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[期刊] 中国水产科学
[作者]
熊丹 李敏 李永振 李玉芳 张魁 陈作志
对采集于中国南海北部近岸和南沙西南部陆架海域７个采样点共２４６尾短尾大眼鲷（Ｐｒｉａｃａｎｔｈｕｓ ｍａｃｒａｃａｎｔｈｕｓ）样品进行了线粒体细胞色素ｂ基因（ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｂ，ｃｙｔ ｂ）序列的扩增与分析，获得了长度为６８４ ｂＰ的同源序列。碱基ａ、ｔ、ｃ、Ｇ含量分别为２２．７％、２８．４％、３３．４％、１５．５％，共检测到多态位点９２个，定义了９０个单倍型。其遗传多样性表现出高单倍型多样性（０．８１３０～０．９０１２）和低核苷酸多样性（０．００４０～０．００５３）的特点。两两群体间的Ｆｓｔ分析显示，大部分群体间的Ｆｓｔ值均小于０．０５，且差异不显著（Ｐ＞０．０５），样本总体分化指数仅．．．
关键词：
种群判别 短尾大眼鲷 细胞色素b 南海
[期刊] 林业科学
[作者]
程晓甜 阿地力·沙塔尔 张伟 李新泉
新入侵重大检疫性害虫枣实蝇(Carpomya vesuviana)于2007年首次在吐鲁番地区发现,对该地区枣(Zizyphus jujuba)产业造成了毁灭性损失,且疫情有向其他地区扩散的趋势。枣实蝇原产印度,现已扩散至阿富汗、塔吉克斯坦、泰国、意大利等国家(张润志等,2007)。枣实蝇以成虫产卵和幼虫蛀
关键词：
枣实蝇 Cytb 进化树 亲缘关系
[期刊] 水产学报
[作者]
孙鹏 尹飞 彭士明 施兆鸿
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.00...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
范江涛 黄梓荣 许友伟 孙铭帅 晏然 陈作志
根据2014—2017年南海北部200m等深线以浅海域渔业资源调查的短尾大眼鲷(Priacanthusmacracanthus)数据,结合遥感获得的海表温度(seasurfacetemperature,SST)数据,首次将渔场水深(D)与SST的乘积(SSTD)引入作为新的变量,采用灰色关联度方法筛选与渔场关联度最高的变量,将关联度最高的变量与标准化后的单位捕捞努力量(catch per unit effect, CPUE)采用一元非线性回归建立模型,对模型理论CPUE与实际CPUE的时空变化进行分析。结果表明,南海北部短尾大眼鲷渔场随季节变化明显,各季节CPUE随SST呈先增大后减小的趋势;不同季节CPUE最高的海域水深不同,春季为160 m,夏季为140 m,秋季为60 m,冬季为140 m; CPUE与SST、D、SSTD进行灰色关联度分析发现,各季节CPUE与SSTD关联度最高且关联度均超过0.5;将SSTD作为变量, CPUE作为表征渔场好坏的指标值,建立环境因子与CPUE的关系模型,模型理论CPUE高值区有明显的季节变化,且实际CPUE高值区的分布与理论CPUE高值区分布一致,以上结果 P值均小于0.05,模型预测准确。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴芸 李盼盼 闫吉美 黄锡阳
【目的】探明赤水乌骨鸡品种群体的遗传多样性和起源进化特点，为赤水乌骨鸡的种质资源评估、遗传资源保护和利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增及测序技术对60只赤水乌骨鸡的Cytb基因进行全长序列研究，采用生物信息学方法进行遗传多样性及起源进化分析。【结果】赤水乌骨鸡Cytb基因序列全长为1 143 bp，碱基T、C、A和G的平均占比分别是24.1%、36.4%、27.5%和12.0%。Cytb基因序列分析发现共有13个突变位点，均为颠换，单倍型多样性（Hd）为0.796，核苷酸多样性（Pi）是0.00191，平均核苷酸差异（K）为2.180。单倍型网络图显示在赤水乌骨鸡Cytb基因序列的9种单倍型中Hap3和Hap2为优势单倍型。赤水乌骨鸡Cytb基因9种单倍型与红色原鸡5个亚种Cytb基因序列构建的系统发育树表明Hap1与GGS12聚为一类，Hap2与GGM1聚为一类，Hap6、Hap7和Hap3聚与GGM3形成一个小分支，Hap8和Hap9与GGS3、GGS4和GGM2聚在一起形成一个分支，Hap4和Hap5则是自成一支。【结论】赤水乌骨鸡群体遗传多样性较高，可能起源于原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)和原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘连为 许强华 陈新军
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 夏连军 马春艳
利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因序列。通过序列测定,得到581 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25.8%、32.6%、18.0%和23.6%,序列中的A+T含量明显高于G+C含量,与其他鱼类的COI基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19~139 bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
卢占晖 朱增军 林显鹏
根据2008年5月~2009年2月"东海区主要渔场重要渔业资源的调查与评估(26°00′~34°00′N、120°00′~126°30′E)"课题调查的渔获样品以及从水产市场所采样品,对东海区短尾大眼鲷胃含物进行分析。结果表明:短尾大眼鲷食物组成以磷虾类为主(IRI=2 802.26),其次依次为鱼类(IRI=701.12)、头足类(IRI=488.25)和长尾类(IRI=474.84),其优势饵料种类为太平洋磷虾、细螯虾、乌贼科、短鳄齿鱼等。短尾大眼鲷终年摄食,其摄食率为95.06%,最高饱满指数达110.92‰,平均饱满指数18.36‰,表明短尾大眼鲷具有较高的摄食强度。
关键词：
短尾大眼鲷 食性 东海区
[期刊] 水产学报
[作者]
王中铎 谭围 郭昱嵩 刘丽 刘楚吾 刘筠
运用通用引物长距PCR(Long-PCR)和常规PCR相结合的方法测定了鲈形目笛鲷科的4种笛鲷属鱼类(孟加拉笛鲷、四带笛鲷、千年笛鲷和马拉巴笛鲷)和军曹鱼科的军曹鱼线粒体DNA基因组全序列(GenBank序列号分别为FJ171339,FJ416614,FJ824741,FJ824742和NC_011219),得出所用全序列测定体系的方法通用性较强,操作简单。线粒体基因组的比对分析表明,测定的mtDNA基因组的绝大部分区段与GenBank中现有的脊椎动物的序列有较高的同源性。以军曹鱼外群结合GenBank中近缘笛鲷鱼类(勒氏笛鲷、蓝点笛鲷和黑带鳞鳍梅鲷)进行的聚类分析中,勒氏笛鲷与黑带鳞鳍梅鲷的...
关键词：
笛鲷属 线粒体基因组 分子系统进化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
江世贵 刘红艳 苏天凤 龚世园
从鲷科鱼类中黄鳍鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalus)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargussarba)的线粒体DNA扩增出约430 bp的细胞色素b(Cytb)基因,经Clastal X同源排序后得408 bp序列,对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius tumifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较,共发现126个核苷酸位点存在变异(30.7％),序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生在密码...
关键词：
鲷科鱼类 细胞色素b 分子系统学
[期刊] 水产学报
[作者]
周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
轩中亚 姜涛 刘洪波 陈修报 杨健
为了解太湖的湖鲚(Coilia nasus taihuensis)与短颌鲚(Coilia brachygnathus)的遗传多样性及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素b(Cyt-b)基因,开展了种群遗传学研究。结果显示,47条序列共有变异位点26个,其中,简约信息位点12个,共得到22个单倍型。两物种间Fst值达0.703,分化程度较高,种群间的基因流仅为0.212。湖鲚种群内平均Kimura双参数遗传距离为0.002,短颌鲚种群内为0.001,而湖鲚与短颌鲚种间平均Kimura双参数遗传距离为0.005,湖鲚与短颌鲚种间遗传距离高于湖鲚种群内部遗传距离,也高于短颌鲚种群内部遗传距离。系统发育树和单倍型网络图结果显示,湖鲚与短颌鲚分成2个大的类群,但有1个湖鲚个体与短颌鲚具有共有单倍型。总体结果显示,湖鲚与短颌鲚之间存在明显的遗传分化,Cyt-b序列可用于区分湖鲚与短颌鲚个体。
关键词：
湖鲚 短颌鲚 Cyt-b 遗传分化
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙玲 王凤成 王秋实 刘彦群 仝振祥 冀万杰 张博 王学英
以22个柞蚕品种(品系)为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA(mtDNA)的细胞色素b基因(Cytb),测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明:供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cytb基因的5’端相应序列(AY242996),与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较,结果表明:青黄1号和青6号的同源性达99.8%,青黄1号和豫早1号的同源性达98.6%,青6号和柞早1号的同源性达98.8%。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在Cytb基因水平上其核...
关键词：
柞蚕 线粒体 细胞色素b基因 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
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