-转角仅为2.69%—7.83%;亚细胞定位预测StHSP37.2和StHSP37.0位于细胞核,而StHSP22.6位于细胞核和细胞质;均含有近C端的ACD_sHSP-like结构域,StHSP37.2、StHSP37.0和StHSP22.6分别有2、3和5个保守基序;利用SWISS-Model和AlphaFill构建了sHSP单体的三级结构模型;系统发育分析结果表明,StHSP22.6与链格孢(Alternaria alternata)、StHSP37.2和StHSP37.0与玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)的sHSP亲缘关系较近;玉米大斑病菌sHSP在菌丝中表达量最高,其次为芽管、附着胞和侵入钉,在分生孢子中表达量最低;StHSP22.6和StHSP37.2与玉米大斑病菌HT-毒素诱导显著负相关,在14 d时相对基因表达量分别上调6.45和18.12倍,21、28 d时StHSP37.2表达量仅上调2.56、1.78倍,而StHSP22.6表达量与WT无显著差异;StHSP37.0与HT-毒素诱导显著正相关,14、21和28 d时相对基因表达量分别下调59.23%、86.30%和88.11%;通过与玉米大斑病菌sHSP显著相关的表达基因挖掘,推测StHSP37.2和StHSP22.6主要与HSP90、HSP104、分解代谢及线粒体Mg2+转运有关,而StHSP37.0主要与液泡碱性氨基酸转运、有机合成和分泌有关。【结论】玉米大斑病菌sHSP家族成员既具有高度保守性,又与其他sHSP有结构和系统发育的差异性;不仅与玉米大斑病菌菌丝、芽管、附着胞和侵入钉发育相关,在HT-毒素诱导过程中也发挥重要调控作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘云云 李智敏 程毅 余永廷 陈佳 严准
运用生物信息学手段分析pep1基因结构,并根据GenBank中玉米瘤黑粉菌pep1 DNA序列设计引物,从玉米瘤黑粉菌SG200的基因组中扩增得到了pep1基因全长,构建了pET–28a–pep1重组表达质粒,选用大肠埃希菌BL21(DE3)作为宿主菌,以1 mmol/L IPTG诱导表达。SDS–PAGE检测结果表明,诱导表达产物大小与理论值(20 800)一致,说明pET–28a–pep1能够在大肠埃希菌BL21(DE3)中高效表达。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨佳睿 郝彤 李倩一 孙金生
为了构建中华绒螯蟹代谢过程研究的系统工具,实验在已经构建的中华绒螯蟹蛋白互作网络的基础上,首先采用邻接节点注释法对未知蛋白的分子功能进行预测。随后采用GO回溯法,构建了代谢蛋白网络并对网络中蛋白分子功能、亚细胞定位和途径分布进行了分析。分子功能注释中,确定了932 个蛋白的分子功能,占所有未知分子功能蛋白的97%。最终构建的代谢蛋白互作网络包含2 045 个蛋白及这些蛋白之间的15 927 条互作关系。网络中94.2%(1 926/2 045)的蛋白具有亚细胞定位信息,大多分布于有膜细胞器中;96.1%的蛋白(1 966/2 045)具有分子功能信息,大多具有催化活性和结合活性。进一步对确定了分子功能和亚细胞定位的蛋白在40 个KEGG子系统中的分布进行分析,发现参与翻译和氨基酸代谢过程的蛋白较多,也有一部分参与免疫和运输过程。本文的研究结果可为中华绒螯蟹代谢相关的蛋白功能、定位方面的研究提供重要的数据参考,对系统研究中华绒螯蟹代谢过程及代谢相关疾病具有重要价值。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
代红梅 刘志朋 张霞 杨忠 曾日彬 王配 常勇诚 霍金龙
利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征,对GSKIP基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建ceRNA转录调控网络,进一步分析GSKIP蛋白的基本功能,构建多物种进化树和相互作用蛋白网络.通过RT-PCR获得了BMI GSKIP CDS区全长420 bp,该基因含4个外显子;基因功能分析表明,GSKIP主要参与Wnt信号通路;基因靶向作用分析表明,猪GSKIP受ssc-miR-181c、ssc-miR-181b、ssc-miR-181a、ssc-miR-335和miR-644-5p等5个miRNA的靶向调控;蛋白质结构分析表明,GSKIP包含1个DUF727结构域,α螺旋在二级结构中占比最高;多物种进化分析表明,BMI GSKIP氨基酸序列在哺乳动物中较为保守,与绵羊和牛的亲缘关系最为接近;蛋白互作网络分析表明,BMI GSKIP与10个蛋白存在相互作用.
[期刊] 华北农学报
[作者]
瓮巧云 黄聪聪 王娜 梁晨曦 刘高然 郝丛丛 邢继红 董金皋
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘德帅 冯美 孙雨桐 王烨 迟敬楠 姚文孔
【目的】DELLA蛋白属于植物特有的GRAS蛋白家族,是赤霉素信号转导途径中的重要调控因子,在植物生长发育和抵御逆境胁迫中发挥着重要作用。克隆欧洲葡萄VvGAI1,并对其进行亚细胞定位、蛋白互作和表达分析,为进一步研究DELLA蛋白在葡萄抗寒反应中的调控功能奠定基础。【方法】以酿酒葡萄品种‘霞多丽’叶片为试材,采用同源克隆的方法获得VvGAI1序列。利用生物信息学方法分析该基因的序列特征,使用DNAMAN及MEGA7.0对VvGAI1蛋白序列及拟南芥序列进行多序列比对并构建系统进化树。通过亚细胞定位确定VvGAI1蛋白在细胞中的表达位置;利用酵母试验验证VvGAI1蛋白的转录激活活性;利用酵母双杂交和双分子荧光互补试验验证VvGAI1蛋白与VvJAZ9蛋白的互作关系;利用VvGAI1原核表达蛋白制备anti-VvGAI1兔源多克隆抗体;利用Western Blot技术检测VvGAI1蛋白在低温下的表达情况;通过相对电导率分析外源喷施茉莉酸和赤霉素对葡萄抗寒性的影响。【结果】从‘霞多丽’叶片中克隆得到VvGAI1,其ORF为1 773 bp,编码590个氨基酸,位于第1条染色体,含有1个外显子,无内含子。VvGAI1蛋白相对分子质量为64.87 kDa,理论等电点p I为5.31,属于酸性不稳定亲水蛋白。VvGAI1具有高度保守的DELLA和GRAS结构域,属于植物GRAS家族的DELLA蛋白。蛋白聚类分析显示VvGAI1与拟南芥AtGAI和烟草Nt GAI1亲缘关系较近。亚细胞定位与转录自激活结果显示VvGAI1是一个定位于细胞核中且具有转录激活活性的转录因子。酵母双杂交和双分子荧光互补试验也证实VvGAI1与VvJAZ9具有互作关系。将VvGAI1克隆至原核表达载体构建pET28b-VvGAI1重组表达载体,转化至大肠杆菌BL21中经16℃、1.0 mmol·L~(-1)异丙基-β-d-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达获得VvGAI1-His融合蛋白,再经抗原免疫,血清纯化后制备得到anti-VvGAI1兔源多克隆抗体。制备的anti-VvGAI1抗体可以特异性检测‘霞多丽’葡萄中的VvGAI1蛋白。Western Blot结果表明,低温处理下葡萄原生质体中VvGAI1蛋白呈先上升后下降的表达趋势,VvGAI1蛋白响应低温诱导表达。与对照相比,50μmol·L~(-1)茉莉酸甲酯(Me JA)处理可以提高葡萄的抗寒性,50μmol·L~(-1)赤霉素(GA_3)处理使葡萄对寒冷变得敏感。【结论】葡萄VvGAI1是一个与VvJAZ9相互作用的转录因子,VvGAI1对低温胁迫有响应,外源茉莉酸能够正调控冷胁迫反应,而赤霉素负调控冷胁迫反应。
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵延明 严敏 徐洪文 董树亭
采用加性-显性及与环境互作的遗传模型,利用玉米6个亲本,按完全双列杂交设计组配的15个杂交组合在4种环境条件下的试验资料,分析玉米叶片保绿度F1杂种优势与环境互作效应。结果表明:玉米叶片保绿度F1杂种优势存在着极显著的基因型与环境互作效应。不同杂交组合在同一环境下的F1杂种优势表现不尽相同,同一杂交组合在不同环境条件下表现也不尽相同。玉米自交系沈137是选育保绿性玉米杂交种较好的亲本材料。
关键词:
玉米 保绿度 杂种优势 环境互作
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