为研究南极大磷虾(Euphausia superba)中共附生微生物的功能性,并探讨南极大磷虾与其相关微生物的相互作用关系,采用宏基因组测序技术分析了南极大磷虾中共附生微生物的物种多样性,同时采用细菌纯培养技术获得可培养菌株,对菌株进行了抑菌活性、耐氟化钠特性分析。宏基因组测序结果表明,在南极大磷虾眼柄、尾部和肠道中,变形菌门(Proteobacteria)的群落相对丰度最高,分别占各组织细菌总量的41.4%、35.8%、59.5%;在南极大磷虾胃部,厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度最高,占细菌总量的32.2%。微生物多样性分析表明,南极大磷虾眼柄和尾部的微生物多样性和丰度高于胃部和肠道组织,肠道和胃部的微生物组成差异较大。采用细菌纯培养技术共获得60株细菌,其中有一株细菌对革兰氏阳性菌[单增李斯特菌LFM2813(Listeria monocytogenes LFM2813)、金黄色葡萄球菌LFM3263(Staphylococcus aureus LFM3263)、蜡样芽孢杆菌LFM2805(Bacillus cereus LFM2805)]有抑菌活性,并鉴定为马胃葡萄球菌(Staphylococcus equorum NJ2),该细菌的抑菌产物具有耐高温和蛋白酶处理后失活的细菌素基本特征;同时,可培养细菌的最大氟化钠耐受浓度为1%,且耐受菌株占比为10%。研究初步揭示了南极大磷虾不同组织的微生物多样性和相对丰度,并探讨了微生物对宿主的防御功能,可为进一步开发利用南极大磷虾资源提供参考。

研究了南极长城湾潮间带海绵共附生可培养细菌多样性及其疑似新种应用有利于放线菌生长的选择性培养基ISP2从长城湾海绵动物组织中分离出120株细菌,基于这些菌株的16S rRNA基因序列开展系统发育分析。结果显示,所分离菌株隶属于三个细菌门五大类群的11个目、22个属,表明长城湾海绵共附生细菌的种属分布较广、多样性非常高。其中红球菌Rhodococcus属占优势,另外包含α-变形菌纲Puniceibacterium属、放线菌门Aeromicrobium属、β-变形菌纲Limnobacter属等罕见种属。16S

从我国南极磷虾科学探捕项目所采集的南极大磷虾(Euphausia superba)样品中分离纯化到一株共附生细菌,对其进行了细菌多相分类学分析、发酵培养、代谢产物提取及HPLC分析,并对其发酵粗提物进行了针对多种重大疾病药物靶标-一氧化氮(NO)抑制活性的靶向筛选。结果表明,该菌株与其进化关系最近的需盐杆菌(Salegentibacter salinus)ISL-6之间的16S rRNA基因序列同源性为93.2%(小于确定新种的阈值97%)。综合该菌株的多相分类学指标分析结果,将其鉴定为需盐杆菌属的一个新种,命名为Salegentibacter sp.NJC-06,其发酵代谢产物中主要活性成分...

为揭示产腹泻性贝类毒素(diarrheic shellfish poisoning, DSP)典型赤潮甲藻-利玛原甲藻(Prorocentrum lima)PL11的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了PL11的共附生菌群种类及相对丰度,并且对其可培养共附生菌株进行了选择性分离及其16S rRNA基因序列扩增与系统发育的分析。利玛原甲藻PL11高通量测序结果显示:样品共附生细菌包括5门,14纲,26目,38科及54属。其中优势门(>5%)为3个,包括变形菌门(Proteobacteria,75.5%)、拟杆菌门(Bacteriodetes,11.5%)以及浮霉菌门(Planctomycetex,8.5%);优势纲(>5%)为4个,包括α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,51.7%)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria,31.8%)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria,9.9%)以及OM190纲(8.9%);优势属(>5%)为6个,侏囊菌科下未知属(norank Nannocystaceae,21.8%)、Pyruvatibacte属(11.6%)、Phaeodactylibacter属(9.4%)、生丝单胞菌科下未知属(norank Hyphomonadaceae,8.5%)、OM190纲下未知属(8.1%)以及Roseovarius属(7.9%)。从利玛原甲藻PL11培养物中分离获得可培养微生物菌株9株,分属于8个属,包括Ochrobactrum sp.(2株)及Microbacterium sp.、Algoriphagus sp.、Ponticoccus sp.、Hoeflea sp.、Labrenzia sp.、Sphingopyxis sp.、Erythrobacter sp.各1株。其中PL11-1为Ponticoccus属潜在新种。

南极大磷虾被认为是人类可利用的最有前景的生物资源之一,然而南极大磷虾中氟含量较高的特点阻碍了其在食品行业上的应用与发展。本文综述了南极大磷虾各组织器官中氟含量的分布,以及南极大磷虾氟的来源及富集形态,阐述了南极大磷虾氟的安全性评价,并对南极大磷虾去/降氟方法及其在水产饲料上的应用进行了介绍,旨在对南极大磷虾资源开发和加工利用提供基础参考。

【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚...

【背景】近年来，我国番茄生产中面临的不良气候环境导致露地和设施栽培中番茄病害日益严重。由丁香假单胞菌番茄致病变种（Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst）所引发的番茄细菌性叶斑病频发，严重影响了番茄的产量、品质。糖是植物体内重要的信号分子与营养物质，在植物遭受病原菌侵染时，糖既可以作为信号参与调控植物抗病性，也可以作为主要碳源为免疫反应提供能量。STP(sugar transport protein)家族是一类糖转运蛋白家族，在植物生长发育过程与病原防御中起着重要作用。【目的】明确番茄中STP家族是否参与调控植株对细菌性叶斑病的抗性。【方法】以番茄CR品种（Solanum lycopersicum cv. Condine Red）为材料，通过接种Pst DC3000，明确STP基因家族对Pst DC3000的响应。构建SlSTP2的突变材料与过表达材料，并进行鉴定、繁种。在野生型和SlSTP2基因突变体、过表达植株上接种Pst DC3000，观察比较叶片发病情况、台盼蓝染色显示的死细胞数量，检测叶片菌落数（colony-forming units,CFU）和光系统Ⅱ实际光化学效率，明确SlSTP2在植株防御细菌性叶斑病中的作用。为探究SlSTP2防御Pst DC3000的内在分子机制，通过双分子荧光互补（bimolecular fluorescent complimentary,BiFC）试验筛选互作蛋白，构建编码该蛋白的基因突变与过表达材料，并接种Pst DC3000明确其在植株防御细菌性叶斑病中的作用。【结果】在番茄植株上接种Pst DC3000后，SlSTP1和SlSTP2表达上调，选取上调最显著的SlSTP2作为后续研究对象，构建其突变材料与过表达材料。在番茄野生型和Slstp2突变植株、OE:SlSTP2过表达植株上接种Pst DC3000，相比野生型植株，Slstp2植株细菌性叶斑病的发病情况更严重，叶片CFU与台盼蓝染色显示出的死细胞数均更多，光系统Ⅱ实际光化学效率下降，OE:SlSTP2植株则相反。通过BiFC试验发现，SlSTP2与G蛋白β亚基SlAGB1互作。接种Pst DC3000后，Slagb1突变体发病较野生型重，呈现与Slstp2突变体一致的发病表型；OE:SlAGB1则与OE:SlSTP2植株同样表现出更强的抗性。【结论】SlSTP2受Pst DC3000诱导，并正调控番茄对细菌性叶斑病的抗性，且SlSTP2与正调控因子SlAGB1互作，推测SlSTP2调控番茄细菌性叶斑病抗性与SlAGB1有关。

有害赤潮(harmful algal bloom,HABs)是全球性的严重海洋生态灾害及重大环境热点问题,其产生的赤潮毒素经食物链传递严重威胁人类健康与生命安全。其中,麻痹性贝类毒素(paralytic shellfish poison,PSP)是已知贝类毒素中分布最广、毒性最强、对人类威胁最严重的贝毒,但PSP来源问题仍悬而未决。藻菌相互作用关系是揭示PSP产生机制的关键,为揭示产PSP典型赤潮甲藻——东海链状亚历山大藻(Alexandrium catenella LZ1706)的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了LZ1706的共附生菌群种类及相对丰度,同时对其可培养共附生菌株进行了选择性分离及其16S rRNA基因序列扩增与系统发育分析。结果表明,链状亚历山大藻(LZ1706)共附生菌群包括6门,10纲,19目,25科及34属。其中优势门4个,包括变形菌门(Proteobacteria,53. 9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,27. 5%)、蓝藻门(Cyanobacteria,16. 8%)及螺旋菌门(Spirochaetae,1. 5%);优势属5个,包括Cryomorphaceae科未知属(22. 9%)、Cyanobacteria纲未知属(16. 8%)、红细菌科(Rhodobacteraceae)未知属(7. 9%)、糖螺菌属(Saccharospirillum,14. 7%)及Maricaulis属(5. 6%),其未知属种群比例高达50. 6%。分离获得的12株可培养菌株中LZ-27及LZ-7分别为Ponticoccus属与Pseudooceanicola属潜在的新种。

藻菌关系是揭示赤潮生消与防控、赤潮毒素产生机制的关键,而产毒甲藻共附生菌群多样性及可培养菌株的获得是解析藻菌关系的前提。微小亚历山大藻(Alexandrium minutum)是全球性典型赤潮甲藻,其产生的麻痹性贝类毒素(PSP)危害巨大,但目前对其共附生菌群尚缺乏系统性研究。通过高通量测序首次解析了产毒微小亚历山大藻amtk-4共附生菌群的物种种类及相对丰度信息;分离获得可培养菌株并对筛选获得的产毒细菌新种Z1-D的毒素合成基因sxt A1进行了基因进化分析,结果表明,amtk-4共附生菌群包括85个OTU,其中包括10门、20纲、40目、59科及87属。其6个优势属包括Phycisphaeraceae科未知属(11. 8%)、Muricauda属(10. 3%)、腐螺旋菌科未鉴定属(9. 1%)、Hyphomonadaceae科未鉴定属(8. 9%)、Haliea属(5. 7%)及红细菌科未鉴定属(5. 1%)。amtk-4共附生菌群中未鉴定属比例高达53. 4%。藻生长稳定期所分离获得的可培养细菌数量及种类最多。5株细菌中菌株Z1-D及Z1-4经分子鉴定分别为亚硫酸杆菌属(Sulfitobacter)及Mesorhizobium属新种。其中Z1-D发酵代谢产物含微量石房蛤毒素(STX),其基因片段orf-01498与蓝藻sxt A1基因高度同源,与产毒蓝藻间可能存在着基因共同进化。

根据2010年1月24日～2月11日在南极半岛周边CCAMLR辖区48.1区和48.2区的拖网磷虾渔获数据,对南极大磷虾的生物学特性进行了初步分析。结果表明:两区南极大磷虾的体长范围为33.65～65.80 mm,优势体长为50.00～58.00 mm,占60.66%;平均体长48.1区略大于48.2区,雌性大于雄性,生长指数为2.75。雌雄性比48.1区和48.2区分别约为1∶0.5和1∶1.5。样本中多为成体(II),而幼体(I)和抱卵雌体(III)较少。平均摄食等级48.2区高于48.1区。体长分布显示48.1区为3+～5+龄虾,48.2区为2+～5+龄虾。

为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．

南极极端生境中蕴含着发掘特殊生物活性天然产物的巨大潜力。本研究对采自南极海域水深6000 m海区钩虾(Gammarus sp.)的肠道共附生微生物进行分离，并对一株有价值菌株的代谢产物进行研究。采用稀释涂布法进行菌株分离，利用形态学观察及16S rRNA测序进行菌株种属鉴定；综合运用薄层色谱，正相硅胶柱色谱，凝胶柱色谱，反相ODS柱色谱和半制备高效液相(HPLC)等色谱手段分离纯化得到单体化合物，采用波谱学和质谱技术鉴定其化学结构。从钩虾中分离得到17株菌，并将其分类学地位归属于9个属，其中细菌11株，放线菌6株。从放线菌Streptomyces xiamenensis YF008的发酵产物中分离得到8个单体化合物，分别鉴定为：1(10)E，5E-germacradiene-2，11-diol (1)，N-[2-(4-hydroxyphenyl)] ethylacetamide (2)，环(L-苯丙氨酸-甘氨酸) (3)，环(L-苯丙氨酸-L-丙氨酸) (4)，环(D-苯丙氨酸-L-异亮氨酸) (5)，环(L-羟脯氨酸-L-苯丙氨酸) (6)，环(D-亮氨酸-L-脯氨酸) (7)，环(L-苯丙氨酸-L-脯氨酸) (8)。化合物1，3-6系首次从该菌中分离得到，且化合物1为特殊的十元环germacrane型倍半萜类化合物。

对天然生长的南极磷虾肌肉中营养成分与营养品质进行了较全面系统的分析,并结合安全性进行了初步研究。结果表明,南极磷虾肌肉(干样)中粗蛋白含量64·44%,粗脂肪含量5·14%,粗灰分含量10·90%,无氮浸出物含量19·52%;18种氨基酸总量为57·16%,其中8种人体必需氨基酸含量为25·88%,占氨基酸总量的45·25%;必需氨基酸指数(EAAI)为54·94,其构成比例符合FAD/WHO的标准;4种鲜味氨基酸含量为23·06%,占氨基酸总量的35·98%;矿物质含量丰富;铅、汞、镉、砷几种重金属含量平均值均低于相关食品卫生标准限量。综合分析认为,南极磷虾是一种食用安全、营养价值较高的虾类...

在前期研究发现星座短腹海鞘(Aplidium constellatum)脂溶性提取物具有降血脂功效的基础上,为深入了解该海鞘的生物学背景,开展了其共附生微生物的多样性研究,为进一步从该海鞘及相关共附生微生物中发现可能存在的降血脂活性次生代谢产物奠定基础。通过Illumina Mi Seq高通量测序技术,分析了星座短腹海鞘样品中共附生微生物的物种多样性和物种丰度信息。测序共获得37 911条序列,310个OTU;稀释曲线表明测序深度足够;多样性指数Simpson值为0.373,Shannon值为2.494。样品共附生细菌分属于24个门,优势门有变形菌门(Proteobacteria,78.86%)、放线菌门(Actinobacteria,6.01%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,4.67%)、蓝藻门(Cyanobacteria,2.62%)、厚壁菌门(Firmicutes,1.79%)、柔膜菌门(Tenericutes,1.76%)、螺旋菌门(Spirochaetae,1.33%);分属于197个属,优势属有Ruegeria(60.83%)、SAR116_clade科下未知属(3.27%)、Rhodococcus(2.40%)、Cyanobacteria纲下未知属(2.26%)、Candidatus_Hepatoplasma(1.76%)、Pe M15目下未知属(1.61%)、Spirochaetaceae科下未分类属(1.33%)等10个。通过纯培养技术共分离获得15株可培养共附生菌,分属于8个属,分别为弧菌属Vibrio(7株)、希瓦氏菌属Shewanella(2株),以及Pseudomonas、Pseudovibrio、Thalassobius、Exiguobacterium、Flavobacterium、Thalassospira属各一株。本研究首次为星座短腹海鞘提供了准确的共附生微生物背景数据,为进一步开展活性次生代谢产物研究提供了丰富的微生物菌株材料;同时研究还提示该海鞘有水产病原菌感染,在开发利用过程中应格外关注水产病原菌的安全风险防控。

南极磷虾具有重要的商业价值且在南极食物网中处于极为关键的地位，为南极绝大多数动物重要的摄食对象，因此，了解影响磷虾丰度和繁殖的因素至关重要，其中寄生于磷虾体内的寄生虫往往被忽略。为充分了解南极磷虾寄生虫的类型、寄生形式及其对磷虾的潜在影响等，对南极磷虾中间寄生虫(法式海腰鞭毛虫Thalassomyces fagei)、体外寄生虫(吸管属纤毛虫Ephelota sp.)以及体内寄生虫(吸虫Trematode)的生命周期、寄生部位、感染特点等方面进行系统的总结和分析。结果显示，体外寄生虫往往需要适应磷虾频繁的蜕壳周期，高龄磷虾因蜕壳周期较长而致体外寄生虫附着和感染程度更高；中间寄生虫感染广泛且对磷虾具有多重危害，但其感染机制尚不明确；多主寄生的体内寄生虫对磷虾的危害较小，而单主寄生的簇虫和假丘类纤毛虫对磷虾危害性较大，其中吸虫的具体生命周期以及感染机制尚属未知。将来研究中，建议重点开展寄生虫与宿主之间的相互作用、感染机制、完整生命周期、寄生虫与磷虾体内细菌群落的关系以及磷虾性成熟度及年龄与寄生虫感染率和感染强度之间的关系等方面的工作。