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[期刊] 华北农学报
[作者]
张国裕 张帆 姜立纲 翟伟卜 李海真
为利用SSR标记进行快速、准确的南瓜杂交种纯度分析,进行了南瓜EST-SSR标记的开发。从NCBI数据库下载1 457条南瓜属作物EST序列,去除冗余序列后进行SSR位点搜索,共得到215条含有SSR位点的EST序列。这些SSR位点包含111种重复基元,其中二核苷酸(62个,占28.84%)和三核苷酸(86个,占40.0%)重复类型占主导地位;重复基元中出现最多的是CT(21个,占9.77%),其次为TC(13个,占6.05%)和AAG(12个,占5.58%)。将215个SSR位点设计成EST-SSR引物后,随机合成了其中的43对引物。利用4份遗传背景差异较大的南瓜自交系对合成的43对引物进行...
关键词：
南瓜 EST-SSR 标记开发 杂种纯度
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李海梅 沈佳 赵娟 娄群峰 李季 陈劲枫
[目的]基于黄瓜线粒体父系遗传特性,研究线粒体基因组SSR(mitochondria genome simple sequence repeat,mt SSR)标记技术在黄瓜杂交种纯度鉴定上的可行性。[方法]根据黄瓜线粒体基因组序列开发特异性标记,选用不同生态型的黄瓜品种对标记进行筛选,利用多态性引物对人为掺假的黄瓜F1种子进行纯度检测。[结果]从72对标记中,共筛选出4对在30份黄瓜品种呈现出多态性的引物,其中mt SSR4引物扩增出102和107 bp的多态性片段;mt SSR10引物扩增出196、224和242 bp的多态性片段;mt SSR29引物扩增出226、239和280 bp的多...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
蒋莉莉 张高原 张建农
【目的】研究有效的西瓜杂交组合种子纯度的ＳＳＲ标记鉴定方法，为室内鉴定的实际应用提供理论依据。【方法】以西瓜杂交组合Ｔ－１及其亲本自交系Ｐ－１、Ｍ－１３为材料，在子叶展平期采用ＣＴＡＢ法提取ＤＮＡ，利用优化的西瓜ＳＳＲ标记方法进行杂交种子的纯度鉴定，并与田间表型鉴定进行比较。【结果】从３６对ＳＳＲ引物中筛选出３对（ＭＣＰＩ－５、ＭＣＰＩ－１６、ＭＣＰＩ－１７）稳定性强、可重复性好、在杂交种及其母本之间具有多态性的引物。将这３对引物中的ＭＣＰＩ－５和ＭＣＰＩ－１６用于２６７株Ｔ－１杂交种群体纯度鉴定，显示种子纯度为９７．７５％，与田间种植鉴定结果一致。【结论】３对ＳＳＲ引物ＭＣＰＩ－５、ＭＣＰＩ．．．
关键词：
西瓜 杂交种 种子纯度 SSR标记
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
曲亮 陈卫江 李莓 王同华
利用简化的SSR标记技术对甘蓝型油菜杂交种丰油701、丰油730和湘杂油4号的制种样进行纯度分析,并将丰油701收获样各单株的SSR分析结果与其育性表现进行了比对.结果筛选了38对SSR引物,其中引物Na10-D09在3个品种的不育系与恢复系间的扩增片段大小均存在差异.种植鉴定和SSR鉴定的纯度比较分析表明,SSR技术得到的纯度鉴定结果较种植鉴定的结果更为可靠.
关键词：
油菜 杂交种 纯度鉴定 微卫星
[期刊] 华北农学报
[作者]
罗伏青 孙小武 董亚静 刘泽发 杨红波
采用RAPD技术,对南瓜新品种锦栗、红栗的杂交种纯度开展了分子鉴定研究。采用优化的RAPD反应程序筛选出2条随机引物,结果表明,N481在锦栗南瓜亲本及杂交种间扩增出品种特异性条带,N31在红栗南瓜亲本及杂交种间扩增出品种特异性条带,且F1带型呈双亲互补,非常适合在室内快速准确地进行锦栗、红栗南瓜杂交种的纯度鉴定,RAPD鉴定结果与大田鉴定结果吻合率高。
[期刊] 华北农学报
[作者]
金 红 杜胜利 陈 峥 张 力 程 奕 魏爱民 王 永
黄瓜抗除草剂转基因T0植株经除草剂抗性筛选,连续2代自交获得T1和T2种子;分别对T1植株进行bar基因PCR检测和T2植株Southern杂交检测,证明bar基因已整合到黄瓜染色体上;以非转基因黄瓜为对照,摸索出田间抗性鉴定和室内种子抗性鉴定的除草剂临界浓度;从田间和室内筛选除草剂抗性纯合性转基因株系3个;以表现较好的2个抗性纯合转基因株系为父本,与非转基因母本杂交,获得F1种子,并在室内进行了杂交种纯度鉴定,鉴定效率达100％。建立了一套在种子发芽阶段或2片真叶期进行黄瓜杂交种纯度鉴定的新技术。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李军 董彬 张超 付建新 胡绍庆 赵宏波
利用L16(45)正交实验设计,针对模板DNA,镁离子(Mg2+),d NTPs,Taq DNA酶和引物5个因素进行正交优化,建立适用于桂花Osmanthus fragrans表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)的最优扩增反应体系,将其用于桂花转录组EST-SSR多态性引物的筛选,最后利用筛选得到的多态性引物和聚类分析对14份四川省常见的栽培丹桂(SC01SC14)样本进行品种鉴定。结果表明:桂花EST-SSR最优反应体系包含40 ng模板DNA,2.25 mmol·L-1Mg2+,0.3μmol
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
段院生 刘平武 杨光圣
通过对杂交组合H990 9两亲本的指纹图谱分析 ,初选出 4个引物S374、S1334、S136 5和UBC5 2 3用于杂种纯度鉴定。引物S1334和UBC5 2 3在两亲本中均扩增出特异带 ,引物S374和S136 5能扩增出父本标记带。以两亲本和手工杂种F1为模板对上述 4个引物再一次进行RAPD扩增 ,S1334并没有在F1的RAPD图谱产生理想的双亲型或偏父型标记带 ,UBC5 2 3在F1扩增得到的父本标记带和在母本中扩增的标记带大小相近 ,不易辨别 ;引物S374、S136 5均能使F1扩增出父本的特异带 ,进一步确定引物S374和S136 5可用于杂种鉴定。引物S374的RAP...
关键词：
甘蓝型油菜 杂种纯度 RAPD
[期刊] 华北农学报
[作者]
包文风 王吉明 尚建立 马双武
为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%)。基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多。长度主要分布在20~30 bp(76%)。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设...
关键词：
西瓜 EST EST-SSR 引物
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
高海娜 张恩慧 李殿荣 王灏 马英夏 许忠民
【目的】分析甘蓝杂交种纯度的SSR分子标记鉴定结果与田间形态学鉴定结果的一致性,寻找一种快速、准确鉴定甘蓝杂交种纯度的方法。【方法】选用SSR分子标记,筛选杂交种具有父母本互补带型的引物,用其鉴定"秦甘50"杂交种的纯度,并与田间常规鉴定结果的一致性进行比较。【结果】300对SSR分子标记引物中,有1对引物SQ1019对"秦甘50"杂交种表现为父母本互补带型;利用引物SQ1019标记鉴定"秦甘50"大田杂交种的纯度为96.3%;"秦甘50"大田杂交种经田间鉴定纯度为96.0%,2种鉴定结果的一致性高达99.7%。【结论】SQ1019是SSR分子标记"秦甘50"杂交种的特异引物,SSR分子标记是...
关键词：
甘蓝 SSR分子标记 种子纯度
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董清华 王西成 赵密珍 宋长年 葛安静 王静
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,...
关键词：
草莓 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王辉 KHERA Pawan 李双铃 任艳 袁美 庄伟建 VARSHNEY Rajeev K 郭宝珠 谢联辉
以24份花生材料为亲本,配制22个杂交组合,并利用40对SSR引物对24份亲本材料进行多态性筛选,运用多态性引物鉴定92个F1代杂种的真伪.结果表明,不同组合亲本间多态性差异较大,差异最大的两亲本(GT-C20-D和Tamrun OL07)的多态性引物比例为65%.SSR标记法鉴定出49个单株为真杂种;而田间表型鉴定出62个单株为真杂种,与标记鉴定结果差异较大.本研究证实利用分子标记鉴定真假杂种非常必要,且准确可行.同时,本试验证明40对SSR引物具有较高的多态性,可直接用于花生遗传多样性、杂种鉴定以及遗传图谱构建等的研究.
关键词：
花生 SSR 杂种鉴定 分子标记
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 宋丛文 张亚东 杨彦伶 黄敏仁
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王金彦 潘丽娟 杨庆利 禹山林
利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaeaL.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTT/GAA重复出现的频率最大,分别占到...
关键词：
花生 EST SSR 频率 特点
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东明 杨爱国 吴彪 孙秀俊 周丽青 刘寒苗 张广明
本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2%,平均9.01 kb出现1个SSR位点。设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析。结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0
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