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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
廖振坤 张秋明 刘卫国 丁伟平 张玲
采用AFLP技术,对湖南省宽皮柑橘类野生资源莽山野橘、道县野橘、江永野橘及印度野橘、立花橘等23个材料进行了DNA多态性鉴定.从64对引物组合中,筛选了8对引物组合,共得到334个扩增位点、4612条带数据,其中多态性位点294个,多态性位点比率88%.采用DICE相似系数UPGMA方法聚类,进行亲缘关系分析,23个材料多态性带比率为0.729～0.850,相似系数为0.68～0.91.根据聚类结果和亲缘关系分析,莽山尖叶和圆叶型野橘、道县粗皮小果型野橘、江永粗皮小果型野橘与印度野橘、立花橘亲缘关系较远,是完全不同的宽皮柑橘近缘野生种.道县野橘与江永野橘亲缘关系较近,应是同一种的不同地域类型.
关键词：
宽皮柑橘 近缘野生种 亲缘关系鉴定
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨程 龚桂芝 彭祝春 常珍珍 易璇 洪棋斌
【目的】通过对柑橘叶绿体基因组变异位点的研究，从胞质层面揭示柑橘类果树的遗传进化，为柑橘种质资源的收集、评价和利用提供参考。【方法】以甜橙叶绿体高变区序列为参考，利用已发表的二代基因组测序数据对代表性的柑橘属及其近缘属材料进行De Novo组装，获得叶绿体基因组高变区组装序列，通过序列比对，发掘代表性材料的差异位点，针对差异位点设计cpInDel引物。对甜橙叶绿体基因组两个及以上核苷酸重复构成的SSR位点进行定位分析，找出代表性材料间有差异的位点，针对差异位点设计cpSSR引物。选择在分类学和/或起源研究上有代表性的柑橘属及近缘属材料48份，利用新开发的cpInDel、cpSSR标记和已报道的cpSSR标记进行扩增检测、电泳谱带分析和聚类分析。【结果】本研究新开发4个cpInDel标记和13个cpSSR标记。扩增检测显示，这些标记在48份试验材料中均能扩增出较为清晰的多态性条带；但cpInDel标记扩增出的条带更为单一，类群区分时，仅通过单个标记便能实现对某一类群或几个类群的区分，具有更好的区分效果。聚类分析显示，cpInDel和cpSSR标记得到了比较类似的结果，但在小类群关系以及部分材料的归类上存在差异。二者均揭示枸橼类柠檬-藜檬-来檬杂种的胞质来源并非香橼，枳杂种的胞质也并非枳，显示宽皮柑橘类黄柑的代表性品种‘旺苍皱皮柑’有不同于宽皮柑橘类其他品种的胞质来源，‘资阳香橙’和‘韩国香橙’胞质差异明显。针对宽皮柑橘类、甜橙-酸橙类和宜昌橙-大翼橙类3个小类群的相互关系，cpInDel显示它们关系较近，而cpSSR则将它们归为独立的类群；cpInDel标记将印度野橘归于真正的枸橼类，cpSSR将其单独聚为一类。【结论】叶绿体基因组分子标记分析能从胞质角度揭示不同于核基因组的柑橘属及近缘属植物的亲缘关系，但若与核基因组分子标记分析相结合，能更全面地揭示材料间的亲缘关系，更准确地鉴定柑橘种质资源。
[期刊] 林业科学
[作者]
洑香香 赵虎 王玉
松属(油松组)树种是我国重要的造林树种,但其种子和幼苗难以区分。通过比较种子的千粒质量、种子形状、颜色、幼苗子叶数、幼苗下胚轴颜色和苗高,结合ISSR和SSR标记技术,鉴定松属(油松组)11个近缘种,并对其亲缘关系进行探讨。研究结果表明:通过种子和幼苗的形态比较鉴定,可准确鉴定油松和加勒比松;ISSR和SSR标记则可把油松组的11个树种中的10个准确鉴定出来,仅有高山松由于遗传背景的复杂性没有发现种特异性引物(位点)。利用5对SSR引物获得的41个种间多态性位点构建的10个树种的近缘种亲缘关系与传统的研究结果基本一致。系统聚类分析在相似系数0.60处将10个树种分为3个类群:马尾松和赤松聚为第...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
向双 孙维红 万晓会 丁乐 韩国勇 邹双全 邹小兴
基于全基因组重测序技术开发的SNP标记，对香樟及近缘种的亲缘关系进行分析，结果表明，通过对16个香樟无性系和2个近缘种进行重测序分析，共获得209 Gb原始数据，平均有效测序深度16×.共获得约209 308 831个高质量SNP,纯合SNP共165 814 908个，杂合SNP共43 493 923个.由系统进化树可知11份芳樟无性系聚在一起，3份芳樟无性系与油樟聚在一起，然后与龙脑樟聚在一起，沉水樟和肉桂先被分离出来；通过主成分分析将16份香樟无性系分为3类，分别为芳樟类群、龙脑樟和油樟类群；芳樟、龙脑樟和油樟精油成分存在差异，为不同的化学利用类型.
关键词：
香樟 SNP标记 亲缘关系
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
明军 张启翔
以包括野梅在内的15个梅品种、1个野生种和其近缘种杏、山杏、桃、山桃、李和‘垂枝’毛樱桃、‘紫叶’李为试材,运用AFLP标记,采用7对引物组合(E-ACTM-CAT、E-GAM-CTC、E-ACTM-CCA、E-ACTM-CAC、E-ACTCTC、E-ACTCAG、E-ACCM-CAG)选择性扩增得到287个多态性条带的6888条带数据,使用NTSYSpc2.1t软件,采用Nei’s(72)遗传距离,SAHNClustering进行不加权成对算术平均法聚类分析,得到了梅品种与近缘种的亲缘关系与形态学、育种记录等相关记录相符的结论,并支持梅花二元分类系统的相关分类。
关键词：
梅 近缘种 亲缘关系 AFLP
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
詹开瑞 赵士熙 陈宇航 任大明
首次采用PCR结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对橘小实蝇及其近缘种的线粒体COⅡ和16S rDNA基因序列进行分析.结果表明,通过DGGE可以区分实蝇属不同种类的COⅡ和16S rDNA基因序列.
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郑玉红 夏冰 杭悦宇 王筱璐 周义峰 吴宝成
采用CTAB法提取总DNA,应用PCR产物直接测序法,测定了山药原植物薯蓣及其近缘种共10个种和1个变种的trnL-F和rbcL序列。序列分析结果表明:薯蓣及其近缘种trnL-F序列长689-834 bp,当空位始终作缺失处理时,有变异位点67个,其中信息位点11个,占序列总长度的1.43%;种间碱基差异百分率为1.6%,其中转换率为0.6%,颠换率为1.0%;序列的G+C含量为32.5%。薯蓣及其近缘种rbcL序列长1 096-1 160 bp,存在变异位点42个,其中信息位点10个,占序列总长度的0.93%;种间碱基差异百分率为0.6%,其中转换率为0.3%,颠换率为0.3%;序列G+C含...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨正松 和志娇 和加卫 程在全 毕海林 王朝文
利用ISSR分子标记方法,对39份悬钩子属(Rubus L.)野生种或变种及17份栽培品种进行分析,探讨这56份材料间亲缘关系的远近。通过试验从35个引物中筛选出12个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出166条DNA片段,分子量在250～2300 bp之间,平均每条引物扩增出13.83条DNA片段,多态性比率为96.33%,然后采用NTSYS-pc软件和UPGMA法构建了系统树。聚类分析结果将野生种分成5大类群,其中15份栽培品种包含在内,而有2份栽培品种(酷它它和宝森)另成一类,区别于其他54份材料。试验认为ISSR分子标记技术适合作悬钩子属植物组间亲缘关系的分析。
关键词：
悬钩子属 ISSR 聚类分析 亲缘关系
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王安虎 夏明忠 蔡光泽 杨坪
本文收集了20个分布点的9变(亚)种荞麦属植物以及一个栽培品种,通过ITS和trnH-psbA序列分析,对栽培苦荞的起源及其近缘种的系统发育关系进行了探讨。研究表明:栽培苦荞及其近缘种种间的系统发育关系与基于trnK,trnc-rpoB,rbcL等序列构建的系统发育关系相一致,栽培苦荞ITS和trnH-psbA序列与野生苦荞F.tataricum ssp.potanini Batalin遗传距离较近,可能源自于野生苦荞F.tataricum ssp.potanini,在驯化过程中没有外来遗传物质的引物,栽培过程中选择性积累了优良经济性状驯化而形成。
关键词：
苦荞麦 栽培 起源 亲缘关系
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹良芬 都胜芳 蔡明历 罗朝喜
本研究对华中农业大学野生柑橘上的病害进行鉴定。运用形态学及ITS序列分析方法对病样进行系统鉴定。结果表明,从发病的野生柑橘枝稍病样上共分离到24个单孢菌株,这些菌株根据形态学及ITS序列分析方法分为3种真菌:(1)菌落粉红色,长势非常缓慢,孢子镰刀形,ITS序列分析鉴定为砖红镰孢菌Fusarium lateritium;(2)菌落灰黑色,气生菌丝多,孢子砖格状,ITS序列分析为链格孢菌Alternaria alternata;(3)菌落灰白色,气生菌丝较少,常产生橙色胶滴和黑色小粒点,分子孢子短杆状,IT
[期刊] 西南农业学报
[作者]
房超 李跃建 帅波 刘独臣 刘小俊 梁根云 杨宏
应用SRAP分子标记技术对87份来茄子及其近缘野生种进行了遗传多样性分析。结果显示,从88对SRAP引物中筛选出18对多态性高、稳定性好的引物组合,共检测出309清晰个位点,平均每对引物检测到17.2个扩增位点。.参试茄属植物种质群体位点的平均杂合度为0.6962;平均多态信息含量为0.6441。82份栽培种茄子材料的平均相似系数为0.822,表明茄子栽培种的基因库较小,遗传基础较为狭窄。聚类分析结果表明,87份材料可分成4大类,可以较好地将茄子栽培种与其近缘野生种分开,并且基本可将高级栽培种(S.melongena L.subsp.melongena)和原始栽培种(S.melongena L...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐荣 徐永艳 何丽莲 杨清辉 张汉尧 李富生
【目的】评价甘蔗野生种质资源的遗传多样性，为甘蔗抗逆定向遗传改良挖掘具有育种潜力的种质资源。【方法】对44份甘蔗野生近缘种材料按照割手密种内、斑茅种内以及种间3个层次运用ISSR进行遗传多样性分析。【结果】44个种间材料利用13条ISSR引物扩增，获得261条条带，其中259条为多态性条带、占比为99%;种间多态性依次为甘蔗属割手密种>甘蔗属斑茅种>蔗茅属蔗茅种>芒属五节茅种>金茅属金茅种>河八王属河八王种；44份材料遗传相似系数为0.125～0.710,UPGMA聚类结果基本同形态学分类一致，12个斑茅种样品在0.805处聚合，斑茅和割手密在0.775处聚合，采自西藏察隅的编号A30、A32蔗茅关系密切，芒属、蔗茅属、河八王属的亲缘关系更近，与甘蔗属材料在0.73处聚合。【结论】甘蔗野生种质资源具有较高的遗传多样性，为甘蔗种质资源创新、遗传育种提供了种质材料和理论依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈昌文 曹珂 王力荣 朱更瑞 方伟超
【目的】以国家果树种质郑州葡萄、桃圃保存的237份中国桃地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,进行种质分子身份证构建工作,并对构建方法进行探讨。【方法】采用筛选后的SSR标记对品种进行区分,然后根据引物对不同品种扩增条带分子量的大小进行编码、组合。【结果】从80对引物中筛选出来自桃8条染色体上的16对SSR引物,在供试种质间共检测出等位基因203个,每对引物平均检测到等位基因数为12.7个。根据等位基因既位于地方品种、育成品种,又位于近缘野生种的选择方法,筛选出123对等位基因并赋值后可用于构建种质的分子身份证。【结论】在237份种质中有202份具有的可辨分子身份证编码,继续对不同引物组合对...
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桃 近缘种 SSR 分子身份证
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