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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李小慧 茆达干 徐汉坤 马大君 陈鹏 杨利国
测定了204条德国牧羊犬、拉布拉多犬、史宾格犬二月龄幼犬对人依恋性和服从性、衔取、争夺游戏和胆量等行为性状,同时用PCR-RFLP方法检测各犬单胺氧化酶B(MAOB)基因型。用2χ检验MAOB基因多态性的基因型和基因频率在品种间的分布,发现基因型和基因频率在犬品种之间差异极显著(P<0.01)。构建一般线性模型分析MAOB基因型与行为性状的关系,发现MAOB基因型对幼犬的衔取行为有显著影响(P<0.05)。TC基因型犬的衔取得分值均高于TT型(P<0.01)。这些结果表明,MAOB基因可能是影响犬衔取行为的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因,可用于建立选择犬衔取性状的基因标记辅助选择方法。
[期刊] 林业科学
[作者]
卫尊征 郭琦 李百炼 张金凤 张德强
利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为385个AA残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox蛋白的同源性分别为66.0%和57.0%。组织特异性RT-PCR结果显示,PsGA20Ox基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李哲 李雨 敬庭森 刘小莉 闫卉果 陆安帅 周剑 罗辉 叶华
为开发长吻(Leiocassis longirostris)生长性状相关的分子标记，为其分子辅助育种提供基础资料，以115尾长吻为研究对象，运用57个单核苷酸多态性标记(SNPs)位点与体重、全长、体长和头高进行关联分析。结果显示，有10个SNPs位点与生长性状显著相关，其中3个SNPs位点(Cluster-65＿137265、Cluster-65＿111833和Cluster-65＿137642)对所测量的4个生长性状均有显著影响(P<0.05);3个SNPs位点(Cluster-65＿120392、Cluster-65＿5592＿0和Cluster-65＿105077)对体重、全长和体长有显著影响(P<0.05);Cluster-65＿110382对全长、体长和头高有显著影响(P<0.05);Cluster-65＿19497和Cluster-24304＿1对全长和体长有显著影响(P<0.05);Cluster-65＿130153对体长和头高有显著影响(P
关键词：
长吻 SNP 生长性状 关联分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高一凡 俞小牧 桂建芳 童金苟
bmi1b基因作为转录抑制因子,在维持多种干细胞的自我更新和增殖活性方面起重要作用。本研究对鳙(Hypophthalmichthys nobilis) bmi1b基因进行了单核苷酸多态性发掘及其与生长和体型性状的关联性分析。鳙bmi1b全长5800 bp,包含9个外显子、8个内含子,其氨基酸序列在进化上较为保守。bmi1b在鳙下丘脑和肝脏中的表达量较高,胚胎发育阶段从未受精卵至囊胚期都有极高的表达,原肠期后表达量显著降低,具有母源基因的表达特征。采用PCR扩增产物直接测序的方法,在鳙bmi1b 3′UTR获得2个SNPs g.5224 T>A和g.5550 C>T。利用来源于1个鳙混合群体的169尾鱼进行SNP基因分型及其与生长和体型性状的相关性分析,结果表明:g.5224T>A与体重和头高呈显著相关(P<0.05),与体高和头长呈极显著相关(PT与体重和体型性状的相关性未达到显著水平。2个SNP位点等位基因间的组合分析显示,双倍型D2(ATCC)为优势基因型组合,其体重和体型性状的平均值显著高于其他双倍型。这些结果为进一步研究鱼类bmi1b基因的功能提供了参考;同时鳙bmi1b基因SNP标记在生长和体型性状的分子育种研究中也具有良好的应用潜力。
[期刊] 水产学报
[作者]
于凌云 白俊杰 樊佳佳 李小慧 叶星
采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对大口黑鲈肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因全序列进行了SNPs位点筛选和分型,共筛选到2个单核苷酸多态性(SNPs)位点(C-1453T和T+33C),其中C-1453T位于启动子E8box和Octamer(+)调控元件之间的区域,T+33C的突变位于第一外显子区域,属于同义突变,氨基酸没有发生变化;利用一般线性模型分析单标记位点与大口黑鲈生长性状(体重、体长、体高、体宽和眼间距)相关性,均未达到显著水平(P>0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,双倍型D2在体重、体长、体高...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何桂娟 罗婷颖 黄守婷 王景伟 林秋娟 肖天放
利用PCR-SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性.结果表明:在H-FABP基因5'-调控区检测到两个多态性位点(G7T和C11A),由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0.740和0.260;在外显子2处存在3个多态性位点(A2C、T62C和T65C),由两个等位基因控制,定义为C和D,基因频率分别为0.164和0.836.群体遗传分析表明,H-FABP基因5'-调控区属中度多态(0.25
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈吉宝 景蕊莲 员海燕 卫波 昌小平
TaDREB1是一种转录因子,调控抗旱等抗逆相关基因的表达。以抗旱性不同的20份六倍体小麦和3份小麦的二倍体近缘种为材料,用直接测序法筛查TaDREB1基因DNA序列的单核苷酸多态性,在23份材料的38038bp序列中发现了271个SNP和14个InDel,平均140bp中有1个SNP,2717bp中有1个InDel。核苷酸多样性(Л)分析表明,小麦二倍体近缘种的Л值(0.02188)明显大于六倍体小麦的Л值(0.01029),说明该基因在二倍体种中的变异程度大于六倍体小麦,可能原因是六倍体小麦长期承受强大的人工选择压力。单倍型分析揭示了TaDREB1基因单核苷酸多态性与抗旱性表型的相关性,但...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱彩梅 张京
【目的】大麦Wx是控制直连淀粉合成相关的糯性基因,研究大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性,并分析其与籽粒直链淀粉含量的关系。【方法】以2个国外糯大麦品种为对照,对30份高、中、低直链淀粉含量的中国大麦进行Wx的克隆和测序,分析Wx的单核苷酸多态性(SNP)及其与籽粒直链淀粉含量之间的关系。【结果】在对32个大麦品种的核苷酸序列多态性鉴定中,共检测到了169个多态性位点,平均每26bp检测到一个多态性位点。在所有检测到的多态性位点中,包括143个SNP和26个InDel,二者的频率分别为1/310和1/169。Wx的内含子1、3、5、8区,外显子2、5和5′-UTR及3′-UTR区域为变异富集区...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
马云 王伍 梁小娟 王璐 李芬 徐源 姚瑾
以50头信阳水牛为材料,以GenBank公布的牛PRL基因序列(NC_007324)作为参照序列,设计PCR引物,对PRL基因的第2、4、5外显子进行变异检测,并将其多态性与部分生长性状进行相关分析。结果表明:试验牛群体中,每一外显子的PCR扩增产物经SSCP分析均出现不同带型;试验牛PRL基因第2、4、5外显子各存在1处SNP(2974G>A,7581 G>A,8558 G>-)。PRL基因第2外显子BB型个体坐骨端宽显著宽于AA型个体(P<0.05)。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
易敏 张守攻 谢允慧 孙晓梅
【目的】纤维素合酶(cellulose synthase,Ces A)在植物纤维素合成途径中发挥主要调节作用,是控制木材纤维品质和产量的重要基因。从日本落叶松中分离克隆与纤维素合成相关的Lk Ces A基因,并对其进行核苷酸多样性以及连锁不平衡分析,为在日本落叶松中开展基于Lk Ces A基因的连锁不平衡作图及其辅助日本落叶松木材纤维性状的分子育种提供理论依据。【方法】依据日本落叶松转录组数据库检测到的纤维素合酶(Ces A)基因ESTs序列设计引物,从日本落叶松中分离获得Lk Ces A基因片段。在此基础上,利用Dna SP5.0软件对日本落叶松40株基因型个体的Lk Ces A序列进行核苷...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
岳爱琴 李昂 毛新国 昌小平 李润植 贾继增 景蕊莲
【目的】小麦果聚糖合成酶基因6-SFT是果聚糖合成过程中的关键酶基因,研究6-SFT-A的多态性,分析其与小麦苗期抗旱性的关系,并进行遗传定位。【方法】以苗期抗旱性不同的30份六倍体小麦和4份小麦A基因组供体种乌拉尔图小麦为材料,通过直接测序分析6-SFT-A的单核苷酸多态性(SNP)及其与抗旱性的关系;开发基因分子标记,利用RIL群体(偃展1号×内乡188)对该基因进行遗传定位。【结果】在30份六倍体小麦材料中检测到14个核苷酸多态性位点,包括13个SNP和1个InDel,平均234 bp检测到一个多态性位点,仅在1 727和1 781 bp 2个位点检测到非同义突变;在4份乌拉尔图小麦中检...
[期刊] 林业科学
[作者]
徐煲铧 杨晓慧 李百炼 张志毅 张德强
组合利用生物信息学和RT-PCR方法,首次从毛白杨未成熟木质部cDNA中分离出PtCesA4cDNA全长,并进行测序和序列分析,结果表明克隆的毛白杨PtCesA4 cDNA片段总长为3757bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为3129bp,可编码长度为1042个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥AtCesA4、水稻OsCesA1和火炬松PtCesA2的蛋白质氨基酸序列同源性分别为80.3%,78.9%和75.6%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtCesA4基因在杨树根、茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PtCesA4在成熟叶片、未成...
[期刊] 林业科学
[作者]
潘炜 田佳星 杜庆章 张志毅 张德强
利用RT-PCR方法,首次从毛白杨成熟木质部cDNA文库中分离出PtSUS1 cDNA全长,并进行了测序和序列分析。结果表明:克隆的毛白杨PtSUS1 cDNA片段总长为2703bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为2415bp,可编码长度为805个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥AtSUS1、水稻OsSUS1的蛋白质氨基酸序列同源性分别为83.4%,75.7%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtSUS1在成熟木质部表达丰度最高,在成熟叶片、根部和正在发育的木质部表达丰度中等,在韧皮部和形成层有少量表达,在嫩叶与顶端分生组织中表达丰度最低。在此基础上,组...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
冯静 杨华 宋天增 杨剑波 石国庆 徐从祥 黄锡霞
本研究以768只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用测序和PCR技术分析KAP1.1(B2A)基因单核苷酸多态性。测序表明中国美利奴羊(新疆军垦型)KAP1.1基因存在30 bp的插入/缺失,12%PAGE电泳证实KAP1.1基因存在6种基因型:(341 bp)AA型、(311 bp)BB型、(281 bp)CC型、(341 bp/311 bp)AB型、(341 bp/281 bp)AC型和(311 bp/281 bp)BC型,基因型频率依次为0.0208、0.5534、0.0260、0.1589、0.0456和0.1953。检测到A、B和C3个等位基因,基因频率依次为0.1230、0....
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽 张爱玲 张良志 张春雷 朱泽轶 雷初朝 王新庄 陈宏
【目的】研究南阳牛HCRTR1基因编码区单核苷酸多态性,为利用遗传标记进行肉牛选育奠定基础。【方法】以122头南阳牛为试验动物,利用PCR-SSCP及测序方法研究了HCRTR1基因全部编码区序列的多态性,并对发现的SNP位点进行了遗传特性及单倍型分析。【结果】在该基因的编码区首次发现11个SNP位点,分别为G322A、G384C、T420C、C423T、T481A、C510A、T627C、C631T、G690A、G714A和C736T,其中在322、481、631和736bp处的突变都导致了氨基酸的改变,而其余7处均为同义突变。在322、510和736bp处的SNP表现为中度多态,PIC分别为...
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