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[期刊] 中国水产科学  [作者] 董丽娜  黄梓荣  李永振  陈国宝  
基于线粒体细胞色素b(Cyt b)和细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,运用PCR直接测序法,对采自南海的金线鱼(Nemipterus virgatus)、日本金线鱼(N.japonicus)、深水金线鱼(N.bathybius)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)及GenBank中的六齿金线鱼(N.hexodon)、裴氏金线鱼(N.peronii)及红金线鱼(N.furcosus)的序列进行了分析,并比较分析了它们间的序列差异。Cyt b基因序列片段(425 bp)和COⅠ基因序列片段(507 bp)的分析均显示日本金线鱼和红棘金线鱼之间序列差异和遗传...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 董丽娜  黄梓荣  艾红  卢伟华  李希国  李娜娜  李夏  李永振  
运用直接测序法对产自北部湾的日本金线鱼(Nemipterus japonicus)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)3种金线鱼属鱼类的线粒体DNA细胞色素氧化酶I(COI)基因序列进行了测序分析,并探讨了3种金线鱼之间的亲缘关系。在所分析的48条COI同源序列片段(696 bp)中共检测到29个单倍型和104个核苷酸多态位点。单倍型分析结果显示,日本金线鱼和红棘金线鱼之间有明显的基因交流。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,日本金线鱼与红棘金线鱼之间亲缘关系较近,无明显遗传分化。利用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,日本金线鱼和红...
[期刊] 浙江农林大学学报  [作者] 叶碧欢  李海波  叶卫邦  陈友吾  
【目的】基于分子生物学手段,探讨可快速准确鉴别锈色粒肩天牛Apriona swainsoni幼虫与其他天牛幼虫的目标基因,为该保健昆虫的食药用安全提供保障。【方法】利用线粒体COⅠ、 COⅡ、 Cytb基因和28S细胞核基因的通用引物分别克隆获得4种基因片段,并进行同源序列检索、多重比对、序列信息分析及进化树构建。【结果】基因克隆最终获得锈色粒肩天牛4种基因序列的片段大小分别为817、 545、 434和1 088 bp。特殊位点分布结果显示:28S的保守位点占比最高,其后依次为Cytb、 COⅠ和COⅡ,变异率则正好相反。COⅠ、 COⅡ和Cytb基因片段的碱基组成和替换信息特点均表现为A+T含量>G+C含量,颠换高于转换,28S基因片段则表现为A+T含量
[期刊] 淡水渔业  [作者] 王利华  罗相忠  王丹  李伟  李忠  邹桂伟  梁宏伟  
为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 李大命  李康  张彤晴  唐晟凯  刘燕山  刘小维  穆欢  黄越峰  潘建林  
为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 龚小玲  岳丽佳  崔忠凯  张晓懿  
对鳗鲡属(Anguilla)的美洲鳗鲡(A.rostrata)、欧洲鳗鲡(A.anguilla)、太平洋双色鳗鲡(A.bicolor pacifica)、花鳗鲡(A.marmorata)、澳洲鳗鲡(A.australis)、日本鳗鲡(A.japonica)6种鱼类54个体COⅠ和COⅡ基因片段中1 179 bp和633 bp的序列特征、分子分类的有效性、以及构建的系统关系进行了比较分析,结果表明:(1)COⅠ和COⅡ基因可变位点、简约信息的百分比分别为17.98%、16.45%和12.16%、10.11%,COⅠ较COⅡ基因的变异率高;(2)两种基因序列均表现出明显的反G偏倚(在COⅠ和COⅡ...
[期刊] 上海水产大学学报  [作者] 张鹏  杨吝  谭永光  张旭丰  
根据2007年8-9月的海上生产调查数据,对南海北部母子式金线鱼延绳钓渔获情况进行了初步分析。结果显示,金线鱼、深水金线鱼和长尾大眼鲷为渔获优势种,其相对重要性指标(IR I)分别为7518.10、3446.33和2052.65;渔获平均体长分别为203 mm、129 mm和264 mm;平均体重分别为190 g、57 g和426 g;渔获物的优势体长组分别为160~240 mm、100~160 mm和230~270 mm;平均上钩率分别为0.96%、0.96%和0.19%;方差分析未显示此3种鱼在早晨、中午和傍晚不同时段的上钩率有显著差异。
[期刊] 水产学报  [作者] 王中铎  刘楚吾  郭昱嵩  
采用线粒体DNA限制性片段长度多态性分析(mtDNARFLP)和线粒体DNA的细胞色素b基因(Cytb)的部分序列扩增限制性片段长度多态性分析(mtDNAPCRRFLP)两种方法,对笛鲷属5种鱼类进行种间系统发育的比较研究,结果显示:(1)画眉笛鲷依照其形态学上体侧条带颜色差异,可分为褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷两个种;(2)千年笛鲷和星点笛鲷、褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷、金带笛鲷和金焰笛鲷之间遗传距离相对较近;(3)两种分析方法都可以为种的区分提供方便有效的分子标记;(4)两种分析方法在构建发育系统树上不完全一致。本文从mtDNA角度深入研究了南海海域笛鲷的系统发生,表明了mtDNA作为一种广...
[期刊] 上海水产大学学报  [作者] 张凤英  马凌波  施兆鸿  夏连军  马春艳  
利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因序列。通过序列测定,得到581 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25.8%、32.6%、18.0%和23.6%,序列中的A+T含量明显高于G+C含量,与其他鱼类的COI基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19~139 bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 梁日深  王超  邹青  周爱国  邹记兴  
测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicu...
[期刊] 海洋渔业  [作者] 孙鹏  彭士明  尹飞  施兆鸿  
通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个。东海区的3种鲳属鱼类种群中,翎鲳的单倍型多样性(h)与核苷酸多样性(Pi)水平均为最高(在COⅠ序列中分别为0.779和0.003 25,在Cytb序列中分别为0.847和0.003 33),而银鲳和灰鲳的h和Pi水平较低。FU’S FS中性检验和歧点分布分析结果显示,3种鲳属鱼类种群均经历了种群扩张现象...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 周发林  江世贵  苏天凤  吕俊霖  
对笛鲷属(Lutjanus)的紫红笛鲷(Lutjanusargentimaculatus)、白星笛鲷(Lutjanusstellatus)、千年笛鲷(Lutjanussebae)、勒氏笛鲷(Lutjanusrussellii)、红鳍笛鲷(Lutjanuserythropterus)线粒体DNA16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到长度约418bp的序列。结合GenBank中斜带笛鲷(Lutjanusdecussatus)该区段的16SrRNA序列,用Clustal_X排序软件进行16SrRNA序列的对位排列。通过Mega2.1软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测5...
[期刊] 海洋渔业  [作者] 宫亚运  章群  曹艳  吕金磊  杨喜书  
为探讨COⅠ基因作为DNA条形码对绯鲤属(UpeNeUs)鱼类鉴定的有效性,明确物种的分类地位,通过COⅠ基因5'端652 bp序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤(UpeNeUs trAgUlA)、马六甲绯鲤(UpeNeUs mOlUCCeNsis)、纵带绯鲤(UpeNeUs sUbvittAtUs)、黄带绯鲤(UpeNeUs sUlphUreUs)、吕宋绯鲤(UpeNeUs lUzONiUs)以及条尾绯鲤(UpeNeUs beNsAsi)6个种56 iND标本的标准DNA条形码序列的种内种间遗传距离,并构建分子系统树。研究表明:所测样品的碱基组成为t:29.2%,C:29.6%,A:21.4%...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 陈金平  梁利群  孙效文  董崇智  赵文阁  陈辉  
利用RAPD技术对绥芬河水系三块鱼属 (Tribolodon)的金滩头、黑滩头和雅罗鱼属的东北雅罗鱼 (Leucis cuswaleckiiDybowsk)进行属间、种间遗传物质相似性分析。样品取于溯河生殖洄游期 ( 4~ 6月 )。结果表明 ,金滩头和黑滩头种间的RAPD指纹图谱带型差异显著 ,平均带纹相似系数为 0 .3 0 ,遗传距离为 0 .70。东北雅罗鱼与金滩头和黑滩头属间的平均带纹相似系数分别为 0 .13和 0 .16,遗传距离为 0 .87和 0 .84。根据绥芬河水系金滩头和黑滩头间的遗传距离 ( 0 .70 ) ,将二者划分为 2个不同物种 ,即珠星三块鱼 (Tribol...
[期刊] 华北农学报  [作者] 王晓梅  邢克智  戴伟  王茜  曹维维  李晓东  
应用PCR-RFLP技术分析了长江、瓯江和辽河3个水系中华绒螯蟹的线粒体COⅠ的基因片段遗传多样性,应用11种限制性内切酶对COⅠ基因片段进行限制性片段长度多态分析,共检测出6种复合单倍型,其中瓯江群体检测出5种复合单倍型,长江和辽河均有2种复合单倍型。经数理统计分析,3个群体内线粒体DNA的核苷酸多样性指数分别为0.006 7(长江)、0.016 7(瓯江)和0.000 3(辽河),瓯江群体的遗传多态度最高,其次为长江群体,而辽河群体在3个群体中遗传多态度最低。结果说明,中华绒螯蟹具有一定群体内遗传多样性:瓯江群体>长江群体>辽河群体。在群体间,辽河与瓯江群体的净遗传距离最大为0.023 7...
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