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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
翟万营 汪倩 王佳华 陈良标
以中国第34次南极科考采集的中山站附近海域5个站点海水样品为研究对象，通过Illumina高通量测序，鉴定微生物组成和微生物群落结构，发现取样的中山站海水中变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）最为丰富，其次为蓝细菌（Cyanobacteria），属水平上黄杆菌属（Flavobacterium）和嗜冷杆菌属（Psychrobacter）含量最多，均超过20%。首次在南极海水中发现UBA1315属微生物，功能注释分析显示含有丰富的DNA修复基因，可能有助于适应南极恶劣环境。对中山站和罗斯海上层海水以及南北极不同地理位置海水微生物比较，发现变形菌门、拟杆菌门和蓝细菌在所有海水中普遍存在，变形菌门为优势菌，蓝细菌在南极海水中含量丰富，罗斯海上层海水比中山站海水微生物多样性丰富，且主要菌群丰度不同。本研究初步揭示了中山站附近海域微生物群落组成，为后续进一步研究南极中山站海水微生物资源调查和开发研究提供一定的基础数据。
关键词：
南极 中山站 微生物 宏基因组 适应
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张旭 周丽 蔡敏 崔娜欣 庞思 邹国燕 赵志勇 袁泉 黄伟伟 张亚雷
养殖水体中的微生物群落结构及功能组成对养殖生态系统具有重要作用。为了全面系统评估中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖中后期水体微生物群落结构和功能组成，于2022年6―10月逐月监测上海市崇明区中华绒螯蟹养殖池塘内水质指标，同时基于宏基因组学技术分析了养殖期内水体中微生物物种组成及功能结构特征，并探讨了二者与环境因子的关系。结果显示，该养殖池塘在养殖中后期主要超标水质指标为pH、高锰酸盐指数、总磷和总氮。在养殖期水体中，6―8月的微生物群落多样性以及7―8月的微物群落丰富度处于较高水平，优势门为细菌中的变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和病毒中的尾噬菌体门(Uroviricota)，而在属水平上，丰度占比前10的优势属在多组之间均存在显著差异，如7月蓝藻门微囊藻属(Microcystis)细菌和8―10月的有尾噬菌体目(unclassified＿o＿Caudovirales)病毒丰度明显高于其他月份。微生物的主要功能为代谢功能包括能量代谢、全局和概览图、氨基酸代谢等，不同月份的功能组成存在显著差异，尤其是6―7月代谢途径丰度明显高于8―10月，而优势细菌变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是上述功能的主要贡献者。环境因子对微生物群落结构和功能组成的影响趋势一致，叶绿素a和pH是影响最显著的环境因子，溶解氧、总磷的影响作用稍弱。在养殖水体中，丰度占比较大的致病菌为肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。研究结果可为中华绒螯蟹养殖池塘水体微生物群落结构和功能组成研究提供基础数据，并可为养殖水质调控及生态系统构建提供理论依据。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
段嘉 程功 胡永飞 李晶 律娜 朱宝利
利用宏基因组学方法,以人肠道微生物样品为原材料,构建了1个约30 000个克隆的fosmid文库。以三丁酸甘油酯为底物,通过功能筛选,获得1个酯解酶阳性克隆。对该阳性克隆构建亚克隆,挑选具有酯解酶活性的阳性亚克隆进行测序分析,最终获得1个肠道微生物来源的酯解酶基因(GenBank登录号:JQ972699)。结果表明,文库克隆的平均插入片段约为40kb,没有重复插入片段克隆。获得的酯解酶基因推演蛋白与Pyramidobacterpiscolens W5455的patatin样磷脂酶同源性最高,氨基酸一致性为95%。生物信息学分析结果表明该基因可能通过Vd型分泌方式进行分泌并发挥功能。本研究是通过...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李治华 黄驰 王自鹏 姚英政 董琳 谢江 李浦 陈福生
宏基因组DNA提取是免培养方法研究微生物菌落多样性的基础。本研究对常用的几种微生物宏基因组DNA提取方法进行比较研究,并结合郫县发酵豆瓣酱的特点,开发出适合发酵豆瓣酱微生物宏基因组DNA提取的方法。结果表明,使用磷酸缓冲溶液(pH7.2)+溶菌酶+(蛋白酶K-SDS)+(CTAB-NaCl)提取的方法能有效提高发酵豆瓣酱微生物群落宏基因组DNA的质量和产率,宏基因组DNA能满足后续研究的要求。本研究对其他发酵食品宏基因组DNA提取也具有参考价值。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王雷 吴惠仙 王琼 袁林 刘亮
利用高通量测序技术分析了三艘公海交换压载水、一艘近岸交换压载水的远洋船舶微生物的群落组成,共检测出27门、61纲、138目、249科、481属、836种;黄海远岸的压载水样检测到的细菌种类最多,达到564种;东海远岸的压载水样细菌种类最少,只有406种。主要优势类群为变形菌门(Proteobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),其中变形菌门(Proteobacteria)占主导地位。假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)为γ-变形菌纲中绝对优势属,分布于各海域压载水样中,同温度和营养盐有一定的正相关性,同盐度、p H有较强的负相关性;蓝细菌门(Cyanobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)是南海远岸交换的压载水样中检测出的优势门类,远高于其它海域压载水样,其所对应的原绿球藻属和浮霉状菌属同环境因子溶解氧(DO)有显著的正相关性,与温度、营养盐呈负相关性;Salinimicrobium是黄海远岸压载水样品独有优势属,与p H和溶解氧呈正相关性,与营养盐呈负相关性;不同海域海洋微生物及其海洋环境对压载水微生物的多样性起决定作用,压载舱独特的环境对压载水微生物有一定的选择作用。依据IMO准则结合本文研究,在公海交换压载水对压载水微生物群落组成结构有很大的影响,且对海洋环境的保护,防止生物入侵和致病菌传播具有重要的作用。
关键词：
压载水 微生物 公海换水 生物多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
孙涛 王雪庆 赵遵岭 于淑慧 杨璞
[目的]了解白蜡虫越冬时体内微生物的多样性,比较昆明与长春越冬虫体内微生物种类和数量的差异,为了解白蜡虫低温适应机制提供有用信息。[方法]采用Miseq高通量测序方法对昆明越冬雌成虫(KM)和长春越冬雌成虫(CC)体内细菌16s rRNA及真菌ITS基因进行测序,利用Usearch软件进行细菌和真菌OTU(Operational Taxonomic Unit)划分,并利用Mothur软件对OTU进行分类学分析和多样性指数分析。[结果]细菌KM和CC样品中共得到344个OTU,真菌KM和CC样品中共得到23
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵圣国 王加启 刘开朗 李旦 于萍
利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物PCR扩增并测序,揭示奶牛瘤胃尿素分解菌的多样性。提取本研究室前期鉴定的16个脲酶克隆的质粒,利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,将PCR产物连接到pMD19-T载体,转化E.coliJM109,挑取阳性克隆测序。利用Blast程序将序列与GenBank和RDP数据库进行比对,并使用Mega 4.0软件构建系统发育树。4个脲酶克隆含有脲酶保守序列ureC,系统发育树分析表明,U1、U5、U13和U15分别属于Firmicutes、ε-Proteobacteria、β-Proteobacteria和A...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李涵 樊成奇 陈莎 周进 周俊芳 陆亚男 马丽艳 田晓清
为探究南海北部表层海水微生物的多样性及部分真菌代谢产物的活性，采取平板涂布稀释的方法对南海北部8个站位表层海水样品进行分离，基于16S rRNA和ITS序列测定对纯培养的微生物进行初步鉴定，共分离到162株细菌和43株真菌。其中162株细菌分属于4个门，5个纲，15个目，21个科，35个属的61个种，变形菌门和放线菌门为优势门；43株真菌分属于子囊菌门和担子菌门的5个纲，7个目，7个科，7个属的14个种，曲霉属为优势属。从分离得到的真菌中选取16株真菌进行培养，对其粗提物进行组蛋白去乙酰化酶抑制活性、抗肿瘤活性和抑菌活性筛选，结果表明：在100 μg·mL~(-1)浓度下具有组蛋白去乙酰化酶抑制活性，抑制率在44% ～ 54%之间；在60 μg·mL~(-1)浓度下对人宫颈癌细胞的抑制率在2% ～ 37%之间；在200 μg·mL~(-1)浓度下对嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila和维氏气单胞菌Aeromonas Vickers两株指示菌未显示抑菌效果。研究结果表明，南海局部地区表层海水可培养微生物多样性高；对部分真菌的活性测试结果为后续筛选天然产物来源的海洋药物提供了一定的参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
洪斌 牛犇 陈萍 李薇 刘海泉 潘迎捷 赵勇
探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王小虎 刘雨晖 韩丰泽 吴鹏飞 马祥庆
以福建三明福建农林大学莘口教学林场杉木林为研究对象，采用高通量测序方法探究不同经营模式(近自然经营、常规经营、封育经营)对杉木林土壤微生物组成和多样性的影响，分析土壤微生物的组成和多样性与其理化性质的关系.结果表明，不同经营模式下土壤共有的优势细菌类群主要为酸杆菌门、放线菌门和变形菌门，其中，变形菌门的相对丰度以近自然经营模式最高，为22.54%;共有的优势真菌类群主要为子囊菌门和担子菌门，其中，子囊菌门的相对丰度以近自然经营模式最高，为68.60%.与常规经营和封育经营模式相比，近自然经营显著提高了土壤细菌的Shannon多样性指数和真菌的Ace指数.表明近自然经营能显著提高杉木林土壤微生物群落的多样性和丰富度，改善土壤的肥力状况.
关键词：
杉木 近自然经营 土壤微生物 高通量测序
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈玲 万韦韬 刘兵 徐文静 顾泽茂
为探究稻虾共作对稻田水体微生物多样性和群落结构的影响,基于16S rDNA扩增子高通量测序,结合生物信息分析,比较稻虾共作模式(RC)和水稻单作模式(RM)中水体微生物的多样性和群落结构。结果显示,RC中水体微生物的多样性极显著高于RM。水体微生物的群落结构在2种模式中差异显著,且水体理化性质,如总氮、亚硝酸盐氮等的含量与2种模式中水体微生物群落结构的差异显著关联。相比于RM,RC水体中放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria)的相对丰度更高,而变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度更低。放线菌目(Actinomycetales)、根瘤菌目(Rhizobiales)、聚球藻目(Synechococcales)等为RC主要的水体微生物标志物,而黄杆菌目(Flavobacteriales)、β-变形菌目(Betaproteobacteriales)、红环菌目(Rhodocyclales)等则为CM主要的水体微生物标志物。在稻田水体微生物群落中鉴定出6个基石种,主要属于伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、腐螺旋菌科(Saprospiraceae)和多囊菌科(Polyangiaceae)等。通过功能预测及其相对丰度比较,发现RC中水体微生物的代谢通路的相对丰度高于RM,尤其是能量代谢通路的相对丰度极显著地高于RM。以上研究表明,相比于水稻单作,稻虾共作显著提高了稻田水体微生物的多样性,塑造了组成更健康、功能更强大的水体微生物群落,提高了稻田生态系统的物质循环能力和能量利用效率,有利于稻田水体净化,并维持稻田生态系统稳定。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
荣华 谢雨晴 赵涛 殷红 袁莉芸 刘襄河 杨子寒 石宇 李修峰 张雷
本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
林奕岑 徐帅 倪学勤 曾东 周梦佳 曾燕
为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索，选取１５只饲养在相同条件下的科宝－５００肉鸡，利用ＩｌｌｕｍＩｎａ ｍＩＳｅｑ测序平台与ｑＩＩｍｅ等１６Ｓｒｒｎａ序列分析工具在２２日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示：１）测序共获得３５９ １５８条有效序列与３ ２１０个ＯＴｕ，并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。２）各样品菌群之间存在差异，得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。３）通过核心菌群分析可知，４个共享菌群在门水平上分别为：拟杆菌门ＢａｃＴｅｒＯＩｄｅＴｅＳ（７０．０％±１２．１％）、厚壁菌门ＦＩｒｍＩｃｕＴｅＳ（２５．４％±１１．２％）、变形菌门ＰｒＯＴｅＯＢ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄伟雄 安振宇 方仁 尧金燕 龙兴
【目的】探究感染根腐病番荔枝根际土壤微生物群落的多样性和分布规律,为筛选鉴定番荔枝根腐病病原菌提供参考依据。【方法】采集感染根腐病的番荔枝根际土壤(感病根际土壤)和健康番荔枝根际土壤(健康根际土壤)样品,采用高通量测序技术,以ITS1和ITS4为引物,对其真菌ITS1区和细菌V3+V4区进行扩增测序,在门、纲、目、属和种水平上分析其微生物群落的结构和多样性。【结果】感病根际土壤的真菌数量明显增多,细菌数量明显减少。感病根际土壤中的真菌隶属于2界5门16纲36目48科81属96种,健康根际土壤中的真菌隶属于3界7门17纲43目73科113属160种。感病根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康根际土壤下降,真菌种类较少但均匀度上升。在PDA培养基上培养4 d后真菌类菌株形成中等量、呈放射状的气生菌丝;菌落直径4.5 cm,菌落平铺,全缘,呈圆形,白色,气生菌丝绒状。采用供试引物对根际土壤病原菌菌株进行扩增,显示菌株的ITS序列与Fusarium acutatum(登录号AY569567.1)同源性达99.45%,说明扩增出的ITS序列(RRD-1)为F.acutatum的基因片段。【结论】感染根腐病番荔枝根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康荔枝根际土壤明显下降,而真菌种类较少,均匀度上升。经病原菌形态学观察和生物比对鉴定,初步确定引起广西地区番荔枝根腐病的病原菌可能为真菌镰刀属的F.acutatum。
关键词：
番荔枝 根腐病 根际土壤 高通量测序
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